ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 416 by gezelter, Wed Mar 26 23:14:02 2003 UTC vs.
Revision 419 by gezelter, Thu Mar 27 15:07:29 2003 UTC

# Line 65 | Line 65 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
65    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
66    char writeLine[BUFFERSIZE];
67  
68 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
68 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
69    double q[4];
70    DirectionalAtom* dAtom;
71    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 134 | Line 134 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
134              << entry_plug->box_z << "\n";
135      
136      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this molecule:
137 >      // Get the Node number which has this atom;
138        
139        which_node = AtomToProcMap[i];    
140        
# Line 191 | Line 191 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
191      done = 0;
192      while (!done) {
193        MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 <
194 >                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 >      
196        if (which_atom == -1) {
197          done=1;
198          continue;
199        } else {
200 <
201 <        //format the line
202 <        sprintf( tempBuffer,
203 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
204 <                 atoms[which_atom]->getType(),
205 <                 atoms[which_atom]->getX(),
206 <                 atoms[which_atom]->getY(),
207 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
208 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
209 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
210 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
211 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
200 >        local_index=-1;        
201 >        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
202 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
203 >        }
204 >        if (local_index != -1) {
205 >          //format the line
206 >          sprintf( tempBuffer,
207 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
208 >                   atoms[local_index]->getType(),
209 >                   atoms[local_index]->getX(),
210 >                   atoms[local_index]->getY(),
211 >                   atoms[local_index]->getZ(),
212 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
213 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
214 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
215 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
216            
217 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
218 <            
219 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
220 <          dAtom->getQ( q );
221 <            
222 <          sprintf( tempBuffer,
223 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
224 <                   q[0],
225 <                   q[1],
226 <                   q[2],
227 <                   q[3],
228 <                   dAtom->getJx(),
229 <                   dAtom->getJy(),
230 <                   dAtom->getJz());
231 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
232 <        }
233 <        else
234 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
235 <        
236 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
237 <                             TAKE_THIS_TAG);
217 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
218 >            
219 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
220 >            dAtom->getQ( q );
221 >            
222 >            sprintf( tempBuffer,
223 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
224 >                     q[0],
225 >                     q[1],
226 >                     q[2],
227 >                     q[3],
228 >                     dAtom->getJx(),
229 >                     dAtom->getJy(),
230 >                     dAtom->getJz());
231 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
232 >          }
233 >          else
234 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
235 >          
236 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
237 >                               TAKE_THIS_TAG);
238 >        } else {
239 >          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
240 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
241 >                               TAKE_THIS_TAG);
242 >        }
243        }
244      }
245    }  
# Line 254 | Line 263 | void DumpWriter::writeFinal(){
263    DirectionalAtom* dAtom;
264    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
265    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
266 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
266 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
267    
268    
269   #ifdef IS_MPI
# Line 407 | Line 416 | void DumpWriter::writeFinal(){
416          continue;
417        } else {
418  
419 <        //format the line
420 <        sprintf( tempBuffer,
421 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
422 <                 atoms[which_atom]->getType(),
423 <                 atoms[which_atom]->getX(),
424 <                 atoms[which_atom]->getY(),
425 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
426 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
427 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
428 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
429 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 >        local_index=-1;        
420 >        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
421 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
422 >        }
423 >        if (local_index != -1) {
424 >
425 >          //format the line
426 >          sprintf( tempBuffer,
427 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
428 >                   atoms[local_index]->getType(),
429 >                   atoms[local_index]->getX(),
430 >                   atoms[local_index]->getY(),
431 >                   atoms[local_index]->getZ(),
432 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
433 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
434 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
435 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
436            
437 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
437 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
438 >            
439 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
440 >            dAtom->getQ( q );
441              
442 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
443 <          dAtom->getQ( q );
444 <            
445 <          sprintf( tempBuffer,
446 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
447 <                   q[0],
448 <                   q[1],
449 <                   q[2],
450 <                   q[3],
451 <                   dAtom->getJx(),
452 <                   dAtom->getJy(),
453 <                   dAtom->getJz());
454 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
455 <        }
456 <        else
457 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
458 <        
459 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
460 <                             TAKE_THIS_TAG);
442 >            sprintf( tempBuffer,
443 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
444 >                     q[0],
445 >                     q[1],
446 >                     q[2],
447 >                     q[3],
448 >                     dAtom->getJx(),
449 >                     dAtom->getJy(),
450 >                     dAtom->getJz());
451 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
452 >          }
453 >          else
454 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
455 >          
456 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
457 >                               TAKE_THIS_TAG);
458 >        } else {
459 >          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
460 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
461 >                               TAKE_THIS_TAG);
462 >        }
463        }
464      }
465 <  }  
465 >  }
466    finalOut.flush();
467    sprintf( checkPointMsg,
468             "Sucessfully took a dump.\n");

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines