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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp (file contents):
Revision 468 by gezelter, Mon Apr 7 16:56:38 2003 UTC vs.
Revision 497 by chuckv, Mon Apr 14 21:16:37 2003 UTC

# Line 185 | Line 185 | void Verlet::integrate( void ){
185    
186    int time;
187  
188 +  double press[9];
189 +
190    double dt = entry_plug->dt;
191    double runTime = entry_plug->run_time;
192    double sampleTime = entry_plug->sampleTime;
# Line 202 | Line 204 | void Verlet::integrate( void ){
204    DumpWriter*  dump_out = new DumpWriter( entry_plug );
205  
206    // the first time integrate is called, the forces need to be initialized
205 –
207    
208    myFF->doForces(1,1);
209    
# Line 215 | Line 216 | void Verlet::integrate( void ){
216    e_out->writeStat( 0.0 );
217  
218    calcPot = 0;
218 –  calcStress = 0;
219  
220 +  if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT")) {
221 +    calcStress = 1;
222 +  } else {
223 +    calcStress = 0;
224 +  }
225 +
226    if( c_is_constrained ){
227      for(i = 0; i < n_loops; i++){
228        
229 +      
230        // fill R, V, and F arrays and RATTLE in fortran
231 <
231 >      
232        for( j=0; j<c_natoms; j++ ){
233 <
233 >        
234          Rx[j] = c_atoms[j]->getX();
235          Ry[j] = c_atoms[j]->getY();
236          Rz[j] = c_atoms[j]->getZ();
# Line 255 | Line 262 | void Verlet::integrate( void ){
262          c_atoms[j]->set_vz(Vz[j]);
263        }
264  
265 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
266 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
267 +  
268        // calculate the forces
269        
270        myFF->doForces(calcPot,calcStress);
# Line 276 | Line 286 | void Verlet::integrate( void ){
286          Fz[j] = c_atoms[j]->getFz();
287        }
288          
289 +
290        v_constrain_b_( dt, c_natoms, c_mass, Rx, Ry, Rz, Vx, Vy, Vz,
291                        Fx, Fy, Fz,
292                        kE, c_n_constrained, c_constrained_dsqr,
# Line 293 | Line 304 | void Verlet::integrate( void ){
304          c_atoms[j]->set_vz(Vz[j]);
305        }
306        
307 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
308 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
309 +      
310 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {        
311 +        tStats->getPressureTensor(press);
312 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
313 +                                     tStats->getKinetic(),
314 +                                     press);
315 +      }
316 +
317        time = i + 1;
318        
319        if( entry_plug->setTemp ){
320          if( !(time % vel_n) ) tStats->velocitize();
321        }
322        if( !(time % sample_n) ) dump_out->writeDump( time * dt );
323 +
324        if( !((time+1) % status_n) ) {
325          calcPot = 1;
326 <        calcStress = 1;
326 >        calcStress = 1;
327        }
328        if( !(time % status_n) ){
329          e_out->writeStat( time * dt );
330          calcPot = 0;
331 <        calcStress = 0;
331 >        if (!strcasecmp(entry_plug->ensemble, "NPT")) calcStress = 1;
332 >        else calcStress = 0;
333        }
334      }
335    }
336    else{
337      for(i = 0; i < n_loops; i++){
338 <      
338 >
339 >    
340        move_a( dt );
341 +
342 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
343 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
344        
345        // calculate the forces
346        
# Line 323 | Line 350 | void Verlet::integrate( void ){
350        
351        move_b( dt );
352  
353 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
354 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
355 +
356 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {
357 +        tStats->getPressureTensor(press);
358 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
359 +                                     tStats->getKinetic(),
360 +                                     press);
361 +      }
362 +
363        time = i + 1;
364        
365        if( entry_plug->setTemp ){
# Line 331 | Line 368 | void Verlet::integrate( void ){
368        if( !(time % sample_n) )  dump_out->writeDump( time * dt );
369        if( !((time+1) % status_n) ) {
370          calcPot = 1;
371 <        calcStress = 1;
371 >        calcStress = 1;
372        }
373        if( !(time % status_n) ){
374          e_out->writeStat( time * dt );
375          calcPot = 0;
376 <        calcStress = 0;
376 >        if (!strcasecmp(entry_plug->ensemble, "NPT")) calcStress = 1;
377 >        else calcStress = 0;
378        }
379      }
380    }

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– Removed lines
+ Added lines
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> Changed lines