ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Molecule.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Molecule.cpp (file contents):
Revision 1097 by gezelter, Mon Apr 12 20:32:20 2004 UTC vs.
Revision 1113 by tim, Thu Apr 15 16:18:26 2004 UTC

# Line 12 | Line 12 | Molecule::Molecule( void ){
12    myBonds = NULL;
13    myBends = NULL;
14    myTorsions = NULL;
15 –  myRigidBodies = NULL;
15  
16   }
17  
19 –
20 –
18   Molecule::~Molecule( void ){
19    int i;
20    
# Line 41 | Line 38 | Molecule::~Molecule( void ){
38      delete[] myTorsions;
39    }
40  
44 –  if( myRigidBodies != NULL ){
45 –    for(i=0; i<nRigidBodies; i++) if(myRigidBodies[i] != NULL )
46 –      delete myRigidBodies[i];
47 –    delete[] myRigidBodies;
48 –  }
49 –  
41   }
42  
43  
# Line 65 | Line 56 | void Molecule::initialize( molInit &theInit ){
56    myBends = theInit.myBends;
57    myTorsions = theInit.myTorsions;
58    myRigidBodies = theInit.myRigidBodies;
59 +
60 +  myIntegrableObjects = theInit.myIntegrableObjects;
61 +
62 +  for (int i = 0; i < myRigidBodies.size(); i++)
63 +      myRigidBodies[i]->calcRefCoords();
64      
65   }
66  
# Line 72 | Line 68 | void Molecule::calcForces( void ){
68    
69    int i;
70  
71 <  for(i=0; i<nRigidBodies; i++) {
71 >  for(i=0; i<myRigidBodies.size(); i++) {
72      myRigidBodies[i]->updateAtoms();
73    }
74  
# Line 97 | Line 93 | double Molecule::getPotential( void ){
93    
94    int i;
95    double myPot = 0.0;
96 +
97 +  for(i=0; i<myRigidBodies.size(); i++) {
98 +    myRigidBodies[i]->updateAtoms();
99 +  }
100    
101    for(i=0; i<nBonds; i++){
102      myPot += myBonds[i]->get_potential();
# Line 135 | Line 135 | void Molecule::moveCOM(double delta[3]){
135    double aPos[3];
136    int i, j;
137  
138 <  for(i=0; i<nAtoms; i++) {
139 <    if(myAtoms[i] != NULL ) {
138 >  for(i=0; i<myIntegrableObjects.size(); i++) {
139 >    if(myIntegrableObjects[i] != NULL ) {
140        
141 <      myAtoms[i]->getPos( aPos );
141 >      myIntegrableObjects[i]->getPos( aPos );
142        
143        for (j=0; j< 3; j++)
144          aPos[j] += delta[j];
145  
146 <      myAtoms[i]->setPos( aPos );
146 >      myIntegrableObjects[i]->setPos( aPos );
147      }
148    }
149  
150 <  for(i=0; i<nRigidBodies; i++) {
150 >  for(i=0; i<myRigidBodies.size(); i++) {
151  
152 –    if (myRigidBodies[i] != NULL) {
153 –      
152        myRigidBodies[i]->getPos( aPos );
153  
154        for (j=0; j< 3; j++)
# Line 158 | Line 156 | void Molecule::moveCOM(double delta[3]){
156        
157        myRigidBodies[i]->setPos( aPos );
158      }
161 –  }  
159   }
160  
161   void Molecule::atoms2rigidBodies( void ) {
162    int i;
163 <  for (i = 0; i < nRigidBodies; i++) {
164 <    if (myRigidBodies[i] != NULL) {
168 <      myRigidBodies[i]->calcForcesAndTorques();  
169 <    }
163 >  for (i = 0; i < myRigidBodies.size(); i++) {
164 >    myRigidBodies[i]->calcForcesAndTorques();  
165    }
166   }
167  
# Line 181 | Line 176 | void Molecule::getCOM( double COM[3] ) {
176  
177    mtot   = 0.0;
178  
179 <  for (i=0; i < nAtoms; i++) {
180 <    if (myAtoms[i] != NULL) {
179 >  for (i=0; i < myIntegrableObjects.size(); i++) {
180 >    if (myIntegrableObjects[i] != NULL) {
181  
182 <      mass = myAtoms[i]->getMass();
182 >      mass = myIntegrableObjects[i]->getMass();
183        mtot   += mass;
184        
185 <      myAtoms[i]->getPos( aPos );
185 >      myIntegrableObjects[i]->getPos( aPos );
186  
187        for( j = 0; j < 3; j++)
188          COM[j] += aPos[j] * mass;
# Line 211 | Line 206 | double Molecule::getCOMvel( double COMvel[3] ) {
206  
207    mtot   = 0.0;
208  
209 <  for (i=0; i < nAtoms; i++) {
210 <    if (myAtoms[i] != NULL) {
209 >  for (i=0; i < myIntegrableObjects.size(); i++) {
210 >    if (myIntegrableObjects[i] != NULL) {
211  
212 <      mass = myAtoms[i]->getMass();
212 >      mass = myIntegrableObjects[i]->getMass();
213        mtot   += mass;
214  
215 <      myAtoms[i]->getVel(aVel);
215 >      myIntegrableObjects[i]->getVel(aVel);
216  
217        for (j=0; j<3; j++)
218          COMvel[j] += aVel[j]*mass;
# Line 234 | Line 229 | double Molecule::getTotalMass()
229  
230   double Molecule::getTotalMass()
231   {
232 <  int natoms;
238 <  Atom** atoms;
232 >
233    double totalMass;
234    
241 –  natoms = getNAtoms();
242 –  atoms = getMyAtoms();
235    totalMass = 0;
236 <  for(int i =0; i < natoms; i++){
237 <    totalMass += atoms[i]->getMass();
236 >  for(int i =0; i < myIntegrableObjects.size(); i++){
237 >    totalMass += myIntegrableObjects[i]->getMass();
238    }
239  
240    return totalMass;

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines