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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Symplectic.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Symplectic.cpp (file contents):
Revision 423 by mmeineke, Thu Mar 27 20:12:15 2003 UTC vs.
Revision 443 by mmeineke, Wed Apr 2 22:19:03 2003 UTC

# Line 65 | Line 65 | Symplectic::Symplectic( SimInfo* the_entry_plug, Force
65    SRI** theArray;
66    for(int i = 0; i < nMols; i++){
67      
68 <    theArray = molecules[i].getMyBonds();
69 <    for(int j=0; j<molecules[i].getNbonds(); j++){
68 >    theArray = (SRI**) molecules[i].getMyBonds();
69 >    for(int j=0; j<molecules[i].getNBonds(); j++){
70        
71        constrained = theArray[j]->is_constrained();
72        
73        if(constrained){
74          
75          dummy_plug = theArray[j]->get_constraint();
76 <        temp_con[c_n_constrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
77 <        temp_con[c_n_constrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
78 <        temp_con[c_n_constrained].set_dsqr( dummy_plug->get_dsqr() );
76 >        temp_con[n_constrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
77 >        temp_con[n_constrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
78 >        temp_con[n_constrained].set_dsqr( dummy_plug->get_dsqr() );
79          
80 <        c_n_constrained++;
80 >        n_constrained++;
81          constrained = 0;
82        }
83      }
84  
85 <    theArray = molecules[i].getMyBends();
86 <    for(int j=0; j<molecules[i].getNbends(); j++){
85 >    theArray = (SRI**) molecules[i].getMyBends();
86 >    for(int j=0; j<molecules[i].getNBends(); j++){
87        
88        constrained = theArray[j]->is_constrained();
89        
90        if(constrained){
91          
92          dummy_plug = theArray[j]->get_constraint();
93 <        temp_con[c_n_constrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
94 <        temp_con[c_n_constrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
95 <        temp_con[c_n_constrained].set_dsqr( dummy_plug->get_dsqr() );
93 >        temp_con[n_constrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
94 >        temp_con[n_constrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
95 >        temp_con[n_constrained].set_dsqr( dummy_plug->get_dsqr() );
96          
97 <        c_n_constrained++;
97 >        n_constrained++;
98          constrained = 0;
99        }
100      }
101  
102 <    theArray = molecules[i].getMyTorsions();
103 <    for(int j=0; j<molecules[i].getNtorsions(); j++){
102 >    theArray = (SRI**) molecules[i].getMyTorsions();
103 >    for(int j=0; j<molecules[i].getNTorsions(); j++){
104        
105        constrained = theArray[j]->is_constrained();
106        
107        if(constrained){
108          
109          dummy_plug = theArray[j]->get_constraint();
110 <        temp_con[c_n_constrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
111 <        temp_con[c_n_constrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
112 <        temp_con[c_n_constrained].set_dsqr( dummy_plug->get_dsqr() );
110 >        temp_con[n_constrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
111 >        temp_con[n_constrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
112 >        temp_con[n_constrained].set_dsqr( dummy_plug->get_dsqr() );
113          
114 <        c_n_constrained++;
114 >        n_constrained++;
115          constrained = 0;
116        }
117      }
# Line 581 | Line 581 | void Symplectic::rotate( int axes1, int axes2, double
581  
582    for(i=0; i<3; i++){
583      for(j=0; j<3; j++){
584 <      tempA[i][j] = A[i][j];
584 >      tempA[j][i] = A[i][j];
585      }
586    }
587  
# Line 640 | Line 640 | void Symplectic::rotate( int axes1, int axes2, double
640      for(j=0; j<3; j++){
641        A[j][i] = 0.0;
642        for(k=0; k<3; k++){
643 <        A[j][i] += tempA[k][i] * rot[j][k];
643 >        A[j][i] += tempA[i][k] * rot[j][k];
644        }
645      }
646    }

Diff Legend

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> Changed lines