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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp (file contents):
Revision 479 by chuckv, Tue Apr 8 15:20:44 2003 UTC vs.
Revision 497 by chuckv, Mon Apr 14 21:16:37 2003 UTC

# Line 185 | Line 185 | void Verlet::integrate( void ){
185    
186    int time;
187  
188 +  double press[9];
189 +
190    double dt = entry_plug->dt;
191    double runTime = entry_plug->run_time;
192    double sampleTime = entry_plug->sampleTime;
# Line 224 | Line 226 | void Verlet::integrate( void ){
226    if( c_is_constrained ){
227      for(i = 0; i < n_loops; i++){
228        
227 –      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
228 –        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
229        
230        // fill R, V, and F arrays and RATTLE in fortran
231        
# Line 262 | Line 262 | void Verlet::integrate( void ){
262          c_atoms[j]->set_vz(Vz[j]);
263        }
264  
265 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
266 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
267 +  
268        // calculate the forces
269        
270        myFF->doForces(calcPot,calcStress);
# Line 304 | Line 307 | void Verlet::integrate( void ){
307        if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
308          myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
309        
310 <      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") )
310 >      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {        
311 >        tStats->getPressureTensor(press);
312          myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
313                                       tStats->getKinetic(),
314 <                                     tStats->getPressure());
314 >                                     press);
315 >      }
316  
317        time = i + 1;
318        
# Line 331 | Line 336 | void Verlet::integrate( void ){
336    else{
337      for(i = 0; i < n_loops; i++){
338  
334 –      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
335 –        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
339      
340        move_a( dt );
341 +
342 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
343 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
344        
345        // calculate the forces
346        
# Line 347 | Line 353 | void Verlet::integrate( void ){
353        if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
354          myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
355  
356 <      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") )
356 >      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {
357 >        tStats->getPressureTensor(press);
358          myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
359                                       tStats->getKinetic(),
360 <                                     tStats->getPressure());
360 >                                     press);
361 >      }
362  
363        time = i + 1;
364        

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines