[ViewVC] Diff of: group/trunk/tcProps/tcProps.c

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1049 by mmeineke, Wed Feb 11 21:55:56 2004 UTC vs.
Revision 1058 by mmeineke, Wed Feb 18 21:20:51 2004 UTC

-+
+#define _FILE_OFFSET_BITS 64
-+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include "params.h"
+#include "tcProps.h"
-+
+#include "readWrite.h"
-+
+#include "scdCorr.h"
-+
+#define VERSION_MAJOR 0
-+
+#define VERSION_MINOR 1
-+
-+
+char *programName; /*the name of the program */
-+
+void usage(void);
-+
+int main( int argC, char *argV[] ){
+  // list of 'a priori' constants
-<
+  const int nLipAtoms = 19;
-<
+  const int nBonds = 18;
-<
+  const int nLipids = NLIPIDS;
-<
+  const int nSSD = NSSD;
-<
+  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
->
+  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
->
+  const int nBonds    = NBONDS;
->
+  const int nLipids   = NLIPIDS;
->
+  const int nSSD      = NSSD;
->
+  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
->
->
+  // different needed variables
+  struct atomCoord atoms[nAtoms];
-+
+  int i,j,k;
-+
+  char* inName;
-+
+  int nFrames;
-+
-+
+  char* outPrefix; // the output prefix
-+
+  char currentFlag; // used in parsing the flags
-+
+  int done = 0; // multipurpose boolean
-+
+  int havePrefix; // boolean for the output prefix
-+
+  char* conversionCheck;
-+
+  int conversionError;
-+
+  int optionError;
-+
+  char* pair1;
-+
+  char* pair2;
-+
+  int scdCorr;
-+
+  double startTime;
-+
+  // system initialization
-+
+  isScanned = 0;
-+
+  fileOpen = 0;
-+
+  nFrames = 0;
-+
+  frameTimes = NULL;
-<
+  int i,j,k;
->
+  outPrefix = NULL;
->
+  inName = NULL;
-+
+  conversionError = 0;
-+
+  optionError = 0;
-+
+  havePrefix = 0;
-+
+  scdCorr = 0;
-+
+  startTime = 0.0;
-+
-+
-+
+  // parse the command line
-+
-+
+  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
-+
-+
+  for( i = 1; i < argC; i++){
-+
-+
+    if(argV[i][0] =='-'){
-+
-+
+      // parse the option
-+
-+
+      if(argV[i][1] == '-' ){
-+
-+
+        // parse long word options
-+
-+
+        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){
-+
-+
+          i++;
-+
+          if( i>=argC ){
-+
+            fprintf( stderr,
-+
+                     "\n"
-+
+                     "not enough arguments for --gofr\n");
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          pair1 = argV[i];
-+
-+
+          i++;
-+
+          if( i>=argC ){
-+
+            fprintf( stderr,
-+
+                     "\n"
-+
+                     "not enough arguments for --gofr\n");
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          pair2 = argV[i];
-+
-+
+        }
-+
-+
+        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
-+
-+
+          i++;
-+
+          if( i>=argC ){
-+
+            fprintf( stderr,
-+
+                     "\n"
-+
+                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          pair1 = argV[i];
-+
-+
+          i++;
-+
+          if( i>=argC ){
-+
+            fprintf( stderr,
-+
+                     "\n"
-+
+                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          pair2 = argV[i];
-+
-+
+        }
-+
-+
+        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
-+
-+
+          i++;
-+
+          if( i>=argC ){
-+
+            fprintf( stderr,
-+
+                     "\n"
-+
+                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          pair1 = argV[i];
-+
-+
+          i++;
-+
+          if( i>=argC ){
-+
+            fprintf( stderr,
-+
+                     "\n"
-+
+                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          pair2 = argV[i];
-+
-+
+        }
-+
-+
+        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
-+
-+
+          printf("\n"
-+
+                 "tcProps version %d.%d\n"
-+
+                 "\n",
-+
+                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
-+
+          exit(0);
-+
-+
+        }
-+
-+
+        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
-+
-+
+          usage();
-+
+          exit(0);
-+
+        }
-+
-+
+        // anything else is an error
-+
-+
+        else{
-+
+          fprintf( stderr,
-+
+                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
-+
+          usage();
-+
+          exit(0);
-+
+        }
-+
+      }
-+
-+
+      else{
-+
-+
+        // parse single character options
-+
-+
+        done =0;
-+
+        j = 1;
-+
+        currentFlag = argV[i][j];
-+
+        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
-+
-+
+          switch(currentFlag){
-+
-+
+          case 'o':
-+
+            // -o <prefix> => the output prefix.
-+
-+
+            j++;
-+
+            currentFlag = argV[i][j];
-+
-+
+            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
-+
-+
+            if( optionError ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
-+
+                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            i++;
-+
+            if( i>=argC ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "not enough arguments for -o\n");
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            outPrefix = argV[i];
-+
+            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
-+
-+
+            if( optionError ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
-+
+                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
-+
+                       outPrefix );
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            havePrefix = 1;
-+
+            done = 1;
-+
+            break;
-+
-+
+          case 'l':
-+
+            // -l <double>    set <double> to the maxLength
-+
-+
+            haveMaxLength = true;
-+
+            j++;
-+
+            currentFlag = argV[i][j];
-+
-+
+            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
-+
-+
+            if( optionError ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
-+
+                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            i++;
-+
+            if( i>=argC ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "not enough arguments for -l\n");
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            maxLength = atof( argV[i] );
-+
-+
+            done = 1;
-+
-+
+            break;
-+
-+
+          case 't':
-+
+            // -t <double>    set <double> to the startTime
-+
-+
+            j++;
-+
+            currentFlag = argV[i][j];
-+
-+
+            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
-+
-+
+            if( optionError ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
-+
+                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            i++;
-+
+            if( i>=argC ){
-+
+              fprintf( stderr,
-+
+                       "\n"
-+
+                       "not enough arguments for -t\n");
-+
+              usage();
-+
+              exit(0);
-+
+            }
-+
-+
+            startTime = atof( argV[i] );
-+
+            done = 1;
-+
+            break;
-+
-+
+          case 's':
-+
+            // -s turn on separate output files
-+
-+
+            scdCorr = 1;
-+
+            break;
-+
-+
-+
+          default:
-+
-+
+            sprintf(painCave.errMsg,
-+
+                    "\n"
-+
+                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
-+
+            usage();
-+
+            exit(0);
-+
+          }
-+
+          j++;
-+
+          currentFlag = argV[i][j];
-+
+        }
-+
+      }
-+
+    }
-+
-+
+    else{
-+
-+
+      if( inName != NULL ){
-+
+        fprintf( stderr,
-+
+                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
-+
+                 "more than one input dump file.\n"
-+
+                 "\n",
-+
+                 argV[i]);
-+
+        usage();
-+
+        exit(0);
-+
+      }
-+
-+
+      inName = argV[i];
-+
-+
+    }
-+
+  }
-+
-+
+  if( inName == NULL ){
-+
+    fprintf( stderr,
-+
+             "Error, dump file is needed to run.\n" );
-+
+    usage();
-+
+    exit(0);
-+
+  }
-+
-+
+  // initialize the arrays
+  for(i=0;i<nLipids;i++){
+    atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
-+
+    atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
-+
+    atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
-+
+    atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
-+
+    atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
+    atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
-<
+  for(i=;i<nAtoms;i++){
->
+  for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
+    atoms[i].type = SSD;
-+
+    atoms[i].u[0] = 0.0;
-+
+    atoms[i].u[1] = 0.0;
-+
+    atoms[i].u[2] = 1.0;
-+
-+
+  // read and set the frames
-+
-+
+  openFile( inName );
-+
-+
+  fprintf( stdout,
-+
+           "\n"
-+
+           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
-+
+           inName );
-+
+  fflush(stdout);
-+
-+
+  setFrames( inName );
-+
-+
+  fprintf( stdout,
-+
+           "done.\n"
-+
+           "nFrames = %d\n.",
-+
+           nFrames );
-+
+  fflush(stdout);
-+
-+
+  if(scdCorr){
-+
-+
+    fprintf ( stdout,
-+
+              "Calculating the Scd correlation\n" );
-+
+    fflush( stdout );
-+
-+
+    calcScdCorr( startTime );
-+
+  }
-+
-+
-+
+}
-+
-+
-+
+/***************************************************************************
-+
+ * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
-+
+ ***************************************************************************/
-+
-+
+void usage(){
-+
+  (void)fprintf(stdout,
-+
+                "\n"
-+
+                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
-+
+                "\n"
-+
+                "Options:\n"
-+
+                "\n"
-+
+                "   short:\n"
-+
+                "   ------\n"
-+
+                "   -o <name>       The output prefix\n"
-+
+                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
-+
+                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
-+
+                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
-+
+                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
-+
+                "\n"
-+
+                "   long:\n"
-+
+                "   -----\n"
-+
+                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n"
-+
+                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
-+
+                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
-+
+                "   --version                      displays the version number\n"
-+
+                "   --help                         displays this help message.\n"
-+
-+
+                "\n"
-+
+                "\n",
-+
+                programName);
-+
+}

Diff Legend

-–
+Removed lines
-+
+Added lines
-<
+Changed lines
->
+Changed lines

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents): Revision 1049 by mmeineke, Wed Feb 11 21:55:56 2004 UTC vs. Revision 1058 by mmeineke, Wed Feb 18 21:20:51 2004 UTC

Diff Legend

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1049 by mmeineke, Wed Feb 11 21:55:56 2004 UTC vs.
Revision 1058 by mmeineke, Wed Feb 18 21:20:51 2004 UTC