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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Integrator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Integrator.cpp (file contents):
Revision 563 by mmeineke, Mon Jun 23 21:24:03 2003 UTC vs.
Revision 601 by gezelter, Mon Jul 14 23:06:09 2003 UTC

# Line 72 | Line 72 | void Integrator::checkConstraints( void ){
72      for(int j=0; j<molecules[i].getNBonds(); j++){
73        
74        constrained = theArray[j]->is_constrained();
75 +
76 +      std::cerr << "Is the folowing bond constrained \n";
77 +      theArray[j]->printMe();
78        
79        if(constrained){
80          
81 +        std::cerr << "Yes\n";
82 +
83          dummy_plug = theArray[j]->get_constraint();
84          temp_con[nConstrained].set_a( dummy_plug->get_a() );
85          temp_con[nConstrained].set_b( dummy_plug->get_b() );
# Line 82 | Line 87 | void Integrator::checkConstraints( void ){
87          
88          nConstrained++;
89          constrained = 0;
90 <      }
90 >      }
91 >      else std::cerr << "No.\n";
92      }
93  
94      theArray = (SRI**) molecules[i].getMyBends();
# Line 138 | Line 144 | void Integrator::checkConstraints( void ){
144        constrainedB[i] = temp_con[i].get_b();
145        constrainedDsqr[i] = temp_con[i].get_dsqr();
146  
141 –      cerr << "constraint " << constrainedA[i] << " <-> " << constrainedB[i]
142 –           << " => " << constrainedDsqr[i] << "\n";
147      }
148  
149      
# Line 174 | Line 178 | void Integrator::integrate( void ){
178    int calcPot, calcStress;
179    int isError;
180  
177 –
178 –
181    tStats   = new Thermo( info );
182    statOut  = new StatWriter( info );
183    dumpOut  = new DumpWriter( info );
# Line 213 | Line 215 | void Integrator::integrate( void ){
215            "The integrator is ready to go." );
216    MPIcheckPoint();
217   #endif // is_mpi
216 –
217 –
218 –  pos  = Atom::getPosArray();
219 –  vel  = Atom::getVelArray();
220 –  frc  = Atom::getFrcArray();
221 –  trq  = Atom::getTrqArray();
222 –  Amat = Atom::getAmatArray();
218  
219    while( currTime < runTime ){
220  
# Line 259 | Line 254 | void Integrator::integrate( void ){
254  
255    }
256  
257 <  dumpOut->writeFinal();
257 >  dumpOut->writeFinal(currTime);
258  
259    delete dumpOut;
260    delete statOut;
# Line 289 | Line 284 | void Integrator::moveA( void ){
284  
285   void Integrator::moveA( void ){
286    
287 <  int i,j,k;
293 <  int atomIndex, aMatIndex;
287 >  int i, j;
288    DirectionalAtom* dAtom;
289 <  double Tb[3];
290 <  double ji[3];
289 >  double Tb[3], ji[3];
290 >  double A[3][3], I[3][3];
291    double angle;
292 +  double vel[3], pos[3], frc[3];
293 +  double mass;
294  
295    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
296 <    atomIndex = i * 3;
297 <    aMatIndex = i * 9;
298 <    
299 <    // velocity half step
304 <    for( j=atomIndex; j<(atomIndex+3); j++ )
305 <      vel[j] += ( dt2 * frc[j] / atoms[i]->getMass() ) * eConvert;
296 >
297 >    atoms[i]->getVel( vel );
298 >    atoms[i]->getPos( pos );
299 >    atoms[i]->getFrc( frc );
300  
301 <    // position whole step    
302 <    for( j=atomIndex; j<(atomIndex+3); j++ )
301 >    mass = atoms[i]->getMass();
302 >
303 >    for (j=0; j < 3; j++) {
304 >      // velocity half step
305 >      vel[j] += ( dt2 * frc[j] / mass ) * eConvert;
306 >      // position whole step
307        pos[j] += dt * vel[j];
308 +    }
309  
310 <  
310 >    atoms[i]->setVel( vel );
311 >    atoms[i]->setPos( pos );
312 >
313      if( atoms[i]->isDirectional() ){
314  
315        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
316            
317        // get and convert the torque to body frame
318        
319 <      Tb[0] = dAtom->getTx();
319 <      Tb[1] = dAtom->getTy();
320 <      Tb[2] = dAtom->getTz();
321 <      
319 >      dAtom->getTrq( Tb );
320        dAtom->lab2Body( Tb );
321 <      
321 >
322        // get the angular momentum, and propagate a half step
323 +
324 +      dAtom->getJ( ji );
325 +
326 +      for (j=0; j < 3; j++)
327 +        ji[j] += (dt2 * Tb[j]) * eConvert;
328        
326 –      ji[0] = dAtom->getJx() + ( dt2 * Tb[0] ) * eConvert;
327 –      ji[1] = dAtom->getJy() + ( dt2 * Tb[1] ) * eConvert;
328 –      ji[2] = dAtom->getJz() + ( dt2 * Tb[2] ) * eConvert;
329 –      
329        // use the angular velocities to propagate the rotation matrix a
330        // full time step
331 <      
331 >
332 >      dAtom->getA(A);
333 >      dAtom->getI(I);
334 >    
335        // rotate about the x-axis      
336 <      angle = dt2 * ji[0] / dAtom->getIxx();
337 <      this->rotate( 1, 2, angle, ji, &Amat[aMatIndex] );
338 <      
336 >      angle = dt2 * ji[0] / I[0][0];
337 >      this->rotate( 1, 2, angle, ji, A );
338 >
339        // rotate about the y-axis
340 <      angle = dt2 * ji[1] / dAtom->getIyy();
341 <      this->rotate( 2, 0, angle, ji, &Amat[aMatIndex] );
340 >      angle = dt2 * ji[1] / I[1][1];
341 >      this->rotate( 2, 0, angle, ji, A );
342        
343        // rotate about the z-axis
344 <      angle = dt * ji[2] / dAtom->getIzz();
345 <      this->rotate( 0, 1, angle, ji, &Amat[aMatIndex] );
344 >      angle = dt * ji[2] / I[2][2];
345 >      this->rotate( 0, 1, angle, ji, A);
346        
347        // rotate about the y-axis
348 <      angle = dt2 * ji[1] / dAtom->getIyy();
349 <      this->rotate( 2, 0, angle, ji, &Amat[aMatIndex] );
348 >      angle = dt2 * ji[1] / I[1][1];
349 >      this->rotate( 2, 0, angle, ji, A );
350        
351         // rotate about the x-axis
352 <      angle = dt2 * ji[0] / dAtom->getIxx();
353 <      this->rotate( 1, 2, angle, ji, &Amat[aMatIndex] );
352 >      angle = dt2 * ji[0] / I[0][0];
353 >      this->rotate( 1, 2, angle, ji, A );
354        
355 <      dAtom->setJx( ji[0] );
356 <      dAtom->setJy( ji[1] );
357 <      dAtom->setJz( ji[2] );
358 <    }
359 <    
355 >
356 >      dAtom->setJ( ji );
357 >      dAtom->setA( A  );
358 >          
359 >    }    
360    }
361   }
362  
363  
364   void Integrator::moveB( void ){
365 <  int i,j,k;
364 <  int atomIndex;
365 >  int i, j;
366    DirectionalAtom* dAtom;
367 <  double Tb[3];
368 <  double ji[3];
367 >  double Tb[3], ji[3];
368 >  double vel[3], frc[3];
369 >  double mass;
370  
371    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
372 <    atomIndex = i * 3;
372 >
373 >    atoms[i]->getVel( vel );
374 >    atoms[i]->getFrc( frc );
375  
376 <    // velocity half step
373 <    for( j=atomIndex; j<(atomIndex+3); j++ )
374 <      vel[j] += ( dt2 * frc[j] / atoms[i]->getMass() ) * eConvert;
376 >    mass = atoms[i]->getMass();
377  
378 +    // velocity half step
379 +    for (j=0; j < 3; j++)
380 +      vel[j] += ( dt2 * frc[j] / mass ) * eConvert;
381 +    
382 +    atoms[i]->setVel( vel );
383 +
384      if( atoms[i]->isDirectional() ){
385 <      
385 >
386        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
387 <      
388 <      // get and convert the torque to body frame
389 <      
390 <      Tb[0] = dAtom->getTx();
383 <      Tb[1] = dAtom->getTy();
384 <      Tb[2] = dAtom->getTz();
385 <      
387 >
388 >      // get and convert the torque to body frame      
389 >
390 >      dAtom->getTrq( Tb );
391        dAtom->lab2Body( Tb );
392 +
393 +      // get the angular momentum, and propagate a half step
394 +
395 +      dAtom->getJ( ji );
396 +
397 +      for (j=0; j < 3; j++)
398 +        ji[j] += (dt2 * Tb[j]) * eConvert;
399        
400 <      // get the angular momentum, and complete the angular momentum
401 <      // half step
390 <      
391 <      ji[0] = dAtom->getJx() + ( dt2 * Tb[0] ) * eConvert;
392 <      ji[1] = dAtom->getJy() + ( dt2 * Tb[1] ) * eConvert;
393 <      ji[2] = dAtom->getJz() + ( dt2 * Tb[2] ) * eConvert;
394 <      
395 <      dAtom->setJx( ji[0] );
396 <      dAtom->setJy( ji[1] );
397 <      dAtom->setJz( ji[2] );
400 >
401 >      dAtom->setJ( ji );
402      }
403    }
400 –
404   }
405  
406   void Integrator::preMove( void ){
407 <  int i;
407 >  int i, j;
408 >  double pos[3];
409  
410    if( nConstrained ){
411  
412 <    for(i=0; i<(nAtoms*3); i++) oldPos[i] = pos[i];
413 <  }
414 < }  
412 >    for(i=0; i < nAtoms; i++) {
413 >
414 >      atoms[i]->getPos( pos );
415  
416 +      for (j = 0; j < 3; j++) {        
417 +        oldPos[3*i + j] = pos[j];
418 +      }
419 +
420 +    }
421 +  }  
422 + }
423 +
424   void Integrator::constrainA(){
425  
426    int i,j,k;
427    int done;
428 <  double pxab, pyab, pzab;
429 <  double rxab, ryab, rzab;
428 >  double posA[3], posB[3];
429 >  double velA[3], velB[3];
430 >  double pab[3];
431 >  double rab[3];
432    int a, b, ax, ay, az, bx, by, bz;
433    double rma, rmb;
434    double dx, dy, dz;
# Line 424 | Line 438 | void Integrator::constrainA(){
438    double gab;
439    int iteration;
440  
441 <
428 <  
429 <  for( i=0; i<nAtoms; i++){
430 <    
441 >  for( i=0; i<nAtoms; i++){    
442      moving[i] = 0;
443      moved[i]  = 1;
444    }
445 <  
435 <  
445 >
446    iteration = 0;
447    done = 0;
448    while( !done && (iteration < maxIteration )){
# Line 451 | Line 461 | void Integrator::constrainA(){
461        by = (b*3) + 1;
462        bz = (b*3) + 2;
463  
454 –
464        if( moved[a] || moved[b] ){
465 <        
466 <        pxab = pos[ax] - pos[bx];
467 <        pyab = pos[ay] - pos[by];
468 <        pzab = pos[az] - pos[bz];
465 >        
466 >        atoms[a]->getPos( posA );
467 >        atoms[b]->getPos( posB );
468 >        
469 >        for (j = 0; j < 3; j++ )
470 >          pab[j] = posA[j] - posB[j];
471 >        
472 >        //periodic boundary condition
473  
474 <        //periodic boundary condition
475 <        pxab = pxab - info->box_x * copysign(1, pxab)
476 <          * (int)( fabs(pxab / info->box_x) + 0.5);
477 <        pyab = pyab - info->box_y * copysign(1, pyab)
465 <          * (int)( fabs(pyab / info->box_y) + 0.5);
466 <        pzab = pzab - info->box_z * copysign(1, pzab)
467 <          * (int)( fabs(pzab / info->box_z) + 0.5);
468 <      
469 <        pabsq = pxab * pxab + pyab * pyab + pzab * pzab;
474 >        info->wrapVector( pab );
475 >
476 >        pabsq = pab[0] * pab[0] + pab[1] * pab[1] + pab[2] * pab[2];
477 >
478          rabsq = constrainedDsqr[i];
479 <        diffsq = pabsq - rabsq;
479 >        diffsq = rabsq - pabsq;
480  
481          // the original rattle code from alan tidesley
482          if (fabs(diffsq) > (tol*rabsq*2)) {
483 <          rxab = oldPos[ax] - oldPos[bx];
484 <          ryab = oldPos[ay] - oldPos[by];
485 <          rzab = oldPos[az] - oldPos[bz];
478 <
479 <          rxab = rxab - info->box_x * copysign(1, rxab)
480 <            * (int)( fabs(rxab / info->box_x) + 0.5);
481 <          ryab = ryab - info->box_y * copysign(1, ryab)
482 <            * (int)( fabs(ryab / info->box_y) + 0.5);
483 <          rzab = rzab - info->box_z * copysign(1, rzab)
484 <            * (int)( fabs(rzab / info->box_z) + 0.5);
483 >          rab[0] = oldPos[ax] - oldPos[bx];
484 >          rab[1] = oldPos[ay] - oldPos[by];
485 >          rab[2] = oldPos[az] - oldPos[bz];
486  
487 <          rpab = rxab * pxab + ryab * pyab + rzab * pzab;
487 >          info->wrapVector( rab );
488 >
489 >          rpab = rab[0] * pab[0] + rab[1] * pab[1] + rab[2] * pab[2];
490 >
491            rpabsq = rpab * rpab;
492  
493  
494            if (rpabsq < (rabsq * -diffsq)){
495  
492 –            cerr << "rpabsq = " << rpabsq << ", rabsq = " << rabsq
493 –                 << ", -diffsq = " << -diffsq << "\n";
494 –
496   #ifdef IS_MPI
497              a = atoms[a]->getGlobalIndex();
498              b = atoms[b]->getGlobalIndex();
# Line 505 | Line 506 | void Integrator::constrainA(){
506  
507            rma = 1.0 / atoms[a]->getMass();
508            rmb = 1.0 / atoms[b]->getMass();
509 <          
509 >
510            gab = diffsq / ( 2.0 * ( rma + rmb ) * rpab );
510 –          dx = rxab * gab;
511 –          dy = ryab * gab;
512 –          dz = rzab * gab;
511  
512 <          pos[ax] += rma * dx;
513 <          pos[ay] += rma * dy;
514 <          pos[az] += rma * dz;
512 >          dx = rab[0] * gab;
513 >          dy = rab[1] * gab;
514 >          dz = rab[2] * gab;
515  
516 <          pos[bx] -= rmb * dx;
517 <          pos[by] -= rmb * dy;
518 <          pos[bz] -= rmb * dz;
516 >          posA[0] += rma * dx;
517 >          posA[1] += rma * dy;
518 >          posA[2] += rma * dz;
519  
520 +          atoms[a]->setPos( posA );
521 +
522 +          posB[0] -= rmb * dx;
523 +          posB[1] -= rmb * dy;
524 +          posB[2] -= rmb * dz;
525 +
526 +          atoms[b]->setPos( posB );
527 +
528            dx = dx / dt;
529            dy = dy / dt;
530            dz = dz / dt;
531  
532 <          vel[ax] += rma * dx;
527 <          vel[ay] += rma * dy;
528 <          vel[az] += rma * dz;
532 >          atoms[a]->getVel( velA );
533  
534 <          vel[bx] -= rmb * dx;
535 <          vel[by] -= rmb * dy;
536 <          vel[bz] -= rmb * dz;
534 >          velA[0] += rma * dx;
535 >          velA[1] += rma * dy;
536 >          velA[2] += rma * dz;
537  
538 +          atoms[a]->setVel( velA );
539 +
540 +          atoms[b]->getVel( velB );
541 +
542 +          velB[0] -= rmb * dx;
543 +          velB[1] -= rmb * dy;
544 +          velB[2] -= rmb * dz;
545 +
546 +          atoms[b]->setVel( velB );
547 +
548            moving[a] = 1;
549            moving[b] = 1;
550            done = 0;
# Line 545 | Line 559 | void Integrator::constrainA(){
559      }
560  
561      iteration++;
548 –    cerr << "iterainA = " << iteration << "\n";
562    }
563  
564    if( !done ){
# Line 563 | Line 576 | void Integrator::constrainB( void ){
576    
577    int i,j,k;
578    int done;
579 +  double posA[3], posB[3];
580 +  double velA[3], velB[3];
581    double vxab, vyab, vzab;
582 <  double rxab, ryab, rzab;
582 >  double rab[3];
583    int a, b, ax, ay, az, bx, by, bz;
584    double rma, rmb;
585    double dx, dy, dz;
# Line 581 | Line 596 | void Integrator::constrainB( void ){
596    done = 0;
597    iteration = 0;
598    while( !done && (iteration < maxIteration ) ){
599 +
600 +    done = 1;
601  
602      for(i=0; i<nConstrained; i++){
603        
604        a = constrainedA[i];
605        b = constrainedB[i];
606  
607 <      ax = 3*a +0;
608 <      ay = 3*a +1;
609 <      az = 3*a +2;
607 >      ax = (a*3) + 0;
608 >      ay = (a*3) + 1;
609 >      az = (a*3) + 2;
610  
611 <      bx = 3*b +0;
612 <      by = 3*b +1;
613 <      bz = 3*b +2;
611 >      bx = (b*3) + 0;
612 >      by = (b*3) + 1;
613 >      bz = (b*3) + 2;
614  
615        if( moved[a] || moved[b] ){
599 –        
600 –        vxab = vel[ax] - vel[bx];
601 –        vyab = vel[ay] - vel[by];
602 –        vzab = vel[az] - vel[bz];
616  
617 <        rxab = pos[ax] - pos[bx];
618 <        ryab = pos[ay] - pos[by];
619 <        rzab = pos[az] - pos[bz];
620 <        
621 <        rxab = rxab - info->box_x * copysign(1, rxab)
622 <          * (int)( fabs(rxab / info->box_x) + 0.5);
610 <        ryab = ryab - info->box_y * copysign(1, ryab)
611 <          * (int)( fabs(ryab / info->box_y) + 0.5);
612 <        rzab = rzab - info->box_z * copysign(1, rzab)
613 <          * (int)( fabs(rzab / info->box_z) + 0.5);
617 >        atoms[a]->getVel( velA );
618 >        atoms[b]->getVel( velB );
619 >          
620 >        vxab = velA[0] - velB[0];
621 >        vyab = velA[1] - velB[1];
622 >        vzab = velA[2] - velB[2];
623  
624 +        atoms[a]->getPos( posA );
625 +        atoms[b]->getPos( posB );
626 +
627 +        for (j = 0; j < 3; j++)
628 +          rab[j] = posA[j] - posB[j];
629 +          
630 +        info->wrapVector( rab );
631 +        
632          rma = 1.0 / atoms[a]->getMass();
633          rmb = 1.0 / atoms[b]->getMass();
634  
635 <        rvab = rxab * vxab + ryab * vyab + rzab * vzab;
635 >        rvab = rab[0] * vxab + rab[1] * vyab + rab[2] * vzab;
636            
637          gab = -rvab / ( ( rma + rmb ) * constrainedDsqr[i] );
638  
639          if (fabs(gab) > tol) {
640            
641 <          dx = rxab * gab;
642 <          dy = ryab * gab;
643 <          dz = rzab * gab;
644 <          
645 <          vel[ax] += rma * dx;
646 <          vel[ay] += rma * dy;
647 <          vel[az] += rma * dz;
641 >          dx = rab[0] * gab;
642 >          dy = rab[1] * gab;
643 >          dz = rab[2] * gab;
644 >        
645 >          velA[0] += rma * dx;
646 >          velA[1] += rma * dy;
647 >          velA[2] += rma * dz;
648  
649 <          vel[bx] -= rmb * dx;
650 <          vel[by] -= rmb * dy;
651 <          vel[bz] -= rmb * dz;
649 >          atoms[a]->setVel( velA );
650 >
651 >          velB[0] -= rmb * dx;
652 >          velB[1] -= rmb * dy;
653 >          velB[2] -= rmb * dz;
654 >
655 >          atoms[b]->setVel( velB );
656            
657            moving[a] = 1;
658            moving[b] = 1;
# Line 647 | Line 668 | void Integrator::constrainB( void ){
668      
669      iteration++;
670    }
671 <
671 >  
672    if( !done ){
673  
674    
# Line 660 | Line 681 | void Integrator::constrainB( void ){
681  
682   }
683  
663 –
664 –
665 –
666 –
667 –
668 –
684   void Integrator::rotate( int axes1, int axes2, double angle, double ji[3],
685 <                         double A[9] ){
685 >                         double A[3][3] ){
686  
687    int i,j,k;
688    double sinAngle;
# Line 683 | Line 698 | void Integrator::rotate( int axes1, int axes2, double
698  
699    for(i=0; i<3; i++){
700      for(j=0; j<3; j++){
701 <      tempA[j][i] = A[3*i + j];
701 >      tempA[j][i] = A[i][j];
702      }
703    }
704  
# Line 740 | Line 755 | void Integrator::rotate( int axes1, int axes2, double
755  
756    for(i=0; i<3; i++){
757      for(j=0; j<3; j++){
758 <      A[3*j + i] = 0.0;
758 >      A[j][i] = 0.0;
759        for(k=0; k<3; k++){
760 <        A[3*j + i] += tempA[i][k] * rot[j][k];
760 >        A[j][i] += tempA[i][k] * rot[j][k];
761        }
762      }
763    }

Diff Legend

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+ Added lines
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> Changed lines