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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1049 by mmeineke, Wed Feb 11 21:55:56 2004 UTC vs.
Revision 1060 by mmeineke, Thu Feb 19 21:10:06 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 +
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10 + #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13  
14  
15 + #define VERSION_MAJOR 0
16 + #define VERSION_MINOR 1
17 +
18 + char *programName; /*the name of the program */
19 + void usage(void);
20 +
21   int main( int argC, char *argV[] ){
22  
23    // list of 'a priori' constants
24  
25 <  const int nLipAtoms = 19;
26 <  const int nBonds = 18;
27 <  const int nLipids = NLIPIDS;
28 <  const int nSSD = NSSD;
29 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
25 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
26 >  const int nBonds    = NBONDS;
27 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
28 >  const int nSSD      = NSSD;
29 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
30 >
31 >  // different needed variables
32    
33    struct atomCoord atoms[nAtoms];
34 +  int i,j,k;
35 +  
36 +  char* outPrefix; // the output prefix
37 +  char currentFlag; // used in parsing the flags
38 +  int done = 0; // multipurpose boolean
39 +  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
40 +  int haveMaxLength;
41 +  char* conversionCheck;
42 +  int conversionError;
43 +  int optionError;
44 +  char* pair1;
45 +  char* pair2;
46 +  int scdCorr;
47 +  double startTime;
48 +  double maxLength;
49 +  int directorHead;
50  
51 +  // system initialization
52    
53 +  isScanned = 0;
54 +  fileOpen = 0;
55 +  nFrames = 0;
56 +  frameTimes = NULL;
57  
58 <  int i,j,k;
58 >  outPrefix = NULL;
59 >  inName = NULL;
60 >  
61 >  haveMaxLength = 0;
62 >  conversionError = 0;
63 >  optionError = 0;
64 >  havePrefix = 0;
65 >  scdCorr = 0;
66 >  startTime = 0.0;
67 >  directorHead = 0;
68 >  
69 >
70 >  // parse the command line
71 >
72 >  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
73 >
74 >  for( i = 1; i < argC; i++){
75 >    
76 >    if(argV[i][0] =='-'){
77 >
78 >      // parse the option
79 >      
80 >      if(argV[i][1] == '-' ){
81 >
82 >        // parse long word options
83 >        
84 >        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){
85 >
86 >          i++;
87 >          if( i>=argC ){
88 >            fprintf( stderr,
89 >                     "\n"
90 >                     "not enough arguments for --gofr\n");
91 >            usage();
92 >            exit(0);
93 >          }      
94 >          pair1 = argV[i];
95 >
96 >          i++;
97 >          if( i>=argC ){
98 >            fprintf( stderr,
99 >                     "\n"
100 >                     "not enough arguments for --gofr\n");
101 >            usage();
102 >            exit(0);
103 >          }      
104 >          pair2 = argV[i];
105 >
106 >        }
107 >
108 >        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
109 >          
110 >          i++;
111 >          if( i>=argC ){
112 >            fprintf( stderr,
113 >                     "\n"
114 >                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
115 >            usage();
116 >            exit(0);
117 >          }      
118 >          pair1 = argV[i];
119 >
120 >          i++;
121 >          if( i>=argC ){
122 >            fprintf( stderr,
123 >                     "\n"
124 >                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
125 >            usage();
126 >            exit(0);
127 >          }      
128 >          pair2 = argV[i];
129 >
130 >        }
131 >
132 >        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
133 >          
134 >          i++;
135 >          if( i>=argC ){
136 >            fprintf( stderr,
137 >                     "\n"
138 >                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
139 >            usage();
140 >            exit(0);
141 >          }      
142 >          pair1 = argV[i];
143 >
144 >          i++;
145 >          if( i>=argC ){
146 >            fprintf( stderr,
147 >                     "\n"
148 >                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
149 >            usage();
150 >            exit(0);
151 >          }      
152 >          pair2 = argV[i];
153 >
154 >        }
155 >
156 >        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
157 >          
158 >          printf("\n"
159 >                 "tcProps version %d.%d\n"
160 >                 "\n",
161 >                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
162 >          exit(0);
163 >          
164 >        }
165 >
166 >        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
167 >          
168 >          usage();
169 >          exit(0);
170 >        }
171 >        
172 >        // anything else is an error
173 >
174 >        else{
175 >          fprintf( stderr,
176 >                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
177 >          usage();
178 >          exit(0);
179 >        }
180 >      }
181 >      
182 >      else{
183 >        
184 >        // parse single character options
185 >        
186 >        done =0;
187 >        j = 1;
188 >        currentFlag = argV[i][j];
189 >        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
190 >          
191 >          switch(currentFlag){
192 >
193 >          case 'o':
194 >            // -o <prefix> => the output prefix.
195 >
196 >            j++;
197 >            currentFlag = argV[i][j];
198 >              
199 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
200 >            
201 >            if( optionError ){
202 >              fprintf( stderr,
203 >                       "\n"
204 >                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
205 >                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
206 >              usage();
207 >              exit(0);
208 >            }
209 >              
210 >            i++;
211 >            if( i>=argC ){
212 >              fprintf( stderr,
213 >                       "\n"
214 >                       "not enough arguments for -o\n");
215 >              usage();
216 >              exit(0);
217 >            }    
218 >            
219 >            outPrefix = argV[i];
220 >            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
221 >                
222 >            if( optionError ){
223 >              fprintf( stderr,
224 >                       "\n"
225 >                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
226 >                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
227 >                       outPrefix );
228 >              usage();
229 >              exit(0);
230 >            }
231 >            
232 >            havePrefix = 1;
233 >            done = 1;
234 >            break;
235 >
236 >          case 'l':
237 >            // -l <double>    set <double> to the maxLength
238 >
239 >            haveMaxLength = 1;
240 >            j++;
241 >            currentFlag = argV[i][j];
242 >              
243 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
244 >            
245 >            if( optionError ){
246 >              fprintf( stderr,
247 >                       "\n"
248 >                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
249 >                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
250 >              usage();
251 >              exit(0);
252 >            }
253 >
254 >            i++;
255 >            if( i>=argC ){
256 >              fprintf( stderr,
257 >                       "\n"
258 >                       "not enough arguments for -l\n");
259 >              usage();
260 >              exit(0);
261 >            }    
262 >
263 >            maxLength = atof( argV[i] );
264 >            
265 >            done = 1;
266 >
267 >            break;
268 >
269 >          case 't':
270 >            // -t <double>    set <double> to the startTime
271 >
272 >            j++;
273 >            currentFlag = argV[i][j];
274 >              
275 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
276 >            
277 >            if( optionError ){
278 >              fprintf( stderr,
279 >                       "\n"
280 >                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
281 >                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
282 >              usage();
283 >              exit(0);
284 >            }
285 >
286 >            i++;
287 >            if( i>=argC ){
288 >              fprintf( stderr,
289 >                       "\n"
290 >                       "not enough arguments for -t\n");
291 >              usage();
292 >              exit(0);
293 >            }    
294 >
295 >            startTime = atof( argV[i] );
296 >            done = 1;
297 >            break;
298 >
299 >          case 's':
300 >            // -s turn on Scd corr
301 >
302 >            scdCorr = 1;
303 >            break;
304 >
305 >          case 'h':
306 >            // -h turn on director head
307 >
308 >            directorHead = 1;
309 >            break;
310 >
311 >
312 >          default:
313 >
314 >            fprintf( stderr,
315 >                    "\n"
316 >                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
317 >            usage();
318 >            exit(0);
319 >          }
320 >          j++;
321 >          currentFlag = argV[i][j];
322 >        }
323 >      }
324 >    }
325 >
326 >    else{
327 >      
328 >      if( inName != NULL ){
329 >        fprintf( stderr,
330 >                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
331 >                 "more than one input dump file.\n"
332 >                 "\n",
333 >                 argV[i]);
334 >        usage();
335 >        exit(0);
336 >      }
337 >      
338 >      inName = argV[i];
339 >      
340 >    }
341 >  }  
342    
343 +  if( inName == NULL ){
344 +    fprintf( stderr,
345 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
346 +    usage();
347 +    exit(0);
348 +  }
349 +
350 +  if( outPrefix == NULL )
351 +    outPrefix = inName;
352 +
353 +
354    // initialize the arrays
355  
356    for(i=0;i<nLipids;i++){
357  
358      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
359 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
360 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
361 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
362 +    
363  
364      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
365  
# Line 65 | Line 398 | int main( int argC, char *argV[] ){
398      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
399    }
400    
401 <  for(i=;i<nAtoms;i++){
401 >  for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
402      atoms[i].type = SSD;
403 +    atoms[i].u[0] = 0.0;
404 +    atoms[i].u[1] = 0.0;
405 +    atoms[i].u[2] = 1.0;
406    }
407 +
408 +  // read and set the frames
409 +  
410 +  openFile();
411 +
412 +  fprintf( stdout,
413 +           "\n"
414 +           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
415 +           inName );
416 +  fflush(stdout);
417 +
418 +  setFrames();
419 +  
420 +  fprintf( stdout,
421 +           "done.\n"
422 +           "nFrames = %d.\n",
423 +           nFrames );
424 +  fflush(stdout);
425 +
426 +  if(scdCorr){
427 +
428 +    fprintf ( stdout,
429 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
430 +    fflush( stdout );
431 +    
432 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
433 +  }
434 +
435 +  if(directorHead){
436 +
437 +    fprintf ( stdout,
438 +              "Calculating the Head director\n" );
439 +    fflush( stdout );
440 +    
441 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
442 +  }
443 +  
444 +
445 +  closeFile();
446 +
447 + }
448 +
449 +
450 + /***************************************************************************
451 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
452 + ***************************************************************************/
453 +
454 + void usage(){
455 +  (void)fprintf(stdout,
456 +                "\n"
457 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
458 +                "\n"
459 +                "Options:\n"
460 +                "\n"
461 +                "   short:\n"
462 +                "   ------\n"
463 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
464 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
465 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
466 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
467 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
468 +                "\n"
469 +                "   long:\n"
470 +                "   -----\n"
471 +                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n"
472 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
473 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
474 +                "   --version                      displays the version number\n"
475 +                "   --help                         displays this help message.\n"
476 +                
477 +                "\n"
478 +                "\n",
479 +                programName);
480 + }

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< Changed lines
> Changed lines