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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1052 by mmeineke, Fri Feb 13 22:13:06 2004 UTC vs.
Revision 1067 by mmeineke, Tue Feb 24 17:13:06 2004 UTC

# Line 2 | Line 2
2  
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10   #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13 + #include "directorWhole.h"
14  
15  
16 + #define VERSION_MAJOR 0
17 + #define VERSION_MINOR 1
18 +
19 + char *programName; /*the name of the program */
20 + void usage(void);
21 +
22   int main( int argC, char *argV[] ){
23  
24    // list of 'a priori' constants
25  
26 <  const int nLipAtoms = 19;
27 <  const int nBonds = 18;
28 <  const int nLipids = NLIPIDS;
29 <  const int nSSD = NSSD;
30 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
26 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
27 >  const int nBonds    = NBONDS;
28 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
29 >  const int nSSD      = NSSD;
30 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
31  
32    // different needed variables
33    
34    struct atomCoord atoms[nAtoms];
35    int i,j,k;
36 <  char* inName;
37 <  int nFrames;
36 >  
37 >  char* outPrefix; // the output prefix
38 >  char currentFlag; // used in parsing the flags
39 >  int done = 0; // multipurpose boolean
40 >  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
41 >  int haveMaxLength;
42 >  char* conversionCheck;
43 >  int conversionError;
44 >  int optionError;
45 >  char* pair1;
46 >  char* pair2;
47 >  int scdCorr;
48 >  double startTime;
49 >  double maxLength;
50 >  int directorHead, directorWhole;
51  
52    // system initialization
53    
54    isScanned = 0;
55 +  fileOpen = 0;
56 +  nFrames = 0;
57 +  frameTimes = NULL;
58  
59 +  outPrefix = NULL;
60 +  inName = NULL;
61 +  
62 +  haveMaxLength = 0;
63 +  conversionError = 0;
64 +  optionError = 0;
65 +  havePrefix = 0;
66 +  scdCorr = 0;
67 +  startTime = 0.0;
68 +  directorHead = 0;
69 +  directorWhole = 0;
70 +  
71  
72 +  // parse the command line
73 +
74 +  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
75 +
76 +  for( i = 1; i < argC; i++){
77 +    
78 +    if(argV[i][0] =='-'){
79 +
80 +      // parse the option
81 +      
82 +      if(argV[i][1] == '-' ){
83 +
84 +        // parse long word options
85 +        
86 +        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){
87 +
88 +          i++;
89 +          if( i>=argC ){
90 +            fprintf( stderr,
91 +                     "\n"
92 +                     "not enough arguments for --gofr\n");
93 +            usage();
94 +            exit(0);
95 +          }      
96 +          pair1 = argV[i];
97 +
98 +          i++;
99 +          if( i>=argC ){
100 +            fprintf( stderr,
101 +                     "\n"
102 +                     "not enough arguments for --gofr\n");
103 +            usage();
104 +            exit(0);
105 +          }      
106 +          pair2 = argV[i];
107 +
108 +        }
109 +
110 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
111 +          
112 +          i++;
113 +          if( i>=argC ){
114 +            fprintf( stderr,
115 +                     "\n"
116 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
117 +            usage();
118 +            exit(0);
119 +          }      
120 +          pair1 = argV[i];
121 +
122 +          i++;
123 +          if( i>=argC ){
124 +            fprintf( stderr,
125 +                     "\n"
126 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
127 +            usage();
128 +            exit(0);
129 +          }      
130 +          pair2 = argV[i];
131 +
132 +        }
133 +
134 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
135 +          
136 +          i++;
137 +          if( i>=argC ){
138 +            fprintf( stderr,
139 +                     "\n"
140 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
141 +            usage();
142 +            exit(0);
143 +          }      
144 +          pair1 = argV[i];
145 +
146 +          i++;
147 +          if( i>=argC ){
148 +            fprintf( stderr,
149 +                     "\n"
150 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
151 +            usage();
152 +            exit(0);
153 +          }      
154 +          pair2 = argV[i];
155 +
156 +        }
157 +
158 +        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
159 +          
160 +          printf("\n"
161 +                 "tcProps version %d.%d\n"
162 +                 "\n",
163 +                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
164 +          exit(0);
165 +          
166 +        }
167 +
168 +        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
169 +          
170 +          usage();
171 +          exit(0);
172 +        }
173 +        
174 +        // anything else is an error
175 +
176 +        else{
177 +          fprintf( stderr,
178 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
179 +          usage();
180 +          exit(0);
181 +        }
182 +      }
183 +      
184 +      else{
185 +        
186 +        // parse single character options
187 +        
188 +        done =0;
189 +        j = 1;
190 +        currentFlag = argV[i][j];
191 +        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
192 +          
193 +          switch(currentFlag){
194 +
195 +          case 'o':
196 +            // -o <prefix> => the output prefix.
197 +
198 +            j++;
199 +            currentFlag = argV[i][j];
200 +              
201 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
202 +            
203 +            if( optionError ){
204 +              fprintf( stderr,
205 +                       "\n"
206 +                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
207 +                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
208 +              usage();
209 +              exit(0);
210 +            }
211 +              
212 +            i++;
213 +            if( i>=argC ){
214 +              fprintf( stderr,
215 +                       "\n"
216 +                       "not enough arguments for -o\n");
217 +              usage();
218 +              exit(0);
219 +            }    
220 +            
221 +            outPrefix = argV[i];
222 +            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
223 +                
224 +            if( optionError ){
225 +              fprintf( stderr,
226 +                       "\n"
227 +                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
228 +                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
229 +                       outPrefix );
230 +              usage();
231 +              exit(0);
232 +            }
233 +            
234 +            havePrefix = 1;
235 +            done = 1;
236 +            break;
237 +
238 +          case 'l':
239 +            // -l <double>    set <double> to the maxLength
240 +
241 +            haveMaxLength = 1;
242 +            j++;
243 +            currentFlag = argV[i][j];
244 +              
245 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
246 +            
247 +            if( optionError ){
248 +              fprintf( stderr,
249 +                       "\n"
250 +                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
251 +                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
252 +              usage();
253 +              exit(0);
254 +            }
255 +
256 +            i++;
257 +            if( i>=argC ){
258 +              fprintf( stderr,
259 +                       "\n"
260 +                       "not enough arguments for -l\n");
261 +              usage();
262 +              exit(0);
263 +            }    
264 +
265 +            maxLength = atof( argV[i] );
266 +            
267 +            done = 1;
268 +
269 +            break;
270 +
271 +          case 't':
272 +            // -t <double>    set <double> to the startTime
273 +
274 +            j++;
275 +            currentFlag = argV[i][j];
276 +              
277 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
278 +            
279 +            if( optionError ){
280 +              fprintf( stderr,
281 +                       "\n"
282 +                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
283 +                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
284 +              usage();
285 +              exit(0);
286 +            }
287 +
288 +            i++;
289 +            if( i>=argC ){
290 +              fprintf( stderr,
291 +                       "\n"
292 +                       "not enough arguments for -t\n");
293 +              usage();
294 +              exit(0);
295 +            }    
296 +
297 +            startTime = atof( argV[i] );
298 +            done = 1;
299 +            break;
300 +
301 +          case 's':
302 +            // -s turn on Scd corr
303 +
304 +            scdCorr = 1;
305 +            break;
306 +
307 +          case 'h':
308 +            // -h turn on director head
309 +
310 +            directorHead = 1;
311 +            break;
312 +
313 +          case 'w':
314 +            // -h turn on director head
315 +
316 +            directorWhole = 1;
317 +            break;
318 +
319 +
320 +          default:
321 +
322 +            fprintf( stderr,
323 +                    "\n"
324 +                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
325 +            usage();
326 +            exit(0);
327 +          }
328 +          j++;
329 +          currentFlag = argV[i][j];
330 +        }
331 +      }
332 +    }
333 +
334 +    else{
335 +      
336 +      if( inName != NULL ){
337 +        fprintf( stderr,
338 +                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
339 +                 "more than one input dump file.\n"
340 +                 "\n",
341 +                 argV[i]);
342 +        usage();
343 +        exit(0);
344 +      }
345 +      
346 +      inName = argV[i];
347 +      
348 +    }
349 +  }  
350 +  
351 +  if( inName == NULL ){
352 +    fprintf( stderr,
353 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
354 +    usage();
355 +    exit(0);
356 +  }
357 +
358 +  if( outPrefix == NULL )
359 +    outPrefix = inName;
360 +
361 +
362    // initialize the arrays
363  
364    for(i=0;i<nLipids;i++){
365  
366      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
367 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
368      atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
369      atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
370      atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
371      
372 +    
373  
374      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
375 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
376  
377      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
378 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
379  
380      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
381 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
382  
383      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
384 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
385  
386      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
387 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
388  
389      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
390 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
391  
392      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
393 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
394  
395      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
396 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
397  
398      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
399 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
400  
401      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
402 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
403  
404      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
405 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
406  
407      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
408 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
409  
410 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
410 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
411 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
412  
413      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
414 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
415    
416      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
417 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
418    
419      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
420 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
421    
422      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
423 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
424    
425      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
426 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
427    }
428    
429    for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
430      atoms[i].type = SSD;
431 +    atoms[i].mass = 18.03;
432      atoms[i].u[0] = 0.0;
433      atoms[i].u[1] = 0.0;
434      atoms[i].u[2] = 1.0;
# Line 87 | Line 436 | int main( int argC, char *argV[] ){
436  
437    // read and set the frames
438    
439 <  nFrames = setFrames( inName );
439 >  openFile();
440 >
441 >  fprintf( stdout,
442 >           "\n"
443 >           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
444 >           inName );
445 >  fflush(stdout);
446 >
447 >  setFrames();
448    
449 +  fprintf( stdout,
450 +           "done.\n"
451 +           "nFrames = %d.\n",
452 +           nFrames );
453 +  fflush(stdout);
454 +
455 +  if(scdCorr){
456 +
457 +    fprintf ( stdout,
458 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
459 +    fflush( stdout );
460 +    
461 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
462 +  }
463 +
464 +  if(directorHead){
465 +
466 +    fprintf ( stdout,
467 +              "Calculating the Head director\n" );
468 +    fflush( stdout );
469 +    
470 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
471 +  }
472 +
473 +  if(directorWhole){
474 +
475 +    fprintf ( stdout,
476 +              "Calculating the bilayer director\n" );
477 +    fflush( stdout );
478 +    
479 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
480 +  }
481 +  
482 +
483 +  closeFile();
484 +
485 + }
486 +
487 +
488 + /***************************************************************************
489 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
490 + ***************************************************************************/
491 +
492 + void usage(){
493 +  (void)fprintf(stdout,
494 +                "\n"
495 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
496 +                "\n"
497 +                "Options:\n"
498 +                "\n"
499 +                "   short:\n"
500 +                "   ------\n"
501 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
502 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
503 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
504 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
505 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
506 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
507 +                "   -w              Calculate the director fro the bilayers\n"
508 +                "\n"
509 +                "   long:\n"
510 +                "   -----\n"
511 +                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n"
512 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
513 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
514 +                "   --version                      displays the version number\n"
515 +                "   --help                         displays this help message.\n"
516 +                
517 +                "\n"
518 +                "\n",
519 +                programName);
520 + }

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines