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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 837 by tim, Wed Oct 29 00:19:10 2003 UTC vs.
Revision 926 by tim, Mon Jan 12 20:37:59 2004 UTC

# Line 7 | Line 7
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 69 | Line 66 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67  
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76   #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89   #else //is_mpi
90    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91   #endif //is_mpi
# Line 84 | Line 95 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96    double pos[3], vel[3];
97  
87 –
98    // write current frame to the eor file
99  
100    this->writeFinal( currentTime );
# Line 150 | Line 160 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  
165 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
166 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
167 >  if (flag) {
168 >    MAXTAG = *tagub;
169 >  } else {
170 >    MAXTAG = 32767;
171 >  }  
172  
156 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
173    int haveError;
174  
175    MPI_Status istatus;
# Line 162 | Line 178 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
178    // write out header and node 0's coordinates
179  
180    if( worldRank == 0 ){
181 +
182 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
183 +
184 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
185 +    potatoes = new int[nProc];
186 +
187 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
188 +      potatoes[i] = 0;
189 +    
190      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
191  
192      outFile << currentTime << ";\t"
# Line 180 | Line 205 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
205      outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
206      outFile << endl;
207      outFile.flush();
208 +
209      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
210 +      
211        // Get the Node number which has this atom;
212 <
212 >      
213        which_node = AtomToProcMap[i];
214 +      
215 +      if (which_node != 0) {
216  
217 <      if (which_node == 0 ) {
217 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
218 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
219 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
220  
221 +          potatoes[which_node] = 0;          
222 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
223 +          
224 +        }
225 +
226 +        myPotato = potatoes[which_node];        
227 +        
228 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
229 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
230 +        
231 +        //strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
232 +        
233 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
234 +
235 +        //atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
236 +        atomTypeString = MPIatomTypeString;
237 +        
238 +        myPotato++;
239 +
240 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 +              
243 +        myPotato++;
244 +
245 +        if (isDirectional) {          
246 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 +        } else {
249 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 +        }
252 +        
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256 +      } else {
257 +        
258          haveError = 0;
259          which_atom = i;
260          local_index=-1;
261 +        
262          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264          }
265 +        
266          if (local_index != -1) {
267 <          //format the line
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269  
270            atoms[local_index]->getPos(pos);
271 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272  
273 <          sprintf( tempBuffer,
274 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
275 <                   atoms[local_index]->getType(),
205 <                   pos[0],
206 <                   pos[1],
207 <                   pos[2],
208 <                   vel[0],
209 <                   vel[1],
210 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276  
277 +          atomData6[3] = vel[0];
278 +          atomData6[4] = vel[1];
279 +          atomData6[5] = vel[2];
280 +          
281 +          isDirectional = 0;
282 +
283            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284  
285 +            isDirectional = 1;
286 +            
287              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288              dAtom->getQ( q );
289  
290 <            sprintf( tempBuffer,
291 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
292 <                     q[0],
293 <                     q[1],
294 <                     q[2],
295 <                     q[3],
296 <                     dAtom->getJx(),
297 <                     dAtom->getJy(),
298 <                     dAtom->getJz());
299 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
300 <
301 <          }
302 <          else
303 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
290 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
292 >            
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304            sprintf(painCave.errMsg,
305                    "Atom %d not found on processor %d\n",
306                    i, worldRank );
307            haveError= 1;
308            simError();
309          }
310 <
311 <        if(haveError) nodeZeroError();
312 <
310 >        
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313        }
314 <      else {
315 <        myStatus = 1;
316 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
317 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
318 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
319 <                 MPI_COMM_WORLD);
320 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
321 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
323 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
324 <
325 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
326 <
314 >      // If we've survived to here, format the line:
315 >      
316 >      if (!isDirectional) {
317 >        
318 >        sprintf( tempBuffer,
319 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
320 >                 atomTypeString,
321 >                 atomData6[0],
322 >                 atomData6[1],
323 >                 atomData6[2],
324 >                 atomData6[3],
325 >                 atomData6[4],
326 >                 atomData6[5]);
327 >        
328 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
329 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
330 >        
331 >      } else {
332 >        
333 >        sprintf( tempBuffer,
334 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
335 >                 atomTypeString,
336 >                 atomData13[0],
337 >                 atomData13[1],
338 >                 atomData13[2],
339 >                 atomData13[3],
340 >                 atomData13[4],
341 >                 atomData13[5],
342 >                 atomData13[6],
343 >                 atomData13[7],
344 >                 atomData13[8],
345 >                 atomData13[9],
346 >                 atomData13[10],
347 >                 atomData13[11],
348 >                 atomData13[12]);
349 >        
350 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
351 >        
352        }
353 <
353 >      
354        outFile << writeLine;
355        outFile.flush();
356      }
357 +    
358  
359 <    // kill everyone off:
360 <    myStatus = -1;
361 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
362 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
363 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
268 <    }
269 <
359 >    outFile.flush();
360 >    sprintf( checkPointMsg,
361 >             "Sucessfully took a dump.\n");
362 >    MPIcheckPoint();        
363 >    delete[] potatoes;
364    } else {
365  
366 <    done = 0;
273 <    while (!done) {
274 <
275 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
276 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
366 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
367  
368 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
368 >    // Set my magic potato to 0:
369  
370 <      if(myStatus < 0) break;
370 >    myPotato = 0;
371 >    
372 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373 >      
374 >      // Am I the node which has this atom?
375 >      
376 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
377  
378 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
283 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
378 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
379  
380 <      myStatus = 1;
381 <      local_index=-1;
382 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
288 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
289 <      }
290 <      if (local_index != -1) {
291 <        //format the line
380 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
381 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
382 >          // node 0 says we can go:
383  
384 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
385 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
384 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
385 >          
386 >        }
387 >        which_atom = i;
388 >        local_index=-1;
389 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
390 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
391 >        }
392 >        if (local_index != -1) {
393 >        
394 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
395  
396 <        sprintf( tempBuffer,
397 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
298 <                 atoms[local_index]->getType(),
299 <                 pos[0],
300 <                 pos[1],
301 <                 pos[2],
302 <                 vel[0],
303 <                 vel[1],
304 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
396 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
397 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
398  
399 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
399 >          atomData6[0] = pos[0];
400 >          atomData6[1] = pos[1];
401 >          atomData6[2] = pos[2];
402  
403 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
404 <          dAtom->getQ( q );
403 >          atomData6[3] = vel[0];
404 >          atomData6[4] = vel[1];
405 >          atomData6[5] = vel[2];
406 >          
407 >          isDirectional = 0;
408  
409 <          sprintf( tempBuffer,
410 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
411 <                   q[0],
412 <                   q[1],
413 <                   q[2],
414 <                   q[3],
415 <                   dAtom->getJx(),
416 <                   dAtom->getJy(),
417 <                   dAtom->getJz());
418 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
409 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
410 >
411 >            isDirectional = 1;
412 >            
413 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
414 >            dAtom->getQ( q );
415 >            
416 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
417 >              atomData13[j] = atomData6[j];
418 >            
419 >            atomData13[6] = q[0];
420 >            atomData13[7] = q[1];
421 >            atomData13[8] = q[2];
422 >            atomData13[9] = q[3];
423 >
424 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
425 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
426 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
427 >          }
428 >
429 >        } else {
430 >          sprintf(painCave.errMsg,
431 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
432 >                  i, worldRank );
433 >          haveError= 1;
434 >          simError();
435          }
323 –        else{
324 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 –        }
326 –      }
327 –      else {
328 –        sprintf(painCave.errMsg,
329 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 –                which_atom, worldRank );
331 –        myStatus = 0;
332 –        simError();
436  
437 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
335 <      }
437 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
438  
439 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
339 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
340 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
341 <    }
342 <  }
343 <  outFile.flush();
344 <  sprintf( checkPointMsg,
345 <           "Sucessfully took a dump.\n");
346 <  MPIcheckPoint();
439 >        // null terminate the string before sending (just in case):
440 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
441  
442 < // last  thing last, enable  fatalities.
443 <  painCave.isEventLoop = 0;
442 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
443 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
444 >        
445 >        myPotato++;
446  
447 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
448 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
449 +        
450 +        myPotato++;
451 +        
452 +        if (isDirectional) {
453 +
454 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
455 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
456 +          
457 +        } else {
458 +
459 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
460 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
461 +        }
462 +
463 +        myPotato++;      
464 +      }
465 +    }
466 +
467 +    sprintf( checkPointMsg,
468 +             "Sucessfully took a dump.\n");
469 +    MPIcheckPoint();        
470 +    
471 +  }
472 +  
473   #endif // is_mpi
474   }
475  
# Line 357 | Line 479 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
479    ofstream finalOut;
480  
481    const int BUFFERSIZE = 2000;
482 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
483    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
484    char writeLine[BUFFERSIZE];
485  
# Line 365 | Line 488 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
488    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
489    int i;
490   #ifdef IS_MPI
491 +  
492 +  int *potatoes;
493 +  int myPotato;
494 +
495 +  int nProc;
496    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
497 +  double atomData6[6];
498 +  double atomData13[13];
499 +  int isDirectional;
500 +  char* atomTypeString;
501 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
502 +
503   #else //is_mpi
504    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
505   #endif //is_mpi
# Line 461 | Line 595 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
595  
596   #else // is_mpi
597  
598 <  // first thing first, suspend fatalities.
599 <  painCave.isEventLoop = 1;
598 >  /* code to find maximum tag value */
599 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
600 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
601 >  if (flag) {
602 >    MAXTAG = *tagub;
603 >  } else {
604 >    MAXTAG = 32767;
605 >  }  
606  
467 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
607    int haveError;
608  
609    MPI_Status istatus;
# Line 472 | Line 611 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
611  
612    // write out header and node 0's coordinates
613  
475 –  haveError = 0;
614    if( worldRank == 0 ){
615 +
616 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
617 +
618 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
619 +    potatoes = new int[nProc];
620 +
621 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
622 +      potatoes[i] = 0;
623 +    
624      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
625  
626      finalOut << finalTime << ";\t"
627 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
628 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
629 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
483 <
484 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
485 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
486 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
630  
631 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
632 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
633 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
631 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
634  
635 <    //write out additional parameters, such as chi and eta
635 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
637 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
638 >
639      finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
640      finalOut << endl;
641 +    finalOut.flush();
642  
643      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
644 <      // Get the Node number which has this molecule:
645 <
644 >      
645 >      // Get the Node number which has this atom;
646 >      
647        which_node = AtomToProcMap[i];
648 +      
649 +      if (which_node != 0) {
650  
651 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
651 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
652 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
653 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
654  
655 +          potatoes[which_node] = 0;          
656 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
657 +          
658 +        }
659 +
660 +        myPotato = potatoes[which_node];        
661 +        
662 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
663 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
664 +        
665 +        atomTypeString = MPIatomTypeString;
666 +                
667 +        myPotato++;
668 +
669 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
670 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
671 +              
672 +        myPotato++;
673 +
674 +        if (isDirectional) {          
675 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
676 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
677 +        } else {
678 +          printf("inside \n");  
679 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681 +        }
682 +        
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685 +
686 +      } else {
687 +        
688 +        haveError = 0;
689          which_atom = i;
690          local_index=-1;
691 +        
692          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694          }
695 +        
696          if (local_index != -1) {
697 +          
698 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700            atoms[local_index]->getPos(pos);
701 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702  
703 <          sprintf( tempBuffer,
704 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
705 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706  
707 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712  
713 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714  
715 <            sprintf( tempBuffer,
716 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
717 <                     q[0],
718 <                     q[1],
719 <                     q[2],
720 <                     q[3],
721 <                     dAtom->getJx(),
722 <                     dAtom->getJy(),
723 <                     dAtom->getJz());
724 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
725 <          }
726 <          else
727 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
728 <        }
729 <        else {
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734            sprintf(painCave.errMsg,
735                    "Atom %d not found on processor %d\n",
736                    i, worldRank );
737            haveError= 1;
738            simError();
739          }
740 <
741 <        if(haveError) nodeZeroError();
742 <
740 >        
741 >        if(haveError) DieDieDie();
742 >        
743        }
554 –      else {
744  
556 –        myStatus = 1;
557 –        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
558 –                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
559 –        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
560 –                 MPI_COMM_WORLD);
561 –        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
562 –                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
563 –        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 –                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
745  
746 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
746 >      // If we've survived to here, format the line:
747 >      
748 >      if (!isDirectional) {
749 >        
750 >        sprintf( tempBuffer,
751 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
752 >                 atomTypeString,
753 >                 atomData6[0],
754 >                 atomData6[1],
755 >                 atomData6[2],
756 >                 atomData6[3],
757 >                 atomData6[4],
758 >                 atomData6[5]);
759 >        
760 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
761 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
762 >        
763 >      } else {
764 >        
765 >        sprintf( tempBuffer,
766 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
767 >                 atomTypeString,
768 >                 atomData13[0],
769 >                 atomData13[1],
770 >                 atomData13[2],
771 >                 atomData13[3],
772 >                 atomData13[4],
773 >                 atomData13[5],
774 >                 atomData13[6],
775 >                 atomData13[7],
776 >                 atomData13[8],
777 >                 atomData13[9],
778 >                 atomData13[10],
779 >                 atomData13[11],
780 >                 atomData13[12]);
781 >        
782 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
783 >        
784        }
785 <
785 >        
786        finalOut << writeLine;
787 +      finalOut.flush();
788      }
789 +  
790 +    finalOut.flush();
791 +    sprintf( checkPointMsg,
792 +             "Sucessfully took a dump.\n");
793 +    delete[] potatoes;
794 +    
795 +    MPIcheckPoint();        
796 +    
797 +  } else {
798  
799 <    // kill everyone off:
573 <    myStatus = -1;
574 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
575 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
576 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
577 <    }
799 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
800  
801 <  } else {
801 >    // Set my magic potato to 0:
802  
803 <    done = 0;
804 <    while (!done) {
803 >    myPotato = 0;
804 >    
805 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
806 >      
807 >      // Am I the node which has this atom?
808 >      
809 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
810  
811 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
585 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
811 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
812  
813 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
813 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
814 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
815 >          // node 0 says we can go:
816  
817 <      if(myStatus < 0) break;
817 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
818 >          
819 >        }
820 >        which_atom = i;  
821 >        local_index=-1;
822 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
823 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
824 >        }
825 >        if (local_index != -1) {
826 >        
827 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
828  
829 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
830 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
829 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
830 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
831  
832 <      myStatus = 1;
833 <      local_index=-1;
834 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
597 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
598 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
832 >          atomData6[0] = pos[0];
833 >          atomData6[1] = pos[1];
834 >          atomData6[2] = pos[2];
835  
836 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
837 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
836 >          atomData6[3] = vel[0];
837 >          atomData6[4] = vel[1];
838 >          atomData6[5] = vel[2];
839 >          
840 >          isDirectional = 0;
841  
842 <        //format the line
605 <        sprintf( tempBuffer,
606 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
607 <                 atoms[local_index]->getType(),
608 <                 pos[0],
609 <                 pos[1],
610 <                 pos[2],
611 <                 vel[0],
612 <                 vel[1],
613 <                 vel[2]); // check here.
614 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
842 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
843  
844 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
844 >            isDirectional = 1;
845 >            
846 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
847 >            dAtom->getQ( q );
848 >            
849 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
850 >              atomData13[j] = atomData6[j];
851 >            
852 >            atomData13[6] = q[0];
853 >            atomData13[7] = q[1];
854 >            atomData13[8] = q[2];
855 >            atomData13[9] = q[3];
856  
857 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
858 <          dAtom->getQ( q );
857 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
858 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
859 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
860 >          }
861  
862 <          sprintf( tempBuffer,
863 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
864 <                   q[0],
865 <                   q[1],
866 <                   q[2],
867 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
862 >        } else {
863 >          sprintf(painCave.errMsg,
864 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
865 >                  i, worldRank );
866 >          haveError= 1;
867 >          simError();
868          }
632 –        else{
633 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 –        }
635 –      }
636 –      else {
637 –        sprintf(painCave.errMsg,
638 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 –                which_atom, worldRank );
640 –        myStatus = 0;
641 –        simError();
869  
870 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
644 <      }
870 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
871  
872 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
873 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
874 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
875 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
872 >        // null terminate the string before sending (just in case):
873 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
874 >
875 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
876 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
877 >        
878 >        myPotato++;
879 >
880 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
881 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
882 >        
883 >        myPotato++;
884 >        
885 >        if (isDirectional) {
886 >
887 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
888 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
889 >          
890 >        } else {
891 >
892 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
893 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
894 >        }
895 >
896 >        myPotato++;      
897 >      }
898      }
651 –  }
652 –  finalOut.flush();
653 –  sprintf( checkPointMsg,
654 –           "Sucessfully took a dump.\n");
655 –  MPIcheckPoint();
899  
900 +    sprintf( checkPointMsg,
901 +             "Sucessfully took a dump.\n");
902 +    MPIcheckPoint();        
903 +    
904 +  }
905 +  
906    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
907   #endif // is_mpi
908   }
# Line 664 | Line 913 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
913  
914   // a couple of functions to let us escape the write loop
915  
916 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
916 > void dWrite::DieDieDie( void ){
917  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
918    MPI_Finalize();
919    exit (0);
679 –
920   }
921  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
922   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines