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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 1000 by tim, Fri Jan 30 21:47:22 2004 UTC vs.
Revision 1203 by gezelter, Thu May 27 18:59:17 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
# Line 87 | Line 88 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
88   */
89  
90   void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
91 <  
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92    indexArray.clear();
93    
94 <  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 <    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98   }
# Line 216 | Line 216 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
216  
217    int nProc;
218    int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
219 <  double atomData6[6];
220 <  double atomData13[13];
219 >  double atomData[13];
220    int isDirectional;
221    char* atomTypeString;
222    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
223 <
224 < #else //is_mpi
226 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
223 >  int nObjects;
224 >  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
225   #endif //is_mpi
226  
227 <  double q[4];
227 >  double q[4], ji[3];
228    DirectionalAtom* dAtom;
231 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
229    double pos[3], vel[3];
230 <
230 >  int nTotObjects;
231 >  StuntDouble* sd;
232 >  char* molName;
233 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
237    
238    for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 <    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240  
241      *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242                 << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 253 | Line 255 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
255      *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256    }
257    
258 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259  
260 <    atoms[i]->getPos(pos);
261 <    atoms[i]->getVel(vel);
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262 >    
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267  
268 <    sprintf( tempBuffer,
269 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 <             atoms[i]->getType(),
271 <             pos[0],
272 <             pos[1],
273 <             pos[2],
274 <             vel[0],
275 <             vel[1],
276 <             vel[2]);
277 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 >      sprintf( tempBuffer,
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278  
279 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280  
281 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
282 <      dAtom->getQ( q );
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283  
284 <      sprintf( tempBuffer,
285 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 <               q[0],
287 <               q[1],
288 <               q[2],
289 <               q[3],
290 <               dAtom->getJx(),
291 <               dAtom->getJy(),
292 <               dAtom->getJz());
293 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294 >      }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297      }
288 –    else
289 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298  
299 +    
300      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
301        *outFile[k] << writeLine;
302 <  }
302 > }
303  
304   #else // is_mpi
305  
# Line 307 | Line 316 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
316    int haveError;
317  
318    MPI_Status istatus;
319 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
319 >  int nCurObj;
320 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321  
322    // write out header and node 0's coordinates
323  
# Line 315 | Line 325 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
325  
326      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327  
328 <    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
328 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
329      potatoes = new int[nProc];
330  
331      //write out the comment lines
# Line 323 | Line 333 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
333        potatoes[i] = 0;
334      
335        for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 <        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337  
338          *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339                           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 343 | Line 353 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
353  
354      currentIndex = 0;
355  
356 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
357        
358        // Get the Node number which has this atom;
359        
360 <      which_node = AtomToProcMap[i];
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361        
362        if (which_node != 0) {
363 <
364 <        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365            // The potato was going to exceed the maximum value,
366            // so wrap this processor potato back to 0:        
367  
368            potatoes[which_node] = 0;          
369 <          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
369 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370            
371          }
372  
373          myPotato = potatoes[which_node];        
364 –        
365 –        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
366 –                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
367 –        
368 –        atomTypeString = MPIatomTypeString;
369 –        
370 –        myPotato++;
374  
375 <        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
374 –              
378          myPotato++;
379 +        
380 +        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
381  
382 <        if (isDirectional) {          
383 <          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
384 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
385 <        } else {
386 <          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
387 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
382 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
383 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
384 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
385 >
386 >            potatoes[which_node] = 0;          
387 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
388 >            
389 >          }
390 >
391 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
392 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
393 >
394 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
395 >
396 >          myPotato++;
397 >
398 >          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399 >          myPotato++;
400 >
401 >          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
402 >
403 >          if(msgLen  == 13)
404 >            isDirectional = 1;
405 >          else
406 >            isDirectional = 0;
407 >            
408          }
384 –        
385 –        myPotato++;
409          potatoes[which_node] = myPotato;
410  
411        } else {
412          
413          haveError = 0;
391 –        which_atom = i;
414          
415 <          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
394 <          
395 <          if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
396 <            
397 <            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
398 <            
399 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
400 <          atoms[local_index]->getVel(vel);          
401 <          
402 <          atomData6[0] = pos[0];
403 <          atomData6[1] = pos[1];
404 <          atomData6[2] = pos[2];
415 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
416  
417 <          atomData6[3] = vel[0];
407 <          atomData6[4] = vel[1];
408 <          atomData6[5] = vel[2];
409 <          
410 <          isDirectional = 0;
417 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
418  
419 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
419 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
420 >                sd = *iter;
421 >            atomTypeString = sd->getType();
422 >            
423 >            sd->getPos(pos);
424 >            sd->getVel(vel);          
425 >          
426 >            atomData[0] = pos[0];
427 >            atomData[1] = pos[1];
428 >            atomData[2] = pos[2];
429  
430 <            isDirectional = 1;
431 <            
432 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
433 <            dAtom->getQ( q );
430 >            atomData[3] = vel[0];
431 >            atomData[4] = vel[1];
432 >            atomData[5] = vel[2];
433 >              
434 >            isDirectional = 0;
435  
436 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
437 <              atomData13[j] = atomData6[j];            
438 <            
439 <            atomData13[6] = q[0];
440 <            atomData13[7] = q[1];
441 <            atomData13[8] = q[2];
442 <            atomData13[9] = q[3];
443 <            
444 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
445 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
446 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
447 <          }
448 <          
449 <        } else {
450 <          sprintf(painCave.errMsg,
451 <                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
452 <                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
453 <          haveError= 1;
454 <          simError();
455 <        }
456 <        
440 <        if(haveError) DieDieDie();
436 >            if( sd->isDirectional() ){
437 >
438 >              isDirectional = 1;
439 >                
440 >              sd->getQ( q );
441 >              sd->getJ( ji );
442 >
443 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
444 >                atomData[j] = atomData[j];            
445 >              
446 >              atomData[6] = q[0];
447 >              atomData[7] = q[1];
448 >              atomData[8] = q[2];
449 >              atomData[9] = q[3];
450 >              
451 >              atomData[10] = ji[0];
452 >              atomData[11] = ji[1];
453 >              atomData[12] = ji[2];
454 >            }
455 >            
456 >        }
457          
458 <        currentIndex++;
458 >      currentIndex++;
459        }
460        // If we've survived to here, format the line:
461        
# Line 448 | Line 464 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
464          sprintf( writeLine,
465                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
466                   atomTypeString,
467 <                 atomData6[0],
468 <                 atomData6[1],
469 <                 atomData6[2],
470 <                 atomData6[3],
471 <                 atomData6[4],
472 <                 atomData6[5]);
467 >                 atomData[0],
468 >                 atomData[1],
469 >                 atomData[2],
470 >                 atomData[3],
471 >                 atomData[4],
472 >                 atomData[5]);
473          
474          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
475          
# Line 462 | Line 478 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
478          sprintf( writeLine,
479                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
480                   atomTypeString,
481 <                 atomData13[0],
482 <                 atomData13[1],
483 <                 atomData13[2],
484 <                 atomData13[3],
485 <                 atomData13[4],
486 <                 atomData13[5],
487 <                 atomData13[6],
488 <                 atomData13[7],
489 <                 atomData13[8],
490 <                 atomData13[9],
491 <                 atomData13[10],
492 <                 atomData13[11],
493 <                 atomData13[12]);
481 >                 atomData[0],
482 >                 atomData[1],
483 >                 atomData[2],
484 >                 atomData[3],
485 >                 atomData[4],
486 >                 atomData[5],
487 >                 atomData[6],
488 >                 atomData[7],
489 >                 atomData[8],
490 >                 atomData[9],
491 >                 atomData[10],
492 >                 atomData[11],
493 >                 atomData[12]);
494          
495        }
496        
# Line 501 | Line 517 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
517      myPotato = 0;
518      currentIndex = 0;
519      
520 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
520 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
521        
522 <      // Am I the node which has this atom?
522 >      // Am I the node which has this integrableObject?
523        
524 <      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
524 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
525  
526 <        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
526 >
527 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
528            
529            // The potato was going to exceed the maximum value,
530            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
# Line 516 | Line 533 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
533            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
534            
535          }
519 –        which_atom = i;
536  
537 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
538 <                
523 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
524 <        
525 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
526 <          
527 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
528 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
529 <          
530 <          atomData6[0] = pos[0];
531 <          atomData6[1] = pos[1];
532 <          atomData6[2] = pos[2];
533 <
534 <          atomData6[3] = vel[0];
535 <          atomData6[4] = vel[1];
536 <          atomData6[5] = vel[2];
537 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
538 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
539            
540 <          isDirectional = 0;
540 >          nCurObj = integrableObjects.size();
541 >                      
542 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
543 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
544 >          myPotato++;
545  
546 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
546 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
547  
548 <            isDirectional = 1;
548 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
549 >          
550 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
551 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
552 >              // node 0 says we can go:
553 >          
554 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
555 >              
556 >            }
557              
558 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
545 <            dAtom->getQ( q );
558 >            sd = *iter;
559              
560 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
561 <              atomData13[j] = atomData6[j];
560 >            atomTypeString = sd->getType();
561 >
562 >            sd->getPos(pos);
563 >            sd->getVel(vel);
564 >
565 >            atomData[0] = pos[0];
566 >            atomData[1] = pos[1];
567 >            atomData[2] = pos[2];
568 >
569 >            atomData[3] = vel[0];
570 >            atomData[4] = vel[1];
571 >            atomData[5] = vel[2];
572 >              
573 >            isDirectional = 0;
574 >
575 >            if( sd->isDirectional() ){
576 >
577 >                isDirectional = 1;
578 >                
579 >                sd->getQ( q );
580 >                sd->getJ( ji );
581 >                
582 >                
583 >                atomData[6] = q[0];
584 >                atomData[7] = q[1];
585 >                atomData[8] = q[2];
586 >                atomData[9] = q[3];
587 >      
588 >                atomData[10] = ji[0];
589 >                atomData[11] = ji[1];
590 >                atomData[12] = ji[2];
591 >              }
592 >
593 >            
594 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
595 >
596 >            // null terminate the string before sending (just in case):
597 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
598 >
599 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
600 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
601              
602 <            atomData13[6] = q[0];
603 <            atomData13[7] = q[1];
604 <            atomData13[8] = q[2];
553 <            atomData13[9] = q[3];
554 <  
555 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
556 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
557 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
558 <          }
602 >            myPotato++;
603 >            
604 >            if (isDirectional) {
605  
606 <        } else {
607 <          sprintf(painCave.errMsg,
608 <                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
609 <                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
564 <          haveError= 1;
565 <          simError();
566 <        }
567 <        
568 <        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
606 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
607 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
608 >              
609 >            } else {
610  
611 <        // null terminate the string before sending (just in case):
612 <        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
611 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
612 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
613 >            }
614  
615 <        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
574 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
575 <        
576 <        myPotato++;
615 >            myPotato++;  
616  
617 <        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
579 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
580 <        
581 <        myPotato++;
582 <        
583 <        if (isDirectional) {
617 >          }
618  
619 <          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
586 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
619 >          currentIndex++;    
620            
588 –        } else {
589 –
590 –          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
591 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
621          }
622 <
594 <        myPotato++;  
595 <        currentIndex++;    
622 >      
623        }
597 –    }
624  
625      sprintf( checkPointMsg,
626               "Sucessfully took a dump.\n");
627 <    MPIcheckPoint();        
627 >    MPIcheckPoint();                
628      
629 <  }
629 >    }
630 >
631 >
632    
633   #endif // is_mpi
634   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
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> Changed lines