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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 1097 by gezelter, Mon Apr 12 20:32:20 2004 UTC vs.
Revision 1108 by tim, Wed Apr 14 15:37:41 2004 UTC

# Line 88 | Line 88 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
88   */
89  
90   void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 <  
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92    indexArray.clear();
93    
94    for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 <    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98   }
# Line 222 | Line 221 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
221    int isDirectional;
222    char* atomTypeString;
223    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 <
226 < #else //is_mpi
227 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
224 >  int nObjects;
225   #endif //is_mpi
226  
227    double q[4], ji[3];
228    DirectionalAtom* dAtom;
232 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
229    double pos[3], vel[3];
230 <
230 >  int nTotObjects;
231 >  StuntDouble* sd;
232 >  char* molName;
233 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
237    
238    for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 <    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240  
241      *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242                 << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 254 | Line 255 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
255      *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256    }
257    
258 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259  
260 <    atoms[i]->getPos(pos);
261 <    atoms[i]->getVel(vel);
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262 >    
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267  
268 <    sprintf( tempBuffer,
269 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 <             atoms[i]->getType(),
271 <             pos[0],
272 <             pos[1],
273 <             pos[2],
274 <             vel[0],
275 <             vel[1],
276 <             vel[2]);
277 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 >      sprintf( tempBuffer,
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278  
279 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280  
281 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
282 <      dAtom->getQ( q );
277 <      dAtom->getJ( ji );
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283  
284 <      sprintf( tempBuffer,
285 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 <               q[0],
287 <               q[1],
288 <               q[2],
289 <               q[3],
290 <               ji[0],
291 <               ji[1],
292 <               ji[2]);
293 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294 >      }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297      }
290 –    else
291 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298  
299 +    
300      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
301        *outFile[k] << writeLine;
302 <  }
302 > }
303  
304   #else // is_mpi
305  
# Line 309 | Line 316 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
316    int haveError;
317  
318    MPI_Status istatus;
319 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
319 >  int nCurObj;
320 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321  
322    // write out header and node 0's coordinates
323  
# Line 325 | Line 333 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
333        potatoes[i] = 0;
334      
335        for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 <        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337  
338          *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339                           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 345 | Line 353 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
353  
354      currentIndex = 0;
355  
356 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
357        
358        // Get the Node number which has this atom;
359        
360 <      which_node = AtomToProcMap[i];
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361        
362        if (which_node != 0) {
363 <
364 <        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365            // The potato was going to exceed the maximum value,
366            // so wrap this processor potato back to 0:        
367  
# Line 363 | Line 371 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
371          }
372  
373          myPotato = potatoes[which_node];        
366 –        
367 –        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
368 –                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
369 –        
370 –        atomTypeString = MPIatomTypeString;
371 –        
372 –        myPotato++;
374  
375 <        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
378 +        
379 +        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
380 +
381 +          if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
382 +            // The potato was going to exceed the maximum value,
383 +            // so wrap this processor potato back to 0:        
384 +
385 +            potatoes[which_node] = 0;          
386 +            MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
387 +            
388 +          }
389 +
390 +          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
391 +          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
392 +
393 +          atomTypeString = MPIatomTypeString;
394 +
395 +          myPotato++;
396 +
397 +          MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
398 +          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399                
400 <        myPotato++;
400 >          myPotato++;
401  
402 <        if (isDirectional) {          
402 >          if (isDirectional) {          
403            MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
404                     myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
405 <        } else {
405 >          } else {
406            MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
407                     myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
408 +          }
409 +
410 +          myPotato++;
411          }
386 –        
387 –        myPotato++;
412          potatoes[which_node] = myPotato;
413  
414        } else {
415          
416          haveError = 0;
393 –        which_atom = i;
417          
418 <          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
396 <          
397 <          if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
398 <            
399 <            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
400 <            
401 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
402 <          atoms[local_index]->getVel(vel);          
403 <          
404 <          atomData6[0] = pos[0];
405 <          atomData6[1] = pos[1];
406 <          atomData6[2] = pos[2];
418 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
419  
420 <          atomData6[3] = vel[0];
409 <          atomData6[4] = vel[1];
410 <          atomData6[5] = vel[2];
411 <          
412 <          isDirectional = 0;
420 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
421  
422 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
422 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
423 >                sd = *iter;
424 >            atomTypeString = sd->getType();
425 >            
426 >            sd->getPos(pos);
427 >            sd->getVel(vel);          
428 >          
429 >            atomData6[0] = pos[0];
430 >            atomData6[1] = pos[1];
431 >            atomData6[2] = pos[2];
432  
433 <            isDirectional = 1;
434 <            
435 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
436 <            dAtom->getQ( q );
437 <            dAtom->getJ( ji );
433 >            atomData6[3] = vel[0];
434 >            atomData6[4] = vel[1];
435 >            atomData6[5] = vel[2];
436 >              
437 >            isDirectional = 0;
438  
439 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
440 <              atomData13[j] = atomData6[j];            
441 <            
442 <            atomData13[6] = q[0];
443 <            atomData13[7] = q[1];
444 <            atomData13[8] = q[2];
445 <            atomData13[9] = q[3];
446 <            
447 <            atomData13[10] = ji[0];
448 <            atomData13[11] = ji[1];
449 <            atomData13[12] = ji[2];
450 <          }
451 <          
452 <        } else {
453 <          sprintf(painCave.errMsg,
454 <                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
455 <                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
456 <          haveError= 1;
457 <          simError();
458 <        }
459 <        
443 <        if(haveError) DieDieDie();
439 >            if( sd->isDirectional() ){
440 >
441 >              isDirectional = 1;
442 >                
443 >              sd->getQ( q );
444 >              sd->getJ( ji );
445 >
446 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
447 >                atomData13[j] = atomData6[j];            
448 >              
449 >              atomData13[6] = q[0];
450 >              atomData13[7] = q[1];
451 >              atomData13[8] = q[2];
452 >              atomData13[9] = q[3];
453 >              
454 >              atomData13[10] = ji[0];
455 >              atomData13[11] = ji[1];
456 >              atomData13[12] = ji[2];
457 >            }
458 >            
459 >        }
460          
461 <        currentIndex++;
461 >      currentIndex++;
462        }
463        // If we've survived to here, format the line:
464        
# Line 504 | Line 520 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
520      myPotato = 0;
521      currentIndex = 0;
522      
523 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
523 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
524        
525 <      // Am I the node which has this atom?
525 >      // Am I the node which has this integrableObject?
526        
527 <      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
527 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
528  
529 <        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
529 >
530 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
531            
532            // The potato was going to exceed the maximum value,
533            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
# Line 519 | Line 536 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
536            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
537            
538          }
522 –        which_atom = i;
539  
540 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
540 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
541 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
542 >          
543 >          nCurObj = integrableObjects.size();
544 >                      
545 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
546 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
547 >
548 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
549 >
550 >            if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
551 >          
552 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
553 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
554 >              // node 0 says we can go:
555 >          
556 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
557 >              
558 >            }
559 >            
560 >            sd = *iter;
561 >            
562 >            atomTypeString = sd->getType();
563 >
564 >            sd->getPos(pos);
565 >            sd->getVel(vel);
566 >
567 >            atomData6[0] = pos[0];
568 >            atomData6[1] = pos[1];
569 >            atomData6[2] = pos[2];
570 >
571 >            atomData6[3] = vel[0];
572 >            atomData6[4] = vel[1];
573 >            atomData6[5] = vel[2];
574 >              
575 >            isDirectional = 0;
576 >
577 >            if( sd->isDirectional() ){
578 >
579 >                isDirectional = 1;
580                  
581 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
582 <        
583 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
584 <          
585 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
586 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
587 <          
588 <          atomData6[0] = pos[0];
589 <          atomData6[1] = pos[1];
590 <          atomData6[2] = pos[2];
581 >                sd->getQ( q );
582 >                sd->getJ( ji );
583 >                
584 >                for (int j = 0; j < 6 ; j++)
585 >                  atomData13[j] = atomData6[j];
586 >                
587 >                atomData13[6] = q[0];
588 >                atomData13[7] = q[1];
589 >                atomData13[8] = q[2];
590 >                atomData13[9] = q[3];
591 >      
592 >                atomData13[10] = ji[0];
593 >                atomData13[11] = ji[1];
594 >                atomData13[12] = ji[2];
595 >              }
596  
597 <          atomData6[3] = vel[0];
598 <          atomData6[4] = vel[1];
539 <          atomData6[5] = vel[2];
540 <          
541 <          isDirectional = 0;
597 >            
598 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
599  
600 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
600 >            // null terminate the string before sending (just in case):
601 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
602  
603 <            isDirectional = 1;
603 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
604 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
605              
606 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
607 <            dAtom->getQ( q );
608 <            dAtom->getJ( ji );
606 >            myPotato++;
607 >
608 >            MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
609 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
610              
611 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
552 <              atomData13[j] = atomData6[j];
611 >            myPotato++;
612              
613 <            atomData13[6] = q[0];
555 <            atomData13[7] = q[1];
556 <            atomData13[8] = q[2];
557 <            atomData13[9] = q[3];
558 <  
559 <            atomData13[10] = ji[0];
560 <            atomData13[11] = ji[1];
561 <            atomData13[12] = ji[2];
562 <          }
613 >            if (isDirectional) {
614  
615 <        } else {
616 <          sprintf(painCave.errMsg,
617 <                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
618 <                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
568 <          haveError= 1;
569 <          simError();
570 <        }
571 <        
572 <        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
615 >              MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
616 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
617 >              
618 >            } else {
619  
620 <        // null terminate the string before sending (just in case):
621 <        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
620 >              MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
621 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
622 >            }
623  
624 <        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
578 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
579 <        
580 <        myPotato++;
624 >            myPotato++;  
625  
626 <        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
583 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
584 <        
585 <        myPotato++;
586 <        
587 <        if (isDirectional) {
626 >          }
627  
628 <          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
590 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
628 >          currentIndex++;    
629            
592 –        } else {
593 –
594 –          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
595 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
630          }
631 <
598 <        myPotato++;  
599 <        currentIndex++;    
631 >      
632        }
633 +    
634      }
635  
636      sprintf( checkPointMsg,
637               "Sucessfully took a dump.\n");
638      MPIcheckPoint();        
639      
607 –  }
640    
641   #endif // is_mpi
642   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines