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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp (file contents):
Revision 468 by gezelter, Mon Apr 7 16:56:38 2003 UTC vs.
Revision 483 by gezelter, Wed Apr 9 04:06:43 2003 UTC

# Line 185 | Line 185 | void Verlet::integrate( void ){
185    
186    int time;
187  
188 +  double press[9];
189 +
190    double dt = entry_plug->dt;
191    double runTime = entry_plug->run_time;
192    double sampleTime = entry_plug->sampleTime;
# Line 202 | Line 204 | void Verlet::integrate( void ){
204    DumpWriter*  dump_out = new DumpWriter( entry_plug );
205  
206    // the first time integrate is called, the forces need to be initialized
205 –
207    
208    myFF->doForces(1,1);
209    
# Line 215 | Line 216 | void Verlet::integrate( void ){
216    e_out->writeStat( 0.0 );
217  
218    calcPot = 0;
218 –  calcStress = 0;
219  
220 +  if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT")) {
221 +    calcStress = 1;
222 +  } else {
223 +    calcStress = 0;
224 +  }
225 +
226    if( c_is_constrained ){
227      for(i = 0; i < n_loops; i++){
228        
229 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
230 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
231 +      
232        // fill R, V, and F arrays and RATTLE in fortran
233 <
233 >      
234        for( j=0; j<c_natoms; j++ ){
235 <
235 >        
236          Rx[j] = c_atoms[j]->getX();
237          Ry[j] = c_atoms[j]->getY();
238          Rz[j] = c_atoms[j]->getZ();
# Line 276 | Line 285 | void Verlet::integrate( void ){
285          Fz[j] = c_atoms[j]->getFz();
286        }
287          
288 +
289        v_constrain_b_( dt, c_natoms, c_mass, Rx, Ry, Rz, Vx, Vy, Vz,
290                        Fx, Fy, Fz,
291                        kE, c_n_constrained, c_constrained_dsqr,
# Line 293 | Line 303 | void Verlet::integrate( void ){
303          c_atoms[j]->set_vz(Vz[j]);
304        }
305        
306 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
307 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
308 +      
309 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {        
310 +        tStats->getPressureTensor(press);
311 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
312 +                                     tStats->getKinetic(),
313 +                                     press);
314 +      }
315 +
316        time = i + 1;
317        
318        if( entry_plug->setTemp ){
319          if( !(time % vel_n) ) tStats->velocitize();
320        }
321        if( !(time % sample_n) ) dump_out->writeDump( time * dt );
322 +
323        if( !((time+1) % status_n) ) {
324          calcPot = 1;
325 <        calcStress = 1;
325 >        calcStress = 1;
326        }
327        if( !(time % status_n) ){
328          e_out->writeStat( time * dt );
329          calcPot = 0;
330 <        calcStress = 0;
330 >        if (!strcasecmp(entry_plug->ensemble, "NPT")) calcStress = 1;
331 >        else calcStress = 0;
332        }
333      }
334    }
335    else{
336      for(i = 0; i < n_loops; i++){
337 <      
337 >
338 >      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
339 >        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
340 >    
341        move_a( dt );
342        
343        // calculate the forces
# Line 323 | Line 348 | void Verlet::integrate( void ){
348        
349        move_b( dt );
350  
351 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
352 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
353 +
354 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {
355 +        tStats->getPressureTensor(press);
356 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
357 +                                     tStats->getKinetic(),
358 +                                     press);
359 +      }
360 +
361        time = i + 1;
362        
363        if( entry_plug->setTemp ){
# Line 331 | Line 366 | void Verlet::integrate( void ){
366        if( !(time % sample_n) )  dump_out->writeDump( time * dt );
367        if( !((time+1) % status_n) ) {
368          calcPot = 1;
369 <        calcStress = 1;
369 >        calcStress = 1;
370        }
371        if( !(time % status_n) ){
372          e_out->writeStat( time * dt );
373          calcPot = 0;
374 <        calcStress = 0;
374 >        if (!strcasecmp(entry_plug->ensemble, "NPT")) calcStress = 1;
375 >        else calcStress = 0;
376        }
377      }
378    }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines