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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 417 by gezelter, Thu Mar 27 01:49:45 2003 UTC vs.
Revision 920 by tim, Sat Jan 10 09:46:47 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
23 <
24 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 60 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
74 >  int i;
75 >
76 > #ifdef IS_MPI
77 >  
78 >  int *potatoes;
79 >  int myPotato;
80 >
81 >  int nProc;
82 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85 >  int isDirectional;
86 >  char* atomTypeString;
87 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 >
89 > #else //is_mpi
90 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 > #endif //is_mpi
92 >
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
71 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
85 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 113 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  MPI::Status istatus;
124 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
163 >  /* code to find maximum tag value */
164    
165 +  int *tagub, flag, MAXTAG;
166 +  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
167 +  if (flag) {
168 +    MAXTAG = *tagub;
169 +  } else {
170 +    MAXTAG = 32767;
171 +  }  
172 +
173 +  int haveError;
174 +
175 +  MPI_Status istatus;
176 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
177 +
178    // write out header and node 0's coordinates
179 <  
179 >
180    if( worldRank == 0 ){
181 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
181 >
182 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
183 >
184 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
185 >    potatoes = new int[nProc];
186 >
187 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
188 >      potatoes[i] = 0;
189      
190 <    outFile << currentTime << "\t"
191 <            << entry_plug->box_x << "\t"
192 <            << entry_plug->box_y << "\t"
193 <            << entry_plug->box_z << "\n";
194 <    
190 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
191 >
192 >    outFile << currentTime << ";\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
195 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
196 >
197 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
199 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
200 >
201 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
203 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
204 >
205 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
206 >    outFile << endl;
207 >    outFile.flush();
208 >
209      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
210 +      
211        // Get the Node number which has this atom;
212        
213 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
213 >      which_node = AtomToProcMap[i];
214        
215 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
215 >      if (which_node != 0) {
216 >
217 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
218 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
219 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
220 >
221 >          potatoes[which_node] = 0;          
222 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
223 >          
224 >        }
225 >
226 >        myPotato = potatoes[which_node];        
227          
228 <        sprintf( tempBuffer,
229 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
230 <                 atoms[i]->getType(),
231 <                 atoms[i]->getX(),
232 <                 atoms[i]->getY(),
233 <                 atoms[i]->getZ(),
234 <                 atoms[i]->get_vx(),
235 <                 atoms[i]->get_vy(),
236 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
228 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
229 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
230 >        
231 >        //strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
232 >        
233 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
234 >
235 >        //atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
236 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
237          
238 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
239 <          
240 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
241 <          dAtom->getQ( q );
242 <          
243 <          sprintf( tempBuffer,
244 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
245 <                   q[0],
246 <                   q[1],
247 <                   q[2],
248 <                   q[3],
249 <                   dAtom->getJx(),
250 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
238 >        myPotato++;
239 >
240 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 >              
243 >        myPotato++;
244 >
245 >        if (isDirectional) {          
246 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 >        } else {
249 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251          }
170 –        else
171 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
252          
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256        } else {
257          
258 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
259 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
260 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
261 <      }
262 <      
263 <      outFile << writeLine;
264 <    }
265 <    
266 <    // kill everyone off:
267 <    game_over = -1;
268 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
258 >        haveError = 0;
259 >        which_atom = i;
260 >        local_index=-1;
261 >        
262 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264 >        }
265 >        
266 >        if (local_index != -1) {
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269  
270 <  } else {
271 <    
191 <    done = 0;
192 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
270 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272  
273 <      if (which_atom == -1) {
274 <        done=1;
275 <        continue;
199 <      } else {
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276  
277 <        //format the line
278 <        sprintf( tempBuffer,
279 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
280 <                 atoms[which_atom]->getType(),
281 <                 atoms[which_atom]->getX(),
282 <                 atoms[which_atom]->getY(),
283 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
284 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
285 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
286 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
287 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
288 <          
289 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
290 <            
291 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
292 <          dAtom->getQ( q );
293 <            
294 <          sprintf( tempBuffer,
295 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
296 <                   q[0],
297 <                   q[1],
298 <                   q[2],
299 <                   q[3],
300 <                   dAtom->getJx(),
301 <                   dAtom->getJy(),
302 <                   dAtom->getJz());
303 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282 >
283 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 >
285 >            isDirectional = 1;
286 >            
287 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288 >            dAtom->getQ( q );
289 >
290 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
292 >            
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304 >          sprintf(painCave.errMsg,
305 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
306 >                  i, worldRank );
307 >          haveError= 1;
308 >          simError();
309          }
229 –        else
230 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
310          
311 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
312 <                             TAKE_THIS_TAG);
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313 >        // If we've survived to here, format the line:
314 >        
315 >        if (!isDirectional) {
316 >
317 >          sprintf( tempBuffer,
318 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
319 >                   atomTypeString,
320 >                   atomData6[0],
321 >                   atomData6[1],
322 >                   atomData6[2],
323 >                   atomData6[3],
324 >                   atomData6[4],
325 >                   atomData6[5]);
326 >          
327 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
328 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
329 >
330 >        } else {
331 >          
332 >          sprintf( tempBuffer,
333 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
334 >                   atomTypeString,
335 >                   atomData13[0],
336 >                   atomData13[1],
337 >                   atomData13[2],
338 >                   atomData13[3],
339 >                   atomData13[4],
340 >                   atomData13[5],
341 >                   atomData13[6],
342 >                   atomData13[7],
343 >                   atomData13[8],
344 >                   atomData13[9],
345 >                   atomData13[10],
346 >                   atomData13[11],
347 >                   atomData13[12]);
348 >          
349 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
350 >          
351 >        }
352 >        
353 >        outFile << writeLine;
354 >        outFile.flush();
355        }
356      }
357 <  }  
358 <  outFile.flush();
359 <  sprintf( checkPointMsg,
360 <           "Sucessfully took a dump.\n");
361 <  MPIcheckPoint();
357 >
358 >    outFile.flush();
359 >    sprintf( checkPointMsg,
360 >             "Sucessfully took a dump.\n");
361 >    MPIcheckPoint();        
362 >    delete[] potatoes;
363 >  } else {
364 >
365 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
366 >
367 >    // Set my magic potato to 0:
368 >
369 >    myPotato = 0;
370 >    
371 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
372 >      
373 >      // Am I the node which has this atom?
374 >      
375 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
376 >
377 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
378 >
379 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
380 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
381 >          // node 0 says we can go:
382 >
383 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
384 >          
385 >        }
386 >        which_atom = i;
387 >        local_index=-1;
388 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
389 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
390 >        }
391 >        if (local_index != -1) {
392 >        
393 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
394 >
395 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
396 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
397 >
398 >          atomData6[0] = pos[0];
399 >          atomData6[1] = pos[1];
400 >          atomData6[2] = pos[2];
401 >
402 >          atomData6[3] = vel[0];
403 >          atomData6[4] = vel[1];
404 >          atomData6[5] = vel[2];
405 >          
406 >          isDirectional = 0;
407 >
408 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
409 >
410 >            isDirectional = 1;
411 >            
412 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
413 >            dAtom->getQ( q );
414 >            
415 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
416 >              atomData13[j] = atomData6[j];
417 >            
418 >            atomData13[6] = q[0];
419 >            atomData13[7] = q[1];
420 >            atomData13[8] = q[2];
421 >            atomData13[9] = q[3];
422 >
423 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
424 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
425 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
426 >          }
427 >
428 >        } else {
429 >          sprintf(painCave.errMsg,
430 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
431 >                  i, worldRank );
432 >          haveError= 1;
433 >          simError();
434 >        }
435 >
436 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
437 >
438 >        // null terminate the string before sending (just in case):
439 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
440 >
441 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
442 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
443 >        
444 >        myPotato++;
445 >
446 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
447 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
448 >        
449 >        myPotato++;
450 >        
451 >        if (isDirectional) {
452 >
453 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
454 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
455 >          
456 >        } else {
457 >
458 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
459 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
460 >        }
461 >
462 >        myPotato++;      
463 >      }
464 >    }
465 >
466 >    sprintf( checkPointMsg,
467 >             "Sucessfully took a dump.\n");
468 >    MPIcheckPoint();        
469 >    
470 >  }
471 >  
472   #endif // is_mpi
473   }
474  
475 < void DumpWriter::writeFinal(){
475 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
476  
477    char finalName[500];
478    ofstream finalOut;
479  
480    const int BUFFERSIZE = 2000;
481 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
482    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
483 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
483 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
484  
485    double q[4];
486    DirectionalAtom* dAtom;
255 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
487    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
488 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
488 >  int i;
489 > #ifdef IS_MPI
490    
491 <  
491 >  int *potatoes;
492 >  int myPotato;
493 >
494 >  int nProc;
495 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
496 >  double atomData6[6];
497 >  double atomData13[13];
498 >  int isDirectional;
499 >  char* atomTypeString;
500 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
501 >
502 > #else //is_mpi
503 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
504 > #endif //is_mpi
505 >
506 >  double pos[3], vel[3];
507 >
508   #ifdef IS_MPI
509    if(worldRank == 0 ){
510   #endif // is_mpi
511 <    
511 >
512      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
513 <    
513 >
514      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
515      if( !finalOut ){
516        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 271 | Line 519 | void DumpWriter::writeFinal(){
519        painCave.isFatal = 1;
520        simError();
521      }
522 <    
522 >
523      // finalOut.setf( ios::scientific );
524 <    
524 >
525   #ifdef IS_MPI
526    }
527 <  
527 >
528    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
529 <  MPIcheckPoint();  
530 <  
529 >  MPIcheckPoint();
530 >
531   #endif //is_mpi
532  
533 <  
533 >
534   #ifndef IS_MPI
535 <    
535 >
536    finalOut << nAtoms << "\n";
537 <    
538 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
539 <           << entry_plug->box_y << "\t"
540 <           << entry_plug->box_z << "\n";
541 <  
537 >
538 >  finalOut << finalTime << ";\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
540 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
541 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
542 >
543 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
544 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
545 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
546 >
547 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
548 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
549 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
550 >
551 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
552 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553 >  finalOut << endl;
554 >
555    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
556 <      
556 >
557 >    atoms[i]->getPos(pos);
558 >    atoms[i]->getVel(vel);
559 >
560      sprintf( tempBuffer,
561               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
562               atoms[i]->getType(),
563 <             atoms[i]->getX(),
564 <             atoms[i]->getY(),
565 <             atoms[i]->getZ(),
566 <             atoms[i]->get_vx(),
567 <             atoms[i]->get_vy(),
568 <             atoms[i]->get_vz());
563 >             pos[0],
564 >             pos[1],
565 >             pos[2],
566 >             vel[0],
567 >             vel[1],
568 >             vel[2]);
569      strcpy( writeLine, tempBuffer );
570  
571      if( atoms[i]->isDirectional() ){
572 <        
572 >
573        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
574        dAtom->getQ( q );
575 <        
575 >
576        sprintf( tempBuffer,
577                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
578                 q[0],
# Line 322 | Line 586 | void DumpWriter::writeFinal(){
586      }
587      else
588        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
589 <      
589 >
590      finalOut << writeLine;
591    }
592    finalOut.flush();
593    finalOut.close();
594  
595   #else // is_mpi
596 <  
597 <  MPI::Status istatus;
596 >
597 >  /* code to find maximum tag value */
598 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
599 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
600 >  if (flag) {
601 >    MAXTAG = *tagub;
602 >  } else {
603 >    MAXTAG = 32767;
604 >  }  
605 >
606 >  int haveError;
607 >
608 >  MPI_Status istatus;
609    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
610  
611    // write out header and node 0's coordinates
612 <  
612 >
613    if( worldRank == 0 ){
614 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
614 >
615 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
616 >
617 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
618 >    potatoes = new int[nProc];
619 >
620 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
621 >      potatoes[i] = 0;
622      
623 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
624 <            << entry_plug->box_y << "\t"
625 <            << entry_plug->box_z << "\n";
626 <    
623 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
624 >
625 >    finalOut << finalTime << ";\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
629 >
630 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
631 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
633 >
634 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
635 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
637 >
638 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
639 >    finalOut << endl;
640 >    finalOut.flush();
641 >
642      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
346 –      // Get the Node number which has this molecule:
643        
644 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
644 >      // Get the Node number which has this atom;
645        
646 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
646 >      which_node = AtomToProcMap[i];
647 >      
648 >      if (which_node != 0) {
649 >
650 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
651 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
652 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
653 >
654 >          potatoes[which_node] = 0;          
655 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
656 >          
657 >        }
658 >
659 >        myPotato = potatoes[which_node];        
660          
661 <        sprintf( tempBuffer,
662 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
663 <                 atoms[i]->getType(),
664 <                 atoms[i]->getX(),
665 <                 atoms[i]->getY(),
666 <                 atoms[i]->getZ(),
667 <                 atoms[i]->get_vx(),
668 <                 atoms[i]->get_vy(),
669 <                 atoms[i]->get_vz());
670 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
671 <        
672 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
673 <          
674 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
675 <          dAtom->getQ( q );
676 <          
677 <          sprintf( tempBuffer,
678 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
370 <                   q[0],
371 <                   q[1],
372 <                   q[2],
373 <                   q[3],
374 <                   dAtom->getJx(),
375 <                   dAtom->getJy(),
376 <                   dAtom->getJz());
377 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
661 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
662 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
663 >        
664 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
665 >                
666 >        myPotato++;
667 >
668 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
669 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
670 >              
671 >        myPotato++;
672 >
673 >        if (isDirectional) {          
674 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
675 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
676 >        } else {
677 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
678 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
679          }
379 –        else
380 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
680          
681 +        myPotato++;
682 +        potatoes[which_node] = myPotato;
683 +
684        } else {
685          
686 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
687 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
688 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
689 <      }
690 <      
691 <      finalOut << writeLine;
692 <    }
693 <    
694 <    // kill everyone off:
695 <    game_over = -1;
696 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
395 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
396 <    }
686 >        haveError = 0;
687 >        which_atom = i;
688 >        local_index=-1;
689 >        
690 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
691 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
692 >        }
693 >        
694 >        if (local_index != -1) {
695 >          
696 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
697  
698 <  } else {
699 <    
400 <    done = 0;
401 <    while (!done) {
402 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
403 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
698 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
699 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
700  
701 <      if (which_atom == -1) {
702 <        done=1;
703 <        continue;
408 <      } else {
701 >          atomData6[0] = pos[0];
702 >          atomData6[1] = pos[1];
703 >          atomData6[2] = pos[2];
704  
705 <        //format the line
706 <        sprintf( tempBuffer,
707 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
708 <                 atoms[which_atom]->getType(),
709 <                 atoms[which_atom]->getX(),
710 <                 atoms[which_atom]->getY(),
711 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
712 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
713 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
714 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
715 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
716 <          
717 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
718 <            
719 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
720 <          dAtom->getQ( q );
721 <            
722 <          sprintf( tempBuffer,
723 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
724 <                   q[0],
725 <                   q[1],
726 <                   q[2],
727 <                   q[3],
728 <                   dAtom->getJx(),
729 <                   dAtom->getJy(),
730 <                   dAtom->getJz());
731 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
705 >          atomData6[3] = vel[0];
706 >          atomData6[4] = vel[1];
707 >          atomData6[5] = vel[2];
708 >          
709 >          isDirectional = 0;
710 >
711 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
712 >
713 >            isDirectional = 1;
714 >            
715 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
716 >            dAtom->getQ( q );
717 >
718 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
719 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
720 >            
721 >            atomData13[6] = q[0];
722 >            atomData13[7] = q[1];
723 >            atomData13[8] = q[2];
724 >            atomData13[9] = q[3];
725 >            
726 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
727 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
728 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
729 >          }
730 >          
731 >        } else {
732 >          sprintf(painCave.errMsg,
733 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
734 >                  i, worldRank );
735 >          haveError= 1;
736 >          simError();
737          }
438 –        else
439 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
738          
739 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
740 <                             TAKE_THIS_TAG);
739 >        if(haveError) DieDieDie();
740 >        
741 >        // If we've survived to here, format the line:
742 >        
743 >        if (!isDirectional) {
744 >
745 >          sprintf( tempBuffer,
746 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
747 >                   atomTypeString,
748 >                   atomData6[0],
749 >                   atomData6[1],
750 >                   atomData6[2],
751 >                   atomData6[3],
752 >                   atomData6[4],
753 >                   atomData6[5]);
754 >          
755 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
756 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
757 >
758 >        } else {
759 >          
760 >          sprintf( tempBuffer,
761 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
762 >                   atomTypeString,
763 >                   atomData13[0],
764 >                   atomData13[1],
765 >                   atomData13[2],
766 >                   atomData13[3],
767 >                   atomData13[4],
768 >                   atomData13[5],
769 >                   atomData13[6],
770 >                   atomData13[7],
771 >                   atomData13[8],
772 >                   atomData13[9],
773 >                   atomData13[10],
774 >                   atomData13[11],
775 >                   atomData13[12]);
776 >          
777 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
778 >          
779 >        }
780 >        
781 >        finalOut << writeLine;
782 >        finalOut.flush();
783        }
784      }
445 –  }  
446 –  finalOut.flush();
447 –  sprintf( checkPointMsg,
448 –           "Sucessfully took a dump.\n");
449 –  MPIcheckPoint();
785  
786 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
786 >    finalOut.flush();
787 >    sprintf( checkPointMsg,
788 >             "Sucessfully took a dump.\n");
789 >    delete[] potatoes;
790 >      
791 >    MPIcheckPoint();        
792 >    
793 >  } else {
794 >
795 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 >
797 >    // Set my magic potato to 0:
798 >
799 >    myPotato = 0;
800 >    
801 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802 >      
803 >      // Am I the node which has this atom?
804 >      
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806 >
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808 >
809 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 >          // node 0 says we can go:
812 >
813 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 >          
815 >        }
816 >        which_atom = i;  
817 >        local_index=-1;
818 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 >        }
821 >        if (local_index != -1) {
822 >        
823 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824 >
825 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
827 >
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831 >
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835 >          
836 >          isDirectional = 0;
837 >
838 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839 >
840 >            isDirectional = 1;
841 >            
842 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 >            dAtom->getQ( q );
844 >            
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852 >
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 >          }
857 >
858 >        } else {
859 >          sprintf(painCave.errMsg,
860 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 >                  i, worldRank );
862 >          haveError= 1;
863 >          simError();
864 >        }
865 >
866 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867 >
868 >        // null terminate the string before sending (just in case):
869 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 >
871 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 >        
874 >        myPotato++;
875 >
876 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 >        
879 >        myPotato++;
880 >        
881 >        if (isDirectional) {
882 >
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 >          
886 >        } else {
887 >
888 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 >        }
891 >
892 >        myPotato++;      
893 >      }
894 >    }
895 >
896 >    sprintf( checkPointMsg,
897 >             "Sucessfully took a dump.\n");
898 >    MPIcheckPoint();        
899 >    
900 >  }
901 >  
902 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
905 +
906 +
907 +
908 + #ifdef IS_MPI
909 +
910 + // a couple of functions to let us escape the write loop
911 +
912 + void dWrite::DieDieDie( void ){
913 +
914 +  MPI_Finalize();
915 +  exit (0);
916 + }
917 +
918 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines