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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1049 by mmeineke, Wed Feb 11 21:55:56 2004 UTC vs.
Revision 1067 by mmeineke, Tue Feb 24 17:13:06 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 +
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10 + #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13 + #include "directorWhole.h"
14  
15  
16 + #define VERSION_MAJOR 0
17 + #define VERSION_MINOR 1
18 +
19 + char *programName; /*the name of the program */
20 + void usage(void);
21 +
22   int main( int argC, char *argV[] ){
23  
24    // list of 'a priori' constants
25  
26 <  const int nLipAtoms = 19;
27 <  const int nBonds = 18;
28 <  const int nLipids = NLIPIDS;
29 <  const int nSSD = NSSD;
30 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
26 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
27 >  const int nBonds    = NBONDS;
28 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
29 >  const int nSSD      = NSSD;
30 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
31 >
32 >  // different needed variables
33    
34    struct atomCoord atoms[nAtoms];
35 +  int i,j,k;
36 +  
37 +  char* outPrefix; // the output prefix
38 +  char currentFlag; // used in parsing the flags
39 +  int done = 0; // multipurpose boolean
40 +  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
41 +  int haveMaxLength;
42 +  char* conversionCheck;
43 +  int conversionError;
44 +  int optionError;
45 +  char* pair1;
46 +  char* pair2;
47 +  int scdCorr;
48 +  double startTime;
49 +  double maxLength;
50 +  int directorHead, directorWhole;
51  
52 +  // system initialization
53    
54 +  isScanned = 0;
55 +  fileOpen = 0;
56 +  nFrames = 0;
57 +  frameTimes = NULL;
58  
59 <  int i,j,k;
59 >  outPrefix = NULL;
60 >  inName = NULL;
61 >  
62 >  haveMaxLength = 0;
63 >  conversionError = 0;
64 >  optionError = 0;
65 >  havePrefix = 0;
66 >  scdCorr = 0;
67 >  startTime = 0.0;
68 >  directorHead = 0;
69 >  directorWhole = 0;
70 >  
71 >
72 >  // parse the command line
73 >
74 >  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
75 >
76 >  for( i = 1; i < argC; i++){
77 >    
78 >    if(argV[i][0] =='-'){
79 >
80 >      // parse the option
81 >      
82 >      if(argV[i][1] == '-' ){
83 >
84 >        // parse long word options
85 >        
86 >        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){
87 >
88 >          i++;
89 >          if( i>=argC ){
90 >            fprintf( stderr,
91 >                     "\n"
92 >                     "not enough arguments for --gofr\n");
93 >            usage();
94 >            exit(0);
95 >          }      
96 >          pair1 = argV[i];
97 >
98 >          i++;
99 >          if( i>=argC ){
100 >            fprintf( stderr,
101 >                     "\n"
102 >                     "not enough arguments for --gofr\n");
103 >            usage();
104 >            exit(0);
105 >          }      
106 >          pair2 = argV[i];
107 >
108 >        }
109 >
110 >        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
111 >          
112 >          i++;
113 >          if( i>=argC ){
114 >            fprintf( stderr,
115 >                     "\n"
116 >                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
117 >            usage();
118 >            exit(0);
119 >          }      
120 >          pair1 = argV[i];
121 >
122 >          i++;
123 >          if( i>=argC ){
124 >            fprintf( stderr,
125 >                     "\n"
126 >                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
127 >            usage();
128 >            exit(0);
129 >          }      
130 >          pair2 = argV[i];
131 >
132 >        }
133 >
134 >        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
135 >          
136 >          i++;
137 >          if( i>=argC ){
138 >            fprintf( stderr,
139 >                     "\n"
140 >                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
141 >            usage();
142 >            exit(0);
143 >          }      
144 >          pair1 = argV[i];
145 >
146 >          i++;
147 >          if( i>=argC ){
148 >            fprintf( stderr,
149 >                     "\n"
150 >                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
151 >            usage();
152 >            exit(0);
153 >          }      
154 >          pair2 = argV[i];
155 >
156 >        }
157 >
158 >        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
159 >          
160 >          printf("\n"
161 >                 "tcProps version %d.%d\n"
162 >                 "\n",
163 >                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
164 >          exit(0);
165 >          
166 >        }
167 >
168 >        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
169 >          
170 >          usage();
171 >          exit(0);
172 >        }
173 >        
174 >        // anything else is an error
175 >
176 >        else{
177 >          fprintf( stderr,
178 >                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
179 >          usage();
180 >          exit(0);
181 >        }
182 >      }
183 >      
184 >      else{
185 >        
186 >        // parse single character options
187 >        
188 >        done =0;
189 >        j = 1;
190 >        currentFlag = argV[i][j];
191 >        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
192 >          
193 >          switch(currentFlag){
194 >
195 >          case 'o':
196 >            // -o <prefix> => the output prefix.
197 >
198 >            j++;
199 >            currentFlag = argV[i][j];
200 >              
201 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
202 >            
203 >            if( optionError ){
204 >              fprintf( stderr,
205 >                       "\n"
206 >                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
207 >                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
208 >              usage();
209 >              exit(0);
210 >            }
211 >              
212 >            i++;
213 >            if( i>=argC ){
214 >              fprintf( stderr,
215 >                       "\n"
216 >                       "not enough arguments for -o\n");
217 >              usage();
218 >              exit(0);
219 >            }    
220 >            
221 >            outPrefix = argV[i];
222 >            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
223 >                
224 >            if( optionError ){
225 >              fprintf( stderr,
226 >                       "\n"
227 >                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
228 >                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
229 >                       outPrefix );
230 >              usage();
231 >              exit(0);
232 >            }
233 >            
234 >            havePrefix = 1;
235 >            done = 1;
236 >            break;
237 >
238 >          case 'l':
239 >            // -l <double>    set <double> to the maxLength
240 >
241 >            haveMaxLength = 1;
242 >            j++;
243 >            currentFlag = argV[i][j];
244 >              
245 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
246 >            
247 >            if( optionError ){
248 >              fprintf( stderr,
249 >                       "\n"
250 >                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
251 >                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
252 >              usage();
253 >              exit(0);
254 >            }
255 >
256 >            i++;
257 >            if( i>=argC ){
258 >              fprintf( stderr,
259 >                       "\n"
260 >                       "not enough arguments for -l\n");
261 >              usage();
262 >              exit(0);
263 >            }    
264 >
265 >            maxLength = atof( argV[i] );
266 >            
267 >            done = 1;
268 >
269 >            break;
270 >
271 >          case 't':
272 >            // -t <double>    set <double> to the startTime
273 >
274 >            j++;
275 >            currentFlag = argV[i][j];
276 >              
277 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
278 >            
279 >            if( optionError ){
280 >              fprintf( stderr,
281 >                       "\n"
282 >                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
283 >                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
284 >              usage();
285 >              exit(0);
286 >            }
287 >
288 >            i++;
289 >            if( i>=argC ){
290 >              fprintf( stderr,
291 >                       "\n"
292 >                       "not enough arguments for -t\n");
293 >              usage();
294 >              exit(0);
295 >            }    
296 >
297 >            startTime = atof( argV[i] );
298 >            done = 1;
299 >            break;
300 >
301 >          case 's':
302 >            // -s turn on Scd corr
303 >
304 >            scdCorr = 1;
305 >            break;
306 >
307 >          case 'h':
308 >            // -h turn on director head
309 >
310 >            directorHead = 1;
311 >            break;
312 >
313 >          case 'w':
314 >            // -h turn on director head
315 >
316 >            directorWhole = 1;
317 >            break;
318 >
319 >
320 >          default:
321 >
322 >            fprintf( stderr,
323 >                    "\n"
324 >                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
325 >            usage();
326 >            exit(0);
327 >          }
328 >          j++;
329 >          currentFlag = argV[i][j];
330 >        }
331 >      }
332 >    }
333 >
334 >    else{
335 >      
336 >      if( inName != NULL ){
337 >        fprintf( stderr,
338 >                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
339 >                 "more than one input dump file.\n"
340 >                 "\n",
341 >                 argV[i]);
342 >        usage();
343 >        exit(0);
344 >      }
345 >      
346 >      inName = argV[i];
347 >      
348 >    }
349 >  }  
350    
351 +  if( inName == NULL ){
352 +    fprintf( stderr,
353 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
354 +    usage();
355 +    exit(0);
356 +  }
357 +
358 +  if( outPrefix == NULL )
359 +    outPrefix = inName;
360 +
361 +
362    // initialize the arrays
363  
364    for(i=0;i<nLipids;i++){
365  
366      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
367 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
368 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
369 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
370 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
371 +    
372 +    
373  
374      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
375 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
376  
377      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
378 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
379  
380      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
381 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
382  
383      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
384 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
385  
386      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
387 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
388  
389      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
390 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
391  
392      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
393 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
394  
395      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
396 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
397  
398      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
399 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
400  
401      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
402 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
403  
404      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
405 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
406  
407      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
408 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
409  
410 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
410 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
411 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
412  
413      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
414 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
415    
416      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
417 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
418    
419      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
420 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
421    
422      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
423 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
424    
425      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
426 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
427    }
428    
429 <  for(i=;i<nAtoms;i++){
429 >  for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
430      atoms[i].type = SSD;
431 +    atoms[i].mass = 18.03;
432 +    atoms[i].u[0] = 0.0;
433 +    atoms[i].u[1] = 0.0;
434 +    atoms[i].u[2] = 1.0;
435    }
436 +
437 +  // read and set the frames
438 +  
439 +  openFile();
440 +
441 +  fprintf( stdout,
442 +           "\n"
443 +           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
444 +           inName );
445 +  fflush(stdout);
446 +
447 +  setFrames();
448 +  
449 +  fprintf( stdout,
450 +           "done.\n"
451 +           "nFrames = %d.\n",
452 +           nFrames );
453 +  fflush(stdout);
454 +
455 +  if(scdCorr){
456 +
457 +    fprintf ( stdout,
458 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
459 +    fflush( stdout );
460 +    
461 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
462 +  }
463 +
464 +  if(directorHead){
465 +
466 +    fprintf ( stdout,
467 +              "Calculating the Head director\n" );
468 +    fflush( stdout );
469 +    
470 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
471 +  }
472 +
473 +  if(directorWhole){
474 +
475 +    fprintf ( stdout,
476 +              "Calculating the bilayer director\n" );
477 +    fflush( stdout );
478 +    
479 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
480 +  }
481 +  
482 +
483 +  closeFile();
484 +
485 + }
486 +
487 +
488 + /***************************************************************************
489 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
490 + ***************************************************************************/
491 +
492 + void usage(){
493 +  (void)fprintf(stdout,
494 +                "\n"
495 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
496 +                "\n"
497 +                "Options:\n"
498 +                "\n"
499 +                "   short:\n"
500 +                "   ------\n"
501 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
502 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
503 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
504 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
505 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
506 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
507 +                "   -w              Calculate the director fro the bilayers\n"
508 +                "\n"
509 +                "   long:\n"
510 +                "   -----\n"
511 +                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n"
512 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
513 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
514 +                "   --version                      displays the version number\n"
515 +                "   --help                         displays this help message.\n"
516 +                
517 +                "\n"
518 +                "\n",
519 +                programName);
520 + }

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines