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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 440 by mmeineke, Tue Apr 1 16:49:17 2003 UTC vs.
Revision 912 by gezelter, Thu Jan 8 18:59:36 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
9 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
10 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
14 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 27 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
31 <
32 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 68 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 > #ifdef IS_MPI
76 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 >  double atomTransData[6];
78 >  double atomOrientData[7];
79 >  int isDirectional;
80 >  char* atomTypeString;
81 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 >  int me;
83 >  int atomTypeTag;
84 >  int atomIsDirectionalTag;
85 >  int atomTransDataTag;
86 >  int atomOrientDataTag;
87 > #else //is_mpi
88 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89 > #endif //is_mpi
90 >
91    double q[4];
92    DirectionalAtom* dAtom;
79 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <    
94 >  double pos[3], vel[3];
95  
96 +  // write current frame to the eor file
97 +
98 +  this->writeFinal( currentTime );
99 +
100   #ifndef IS_MPI
101 <    
101 >
102    outFile << nAtoms << "\n";
103 <    
104 <  outFile << currentTime << "\t"
105 <          << entry_plug->box_x << "\t"
106 <          << entry_plug->box_y << "\t"
107 <          << entry_plug->box_z << "\n";
108 <    
103 >
104 >  outFile << currentTime << ";\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
108 >
109 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
111 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
112 >
113 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
115 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
116 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
117 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
118 >  outFile << endl;
119 >
120    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
93 –      
121  
122 +    atoms[i]->getPos(pos);
123 +    atoms[i]->getVel(vel);
124 +
125      sprintf( tempBuffer,
126               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
127               atoms[i]->getType(),
128 <             atoms[i]->getX(),
129 <             atoms[i]->getY(),
130 <             atoms[i]->getZ(),
131 <             atoms[i]->get_vx(),
132 <             atoms[i]->get_vy(),
133 <             atoms[i]->get_vz());
128 >             pos[0],
129 >             pos[1],
130 >             pos[2],
131 >             vel[0],
132 >             vel[1],
133 >             vel[2]);
134      strcpy( writeLine, tempBuffer );
135  
136      if( atoms[i]->isDirectional() ){
137 <        
137 >
138        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
139        dAtom->getQ( q );
140 <        
140 >
141        sprintf( tempBuffer,
142                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
143                 q[0],
# Line 121 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151      }
152      else
153        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
154 <      
154 >
155      outFile << writeLine;
156    }
157    outFile.flush();
# Line 134 | Line 164 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
164    int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
165    int haveError;
166  
167 <  MPI::Status istatus;
167 >  MPI_Status istatus;
168    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
169 <  
169 >
170    // write out header and node 0's coordinates
171 <  
171 >
172    if( worldRank == 0 ){
173      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
174 <    
175 <    outFile << currentTime << "\t"
176 <            << entry_plug->box_x << "\t"
177 <            << entry_plug->box_y << "\t"
178 <            << entry_plug->box_z << "\n";
174 >
175 >    outFile << currentTime << ";\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
178 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
179 >
180 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
182 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
183 >
184 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
186 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
187 >
188 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
189 >    outFile << endl;
190      outFile.flush();
191      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
192        // Get the Node number which has this atom;
193 <      
194 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
195 <      
196 <      if (which_node == 0 ) {
197 <        
193 >
194 >      which_node = AtomToProcMap[i];
195 >
196 >      if (which_node != 0) {
197 >        
198 >        atomTypeTag          = 4*i;
199 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
200 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
201 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
202 >
203 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
204 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
205 >        
206 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
207 >        
208 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
209 >
210 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
211 >
212 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
213 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        
215 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
216 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
217 >
218 >        if (isDirectional) {
219 >
220 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
221 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
222 >
223 >        }
224 >
225 >      } else {
226 >        
227          haveError = 0;
228          which_atom = i;
229 <        local_index=-1;        
229 >        local_index=-1;
230 >
231          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
232            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
233          }
234 +
235          if (local_index != -1) {
236 <          //format the line
237 <          sprintf( tempBuffer,
238 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
239 <                   atoms[local_index]->getType(),
240 <                   atoms[local_index]->getX(),
241 <                   atoms[local_index]->getY(),
242 <                   atoms[local_index]->getZ(),
243 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
244 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
245 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
246 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
247 <          
236 >
237 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
238 >
239 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
240 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
241 >
242 >          atomTransData[0] = pos[0];
243 >          atomTransData[1] = pos[1];
244 >          atomTransData[2] = pos[2];
245 >
246 >          atomTransData[3] = vel[0];
247 >          atomTransData[4] = vel[1];
248 >          atomTransData[5] = vel[2];
249 >          
250 >          isDirectional = 0;
251 >
252            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
253 +
254 +            isDirectional = 1;
255              
256              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
257              dAtom->getQ( q );
258              
259 <            sprintf( tempBuffer,
260 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
261 <                     q[0],
262 <                     q[1],
263 <                     q[2],
264 <                     q[3],
265 <                     dAtom->getJx(),
266 <                     dAtom->getJy(),
267 <                     dAtom->getJz());
268 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
269 <            
192 <          }
193 <          else
194 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
195 <        }
196 <        else {
259 >            atomOrientData[0] = q[0];
260 >            atomOrientData[1] = q[1];
261 >            atomOrientData[2] = q[2];
262 >            atomOrientData[3] = q[3];
263 >
264 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
265 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
266 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
267 >          }
268 >
269 >        } else {
270            sprintf(painCave.errMsg,
271                    "Atom %d not found on processor %d\n",
272                    i, worldRank );
273            haveError= 1;
274            simError();
275 <        }
203 <        
204 <        if(haveError) nodeZeroError();
205 <
206 <      }
207 <      else {
208 <        myStatus = 1;
209 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
210 <                             TAKE_THIS_TAG_INT);
211 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
212 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
214 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 <                             TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
216 <        
217 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
275 >        }
276  
277 +        if(haveError) DieDieDie();
278 +                              
279 +        // If we've survived to here, format the line:
280 +        
281 +        sprintf( tempBuffer,
282 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
283 +                 atomTypeString,
284 +                 atomTransData[0],
285 +                 atomTransData[1],
286 +                 atomTransData[2],
287 +                 atomTransData[3],
288 +                 atomTransData[4],
289 +                 atomTransData[5]);
290 +
291 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
292 +
293 +        if (isDirectional) {
294 +
295 +          sprintf( tempBuffer,
296 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
297 +                   atomOrientData[0],
298 +                   atomOrientData[1],
299 +                   atomOrientData[2],
300 +                   atomOrientData[3],
301 +                   atomOrientData[4],
302 +                   atomOrientData[5],
303 +                   atomOrientData[6]);
304 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
305 +
306 +        } else {
307 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
308 +        }
309 +
310 +        outFile << writeLine;
311 +        outFile.flush();
312        }
220 –      
221 –      outFile << writeLine;
222 –      outFile.flush();
313      }
224 –    
225 –    // kill everyone off:
226 –    myStatus = -1;
227 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 –                           TAKE_THIS_TAG_INT);
230 –    }
314  
315 +    outFile.flush();
316 +    sprintf( checkPointMsg,
317 +             "Sucessfully took a dump.\n");
318 +    MPIcheckPoint();        
319 +    
320    } else {
321 +
322 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
323      
324 <    done = 0;
235 <    while (!done) {
324 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
325        
326 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
239 <
240 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
326 >      // Am I the node which has this atom?
327        
328 <      if(myStatus < 0) break;
328 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
329  
330 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
331 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
332 <      
333 <      myStatus = 1;
334 <      local_index=-1;        
335 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
336 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
337 <      }
338 <      if (local_index != -1) {
339 <        //format the line
340 <        sprintf( tempBuffer,
341 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
342 <                 atoms[local_index]->getType(),
343 <                 atoms[local_index]->getX(),
344 <                 atoms[local_index]->getY(),
345 <                 atoms[local_index]->getZ(),
346 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
347 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
348 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
349 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
350 <        
351 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
352 <          
353 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
354 <          dAtom->getQ( q );
355 <          
356 <          sprintf( tempBuffer,
357 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
358 <                   q[0],
359 <                   q[1],
360 <                   q[2],
361 <                   q[3],
362 <                   dAtom->getJx(),
363 <                   dAtom->getJy(),
364 <                   dAtom->getJz());
365 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
330 >        local_index=-1;
331 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
332 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
333 >        }
334 >        if (local_index != -1) {
335 >        
336 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
337 >
338 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
339 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
340 >
341 >          atomTransData[0] = pos[0];
342 >          atomTransData[1] = pos[1];
343 >          atomTransData[2] = pos[2];
344 >
345 >          atomTransData[3] = vel[0];
346 >          atomTransData[4] = vel[1];
347 >          atomTransData[5] = vel[2];
348 >          
349 >          isDirectional = 0;
350 >
351 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
352 >
353 >            isDirectional = 1;
354 >            
355 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
356 >            dAtom->getQ( q );
357 >            
358 >            atomOrientData[0] = q[0];
359 >            atomOrientData[1] = q[1];
360 >            atomOrientData[2] = q[2];
361 >            atomOrientData[3] = q[3];
362 >
363 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
364 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
365 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
366 >          }
367 >
368 >        } else {
369 >          sprintf(painCave.errMsg,
370 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
371 >                  i, worldRank );
372 >          haveError= 1;
373 >          simError();
374          }
281 –        else{
282 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 –        }
284 –      }
285 –      else {
286 –        sprintf(painCave.errMsg,
287 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 –                which_atom, worldRank );
289 –        myStatus = 0;
290 –        simError();
375  
376 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293 <      }
376 >        // I've survived this far, so send off the data!
377  
378 <      MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
379 <                           TAKE_THIS_TAG_CHAR);
380 <      MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
381 <                            TAKE_THIS_TAG_INT);
378 >        atomTypeTag          = 4*i;
379 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
380 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
381 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
382 >
383 >
384 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
385 >
386 >        // null terminate the string before sending (just in case):
387 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
388 >
389 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
390 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
391 >        
392 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
393 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
394 >        
395 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
396 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
397 >
398 >        if (isDirectional) {
399 >
400 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
401 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
402 >          
403 >        }
404 >      
405 >      }
406      }
300 –  }  
301 –  outFile.flush();
302 –  sprintf( checkPointMsg,
303 –           "Sucessfully took a dump.\n");
304 –  MPIcheckPoint();
407  
408 < // last  thing last, enable  fatalities.
408 >    sprintf( checkPointMsg,
409 >             "Sucessfully took a dump.\n");
410 >    MPIcheckPoint();        
411 >    
412 >  }
413 >  
414    painCave.isEventLoop = 0;
415  
416   #endif // is_mpi
417   }
418  
419 < void DumpWriter::writeFinal(){
419 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
420  
421    char finalName[500];
422    ofstream finalOut;
423  
424    const int BUFFERSIZE = 2000;
425 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
426    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
427 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
427 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
428  
429    double q[4];
430    DirectionalAtom* dAtom;
323 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
431    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
432 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
433 <  
434 <  
432 >  int i;
433 > #ifdef IS_MPI
434 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
435 >  double atomTransData[6];
436 >  double atomOrientData[7];
437 >  int isDirectional;
438 >  char* atomTypeString;
439 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
440 >  int atomTypeTag;
441 >  int atomIsDirectionalTag;
442 >  int atomTransDataTag;
443 >  int atomOrientDataTag;
444 > #else //is_mpi
445 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
446 > #endif //is_mpi
447 >
448 >  double pos[3], vel[3];
449 >
450   #ifdef IS_MPI
451    if(worldRank == 0 ){
452   #endif // is_mpi
453 <    
453 >
454      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
455 <    
455 >
456      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
457      if( !finalOut ){
458        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 339 | Line 461 | void DumpWriter::writeFinal(){
461        painCave.isFatal = 1;
462        simError();
463      }
464 <    
464 >
465      // finalOut.setf( ios::scientific );
466 <    
466 >
467   #ifdef IS_MPI
468    }
469 <  
469 >
470    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
471 <  MPIcheckPoint();  
472 <  
471 >  MPIcheckPoint();
472 >
473   #endif //is_mpi
474  
475 <  
475 >
476   #ifndef IS_MPI
477 <    
477 >
478    finalOut << nAtoms << "\n";
479 <    
480 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
481 <           << entry_plug->box_y << "\t"
482 <           << entry_plug->box_z << "\n";
483 <  
479 >
480 >  finalOut << finalTime << ";\t"
481 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
482 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
483 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
484 >
485 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
486 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
487 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
488 >
489 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
490 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
491 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
492 >
493 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
494 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
495 >  finalOut << endl;
496 >
497    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
498 <      
498 >
499 >    atoms[i]->getPos(pos);
500 >    atoms[i]->getVel(vel);
501 >
502      sprintf( tempBuffer,
503               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504               atoms[i]->getType(),
505 <             atoms[i]->getX(),
506 <             atoms[i]->getY(),
507 <             atoms[i]->getZ(),
508 <             atoms[i]->get_vx(),
509 <             atoms[i]->get_vy(),
510 <             atoms[i]->get_vz());
505 >             pos[0],
506 >             pos[1],
507 >             pos[2],
508 >             vel[0],
509 >             vel[1],
510 >             vel[2]);
511      strcpy( writeLine, tempBuffer );
512  
513      if( atoms[i]->isDirectional() ){
514 <        
514 >
515        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
516        dAtom->getQ( q );
517 <        
517 >
518        sprintf( tempBuffer,
519                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520                 q[0],
# Line 390 | Line 528 | void DumpWriter::writeFinal(){
528      }
529      else
530        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
531 <      
531 >
532      finalOut << writeLine;
533    }
534    finalOut.flush();
535    finalOut.close();
536  
537   #else // is_mpi
538 <  
538 >
539    // first thing first, suspend fatalities.
540    painCave.isEventLoop = 1;
541  
542    int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
543    int haveError;
544  
545 <  MPI::Status istatus;
545 >  MPI_Status istatus;
546    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
547  
548    // write out header and node 0's coordinates
549 <  
412 <  haveError = 0;
549 >
550    if( worldRank == 0 ){
551      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
552 <    
553 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
554 <            << entry_plug->box_y << "\t"
555 <            << entry_plug->box_z << "\n";
556 <    
552 >
553 >    finalOut << finalTime << ";\t"
554 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
555 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
556 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
557 >
558 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
559 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
560 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
561 >
562 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
563 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
564 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
565 >
566 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
567 >    finalOut << endl;
568 >    finalOut.flush();
569      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
570 <      // Get the Node number which has this molecule:
422 <      
423 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
424 <      
425 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
570 >      // Get the Node number which has this atom;
571  
572 +      which_node = AtomToProcMap[i];
573 +
574 +      if (which_node != 0) {
575 +        
576 +        atomTypeTag          = 4*i;
577 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
578 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
579 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
580 +
581 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
582 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
583 +        
584 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
585 +
586 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
587 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
588 +        
589 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
590 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
591 +
592 +        if (isDirectional) {
593 +
594 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
595 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
596 +
597 +        }
598 +
599 +      } else {
600 +        
601 +        haveError = 0;
602          which_atom = i;
603 <        local_index=-1;        
603 >        local_index=-1;
604 >
605          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
606            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
607          }
608 <        if (local_index != -1) {        
609 <          sprintf( tempBuffer,
610 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
611 <                   atoms[local_index]->getType(),
612 <                   atoms[local_index]->getX(),
613 <                   atoms[local_index]->getY(),
614 <                   atoms[local_index]->getZ(),
615 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
616 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
617 <                   atoms[local_index]->get_vz());
618 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
619 <          
620 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
621 <            
622 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
623 <            dAtom->getQ( q );
624 <            
625 <            sprintf( tempBuffer,
626 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
627 <                     q[0],
628 <                     q[1],
629 <                     q[2],
630 <                     q[3],
631 <                     dAtom->getJx(),
632 <                     dAtom->getJy(),
633 <                     dAtom->getJz());
634 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
635 <          }
636 <          else
637 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
638 <        }
639 <        else {
608 >
609 >        if (local_index != -1) {
610 >
611 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
612 >
613 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
614 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
615 >
616 >          atomTransData[0] = pos[0];
617 >          atomTransData[1] = pos[1];
618 >          atomTransData[2] = pos[2];
619 >
620 >          atomTransData[3] = vel[0];
621 >          atomTransData[4] = vel[1];
622 >          atomTransData[5] = vel[2];
623 >          
624 >          isDirectional = 0;
625 >
626 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
627 >
628 >            isDirectional = 1;
629 >            
630 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
631 >            dAtom->getQ( q );
632 >            
633 >            atomOrientData[0] = q[0];
634 >            atomOrientData[1] = q[1];
635 >            atomOrientData[2] = q[2];
636 >            atomOrientData[3] = q[3];
637 >
638 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
639 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
640 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
641 >          }
642 >
643 >        } else {
644            sprintf(painCave.errMsg,
645                    "Atom %d not found on processor %d\n",
646                    i, worldRank );
647            haveError= 1;
648            simError();
649 <        }
649 >        }
650  
651 <        if(haveError) nodeZeroError();
652 <    
653 <      }
474 <      else {
651 >        if(haveError) DieDieDie();
652 >                              
653 >        // If we've survived to here, format the line:
654          
655 <        myStatus = 1;
656 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
657 <                             TAKE_THIS_TAG_INT);
658 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
659 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
661 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
662 <                             TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
663 <        
664 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
655 >        sprintf( tempBuffer,
656 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
657 >                 atomTypeString,
658 >                 atomTransData[0],
659 >                 atomTransData[1],
660 >                 atomTransData[2],
661 >                 atomTransData[3],
662 >                 atomTransData[4],
663 >                 atomTransData[5]);
664 >
665 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
666 >
667 >        if (isDirectional) {
668 >
669 >          sprintf( tempBuffer,
670 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
671 >                   atomOrientData[0],
672 >                   atomOrientData[1],
673 >                   atomOrientData[2],
674 >                   atomOrientData[3],
675 >                   atomOrientData[4],
676 >                   atomOrientData[5],
677 >                   atomOrientData[6]);
678 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
679 >
680 >        } else {
681 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
682 >        }
683 >
684 >        finalOut << writeLine;
685 >        finalOut.flush();
686        }
487 –      
488 –      finalOut << writeLine;
687      }
490 –    
491 –    // kill everyone off:
492 –    myStatus = -1;
493 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
494 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
495 –                           TAKE_THIS_TAG_INT);
496 –    }
688  
689 <  } else {
689 >    finalOut.flush();
690 >    sprintf( checkPointMsg,
691 >             "Sucessfully took a dump.\n");
692 >    MPIcheckPoint();        
693      
694 <    done = 0;
501 <    while (!done) {
694 >  } else {
695  
696 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
697 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
696 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
697 >    
698 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
699        
700 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
700 >      // Am I the node which has this atom?
701        
702 <      if(myStatus < 0) break;
509 <      
510 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
511 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
512 <      
513 <      myStatus = 1;
514 <      local_index=-1;        
515 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
516 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
517 <      }
518 <      if (local_index != -1) {
702 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
703  
704 <        //format the line
705 <        sprintf( tempBuffer,
706 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
707 <                 atoms[local_index]->getType(),
708 <                 atoms[local_index]->getX(),
709 <                 atoms[local_index]->getY(),
710 <                 atoms[local_index]->getZ(),
711 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
712 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
713 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
714 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
715 <        
716 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
717 <          
718 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
719 <          dAtom->getQ( q );
720 <          
721 <          sprintf( tempBuffer,
722 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
723 <                   q[0],
724 <                   q[1],
725 <                   q[2],
726 <                   q[3],
727 <                   dAtom->getJx(),
728 <                   dAtom->getJy(),
729 <                   dAtom->getJz());
730 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
704 >        local_index=-1;
705 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
706 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
707 >        }
708 >        if (local_index != -1) {
709 >        
710 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
711 >
712 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
713 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
714 >
715 >          atomTransData[0] = pos[0];
716 >          atomTransData[1] = pos[1];
717 >          atomTransData[2] = pos[2];
718 >
719 >          atomTransData[3] = vel[0];
720 >          atomTransData[4] = vel[1];
721 >          atomTransData[5] = vel[2];
722 >          
723 >          isDirectional = 0;
724 >
725 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
726 >
727 >            isDirectional = 1;
728 >            
729 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
730 >            dAtom->getQ( q );
731 >            
732 >            atomOrientData[0] = q[0];
733 >            atomOrientData[1] = q[1];
734 >            atomOrientData[2] = q[2];
735 >            atomOrientData[3] = q[3];
736 >
737 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
738 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
739 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
740 >          }
741 >
742 >        } else {
743 >          sprintf(painCave.errMsg,
744 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
745 >                  i, worldRank );
746 >          haveError= 1;
747 >          simError();
748          }
548 –        else{
549 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
550 –        }
551 –      }
552 –      else {
553 –        sprintf(painCave.errMsg,
554 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
555 –                which_atom, worldRank );
556 –        myStatus = 0;
557 –        simError();
558 –        
559 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
560 –      }
749  
750 <      MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
751 <                           TAKE_THIS_TAG_CHAR);
752 <      MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
753 <                            TAKE_THIS_TAG_INT);
750 >        // I've survived this far, so send off the data!
751 >
752 >        atomTypeTag          = 4*i;
753 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
754 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
755 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
756 >
757 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
758 >
759 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
760 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
761 >        
762 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
763 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
764 >        
765 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
766 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
767 >
768 >        if (isDirectional) {
769 >
770 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
771 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
772 >          
773 >        }
774 >      
775 >      }
776      }
777 +
778 +    sprintf( checkPointMsg,
779 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
780 +    MPIcheckPoint();        
781 +    
782    }
568 –  finalOut.flush();
569 –  sprintf( checkPointMsg,
570 –           "Sucessfully took a dump.\n");
571 –  MPIcheckPoint();
783    
784 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
784 >  painCave.isEventLoop = 0;
785 >
786 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
787   #endif // is_mpi
788   }
789  
# Line 580 | Line 793 | void DumpWriter::writeFinal(){
793  
794   // a couple of functions to let us escape the write loop
795  
796 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
584 <  int j, myStatus;
585 <  
586 <  myStatus = 0;
587 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
588 <    MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
589 <                          TAKE_THIS_TAG_INT);
590 <  }  
591 <  
796 > void dWrite::DieDieDie( void ){
797  
798    MPI_Finalize();
799    exit (0);
595 –  
800   }
801  
598 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
599 –
600 –  MPI_Finalize();
601 –  exit (0);
602 – }
603 –
802   #endif //is_mpi

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