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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Symplectic.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Symplectic.cpp (file contents):
Revision 472 by mmeineke, Mon Apr 7 21:16:35 2003 UTC vs.
Revision 477 by gezelter, Tue Apr 8 14:34:30 2003 UTC

# Line 218 | Line 218 | void Symplectic::integrate( void ){
218    e_out->writeStat( 0.0 );
219    
220    calcPot = 0;
221 +
222 +  if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT")) {
223 +    calcStress = 1;
224 +  } else {
225 +    calcStress = 0;
226 +  }
227  
228    if( n_constrained ){
229  
# Line 235 | Line 241 | void Symplectic::integrate( void ){
241      
242  
243      for( tl=0; tl < n_loops; tl++ ){
244 +
245 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
246 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
247        
248        for( j=0; j<nAtoms; j++ ){
249  
# Line 400 | Line 409 | void Symplectic::integrate( void ){
409   //      }
410   //       }
411      
412 +
413 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
414 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
415 +
416 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") )
417 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
418 +                                     tStats->getKinetic(),
419 +                                     tStats->getPressure());
420 +
421        time = tl + 1;
422        
423        if( entry_plug->setTemp ){
# Line 408 | Line 426 | void Symplectic::integrate( void ){
426        if( !(time % sample_n) ) dump_out->writeDump( time * dt );
427        if( !((time+1) % status_n) ) {
428          calcPot = 1;
429 <        calcStress = 1;
429 >        // bitwise masking in case we need it for NPT
430 >        calcStress = (!strcasecmp(entry_plug->ensemble,"NPT")) && 1;
431        }
432        if( !(time % status_n) ){
433          e_out->writeStat( time * dt );
434          calcPot = 0;
435 <        calcStress = 0;
435 >        // bitwise masking in case we need it for NPT
436 >        calcStress = (!strcasecmp(entry_plug->ensemble,"NPT")) && 0;
437        }
438      }
439    }
# Line 424 | Line 444 | void Symplectic::integrate( void ){
444        kE = 0.0;
445        rot_kE= 0.0;
446        trans_kE = 0.0;
447 +
448 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
449 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
450        
451        for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
452          
# Line 564 | Line 587 | void Symplectic::integrate( void ){
587   //        dAtom->setJz( ji[2] );
588   //      }
589        }
590 <      
590 >    
591 >      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
592 >        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
593 >
594 >      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") )
595 >        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
596 >                                     tStats->getKinetic(),
597 >                                     tStats->getPressure());
598 >  
599        time = tl + 1;
600        
601        if( entry_plug->setTemp ){
# Line 573 | Line 604 | void Symplectic::integrate( void ){
604        if( !(time % sample_n) ) dump_out->writeDump( time * dt );
605        if( !((time+1) % status_n) ) {
606          calcPot = 1;
607 <        calcStress = 1;
607 >        // bitwise masking in case we need it for NPT
608 >        calcStress = (!strcasecmp(entry_plug->ensemble,"NPT")) && 1;
609        }
610        if( !(time % status_n) ){
611          e_out->writeStat( time * dt );
612          calcPot = 0;
613 <        calcStress = 0;
613 >        // bitwise masking in case we need it for NPT
614 >        calcStress = (!strcasecmp(entry_plug->ensemble,"NPT")) && 0;
615        }      
616      }
617    }

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– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines