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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 436 by chuckv, Fri Mar 28 21:45:03 2003 UTC vs.
Revision 927 by tim, Mon Jan 12 22:54:42 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 < #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
24 <
25 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 61 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 >
76 > #ifdef IS_MPI
77 >  
78 >  int *potatoes;
79 >  int myPotato;
80 >
81 >  int nProc;
82 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85 >  int isDirectional;
86 >  char* atomTypeString;
87 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 >
89 > #else //is_mpi
90 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 > #endif //is_mpi
92 >
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
72 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 114 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  MPI::Status istatus;
125 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
163 >  /* code to find maximum tag value */
164    
165 +  int *tagub, flag, MAXTAG;
166 +  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
167 +  if (flag) {
168 +    MAXTAG = *tagub;
169 +  } else {
170 +    MAXTAG = 32767;
171 +  }  
172 +
173 +  int haveError;
174 +
175 +  MPI_Status istatus;
176 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
177 +
178    // write out header and node 0's coordinates
179 <  
179 >
180    if( worldRank == 0 ){
181 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
181 >
182 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
183 >
184 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
185 >    potatoes = new int[nProc];
186 >
187 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
188 >      potatoes[i] = 0;
189      
190 <    outFile << currentTime << "\t"
191 <            << entry_plug->box_x << "\t"
192 <            << entry_plug->box_y << "\t"
193 <            << entry_plug->box_z << "\n";
190 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
191 >
192 >    outFile << currentTime << ";\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
195 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
196 >
197 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
199 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
200 >
201 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
203 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
204 >
205 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
206 >    outFile << endl;
207      outFile.flush();
208 +
209      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
210 +      
211        // Get the Node number which has this atom;
212        
213 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
213 >      which_node = AtomToProcMap[i];
214        
215 <      if (which_node == 0 ) {
215 >      if (which_node != 0) {
216 >
217 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
218 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
219 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
220 >
221 >          potatoes[which_node] = 0;          
222 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
223 >          
224 >        }
225 >
226 >        myPotato = potatoes[which_node];        
227 >        
228 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
229 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
230 >        
231 >        //strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
232 >        
233 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
234 >
235 >        //atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
236 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
237          
238 +        myPotato++;
239 +
240 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 +              
243 +        myPotato++;
244 +
245 +        if (isDirectional) {          
246 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 +        } else {
249 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 +        }
252 +        
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256 +      } else {
257 +        
258 +        haveError = 0;
259          which_atom = i;
260 <        local_index=-1;        
260 >        local_index=-1;
261 >        
262          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264          }
265 +        
266          if (local_index != -1) {
267 <          //format the line
268 <          sprintf( tempBuffer,
269 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 <                   atoms[local_index]->getType(),
271 <                   atoms[local_index]->getX(),
272 <                   atoms[local_index]->getY(),
273 <                   atoms[local_index]->getZ(),
274 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
275 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
276 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
277 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
278 <          
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269 >
270 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272 >
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276 >
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282 >
283            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 +
285 +            isDirectional = 1;
286              
287              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288              dAtom->getQ( q );
289 +
290 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
292              
293 <            sprintf( tempBuffer,
294 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
295 <                     q[0],
296 <                     q[1],
297 <                     q[2],
298 <                     q[3],
299 <                     dAtom->getJx(),
300 <                     dAtom->getJy(),
301 <                     dAtom->getJz());
302 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
303 <            
304 <          }
305 <          else
306 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304 >          sprintf(painCave.errMsg,
305 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
306 >                  i, worldRank );
307 >          haveError= 1;
308 >          simError();
309          }
182 –        else {
183 –          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
184 –        }
185 –      }
186 –      else {
310          
311 <        //std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
312 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
190 <        //std::cerr << "node 0: sent!\n";
191 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
192 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
193 <        //std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313        }
314 +      // If we've survived to here, format the line:
315        
316 +      if (!isDirectional) {
317 +        
318 +        sprintf( tempBuffer,
319 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
320 +                 atomTypeString,
321 +                 atomData6[0],
322 +                 atomData6[1],
323 +                 atomData6[2],
324 +                 atomData6[3],
325 +                 atomData6[4],
326 +                 atomData6[5]);
327 +        
328 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
329 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
330 +        
331 +      } else {
332 +        
333 +        sprintf( tempBuffer,
334 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
335 +                 atomTypeString,
336 +                 atomData13[0],
337 +                 atomData13[1],
338 +                 atomData13[2],
339 +                 atomData13[3],
340 +                 atomData13[4],
341 +                 atomData13[5],
342 +                 atomData13[6],
343 +                 atomData13[7],
344 +                 atomData13[8],
345 +                 atomData13[9],
346 +                 atomData13[10],
347 +                 atomData13[11],
348 +                 atomData13[12]);
349 +        
350 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
351 +        
352 +      }
353 +      
354        outFile << writeLine;
355        outFile.flush();
356      }
357      
200 –    // kill everyone off:
201 –    game_over = -1;
202 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
203 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
204 –    }
358  
359 +    outFile.flush();
360 +    sprintf( checkPointMsg,
361 +             "Sucessfully took a dump.\n");
362 +    MPIcheckPoint();        
363 +    delete[] potatoes;
364    } else {
365 +
366 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
367 +
368 +    // Set my magic potato to 0:
369 +
370 +    myPotato = 0;
371      
372 <    done = 0;
373 <    while (!done) {
374 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
375 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
376 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
377 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
378 <      if (which_atom == -1) {
379 <        done=1;
380 <        continue;
381 <      } else {
382 <        local_index=-1;        
372 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373 >      
374 >      // Am I the node which has this atom?
375 >      
376 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
377 >
378 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
379 >
380 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
381 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
382 >          // node 0 says we can go:
383 >
384 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
385 >          
386 >        }
387 >        which_atom = i;
388 >        local_index=-1;
389          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
390            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
391          }
392          if (local_index != -1) {
393 <          //format the line
394 <          sprintf( tempBuffer,
395 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
396 <                   atoms[local_index]->getType(),
397 <                   atoms[local_index]->getX(),
398 <                   atoms[local_index]->getY(),
399 <                   atoms[local_index]->getZ(),
400 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
401 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
402 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
403 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
404 <          
393 >        
394 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
395 >
396 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
397 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
398 >
399 >          atomData6[0] = pos[0];
400 >          atomData6[1] = pos[1];
401 >          atomData6[2] = pos[2];
402 >
403 >          atomData6[3] = vel[0];
404 >          atomData6[4] = vel[1];
405 >          atomData6[5] = vel[2];
406 >          
407 >          isDirectional = 0;
408 >
409            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
410 +
411 +            isDirectional = 1;
412              
413              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
414              dAtom->getQ( q );
415              
416 <            sprintf( tempBuffer,
417 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
418 <                     q[0],
419 <                     q[1],
420 <                     q[2],
421 <                     q[3],
422 <                     dAtom->getJx(),
423 <                     dAtom->getJy(),
424 <                     dAtom->getJz());
425 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
416 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
417 >              atomData13[j] = atomData6[j];
418 >            
419 >            atomData13[6] = q[0];
420 >            atomData13[7] = q[1];
421 >            atomData13[8] = q[2];
422 >            atomData13[9] = q[3];
423 >
424 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
425 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
426 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
427            }
428 <          else
252 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
253 <          // std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
254 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
255 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
428 >
429          } else {
430 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
431 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
432 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
430 >          sprintf(painCave.errMsg,
431 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
432 >                  i, worldRank );
433 >          haveError= 1;
434 >          simError();
435 >        }
436 >
437 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
438 >
439 >        // null terminate the string before sending (just in case):
440 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
441 >
442 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
443 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
444 >        
445 >        myPotato++;
446 >
447 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
448 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
449 >        
450 >        myPotato++;
451 >        
452 >        if (isDirectional) {
453 >
454 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
455 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
456 >          
457 >        } else {
458 >
459 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
460 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
461          }
462 +
463 +        myPotato++;      
464        }
465      }
466 <  }  
467 <  outFile.flush();
468 <  sprintf( checkPointMsg,
469 <           "Sucessfully took a dump.\n");
470 <  MPIcheckPoint();
466 >
467 >    sprintf( checkPointMsg,
468 >             "Sucessfully took a dump.\n");
469 >    MPIcheckPoint();        
470 >    
471 >  }
472 >  
473   #endif // is_mpi
474   }
475  
476 < void DumpWriter::writeFinal(){
476 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
477  
478    char finalName[500];
479    ofstream finalOut;
480  
481    const int BUFFERSIZE = 2000;
482 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
483    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
484 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
484 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
485  
486    double q[4];
487    DirectionalAtom* dAtom;
282 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
488    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
489 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
489 >  int i;
490 > #ifdef IS_MPI
491    
492 <  
492 >  int *potatoes;
493 >  int myPotato;
494 >
495 >  int nProc;
496 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
497 >  double atomData6[6];
498 >  double atomData13[13];
499 >  int isDirectional;
500 >  char* atomTypeString;
501 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
502 >
503 > #else //is_mpi
504 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
505 > #endif //is_mpi
506 >
507 >  double pos[3], vel[3];
508 >
509   #ifdef IS_MPI
510    if(worldRank == 0 ){
511   #endif // is_mpi
512 <    
512 >
513      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
514 <    
514 >
515      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
516      if( !finalOut ){
517        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 298 | Line 520 | void DumpWriter::writeFinal(){
520        painCave.isFatal = 1;
521        simError();
522      }
523 <    
523 >
524      // finalOut.setf( ios::scientific );
525 <    
525 >
526   #ifdef IS_MPI
527    }
528 <  
528 >
529    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
530 <  MPIcheckPoint();  
531 <  
530 >  MPIcheckPoint();
531 >
532   #endif //is_mpi
533  
534 <  
534 >
535   #ifndef IS_MPI
536 <    
536 >
537    finalOut << nAtoms << "\n";
538 <    
539 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
540 <           << entry_plug->box_y << "\t"
541 <           << entry_plug->box_z << "\n";
542 <  
538 >
539 >  finalOut << finalTime << ";\t"
540 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
543 >
544 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
547 >
548 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
551 >
552 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
553 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
554 >  finalOut << endl;
555 >
556    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
557 <      
557 >
558 >    atoms[i]->getPos(pos);
559 >    atoms[i]->getVel(vel);
560 >
561      sprintf( tempBuffer,
562               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
563               atoms[i]->getType(),
564 <             atoms[i]->getX(),
565 <             atoms[i]->getY(),
566 <             atoms[i]->getZ(),
567 <             atoms[i]->get_vx(),
568 <             atoms[i]->get_vy(),
569 <             atoms[i]->get_vz());
564 >             pos[0],
565 >             pos[1],
566 >             pos[2],
567 >             vel[0],
568 >             vel[1],
569 >             vel[2]);
570      strcpy( writeLine, tempBuffer );
571  
572      if( atoms[i]->isDirectional() ){
573 <        
573 >
574        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
575        dAtom->getQ( q );
576 <        
576 >
577        sprintf( tempBuffer,
578                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
579                 q[0],
# Line 349 | Line 587 | void DumpWriter::writeFinal(){
587      }
588      else
589        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
590 <      
590 >
591      finalOut << writeLine;
592    }
593    finalOut.flush();
594    finalOut.close();
595  
596   #else // is_mpi
597 <  
598 <  MPI::Status istatus;
597 >
598 >  /* code to find maximum tag value */
599 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
600 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
601 >  if (flag) {
602 >    MAXTAG = *tagub;
603 >  } else {
604 >    MAXTAG = 32767;
605 >  }  
606 >
607 >  int haveError;
608 >
609 >  MPI_Status istatus;
610    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
611  
612    // write out header and node 0's coordinates
613 <  
613 >
614    if( worldRank == 0 ){
615 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
615 >
616 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
617 >
618 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
619 >    potatoes = new int[nProc];
620 >
621 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
622 >      potatoes[i] = 0;
623      
624 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
625 <            << entry_plug->box_y << "\t"
626 <            << entry_plug->box_z << "\n";
627 <    
624 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
625 >
626 >    finalOut << finalTime << ";\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
630 >
631 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
634 >
635 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
637 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
638 >
639 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
640 >    finalOut << endl;
641 >    finalOut.flush();
642 >
643      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373 –      // Get the Node number which has this molecule:
644        
645 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
645 >      // Get the Node number which has this atom;
646        
647 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
647 >      which_node = AtomToProcMap[i];
648 >      
649 >      if (which_node != 0) {
650 >
651 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
652 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
653 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
654 >
655 >          potatoes[which_node] = 0;          
656 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
657 >          
658 >        }
659 >
660 >        myPotato = potatoes[which_node];        
661          
662 <        sprintf( tempBuffer,
663 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
664 <                 atoms[i]->getType(),
665 <                 atoms[i]->getX(),
666 <                 atoms[i]->getY(),
667 <                 atoms[i]->getZ(),
668 <                 atoms[i]->get_vx(),
669 <                 atoms[i]->get_vy(),
670 <                 atoms[i]->get_vz());
671 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
672 <        
673 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
674 <          
675 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
676 <          dAtom->getQ( q );
677 <          
678 <          sprintf( tempBuffer,
679 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
397 <                   q[0],
398 <                   q[1],
399 <                   q[2],
400 <                   q[3],
401 <                   dAtom->getJx(),
402 <                   dAtom->getJy(),
403 <                   dAtom->getJz());
404 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
662 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
663 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
664 >        
665 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
666 >                
667 >        myPotato++;
668 >
669 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
670 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
671 >              
672 >        myPotato++;
673 >
674 >        if (isDirectional) {          
675 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
676 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
677 >        } else {
678 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
679 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
680          }
406 –        else
407 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
681          
682 +        myPotato++;
683 +        potatoes[which_node] = myPotato;
684 +
685        } else {
686          
687 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
688 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
689 <                                TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
687 >        haveError = 0;
688 >        which_atom = i;
689 >        local_index=-1;
690 >        
691 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
692 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
693 >        }
694 >        
695 >        if (local_index != -1) {
696 >          
697 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
698 >
699 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
700 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
701 >
702 >          atomData6[0] = pos[0];
703 >          atomData6[1] = pos[1];
704 >          atomData6[2] = pos[2];
705 >
706 >          atomData6[3] = vel[0];
707 >          atomData6[4] = vel[1];
708 >          atomData6[5] = vel[2];
709 >          
710 >          isDirectional = 0;
711 >
712 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
713 >
714 >            isDirectional = 1;
715 >            
716 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
717 >            dAtom->getQ( q );
718 >
719 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
720 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
721 >            
722 >            atomData13[6] = q[0];
723 >            atomData13[7] = q[1];
724 >            atomData13[8] = q[2];
725 >            atomData13[9] = q[3];
726 >            
727 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
728 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
729 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
730 >          }
731 >          
732 >        } else {
733 >          sprintf(painCave.errMsg,
734 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
735 >                  i, worldRank );
736 >          haveError= 1;
737 >          simError();
738 >        }
739 >        
740 >        if(haveError) DieDieDie();
741 >        
742        }
743 +
744 +
745 +      // If we've survived to here, format the line:
746        
747 +      if (!isDirectional) {
748 +        
749 +        sprintf( tempBuffer,
750 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
751 +                 atomTypeString,
752 +                 atomData6[0],
753 +                 atomData6[1],
754 +                 atomData6[2],
755 +                 atomData6[3],
756 +                 atomData6[4],
757 +                 atomData6[5]);
758 +        
759 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
760 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
761 +        
762 +      } else {
763 +        
764 +        sprintf( tempBuffer,
765 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
766 +                 atomTypeString,
767 +                 atomData13[0],
768 +                 atomData13[1],
769 +                 atomData13[2],
770 +                 atomData13[3],
771 +                 atomData13[4],
772 +                 atomData13[5],
773 +                 atomData13[6],
774 +                 atomData13[7],
775 +                 atomData13[8],
776 +                 atomData13[9],
777 +                 atomData13[10],
778 +                 atomData13[11],
779 +                 atomData13[12]);
780 +        
781 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
782 +        
783 +      }
784 +        
785        finalOut << writeLine;
786 +      finalOut.flush();
787      }
788 +  
789 +    finalOut.flush();
790 +    sprintf( checkPointMsg,
791 +             "Sucessfully took a dump.\n");
792 +    delete[] potatoes;
793      
794 <    // kill everyone off:
795 <    game_over = -1;
421 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
422 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
423 <    }
424 <
794 >    MPIcheckPoint();        
795 >    
796    } else {
797 +
798 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
799 +
800 +    // Set my magic potato to 0:
801 +
802 +    myPotato = 0;
803      
804 <    done = 0;
805 <    while (!done) {
806 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
807 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
804 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
805 >      
806 >      // Am I the node which has this atom?
807 >      
808 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
809  
810 <      if (which_atom == -1) {
433 <        done=1;
434 <        continue;
435 <      } else {
810 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
811  
812 <        local_index=-1;        
813 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
812 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
813 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
814 >          // node 0 says we can go:
815 >
816 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
817 >          
818 >        }
819 >        which_atom = i;  
820 >        local_index=-1;
821 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
822            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
823          }
824          if (local_index != -1) {
825 +        
826 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
827  
828 <          //format the line
829 <          sprintf( tempBuffer,
830 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
831 <                   atoms[local_index]->getType(),
832 <                   atoms[local_index]->getX(),
833 <                   atoms[local_index]->getY(),
834 <                   atoms[local_index]->getZ(),
835 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
836 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
837 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
838 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
839 <          
828 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
829 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
830 >
831 >          atomData6[0] = pos[0];
832 >          atomData6[1] = pos[1];
833 >          atomData6[2] = pos[2];
834 >
835 >          atomData6[3] = vel[0];
836 >          atomData6[4] = vel[1];
837 >          atomData6[5] = vel[2];
838 >          
839 >          isDirectional = 0;
840 >
841            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
842 +
843 +            isDirectional = 1;
844              
845              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
846              dAtom->getQ( q );
847 <            
848 <            sprintf( tempBuffer,
849 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
850 <                     q[0],
851 <                     q[1],
852 <                     q[2],
853 <                     q[3],
854 <                     dAtom->getJx(),
855 <                     dAtom->getJy(),
856 <                     dAtom->getJz());
857 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
847 >            
848 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
849 >              atomData13[j] = atomData6[j];
850 >            
851 >            atomData13[6] = q[0];
852 >            atomData13[7] = q[1];
853 >            atomData13[8] = q[2];
854 >            atomData13[9] = q[3];
855 >
856 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
857 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
858 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
859            }
860 <          else
861 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
860 >
861 >        } else {
862 >          sprintf(painCave.errMsg,
863 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
864 >                  i, worldRank );
865 >          haveError= 1;
866 >          simError();
867 >        }
868 >
869 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
870 >
871 >        // null terminate the string before sending (just in case):
872 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
873 >
874 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
875 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
876 >        
877 >        myPotato++;
878 >
879 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
880 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
881 >        
882 >        myPotato++;
883 >        
884 >        if (isDirectional) {
885 >
886 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
887 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
888            
474 –          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
475 –                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
889          } else {
890 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
891 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
892 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
890 >
891 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
892 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
893          }
894 +
895 +        myPotato++;      
896        }
897      }
483 –  }
484 –  finalOut.flush();
485 –  sprintf( checkPointMsg,
486 –           "Sucessfully took a dump.\n");
487 –  MPIcheckPoint();
898  
899 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
899 >    sprintf( checkPointMsg,
900 >             "Sucessfully took a dump.\n");
901 >    MPIcheckPoint();        
902 >    
903 >  }
904 >  
905 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
906   #endif // is_mpi
907   }
908 +
909 +
910 +
911 + #ifdef IS_MPI
912 +
913 + // a couple of functions to let us escape the write loop
914 +
915 + void dWrite::DieDieDie( void ){
916 +
917 +  MPI_Finalize();
918 +  exit (0);
919 + }
920 +
921 + #endif //is_mpi

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