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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1052 by mmeineke, Fri Feb 13 22:13:06 2004 UTC vs.
Revision 1072 by mmeineke, Fri Feb 27 20:39:17 2004 UTC

# Line 2 | Line 2
2  
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10   #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13 + #include "directorWhole.h"
14 + #inlcude "rmsd.h"
15  
16  
17 + #define VERSION_MAJOR 0
18 + #define VERSION_MINOR 1
19 +
20 + char *programName; /*the name of the program */
21 + void usage(void);
22 +
23   int main( int argC, char *argV[] ){
24  
25    // list of 'a priori' constants
26  
27 <  const int nLipAtoms = 19;
28 <  const int nBonds = 18;
29 <  const int nLipids = NLIPIDS;
30 <  const int nSSD = NSSD;
31 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
27 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
28 >  const int nBonds    = NBONDS;
29 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
30 >  const int nSSD      = NSSD;
31 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
32  
33    // different needed variables
34    
35    struct atomCoord atoms[nAtoms];
36    int i,j,k;
37 <  char* inName;
38 <  int nFrames;
37 >  
38 >  char* outPrefix; // the output prefix
39 >  char currentFlag; // used in parsing the flags
40 >  int done = 0; // multipurpose boolean
41 >  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
42 >  int haveMaxLength;
43 >  char* conversionCheck;
44 >  int conversionError;
45 >  int optionError;
46 >  char* pair1;
47 >  char* pair2;
48 >  int scdCorr;
49 >  double startTime;
50 >  double maxLength;
51 >  int directorHead, directorWhole;
52  
53    // system initialization
54    
55    isScanned = 0;
56 +  fileOpen = 0;
57 +  nFrames = 0;
58 +  frameTimes = NULL;
59 +
60 +  outPrefix = NULL;
61 +  inName = NULL;
62 +  
63 +  haveMaxLength = 0;
64 +  conversionError = 0;
65 +  optionError = 0;
66 +  havePrefix = 0;
67 +  scdCorr = 0;
68 +  startTime = 0.0;
69 +  directorHead = 0;
70 +  directorWhole = 0;
71 +  
72 +
73 +  // parse the command line
74 +
75 +  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
76 +
77 +  for( i = 1; i < argC; i++){
78 +    
79 +    if(argV[i][0] =='-'){
80 +
81 +      // parse the option
82 +      
83 +      if(argV[i][1] == '-' ){
84 +
85 +        // parse long word options
86 +        
87 +        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){
88 +
89 +          i++;
90 +          if( i>=argC ){
91 +            fprintf( stderr,
92 +                     "\n"
93 +                     "not enough arguments for --gofr\n");
94 +            usage();
95 +            exit(0);
96 +          }      
97 +          pair1 = argV[i];
98 +
99 +          i++;
100 +          if( i>=argC ){
101 +            fprintf( stderr,
102 +                     "\n"
103 +                     "not enough arguments for --gofr\n");
104 +            usage();
105 +            exit(0);
106 +          }      
107 +          pair2 = argV[i];
108 +
109 +        }
110 +
111 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
112 +          
113 +          i++;
114 +          if( i>=argC ){
115 +            fprintf( stderr,
116 +                     "\n"
117 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
118 +            usage();
119 +            exit(0);
120 +          }      
121 +          pair1 = argV[i];
122 +
123 +          i++;
124 +          if( i>=argC ){
125 +            fprintf( stderr,
126 +                     "\n"
127 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
128 +            usage();
129 +            exit(0);
130 +          }      
131 +          pair2 = argV[i];
132 +
133 +        }
134 +
135 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
136 +          
137 +          i++;
138 +          if( i>=argC ){
139 +            fprintf( stderr,
140 +                     "\n"
141 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
142 +            usage();
143 +            exit(0);
144 +          }      
145 +          pair1 = argV[i];
146 +
147 +          i++;
148 +          if( i>=argC ){
149 +            fprintf( stderr,
150 +                     "\n"
151 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
152 +            usage();
153 +            exit(0);
154 +          }      
155 +          pair2 = argV[i];
156 +
157 +        }
158 +
159 +        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
160 +          
161 +          printf("\n"
162 +                 "tcProps version %d.%d\n"
163 +                 "\n",
164 +                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
165 +          exit(0);
166 +          
167 +        }
168 +
169 +        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
170 +          
171 +          usage();
172 +          exit(0);
173 +        }
174 +        
175 +        // anything else is an error
176 +
177 +        else{
178 +          fprintf( stderr,
179 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
180 +          usage();
181 +          exit(0);
182 +        }
183 +      }
184 +      
185 +      else{
186 +        
187 +        // parse single character options
188 +        
189 +        done =0;
190 +        j = 1;
191 +        currentFlag = argV[i][j];
192 +        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
193 +          
194 +          switch(currentFlag){
195 +
196 +          case 'o':
197 +            // -o <prefix> => the output prefix.
198 +
199 +            j++;
200 +            currentFlag = argV[i][j];
201 +              
202 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
203 +            
204 +            if( optionError ){
205 +              fprintf( stderr,
206 +                       "\n"
207 +                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
208 +                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
209 +              usage();
210 +              exit(0);
211 +            }
212 +              
213 +            i++;
214 +            if( i>=argC ){
215 +              fprintf( stderr,
216 +                       "\n"
217 +                       "not enough arguments for -o\n");
218 +              usage();
219 +              exit(0);
220 +            }    
221 +            
222 +            outPrefix = argV[i];
223 +            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
224 +                
225 +            if( optionError ){
226 +              fprintf( stderr,
227 +                       "\n"
228 +                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
229 +                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
230 +                       outPrefix );
231 +              usage();
232 +              exit(0);
233 +            }
234 +            
235 +            havePrefix = 1;
236 +            done = 1;
237 +            break;
238 +
239 +          case 'l':
240 +            // -l <double>    set <double> to the maxLength
241 +
242 +            haveMaxLength = 1;
243 +            j++;
244 +            currentFlag = argV[i][j];
245 +              
246 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
247 +            
248 +            if( optionError ){
249 +              fprintf( stderr,
250 +                       "\n"
251 +                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
252 +                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
253 +              usage();
254 +              exit(0);
255 +            }
256  
257 +            i++;
258 +            if( i>=argC ){
259 +              fprintf( stderr,
260 +                       "\n"
261 +                       "not enough arguments for -l\n");
262 +              usage();
263 +              exit(0);
264 +            }    
265  
266 +            maxLength = atof( argV[i] );
267 +            
268 +            done = 1;
269 +
270 +            break;
271 +
272 +          case 't':
273 +            // -t <double>    set <double> to the startTime
274 +
275 +            j++;
276 +            currentFlag = argV[i][j];
277 +              
278 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
279 +            
280 +            if( optionError ){
281 +              fprintf( stderr,
282 +                       "\n"
283 +                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
284 +                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
285 +              usage();
286 +              exit(0);
287 +            }
288 +
289 +            i++;
290 +            if( i>=argC ){
291 +              fprintf( stderr,
292 +                       "\n"
293 +                       "not enough arguments for -t\n");
294 +              usage();
295 +              exit(0);
296 +            }    
297 +
298 +            startTime = atof( argV[i] );
299 +            done = 1;
300 +            break;
301 +
302 +          case 's':
303 +            // -s turn on Scd corr
304 +
305 +            scdCorr = 1;
306 +            break;
307 +
308 +          case 'h':
309 +            // -h turn on director head
310 +
311 +            directorHead = 1;
312 +            break;
313 +
314 +          case 'w':
315 +            // -h turn on director head
316 +
317 +            directorWhole = 1;
318 +            break;
319 +
320 +
321 +          default:
322 +
323 +            fprintf( stderr,
324 +                    "\n"
325 +                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
326 +            usage();
327 +            exit(0);
328 +          }
329 +          j++;
330 +          currentFlag = argV[i][j];
331 +        }
332 +      }
333 +    }
334 +
335 +    else{
336 +      
337 +      if( inName != NULL ){
338 +        fprintf( stderr,
339 +                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
340 +                 "more than one input dump file.\n"
341 +                 "\n",
342 +                 argV[i]);
343 +        usage();
344 +        exit(0);
345 +      }
346 +      
347 +      inName = argV[i];
348 +      
349 +    }
350 +  }  
351 +  
352 +  if( inName == NULL ){
353 +    fprintf( stderr,
354 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
355 +    usage();
356 +    exit(0);
357 +  }
358 +
359 +  if( outPrefix == NULL )
360 +    outPrefix = inName;
361 +
362 +
363    // initialize the arrays
364  
365    for(i=0;i<nLipids;i++){
366  
367      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
368 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
369      atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
370      atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
371      atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
372      
373 +    
374  
375      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
376 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
377  
378      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
379 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
380  
381      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
382 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
383  
384      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
385 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
386  
387      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
388 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
389  
390      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
391 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
392  
393      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
394 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
395  
396      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
397 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
398  
399      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
400 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
401  
402      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
403 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
404  
405      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
406 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
407  
408      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
409 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
410  
411 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
411 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
412 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
413  
414      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
415 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
416    
417      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
418 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
419    
420      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
421 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
422    
423      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
424 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
425    
426      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
427 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
428    }
429    
430    for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
431      atoms[i].type = SSD;
432 +    atoms[i].mass = 18.03;
433      atoms[i].u[0] = 0.0;
434      atoms[i].u[1] = 0.0;
435      atoms[i].u[2] = 1.0;
# Line 87 | Line 437 | int main( int argC, char *argV[] ){
437  
438    // read and set the frames
439    
440 <  nFrames = setFrames( inName );
440 >  openFile();
441 >
442 >  fprintf( stdout,
443 >           "\n"
444 >           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
445 >           inName );
446 >  fflush(stdout);
447 >
448 >  setFrames();
449    
450 +  fprintf( stdout,
451 +           "done.\n"
452 +           "nFrames = %d.\n",
453 +           nFrames );
454 +  fflush(stdout);
455 +
456 +  if(scdCorr){
457 +
458 +    fprintf ( stdout,
459 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
460 +    fflush( stdout );
461 +    
462 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
463 +  }
464 +
465 +  if(directorHead){
466 +
467 +    fprintf ( stdout,
468 +              "Calculating the Head director\n" );
469 +    fflush( stdout );
470 +    
471 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
472 +  }
473 +
474 +  if(directorWhole){
475 +
476 +    fprintf ( stdout,
477 +              "Calculating the bilayer director\n" );
478 +    fflush( stdout );
479 +    
480 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
481 +  }
482 +  
483 +
484 +  closeFile();
485 +
486 + }
487 +
488 +
489 + /***************************************************************************
490 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
491 + ***************************************************************************/
492 +
493 + void usage(){
494 +  (void)fprintf(stdout,
495 +                "\n"
496 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
497 +                "\n"
498 +                "Options:\n"
499 +                "\n"
500 +                "   short:\n"
501 +                "   ------\n"
502 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
503 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
504 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
505 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
506 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
507 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
508 +                "   -w              Calculate the director fro the bilayers\n"
509 +                "\n"
510 +                "   long:\n"
511 +                "   -----\n"
512 +                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n"
513 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
514 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
515 +                "   --version                      displays the version number\n"
516 +                "   --help                         displays this help message.\n"
517 +                
518 +                "\n"
519 +                "\n",
520 +                programName);
521 + }

Diff Legend

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines