| 96 | 
  | 
        // parse long word options | 
| 97 | 
  | 
         | 
| 98 | 
  | 
        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){ | 
| 99 | 
< | 
           | 
| 99 | 
> | 
 | 
| 100 | 
  | 
          i++; | 
| 101 | 
  | 
          if( i>=argC ){ | 
| 102 | 
  | 
            sprintf( painCave.errMsg, | 
| 124 | 
  | 
          havePairCorrs = true; | 
| 125 | 
  | 
        } | 
| 126 | 
  | 
 | 
| 127 | 
+ | 
        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){ | 
| 128 | 
+ | 
           | 
| 129 | 
+ | 
          i++; | 
| 130 | 
+ | 
          if( i>=argC ){ | 
| 131 | 
+ | 
            sprintf( painCave.errMsg, | 
| 132 | 
+ | 
                     "\n" | 
| 133 | 
+ | 
                     "not enough arguments for --gofrTheta\n"); | 
| 134 | 
+ | 
            usage(); | 
| 135 | 
+ | 
            painCave.isFatal = 1; | 
| 136 | 
+ | 
            simError(); | 
| 137 | 
+ | 
          }        | 
| 138 | 
+ | 
          pair1 = argV[i]; | 
| 139 | 
+ | 
 | 
| 140 | 
+ | 
          i++; | 
| 141 | 
+ | 
          if( i>=argC ){ | 
| 142 | 
+ | 
            sprintf( painCave.errMsg, | 
| 143 | 
+ | 
                     "\n" | 
| 144 | 
+ | 
                     "not enough arguments for --gofrTheta\n"); | 
| 145 | 
+ | 
            usage(); | 
| 146 | 
+ | 
            painCave.isFatal = 1; | 
| 147 | 
+ | 
            simError(); | 
| 148 | 
+ | 
          }        | 
| 149 | 
+ | 
          pair2 = argV[i]; | 
| 150 | 
+ | 
 | 
| 151 | 
+ | 
          pairType = gofrTheta; | 
| 152 | 
+ | 
          theList.push_back(PairCorrList( pairType, pair1, pair2 )); | 
| 153 | 
+ | 
          havePairCorrs = true; | 
| 154 | 
+ | 
        } | 
| 155 | 
+ | 
 | 
| 156 | 
+ | 
        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){ | 
| 157 | 
+ | 
           | 
| 158 | 
+ | 
          i++; | 
| 159 | 
+ | 
          if( i>=argC ){ | 
| 160 | 
+ | 
            sprintf( painCave.errMsg, | 
| 161 | 
+ | 
                     "\n" | 
| 162 | 
+ | 
                     "not enough arguments for --gofrOmega\n"); | 
| 163 | 
+ | 
            usage(); | 
| 164 | 
+ | 
            painCave.isFatal = 1; | 
| 165 | 
+ | 
            simError(); | 
| 166 | 
+ | 
          }        | 
| 167 | 
+ | 
          pair1 = argV[i]; | 
| 168 | 
+ | 
 | 
| 169 | 
+ | 
          i++; | 
| 170 | 
+ | 
          if( i>=argC ){ | 
| 171 | 
+ | 
            sprintf( painCave.errMsg, | 
| 172 | 
+ | 
                     "\n" | 
| 173 | 
+ | 
                     "not enough arguments for --gofrOmega\n"); | 
| 174 | 
+ | 
            usage(); | 
| 175 | 
+ | 
            painCave.isFatal = 1; | 
| 176 | 
+ | 
            simError(); | 
| 177 | 
+ | 
          }        | 
| 178 | 
+ | 
          pair2 = argV[i]; | 
| 179 | 
+ | 
 | 
| 180 | 
+ | 
          pairType = gofrOmega; | 
| 181 | 
+ | 
          theList.push_back(PairCorrList( pairType, pair1, pair2 )); | 
| 182 | 
+ | 
          havePairCorrs = true; | 
| 183 | 
+ | 
        } | 
| 184 | 
+ | 
 | 
| 185 | 
  | 
        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){ | 
| 186 | 
  | 
           | 
| 187 | 
  | 
          printf("\n" | 
| 441 | 
  | 
         nFrames ); | 
| 442 | 
  | 
  fflush(stdout); | 
| 443 | 
  | 
 | 
| 444 | 
< | 
  infoArray = new SimInfo[nFrames]; | 
| 444 | 
> | 
  infoArray = new SimInfo; | 
| 445 | 
  | 
 | 
| 446 | 
  | 
  printf("Parsing the bass file, and initializing the " | 
| 447 | 
  | 
         "Simulation Frames..." ); | 
| 448 | 
  | 
  fflush(stdout); | 
| 449 | 
  | 
   | 
| 450 | 
  | 
  startMe = new SimSetup(); | 
| 451 | 
< | 
  startMe->setSimInfo( infoArray, nFrames ); | 
| 451 | 
> | 
  startMe->setSimInfo( infoArray ); | 
| 452 | 
> | 
  startMe->suspendInit(); | 
| 453 | 
  | 
  startMe->parseFile( inName ); | 
| 454 | 
  | 
  startMe->createSim(); | 
| 455 | 
  | 
 | 
| 502 | 
  | 
                "\n" | 
| 503 | 
  | 
                "   long:\n" | 
| 504 | 
  | 
                "   -----\n" | 
| 505 | 
< | 
                "   --gofr <atom1> <atom2>    g(r) for atom1 and atom2\n" | 
| 506 | 
< | 
                "                                *note: \"_ALL_\" matches all atoms\n" | 
| 507 | 
< | 
                "   --version                 displays the version number\n" | 
| 508 | 
< | 
                "   --help                    displays this help message.\n" | 
| 505 | 
> | 
                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n" | 
| 506 | 
> | 
                "                                    *note: \"_ALL_\" matches all atoms\n" | 
| 507 | 
> | 
                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n" | 
| 508 | 
> | 
                "                                    *note: \"_ALL_\" matches all atoms\n" | 
| 509 | 
> | 
                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n" | 
| 510 | 
> | 
                "                                    *note: \"_ALL_\" matches all atoms\n" | 
| 511 | 
> | 
                "   --version                      displays the version number\n" | 
| 512 | 
> | 
                "   --help                         displays this help message.\n" | 
| 513 | 
  | 
                 | 
| 514 | 
  | 
                "\n" | 
| 515 | 
  | 
                "\n", |