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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1056 by mmeineke, Tue Feb 17 14:30:48 2004 UTC vs.
Revision 1085 by mmeineke, Fri Mar 5 03:10:29 2004 UTC

# Line 2 | Line 2
2  
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10   #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13 + #include "directorWhole.h"
14 + #include "rmsd.h"
15 + #include "gofz.h"
16  
17  
18 + #define VERSION_MAJOR 0
19 + #define VERSION_MINOR 1
20 +
21 + char *programName; /*the name of the program */
22 + void usage(void);
23 +
24   int main( int argC, char *argV[] ){
25  
26    // list of 'a priori' constants
# Line 23 | Line 35 | int main( int argC, char *argV[] ){
35    
36    struct atomCoord atoms[nAtoms];
37    int i,j,k;
38 <  char* inName;
39 <  int nFrames;
38 >  
39 >  char* outPrefix; // the output prefix
40 >  char currentFlag; // used in parsing the flags
41 >  int done = 0; // multipurpose boolean
42 >  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
43 >  int haveMaxLength;
44 >  char* conversionCheck;
45 >  int conversionError;
46 >  int optionError;
47 >  char* rmsdName;
48 >  char* pair1;
49 >  char* pair2;
50 >  int scdCorr;
51 >  double startTime;
52 >  double avgXY;
53 >  double maxLength;
54  
55 +  int directorHead, directorWhole, doRMSD, doGofz, doAvgXY;
56 +  enum atomNames rmsdType;
57 +
58    // system initialization
59    
60    isScanned = 0;
61    fileOpen = 0;
62    nFrames = 0;
63    frameTimes = NULL;
64 +
65 +  outPrefix = NULL;
66 +  inName = NULL;
67 +  
68 +  haveMaxLength = 0;
69 +  conversionError = 0;
70 +  optionError = 0;
71 +  havePrefix = 0;
72 +  scdCorr = 0;
73 +  startTime = 0.0;
74 +  directorHead = 0;
75 +  directorWhole = 0;
76 +  doRMSD = 0;
77 +  doGofz = 0;
78 +  doAvgXY = 0;
79 +  
80 +
81 +  // parse the command line
82 +
83 +  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
84 +
85 +  for( i = 1; i < argC; i++){
86 +    
87 +    if(argV[i][0] =='-'){
88 +
89 +      // parse the option
90 +      
91 +      if(argV[i][1] == '-' ){
92 +
93 +        // parse long word options
94 +        
95 +        if( !strcmp( argV[i], "--rmsd" ) ){
96 +
97 +          doRMSD = 1;
98 +          i++;
99 +          if( i>=argC ){
100 +            fprintf( stderr,
101 +                     "\n"
102 +                     "not enough arguments for --rmsd\n");
103 +            usage();
104 +            exit(0);
105 +          }      
106 +          rmsdName = argV[i];
107 +
108 +          if( !strcmp(rmsdName, "HEAD") )    rmsdType = HEAD;
109 +          else if( !strcmp(rmsdName, "CH") ) rmsdType = CH;
110 +          else if( !strcmp(rmsdName, "CH2") )rmsdType = CH2;
111 +          else if( !strcmp(rmsdName, "CH3") )rmsdType = CH3;
112 +          else if( !strcmp(rmsdName, "SSD") )rmsdType = SSD;
113 +          else if( !strcmp(rmsdName, "COM") )rmsdType = COM;
114 +          else{
115 +            fprintf( stderr,
116 +                     "Unrecognized rmsd atom type \"%s\"\n",
117 +                     rmsdName );
118 +            exit(0);
119 +          }
120 +
121 +        }
122 +
123 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
124 +          
125 +          i++;
126 +          if( i>=argC ){
127 +            fprintf( stderr,
128 +                     "\n"
129 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
130 +            usage();
131 +            exit(0);
132 +          }      
133 +          pair1 = argV[i];
134 +
135 +          i++;
136 +          if( i>=argC ){
137 +            fprintf( stderr,
138 +                     "\n"
139 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
140 +            usage();
141 +            exit(0);
142 +          }      
143 +          pair2 = argV[i];
144 +
145 +        }
146 +
147 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
148 +          
149 +          i++;
150 +          if( i>=argC ){
151 +            fprintf( stderr,
152 +                     "\n"
153 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
154 +            usage();
155 +            exit(0);
156 +          }      
157 +          pair1 = argV[i];
158 +
159 +          i++;
160 +          if( i>=argC ){
161 +            fprintf( stderr,
162 +                     "\n"
163 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
164 +            usage();
165 +            exit(0);
166 +          }      
167 +          pair2 = argV[i];
168 +
169 +        }
170 +
171 +        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
172 +          
173 +          printf("\n"
174 +                 "tcProps version %d.%d\n"
175 +                 "\n",
176 +                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
177 +          exit(0);
178 +          
179 +        }
180 +
181 +        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
182 +          
183 +          usage();
184 +          exit(0);
185 +        }
186 +        
187 +        // anything else is an error
188 +
189 +        else{
190 +          fprintf( stderr,
191 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
192 +          usage();
193 +          exit(0);
194 +        }
195 +      }
196 +      
197 +      else{
198 +        
199 +        // parse single character options
200 +        
201 +        done =0;
202 +        j = 1;
203 +        currentFlag = argV[i][j];
204 +        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
205 +          
206 +          switch(currentFlag){
207 +
208 +          case 'o':
209 +            // -o <prefix> => the output prefix.
210 +
211 +            j++;
212 +            currentFlag = argV[i][j];
213 +              
214 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
215 +            
216 +            if( optionError ){
217 +              fprintf( stderr,
218 +                       "\n"
219 +                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
220 +                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
221 +              usage();
222 +              exit(0);
223 +            }
224 +              
225 +            i++;
226 +            if( i>=argC ){
227 +              fprintf( stderr,
228 +                       "\n"
229 +                       "not enough arguments for -o\n");
230 +              usage();
231 +              exit(0);
232 +            }    
233 +            
234 +            outPrefix = argV[i];
235 +            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
236 +                
237 +            if( optionError ){
238 +              fprintf( stderr,
239 +                       "\n"
240 +                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
241 +                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
242 +                       outPrefix );
243 +              usage();
244 +              exit(0);
245 +            }
246 +            
247 +            havePrefix = 1;
248 +            done = 1;
249 +            break;
250 +
251 +          case 'l':
252 +            // -l <double>    set <double> to the maxLength
253 +
254 +            haveMaxLength = 1;
255 +            j++;
256 +            currentFlag = argV[i][j];
257 +              
258 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
259 +            
260 +            if( optionError ){
261 +              fprintf( stderr,
262 +                       "\n"
263 +                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
264 +                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
265 +              usage();
266 +              exit(0);
267 +            }
268 +
269 +            i++;
270 +            if( i>=argC ){
271 +              fprintf( stderr,
272 +                       "\n"
273 +                       "not enough arguments for -l\n");
274 +              usage();
275 +              exit(0);
276 +            }    
277 +
278 +            maxLength = atof( argV[i] );
279 +            
280 +            done = 1;
281  
282 +            break;
283  
284 +          case 't':
285 +            // -t <double>    set <double> to the startTime
286 +
287 +            j++;
288 +            currentFlag = argV[i][j];
289 +              
290 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
291 +            
292 +            if( optionError ){
293 +              fprintf( stderr,
294 +                       "\n"
295 +                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
296 +                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
297 +              usage();
298 +              exit(0);
299 +            }
300 +
301 +            i++;
302 +            if( i>=argC ){
303 +              fprintf( stderr,
304 +                       "\n"
305 +                       "not enough arguments for -t\n");
306 +              usage();
307 +              exit(0);
308 +            }    
309 +
310 +            startTime = atof( argV[i] );
311 +            done = 1;
312 +            break;
313 +
314 +          case 's':
315 +            // -s turn on Scd corr
316 +
317 +            scdCorr = 1;
318 +            break;
319 +
320 +          case 'h':
321 +            // -h turn on director head
322 +
323 +            directorHead = 1;
324 +            break;
325 +
326 +          case 'w':
327 +            // -w turn on director head
328 +
329 +            directorWhole = 1;
330 +            break;
331 +
332 +          case 'g':
333 +            // -g turn on gofZ
334 +
335 +            doGofz = 1;
336 +            break;
337 +
338 +          case 'v':
339 +            // -v turn on average XY
340 +
341 +            doAvgXY = 1;
342 +            break;
343 +
344 +
345 +          default:
346 +
347 +            fprintf( stderr,
348 +                    "\n"
349 +                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
350 +            usage();
351 +            exit(0);
352 +          }
353 +          j++;
354 +          currentFlag = argV[i][j];
355 +        }
356 +      }
357 +    }
358 +
359 +    else{
360 +      
361 +      if( inName != NULL ){
362 +        fprintf( stderr,
363 +                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
364 +                 "more than one input dump file.\n"
365 +                 "\n",
366 +                 argV[i]);
367 +        usage();
368 +        exit(0);
369 +      }
370 +      
371 +      inName = argV[i];
372 +      
373 +    }
374 +  }  
375 +  
376 +  if( inName == NULL ){
377 +    fprintf( stderr,
378 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
379 +    usage();
380 +    exit(0);
381 +  }
382 +
383 +  if( outPrefix == NULL )
384 +    outPrefix = inName;
385 +
386 +
387    // initialize the arrays
388  
389    for(i=0;i<nLipids;i++){
390  
391      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
392 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
393      atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
394      atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
395      atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
396      
397 +    
398  
399      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
400 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
401  
402      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
403 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
404  
405      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
406 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
407  
408      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
409 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
410  
411      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
412 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
413  
414      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
415 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
416  
417      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
418 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
419  
420      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
421 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
422  
423      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
424 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
425  
426      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
427 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
428  
429      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
430 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
431  
432      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
433 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
434  
435 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
435 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
436 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
437  
438      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
439 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
440    
441      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
442 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
443    
444      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
445 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
446    
447      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
448 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
449    
450      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
451 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
452    }
453    
454    for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
455      atoms[i].type = SSD;
456 +    atoms[i].mass = 18.03;
457      atoms[i].u[0] = 0.0;
458      atoms[i].u[1] = 0.0;
459      atoms[i].u[2] = 1.0;
# Line 90 | Line 461 | int main( int argC, char *argV[] ){
461  
462    // read and set the frames
463    
464 <  setFrames( inName );
464 >  openFile();
465 >
466 >  fprintf( stdout,
467 >           "\n"
468 >           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
469 >           inName );
470 >  fflush(stdout);
471 >
472 >  setFrames();
473    
474 +  fprintf( stdout,
475 +           "done.\n"
476 +           "nFrames = %d.\n",
477 +           nFrames );
478 +  fflush(stdout);
479 +
480 +  if(scdCorr){
481 +
482 +    fprintf ( stdout,
483 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
484 +    fflush( stdout );
485 +    
486 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
487 +  }
488 +
489 +  if(directorHead){
490 +
491 +    fprintf ( stdout,
492 +              "Calculating the Head director\n" );
493 +    fflush( stdout );
494 +    
495 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
496 +  }
497 +
498 +  if(directorWhole){
499 +
500 +    fprintf ( stdout,
501 +              "Calculating the bilayer director\n" );
502 +    fflush( stdout );
503 +    
504 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
505 +  }
506 +
507 +  if(doRMSD){
508 +
509 +    fprintf ( stdout,
510 +              "Calculating the RMSD\n" );
511 +    fflush( stdout );
512 +    
513 +    rmsd( rmsdType, startTime, outPrefix, rmsdName );
514 +  }
515 +
516 +  if(doGofz){
517 +
518 +    fprintf ( stdout,
519 +              "Calculating the gofZ\n" );
520 +    fflush( stdout );
521 +    
522 +    calcGofz( startTime, atoms, outPrefix );
523 +  }
524 +
525 +  if(doAvgXY){
526 +
527 +    fprintf ( stdout,
528 +              "Calculating the average XY\n" );
529 +    fflush( stdout );
530 +    
531 +    avgXY = calcAverageXY( startTime );
532 +    
533 +    fprintf ( stdout,
534 +              "Done, average XY = %6G\n", avgXY );
535 +    fflush( stdout );
536 +    
537 +  }
538 +  
539 +
540 +  closeFile();
541 +
542 + }
543 +
544 +
545 + /***************************************************************************
546 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
547 + ***************************************************************************/
548 +
549 + void usage(){
550 +  (void)fprintf(stdout,
551 +                "\n"
552 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
553 +                "\n"
554 +                "Options:\n"
555 +                "\n"
556 +                "   short:\n"
557 +                "   ------\n"
558 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
559 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
560 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
561 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
562 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
563 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
564 +                "   -w              Calculate the director from the bilayers\n"
565 +                "   -g              Calculate the gofz profile\n"
566 +                "\n"
567 +                "   long:\n"
568 +                "   -----\n"
569 +                "   --rmsd <atom1>                 rmsd for atom1\n"
570 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
571 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
572 +                "   --version                      displays the version number\n"
573 +                "   --help                         displays this help message.\n"
574 +                
575 +                "\n"
576 +                "\n",
577 +                programName);
578 + }

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