| 238 | 
  | 
   | 
| 239 | 
  | 
  mpiSim = new mpiSimulation( simnfo ); | 
| 240 | 
  | 
   | 
| 241 | 
< | 
  mpiSim->divideLabor(); | 
| 241 | 
> | 
   | 
| 242 | 
> | 
 | 
| 243 | 
> | 
  globalIndex = mpiSim->divideLabor(); | 
| 244 | 
> | 
 | 
| 245 | 
  | 
 | 
| 246 | 
+ | 
 | 
| 247 | 
  | 
  // set up the local variables  | 
| 248 | 
  | 
   | 
| 249 | 
  | 
  int localMol, allMol; | 
| 648 | 
  | 
      molIndex++; | 
| 649 | 
  | 
    } | 
| 650 | 
  | 
  } | 
| 651 | 
+ | 
 | 
| 652 | 
+ | 
#ifdef IS_MPI | 
| 653 | 
+ | 
    for( i=0; i<mpiSim->getMyNlocal(); i++ ) the_atoms[i]->setGlobalIndex( globalIndex[i] ); | 
| 654 | 
+ | 
     | 
| 655 | 
+ | 
    delete[] globalIndex; | 
| 656 | 
  | 
 | 
| 657 | 
+ | 
    mpiSim->mpiRefresh(); | 
| 658 | 
+ | 
#endif //IS_MPI | 
| 659 | 
+ | 
           | 
| 660 | 
  | 
  the_ff->initializeAtoms(); | 
| 661 | 
  | 
} | 
| 662 | 
  | 
 | 
| 696 | 
  | 
         | 
| 697 | 
  | 
#ifdef IS_MPI | 
| 698 | 
  | 
      } | 
| 699 | 
< | 
#endif is_mpi | 
| 699 | 
> | 
#endif //is_mpi | 
| 700 | 
  | 
       | 
| 701 | 
  | 
      molIndex++; | 
| 702 | 
  | 
    }       |