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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1052 by mmeineke, Fri Feb 13 22:13:06 2004 UTC vs.
Revision 1073 by mmeineke, Sat Feb 28 16:45:57 2004 UTC

# Line 2 | Line 2
2  
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10   #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13 + #include "directorWhole.h"
14 + #include "rmsd.h"
15  
16  
17 + #define VERSION_MAJOR 0
18 + #define VERSION_MINOR 1
19 +
20 + char *programName; /*the name of the program */
21 + void usage(void);
22 +
23   int main( int argC, char *argV[] ){
24  
25    // list of 'a priori' constants
26  
27 <  const int nLipAtoms = 19;
28 <  const int nBonds = 18;
29 <  const int nLipids = NLIPIDS;
30 <  const int nSSD = NSSD;
31 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
27 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
28 >  const int nBonds    = NBONDS;
29 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
30 >  const int nSSD      = NSSD;
31 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
32  
33    // different needed variables
34    
35    struct atomCoord atoms[nAtoms];
36    int i,j,k;
37 <  char* inName;
38 <  int nFrames;
37 >  
38 >  char* outPrefix; // the output prefix
39 >  char currentFlag; // used in parsing the flags
40 >  int done = 0; // multipurpose boolean
41 >  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
42 >  int haveMaxLength;
43 >  char* conversionCheck;
44 >  int conversionError;
45 >  int optionError;
46 >  char* pair1;
47 >  char* pair2;
48 >  int scdCorr;
49 >  double startTime;
50 >  double maxLength;
51 >  int directorHead, directorWhole, doRMSD;
52 >  enum atomNames rmsdType;
53  
54    // system initialization
55    
56    isScanned = 0;
57 +  fileOpen = 0;
58 +  nFrames = 0;
59 +  frameTimes = NULL;
60  
61 +  outPrefix = NULL;
62 +  inName = NULL;
63 +  
64 +  haveMaxLength = 0;
65 +  conversionError = 0;
66 +  optionError = 0;
67 +  havePrefix = 0;
68 +  scdCorr = 0;
69 +  startTime = 0.0;
70 +  directorHead = 0;
71 +  directorWhole = 0;
72 +  doRMSD = 0;
73 +  
74  
75 +  // parse the command line
76 +
77 +  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
78 +
79 +  for( i = 1; i < argC; i++){
80 +    
81 +    if(argV[i][0] =='-'){
82 +
83 +      // parse the option
84 +      
85 +      if(argV[i][1] == '-' ){
86 +
87 +        // parse long word options
88 +        
89 +        if( !strcmp( argV[i], "--rmsd" ) ){
90 +
91 +          doRMSD = 1;
92 +          i++;
93 +          if( i>=argC ){
94 +            fprintf( stderr,
95 +                     "\n"
96 +                     "not enough arguments for --rmsd\n");
97 +            usage();
98 +            exit(0);
99 +          }      
100 +          pair1 = argV[i];
101 +
102 +          if( !strcmp(pair1, "HEAD") )    rmsdType = HEAD;
103 +          else if( !strcmp(pair1, "CH") ) rmsdType = CH;
104 +          else if( !strcmp(pair1, "CH2") )rmsdType = CH2;
105 +          else if( !strcmp(pair1, "CH3") )rmsdType = CH3;
106 +          else if( !strcmp(pair1, "SSD") )rmsdType = SSD;
107 +          else if( !strcmp(pair1, "COM") )rmsdType = COM;
108 +          else{
109 +            fprintf( stderr,
110 +                     "Unrecognized rmsd atom type \"%s\"\n",
111 +                     pair1 );
112 +            exit(0);
113 +          }
114 +
115 +        }
116 +
117 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
118 +          
119 +          i++;
120 +          if( i>=argC ){
121 +            fprintf( stderr,
122 +                     "\n"
123 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
124 +            usage();
125 +            exit(0);
126 +          }      
127 +          pair1 = argV[i];
128 +
129 +          i++;
130 +          if( i>=argC ){
131 +            fprintf( stderr,
132 +                     "\n"
133 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
134 +            usage();
135 +            exit(0);
136 +          }      
137 +          pair2 = argV[i];
138 +
139 +        }
140 +
141 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
142 +          
143 +          i++;
144 +          if( i>=argC ){
145 +            fprintf( stderr,
146 +                     "\n"
147 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
148 +            usage();
149 +            exit(0);
150 +          }      
151 +          pair1 = argV[i];
152 +
153 +          i++;
154 +          if( i>=argC ){
155 +            fprintf( stderr,
156 +                     "\n"
157 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
158 +            usage();
159 +            exit(0);
160 +          }      
161 +          pair2 = argV[i];
162 +
163 +        }
164 +
165 +        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
166 +          
167 +          printf("\n"
168 +                 "tcProps version %d.%d\n"
169 +                 "\n",
170 +                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
171 +          exit(0);
172 +          
173 +        }
174 +
175 +        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
176 +          
177 +          usage();
178 +          exit(0);
179 +        }
180 +        
181 +        // anything else is an error
182 +
183 +        else{
184 +          fprintf( stderr,
185 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
186 +          usage();
187 +          exit(0);
188 +        }
189 +      }
190 +      
191 +      else{
192 +        
193 +        // parse single character options
194 +        
195 +        done =0;
196 +        j = 1;
197 +        currentFlag = argV[i][j];
198 +        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
199 +          
200 +          switch(currentFlag){
201 +
202 +          case 'o':
203 +            // -o <prefix> => the output prefix.
204 +
205 +            j++;
206 +            currentFlag = argV[i][j];
207 +              
208 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
209 +            
210 +            if( optionError ){
211 +              fprintf( stderr,
212 +                       "\n"
213 +                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
214 +                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
215 +              usage();
216 +              exit(0);
217 +            }
218 +              
219 +            i++;
220 +            if( i>=argC ){
221 +              fprintf( stderr,
222 +                       "\n"
223 +                       "not enough arguments for -o\n");
224 +              usage();
225 +              exit(0);
226 +            }    
227 +            
228 +            outPrefix = argV[i];
229 +            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
230 +                
231 +            if( optionError ){
232 +              fprintf( stderr,
233 +                       "\n"
234 +                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
235 +                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
236 +                       outPrefix );
237 +              usage();
238 +              exit(0);
239 +            }
240 +            
241 +            havePrefix = 1;
242 +            done = 1;
243 +            break;
244 +
245 +          case 'l':
246 +            // -l <double>    set <double> to the maxLength
247 +
248 +            haveMaxLength = 1;
249 +            j++;
250 +            currentFlag = argV[i][j];
251 +              
252 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
253 +            
254 +            if( optionError ){
255 +              fprintf( stderr,
256 +                       "\n"
257 +                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
258 +                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
259 +              usage();
260 +              exit(0);
261 +            }
262 +
263 +            i++;
264 +            if( i>=argC ){
265 +              fprintf( stderr,
266 +                       "\n"
267 +                       "not enough arguments for -l\n");
268 +              usage();
269 +              exit(0);
270 +            }    
271 +
272 +            maxLength = atof( argV[i] );
273 +            
274 +            done = 1;
275 +
276 +            break;
277 +
278 +          case 't':
279 +            // -t <double>    set <double> to the startTime
280 +
281 +            j++;
282 +            currentFlag = argV[i][j];
283 +              
284 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
285 +            
286 +            if( optionError ){
287 +              fprintf( stderr,
288 +                       "\n"
289 +                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
290 +                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
291 +              usage();
292 +              exit(0);
293 +            }
294 +
295 +            i++;
296 +            if( i>=argC ){
297 +              fprintf( stderr,
298 +                       "\n"
299 +                       "not enough arguments for -t\n");
300 +              usage();
301 +              exit(0);
302 +            }    
303 +
304 +            startTime = atof( argV[i] );
305 +            done = 1;
306 +            break;
307 +
308 +          case 's':
309 +            // -s turn on Scd corr
310 +
311 +            scdCorr = 1;
312 +            break;
313 +
314 +          case 'h':
315 +            // -h turn on director head
316 +
317 +            directorHead = 1;
318 +            break;
319 +
320 +          case 'w':
321 +            // -h turn on director head
322 +
323 +            directorWhole = 1;
324 +            break;
325 +
326 +
327 +          default:
328 +
329 +            fprintf( stderr,
330 +                    "\n"
331 +                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
332 +            usage();
333 +            exit(0);
334 +          }
335 +          j++;
336 +          currentFlag = argV[i][j];
337 +        }
338 +      }
339 +    }
340 +
341 +    else{
342 +      
343 +      if( inName != NULL ){
344 +        fprintf( stderr,
345 +                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
346 +                 "more than one input dump file.\n"
347 +                 "\n",
348 +                 argV[i]);
349 +        usage();
350 +        exit(0);
351 +      }
352 +      
353 +      inName = argV[i];
354 +      
355 +    }
356 +  }  
357 +  
358 +  if( inName == NULL ){
359 +    fprintf( stderr,
360 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
361 +    usage();
362 +    exit(0);
363 +  }
364 +
365 +  if( outPrefix == NULL )
366 +    outPrefix = inName;
367 +
368 +
369    // initialize the arrays
370  
371    for(i=0;i<nLipids;i++){
372  
373      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
374 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
375      atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
376      atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
377      atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
378      
379 +    
380  
381      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
382 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
383  
384      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
385 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
386  
387      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
388 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
389  
390      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
391 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
392  
393      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
394 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
395  
396      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
397 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
398  
399      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
400 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
401  
402      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
403 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
404  
405      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
406 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
407  
408      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
409 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
410  
411      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
412 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
413  
414      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
415 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
416  
417 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
417 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
418 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
419  
420      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
421 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
422    
423      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
424 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
425    
426      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
427 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
428    
429      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
430 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
431    
432      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
433 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
434    }
435    
436    for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
437      atoms[i].type = SSD;
438 +    atoms[i].mass = 18.03;
439      atoms[i].u[0] = 0.0;
440      atoms[i].u[1] = 0.0;
441      atoms[i].u[2] = 1.0;
# Line 87 | Line 443 | int main( int argC, char *argV[] ){
443  
444    // read and set the frames
445    
446 <  nFrames = setFrames( inName );
446 >  openFile();
447 >
448 >  fprintf( stdout,
449 >           "\n"
450 >           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
451 >           inName );
452 >  fflush(stdout);
453 >
454 >  setFrames();
455    
456 +  fprintf( stdout,
457 +           "done.\n"
458 +           "nFrames = %d.\n",
459 +           nFrames );
460 +  fflush(stdout);
461 +
462 +  if(scdCorr){
463 +
464 +    fprintf ( stdout,
465 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
466 +    fflush( stdout );
467 +    
468 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
469 +  }
470 +
471 +  if(directorHead){
472 +
473 +    fprintf ( stdout,
474 +              "Calculating the Head director\n" );
475 +    fflush( stdout );
476 +    
477 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
478 +  }
479 +
480 +  if(directorWhole){
481 +
482 +    fprintf ( stdout,
483 +              "Calculating the bilayer director\n" );
484 +    fflush( stdout );
485 +    
486 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
487 +  }
488 +
489 +  if(doRMSD){
490 +
491 +    fprintf ( stdout,
492 +              "Calculating the RMSD\n" );
493 +    fflush( stdout );
494 +    
495 +    rmsd( rmsdType, startTime, outPrefix );
496 +  }
497 +  
498 +
499 +  closeFile();
500 +
501 + }
502 +
503 +
504 + /***************************************************************************
505 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
506 + ***************************************************************************/
507 +
508 + void usage(){
509 +  (void)fprintf(stdout,
510 +                "\n"
511 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
512 +                "\n"
513 +                "Options:\n"
514 +                "\n"
515 +                "   short:\n"
516 +                "   ------\n"
517 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
518 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
519 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
520 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
521 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
522 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
523 +                "   -w              Calculate the director fro the bilayers\n"
524 +                "\n"
525 +                "   long:\n"
526 +                "   -----\n"
527 +                "   --rmsd <atom1>                 rmsd for atom1\n"
528 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
529 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
530 +                "   --version                      displays the version number\n"
531 +                "   --help                         displays this help message.\n"
532 +                
533 +                "\n"
534 +                "\n",
535 +                programName);
536 + }

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+ Added lines
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> Changed lines