ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 419 by gezelter, Thu Mar 27 15:07:29 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 + #include <mpi++.h>
8   #include "mpiSimulation.hpp"
9   #define TAKE_THIS_TAG 0
10   #endif //is_mpi
# Line 11 | Line 12
12   #include "ReadWrite.hpp"
13   #include "simError.h"
14  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
15   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
16  
17    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 66 | Line 65 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
65    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
66    char writeLine[BUFFERSIZE];
67  
68 <  int i;
68 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
69    double q[4];
70    DirectionalAtom* dAtom;
71    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 119 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
119    outFile.flush();
120  
121   #else // is_mpi
122 +
123 +  MPI::Status istatus;
124 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
125    
124 –  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
125 –  
126    // write out header and node 0's coordinates
127    
128    if( worldRank == 0 ){
# Line 133 | Line 133 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
133              << entry_plug->box_y << "\t"
134              << entry_plug->box_z << "\n";
135      
136 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this molecule:
136 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 >      // Get the Node number which has this atom;
138        
139        which_node = AtomToProcMap[i];    
140        
141 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
141 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142          
143          sprintf( tempBuffer,
144                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
# Line 173 | Line 173 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
173        } else {
174          
175          MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
176 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177                                  TAKE_THIS_TAG, istatus);
178        }
179        
# Line 181 | Line 181 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
181      }
182      
183      // kill everyone off:
184 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
185 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
184 >    game_over = -1;
185 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187      }
188  
189    } else {
190      
191      done = 0;
192      while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 <
196 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
193 >      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 >                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 >      
196 >      if (which_atom == -1) {
197          done=1;
198          continue;
199        } else {
200 <
201 <        //format the line
202 <        sprintf( tempBuffer,
203 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
204 <                 atoms[which_atom]->getType(),
205 <                 atoms[which_atom]->getX(),
206 <                 atoms[which_atom]->getY(),
207 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
208 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
209 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
210 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
211 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
200 >        local_index=-1;        
201 >        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
202 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
203 >        }
204 >        if (local_index != -1) {
205 >          //format the line
206 >          sprintf( tempBuffer,
207 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
208 >                   atoms[local_index]->getType(),
209 >                   atoms[local_index]->getX(),
210 >                   atoms[local_index]->getY(),
211 >                   atoms[local_index]->getZ(),
212 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
213 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
214 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
215 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
216            
217 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
218 <            
219 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
220 <          dAtom->getQ( q );
221 <            
222 <          sprintf( tempBuffer,
223 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
224 <                   q[0],
225 <                   q[1],
226 <                   q[2],
227 <                   q[3],
228 <                   dAtom->getJx(),
229 <                   dAtom->getJy(),
230 <                   dAtom->getJz());
231 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
232 <        }
233 <        else
234 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
235 <        
236 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
237 <                             TAKE_THIS_TAG);
217 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
218 >            
219 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
220 >            dAtom->getQ( q );
221 >            
222 >            sprintf( tempBuffer,
223 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
224 >                     q[0],
225 >                     q[1],
226 >                     q[2],
227 >                     q[3],
228 >                     dAtom->getJx(),
229 >                     dAtom->getJy(),
230 >                     dAtom->getJz());
231 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
232 >          }
233 >          else
234 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
235 >          
236 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
237 >                               TAKE_THIS_TAG);
238 >        } else {
239 >          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
240 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
241 >                               TAKE_THIS_TAG);
242 >        }
243        }
244      }
245    }  
# Line 241 | Line 251 | void DumpWriter::writeFinal(){
251   }
252  
253   void DumpWriter::writeFinal(){
254 <  
254 >
255    char finalName[500];
256    ofstream finalOut;
257 +
258 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
259 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
260 +  char writeLine[BUFFERSIZE];  
261 +
262 +  double q[4];
263 +  DirectionalAtom* dAtom;
264 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
265 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
266 +  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
267    
268 +  
269   #ifdef IS_MPI
270    if(worldRank == 0 ){
271   #endif // is_mpi
# Line 278 | Line 299 | void DumpWriter::writeFinal(){
299    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
300             << entry_plug->box_y << "\t"
301             << entry_plug->box_z << "\n";
302 <    
302 >  
303    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
304        
305      sprintf( tempBuffer,
# Line 318 | Line 339 | void DumpWriter::writeFinal(){
339  
340   #else // is_mpi
341    
342 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
343 <  
342 >  MPI::Status istatus;
343 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
344 >
345    // write out header and node 0's coordinates
346    
347    if( worldRank == 0 ){
# Line 329 | Line 351 | void DumpWriter::writeFinal(){
351              << entry_plug->box_y << "\t"
352              << entry_plug->box_z << "\n";
353      
354 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
354 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
355        // Get the Node number which has this molecule:
356        
357        which_node = AtomToProcMap[i];    
358        
359 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
359 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
360          
361          sprintf( tempBuffer,
362                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
# Line 369 | Line 391 | void DumpWriter::writeFinal(){
391        } else {
392          
393          MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
394 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
394 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
395                                  TAKE_THIS_TAG, istatus);
396        }
397        
# Line 377 | Line 399 | void DumpWriter::writeFinal(){
399      }
400      
401      // kill everyone off:
402 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
403 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
402 >    game_over = -1;
403 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
404 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
405      }
406  
407    } else {
408      
409      done = 0;
410      while (!done) {
411 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
412 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
411 >      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
412 >                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
413  
414 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
414 >      if (which_atom == -1) {
415          done=1;
416          continue;
417        } else {
418  
419 <        //format the line
420 <        sprintf( tempBuffer,
421 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
422 <                 atoms[which_atom]->getType(),
423 <                 atoms[which_atom]->getX(),
424 <                 atoms[which_atom]->getY(),
425 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
426 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
427 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
428 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
429 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 >        local_index=-1;        
420 >        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
421 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
422 >        }
423 >        if (local_index != -1) {
424 >
425 >          //format the line
426 >          sprintf( tempBuffer,
427 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
428 >                   atoms[local_index]->getType(),
429 >                   atoms[local_index]->getX(),
430 >                   atoms[local_index]->getY(),
431 >                   atoms[local_index]->getZ(),
432 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
433 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
434 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
435 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
436            
437 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
437 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
438 >            
439 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
440 >            dAtom->getQ( q );
441              
442 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
443 <          dAtom->getQ( q );
444 <            
445 <          sprintf( tempBuffer,
446 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
447 <                   q[0],
448 <                   q[1],
449 <                   q[2],
450 <                   q[3],
451 <                   dAtom->getJx(),
452 <                   dAtom->getJy(),
453 <                   dAtom->getJz());
454 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
455 <        }
456 <        else
457 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
458 <        
459 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
460 <                             TAKE_THIS_TAG);
442 >            sprintf( tempBuffer,
443 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
444 >                     q[0],
445 >                     q[1],
446 >                     q[2],
447 >                     q[3],
448 >                     dAtom->getJx(),
449 >                     dAtom->getJy(),
450 >                     dAtom->getJz());
451 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
452 >          }
453 >          else
454 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
455 >          
456 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
457 >                               TAKE_THIS_TAG);
458 >        } else {
459 >          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
460 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
461 >                               TAKE_THIS_TAG);
462 >        }
463        }
464      }
465 <  }  
465 >  }
466    finalOut.flush();
467    sprintf( checkPointMsg,
468             "Sucessfully took a dump.\n");

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines