| 88 | 
  | 
 */ | 
| 89 | 
  | 
  | 
| 90 | 
  | 
void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){ | 
| 91 | 
< | 
  Atom** atoms = entry_plug->atoms; | 
| 92 | 
< | 
   | 
| 91 | 
> | 
  Molecule* mols = entry_plug->molecules;   | 
| 92 | 
  | 
  indexArray.clear(); | 
| 93 | 
  | 
   | 
| 94 | 
< | 
  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)  | 
| 95 | 
< | 
    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex())); | 
| 94 | 
> | 
  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)  | 
| 95 | 
> | 
    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex())); | 
| 96 | 
  | 
   | 
| 97 | 
  | 
  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);     | 
| 98 | 
  | 
} | 
| 216 | 
  | 
 | 
| 217 | 
  | 
  int nProc; | 
| 218 | 
  | 
  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex; | 
| 219 | 
< | 
  double atomData6[6]; | 
| 221 | 
< | 
  double atomData13[13]; | 
| 219 | 
> | 
  double atomData[13]; | 
| 220 | 
  | 
  int isDirectional; | 
| 221 | 
  | 
  char* atomTypeString; | 
| 222 | 
  | 
  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE]; | 
| 223 | 
< | 
 | 
| 224 | 
< | 
#else //is_mpi | 
| 227 | 
< | 
  int nAtoms = entry_plug->n_atoms; | 
| 223 | 
> | 
  int nObjects; | 
| 224 | 
> | 
  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes | 
| 225 | 
  | 
#endif //is_mpi | 
| 226 | 
  | 
 | 
| 227 | 
  | 
  double q[4], ji[3]; | 
| 228 | 
  | 
  DirectionalAtom* dAtom; | 
| 232 | 
– | 
  Atom** atoms = entry_plug->atoms; | 
| 229 | 
  | 
  double pos[3], vel[3]; | 
| 230 | 
< | 
 | 
| 230 | 
> | 
  int nTotObjects; | 
| 231 | 
> | 
  StuntDouble* sd; | 
| 232 | 
> | 
  char* molName; | 
| 233 | 
> | 
  vector<StuntDouble*> integrableObjects; | 
| 234 | 
> | 
  vector<StuntDouble*>::iterator iter; | 
| 235 | 
> | 
  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects(); | 
| 236 | 
  | 
#ifndef IS_MPI | 
| 237 | 
  | 
   | 
| 238 | 
  | 
  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){ | 
| 239 | 
< | 
    *outFile[k] << nAtoms << "\n"; | 
| 239 | 
> | 
    *outFile[k] << nTotObjects << "\n"; | 
| 240 | 
  | 
 | 
| 241 | 
  | 
    *outFile[k] << currentTime << ";\t" | 
| 242 | 
  | 
               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t" | 
| 255 | 
  | 
    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl; | 
| 256 | 
  | 
  } | 
| 257 | 
  | 
   | 
| 258 | 
< | 
  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){ | 
| 258 | 
> | 
  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){ | 
| 259 | 
  | 
 | 
| 260 | 
< | 
    atoms[i]->getPos(pos); | 
| 261 | 
< | 
    atoms[i]->getVel(vel); | 
| 262 | 
< | 
 | 
| 263 | 
< | 
    sprintf( tempBuffer, | 
| 264 | 
< | 
             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t", | 
| 265 | 
< | 
             atoms[i]->getType(), | 
| 266 | 
< | 
             pos[0], | 
| 266 | 
< | 
             pos[1], | 
| 267 | 
< | 
             pos[2], | 
| 268 | 
< | 
             vel[0], | 
| 269 | 
< | 
             vel[1], | 
| 270 | 
< | 
             vel[2]); | 
| 271 | 
< | 
    strcpy( writeLine, tempBuffer ); | 
| 260 | 
> | 
    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects(); | 
| 261 | 
> | 
    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID(); | 
| 262 | 
> | 
     | 
| 263 | 
> | 
    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){ | 
| 264 | 
> | 
      sd = *iter; | 
| 265 | 
> | 
      sd->getPos(pos); | 
| 266 | 
> | 
      sd->getVel(vel); | 
| 267 | 
  | 
 | 
| 268 | 
< | 
    if( atoms[i]->isDirectional() ){ | 
| 268 | 
> | 
      sprintf( tempBuffer, | 
| 269 | 
> | 
             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t", | 
| 270 | 
> | 
             sd->getType(), | 
| 271 | 
> | 
             pos[0], | 
| 272 | 
> | 
             pos[1], | 
| 273 | 
> | 
             pos[2], | 
| 274 | 
> | 
             vel[0], | 
| 275 | 
> | 
             vel[1], | 
| 276 | 
> | 
             vel[2]); | 
| 277 | 
> | 
      strcpy( writeLine, tempBuffer ); | 
| 278 | 
  | 
 | 
| 279 | 
< | 
      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i]; | 
| 276 | 
< | 
      dAtom->getQ( q ); | 
| 277 | 
< | 
      dAtom->getJ( ji ); | 
| 279 | 
> | 
      if( sd->isDirectional() ){ | 
| 280 | 
  | 
 | 
| 281 | 
< | 
      sprintf( tempBuffer, | 
| 282 | 
< | 
               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", | 
| 283 | 
< | 
               q[0], | 
| 284 | 
< | 
               q[1], | 
| 285 | 
< | 
               q[2], | 
| 286 | 
< | 
               q[3], | 
| 287 | 
< | 
               ji[0], | 
| 288 | 
< | 
               ji[1], | 
| 289 | 
< | 
               ji[2]); | 
| 290 | 
< | 
      strcat( writeLine, tempBuffer ); | 
| 281 | 
> | 
        sd->getQ( q ); | 
| 282 | 
> | 
        sd->getJ( ji ); | 
| 283 | 
> | 
 | 
| 284 | 
> | 
        sprintf( tempBuffer, | 
| 285 | 
> | 
               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", | 
| 286 | 
> | 
               q[0], | 
| 287 | 
> | 
               q[1], | 
| 288 | 
> | 
               q[2], | 
| 289 | 
> | 
               q[3], | 
| 290 | 
> | 
                 ji[0], | 
| 291 | 
> | 
                 ji[1], | 
| 292 | 
> | 
                 ji[2]); | 
| 293 | 
> | 
        strcat( writeLine, tempBuffer ); | 
| 294 | 
> | 
      } | 
| 295 | 
> | 
      else | 
| 296 | 
> | 
        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" ); | 
| 297 | 
> | 
     | 
| 298 | 
> | 
      for(k = 0; k < outFile.size(); k++) | 
| 299 | 
> | 
        *outFile[k] << writeLine;       | 
| 300 | 
  | 
    } | 
| 290 | 
– | 
    else | 
| 291 | 
– | 
      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" ); | 
| 301 | 
  | 
 | 
| 302 | 
< | 
    for(k = 0; k < outFile.size(); k++) | 
| 294 | 
< | 
      *outFile[k] << writeLine; | 
| 295 | 
< | 
  } | 
| 302 | 
> | 
} | 
| 303 | 
  | 
 | 
| 304 | 
  | 
#else // is_mpi | 
| 305 | 
  | 
 | 
| 316 | 
  | 
  int haveError; | 
| 317 | 
  | 
 | 
| 318 | 
  | 
  MPI_Status istatus; | 
| 319 | 
< | 
  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap(); | 
| 319 | 
> | 
  int nCurObj; | 
| 320 | 
> | 
  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap(); | 
| 321 | 
  | 
 | 
| 322 | 
  | 
  // write out header and node 0's coordinates | 
| 323 | 
  | 
 | 
| 325 | 
  | 
 | 
| 326 | 
  | 
    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor; | 
| 327 | 
  | 
 | 
| 328 | 
< | 
    nProc = mpiSim->getNumberProcessors(); | 
| 328 | 
> | 
    nProc = mpiSim->getNProcessors(); | 
| 329 | 
  | 
    potatoes = new int[nProc]; | 
| 330 | 
  | 
 | 
| 331 | 
  | 
    //write out the comment lines | 
| 333 | 
  | 
      potatoes[i] = 0; | 
| 334 | 
  | 
     | 
| 335 | 
  | 
      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){ | 
| 336 | 
< | 
        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n"; | 
| 336 | 
> | 
        *outFile[k] << nTotObjects << "\n"; | 
| 337 | 
  | 
 | 
| 338 | 
  | 
        *outFile[k] << currentTime << ";\t" | 
| 339 | 
  | 
                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t" | 
| 353 | 
  | 
 | 
| 354 | 
  | 
    currentIndex = 0; | 
| 355 | 
  | 
 | 
| 356 | 
< | 
    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) { | 
| 356 | 
> | 
    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) { | 
| 357 | 
  | 
       | 
| 358 | 
  | 
      // Get the Node number which has this atom; | 
| 359 | 
  | 
       | 
| 360 | 
< | 
      which_node = AtomToProcMap[i]; | 
| 360 | 
> | 
      which_node = MolToProcMap[i]; | 
| 361 | 
  | 
       | 
| 362 | 
  | 
      if (which_node != 0) { | 
| 363 | 
< | 
 | 
| 364 | 
< | 
        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) { | 
| 363 | 
> | 
         | 
| 364 | 
> | 
        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) { | 
| 365 | 
  | 
          // The potato was going to exceed the maximum value,  | 
| 366 | 
  | 
          // so wrap this processor potato back to 0:          | 
| 367 | 
  | 
 | 
| 368 | 
  | 
          potatoes[which_node] = 0;           | 
| 369 | 
< | 
          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD); | 
| 369 | 
> | 
          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD); | 
| 370 | 
  | 
           | 
| 371 | 
  | 
        } | 
| 372 | 
  | 
 | 
| 373 | 
  | 
        myPotato = potatoes[which_node];         | 
| 366 | 
– | 
         | 
| 367 | 
– | 
        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node, | 
| 368 | 
– | 
                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 369 | 
– | 
         | 
| 370 | 
– | 
        atomTypeString = MPIatomTypeString; | 
| 371 | 
– | 
         | 
| 372 | 
– | 
        myPotato++; | 
| 374 | 
  | 
 | 
| 375 | 
< | 
        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node, | 
| 375 | 
> | 
        //recieve the number of integrableObject in current molecule | 
| 376 | 
> | 
        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, | 
| 377 | 
  | 
                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 376 | 
– | 
                | 
| 378 | 
  | 
        myPotato++; | 
| 378 | 
– | 
 | 
| 379 | 
– | 
        if (isDirectional) {           | 
| 380 | 
– | 
          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node, | 
| 381 | 
– | 
                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 382 | 
– | 
        } else { | 
| 383 | 
– | 
          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node, | 
| 384 | 
– | 
                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);           | 
| 385 | 
– | 
        } | 
| 379 | 
  | 
         | 
| 380 | 
< | 
        myPotato++; | 
| 388 | 
< | 
        potatoes[which_node] = myPotato; | 
| 380 | 
> | 
        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){ | 
| 381 | 
  | 
 | 
| 382 | 
< | 
      } else { | 
| 383 | 
< | 
         | 
| 384 | 
< | 
        haveError = 0; | 
| 385 | 
< | 
        which_atom = i; | 
| 386 | 
< | 
         | 
| 387 | 
< | 
          local_index = indexArray[currentIndex].first;         | 
| 388 | 
< | 
           | 
| 389 | 
< | 
          if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) { | 
| 398 | 
< | 
             | 
| 399 | 
< | 
            atomTypeString = atoms[local_index]->getType(); | 
| 400 | 
< | 
             | 
| 401 | 
< | 
          atoms[local_index]->getPos(pos); | 
| 402 | 
< | 
          atoms[local_index]->getVel(vel);           | 
| 403 | 
< | 
           | 
| 404 | 
< | 
          atomData6[0] = pos[0]; | 
| 405 | 
< | 
          atomData6[1] = pos[1]; | 
| 406 | 
< | 
          atomData6[2] = pos[2]; | 
| 382 | 
> | 
          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) { | 
| 383 | 
> | 
            // The potato was going to exceed the maximum value,  | 
| 384 | 
> | 
            // so wrap this processor potato back to 0:          | 
| 385 | 
> | 
 | 
| 386 | 
> | 
            potatoes[which_node] = 0;           | 
| 387 | 
> | 
            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD); | 
| 388 | 
> | 
             | 
| 389 | 
> | 
          } | 
| 390 | 
  | 
 | 
| 391 | 
< | 
          atomData6[3] = vel[0]; | 
| 392 | 
< | 
          atomData6[4] = vel[1]; | 
| 410 | 
< | 
          atomData6[5] = vel[2]; | 
| 411 | 
< | 
           | 
| 412 | 
< | 
          isDirectional = 0; | 
| 391 | 
> | 
          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node, | 
| 392 | 
> | 
          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 393 | 
  | 
 | 
| 394 | 
< | 
          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){ | 
| 394 | 
> | 
          atomTypeString = MPIatomTypeString; | 
| 395 | 
  | 
 | 
| 396 | 
+ | 
          myPotato++; | 
| 397 | 
+ | 
 | 
| 398 | 
+ | 
          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 399 | 
+ | 
          myPotato++; | 
| 400 | 
+ | 
 | 
| 401 | 
+ | 
          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen); | 
| 402 | 
+ | 
 | 
| 403 | 
+ | 
          if(msgLen  == 13)  | 
| 404 | 
  | 
            isDirectional = 1; | 
| 405 | 
+ | 
          else | 
| 406 | 
+ | 
            isDirectional = 0; | 
| 407 | 
+ | 
           | 
| 408 | 
+ | 
          // If we've survived to here, format the line: | 
| 409 | 
  | 
             | 
| 410 | 
< | 
            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index]; | 
| 411 | 
< | 
            dAtom->getQ( q ); | 
| 412 | 
< | 
            dAtom->getJ( ji ); | 
| 413 | 
< | 
 | 
| 414 | 
< | 
            for (int j = 0; j < 6 ; j++) | 
| 415 | 
< | 
              atomData13[j] = atomData6[j];             | 
| 410 | 
> | 
          if (!isDirectional) { | 
| 411 | 
> | 
         | 
| 412 | 
> | 
            sprintf( writeLine, | 
| 413 | 
> | 
                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t", | 
| 414 | 
> | 
                 atomTypeString, | 
| 415 | 
> | 
                 atomData[0], | 
| 416 | 
> | 
                 atomData[1], | 
| 417 | 
> | 
                 atomData[2], | 
| 418 | 
> | 
                 atomData[3], | 
| 419 | 
> | 
                 atomData[4], | 
| 420 | 
> | 
                 atomData[5]); | 
| 421 | 
> | 
         | 
| 422 | 
> | 
           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" ); | 
| 423 | 
> | 
         | 
| 424 | 
> | 
          }  | 
| 425 | 
> | 
          else { | 
| 426 | 
> | 
         | 
| 427 | 
> | 
                sprintf( writeLine, | 
| 428 | 
> | 
                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", | 
| 429 | 
> | 
                         atomTypeString, | 
| 430 | 
> | 
                         atomData[0], | 
| 431 | 
> | 
                         atomData[1], | 
| 432 | 
> | 
                         atomData[2], | 
| 433 | 
> | 
                         atomData[3], | 
| 434 | 
> | 
                         atomData[4], | 
| 435 | 
> | 
                         atomData[5], | 
| 436 | 
> | 
                         atomData[6], | 
| 437 | 
> | 
                         atomData[7], | 
| 438 | 
> | 
                         atomData[8], | 
| 439 | 
> | 
                         atomData[9], | 
| 440 | 
> | 
                         atomData[10], | 
| 441 | 
> | 
                         atomData[11], | 
| 442 | 
> | 
                         atomData[12]); | 
| 443 | 
  | 
             | 
| 425 | 
– | 
            atomData13[6] = q[0]; | 
| 426 | 
– | 
            atomData13[7] = q[1]; | 
| 427 | 
– | 
            atomData13[8] = q[2]; | 
| 428 | 
– | 
            atomData13[9] = q[3]; | 
| 429 | 
– | 
             | 
| 430 | 
– | 
            atomData13[10] = ji[0]; | 
| 431 | 
– | 
            atomData13[11] = ji[1]; | 
| 432 | 
– | 
            atomData13[12] = ji[2]; | 
| 444 | 
  | 
          } | 
| 445 | 
  | 
           | 
| 446 | 
< | 
        } else { | 
| 447 | 
< | 
          sprintf(painCave.errMsg, | 
| 448 | 
< | 
                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n", | 
| 449 | 
< | 
                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index ); | 
| 450 | 
< | 
          haveError= 1; | 
| 451 | 
< | 
          simError(); | 
| 452 | 
< | 
        } | 
| 446 | 
> | 
          for(k = 0; k < outFile.size(); k++) | 
| 447 | 
> | 
            *outFile[k] << writeLine;             | 
| 448 | 
> | 
 | 
| 449 | 
> | 
        }// end for(int l =0) | 
| 450 | 
> | 
        potatoes[which_node] = myPotato; | 
| 451 | 
> | 
 | 
| 452 | 
> | 
      } | 
| 453 | 
> | 
      else { | 
| 454 | 
  | 
         | 
| 455 | 
< | 
        if(haveError) DieDieDie(); | 
| 455 | 
> | 
        haveError = 0; | 
| 456 | 
  | 
         | 
| 457 | 
< | 
        currentIndex++; | 
| 458 | 
< | 
      } | 
| 459 | 
< | 
      // If we've survived to here, format the line: | 
| 460 | 
< | 
       | 
| 461 | 
< | 
      if (!isDirectional) { | 
| 462 | 
< | 
         | 
| 463 | 
< | 
        sprintf( writeLine, | 
| 464 | 
< | 
                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t", | 
| 465 | 
< | 
                 atomTypeString, | 
| 466 | 
< | 
                 atomData6[0], | 
| 467 | 
< | 
                 atomData6[1], | 
| 468 | 
< | 
                 atomData6[2], | 
| 469 | 
< | 
                 atomData6[3], | 
| 470 | 
< | 
                 atomData6[4], | 
| 471 | 
< | 
                 atomData6[5]); | 
| 472 | 
< | 
         | 
| 473 | 
< | 
        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" ); | 
| 474 | 
< | 
         | 
| 475 | 
< | 
      } else { | 
| 476 | 
< | 
         | 
| 477 | 
< | 
        sprintf( writeLine, | 
| 478 | 
< | 
                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", | 
| 479 | 
< | 
                 atomTypeString, | 
| 480 | 
< | 
                 atomData13[0], | 
| 481 | 
< | 
                 atomData13[1], | 
| 482 | 
< | 
                 atomData13[2], | 
| 483 | 
< | 
                 atomData13[3], | 
| 484 | 
< | 
                 atomData13[4], | 
| 485 | 
< | 
                 atomData13[5], | 
| 486 | 
< | 
                 atomData13[6], | 
| 487 | 
< | 
                 atomData13[7], | 
| 488 | 
< | 
                 atomData13[8], | 
| 489 | 
< | 
                 atomData13[9], | 
| 490 | 
< | 
                 atomData13[10], | 
| 491 | 
< | 
                 atomData13[11], | 
| 492 | 
< | 
                 atomData13[12]); | 
| 457 | 
> | 
            local_index = indexArray[currentIndex].first;         | 
| 458 | 
> | 
 | 
| 459 | 
> | 
        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();  | 
| 460 | 
> | 
 | 
| 461 | 
> | 
        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){     | 
| 462 | 
> | 
                sd = *iter; | 
| 463 | 
> | 
            atomTypeString = sd->getType(); | 
| 464 | 
> | 
             | 
| 465 | 
> | 
            sd->getPos(pos); | 
| 466 | 
> | 
            sd->getVel(vel);           | 
| 467 | 
> | 
           | 
| 468 | 
> | 
            atomData[0] = pos[0]; | 
| 469 | 
> | 
            atomData[1] = pos[1]; | 
| 470 | 
> | 
            atomData[2] = pos[2]; | 
| 471 | 
> | 
 | 
| 472 | 
> | 
            atomData[3] = vel[0]; | 
| 473 | 
> | 
            atomData[4] = vel[1]; | 
| 474 | 
> | 
            atomData[5] = vel[2]; | 
| 475 | 
> | 
               | 
| 476 | 
> | 
            isDirectional = 0; | 
| 477 | 
> | 
 | 
| 478 | 
> | 
            if( sd->isDirectional() ){ | 
| 479 | 
> | 
 | 
| 480 | 
> | 
              isDirectional = 1; | 
| 481 | 
> | 
                 | 
| 482 | 
> | 
              sd->getQ( q ); | 
| 483 | 
> | 
              sd->getJ( ji ); | 
| 484 | 
> | 
 | 
| 485 | 
> | 
              for (int j = 0; j < 6 ; j++) | 
| 486 | 
> | 
                atomData[j] = atomData[j];             | 
| 487 | 
> | 
               | 
| 488 | 
> | 
              atomData[6] = q[0]; | 
| 489 | 
> | 
              atomData[7] = q[1]; | 
| 490 | 
> | 
              atomData[8] = q[2]; | 
| 491 | 
> | 
              atomData[9] = q[3]; | 
| 492 | 
> | 
               | 
| 493 | 
> | 
              atomData[10] = ji[0]; | 
| 494 | 
> | 
              atomData[11] = ji[1]; | 
| 495 | 
> | 
              atomData[12] = ji[2]; | 
| 496 | 
> | 
            } | 
| 497 | 
> | 
             | 
| 498 | 
> | 
            // If we've survived to here, format the line: | 
| 499 | 
> | 
             | 
| 500 | 
> | 
            if (!isDirectional) { | 
| 501 | 
> | 
         | 
| 502 | 
> | 
              sprintf( writeLine, | 
| 503 | 
> | 
                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t", | 
| 504 | 
> | 
                 atomTypeString, | 
| 505 | 
> | 
                 atomData[0], | 
| 506 | 
> | 
                 atomData[1], | 
| 507 | 
> | 
                 atomData[2], | 
| 508 | 
> | 
                 atomData[3], | 
| 509 | 
> | 
                 atomData[4], | 
| 510 | 
> | 
                 atomData[5]); | 
| 511 | 
> | 
         | 
| 512 | 
> | 
             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" ); | 
| 513 | 
> | 
         | 
| 514 | 
> | 
            }  | 
| 515 | 
> | 
            else { | 
| 516 | 
> | 
         | 
| 517 | 
> | 
                sprintf( writeLine, | 
| 518 | 
> | 
                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", | 
| 519 | 
> | 
                         atomTypeString, | 
| 520 | 
> | 
                         atomData[0], | 
| 521 | 
> | 
                         atomData[1], | 
| 522 | 
> | 
                         atomData[2], | 
| 523 | 
> | 
                         atomData[3], | 
| 524 | 
> | 
                         atomData[4], | 
| 525 | 
> | 
                         atomData[5], | 
| 526 | 
> | 
                         atomData[6], | 
| 527 | 
> | 
                         atomData[7], | 
| 528 | 
> | 
                         atomData[8], | 
| 529 | 
> | 
                         atomData[9], | 
| 530 | 
> | 
                         atomData[10], | 
| 531 | 
> | 
                         atomData[11], | 
| 532 | 
> | 
                         atomData[12]); | 
| 533 | 
> | 
               | 
| 534 | 
> | 
            } | 
| 535 | 
> | 
             | 
| 536 | 
> | 
            for(k = 0; k < outFile.size(); k++) | 
| 537 | 
> | 
              *outFile[k] << writeLine; | 
| 538 | 
> | 
             | 
| 539 | 
> | 
             | 
| 540 | 
> | 
        }//end for(iter = integrableObject.begin()) | 
| 541 | 
  | 
         | 
| 542 | 
+ | 
      currentIndex++; | 
| 543 | 
  | 
      } | 
| 544 | 
< | 
       | 
| 545 | 
< | 
      for(k = 0; k < outFile.size(); k++) | 
| 485 | 
< | 
        *outFile[k] << writeLine; | 
| 486 | 
< | 
    } | 
| 544 | 
> | 
 | 
| 545 | 
> | 
    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol()) | 
| 546 | 
  | 
     | 
| 547 | 
  | 
    for(k = 0; k < outFile.size(); k++) | 
| 548 | 
  | 
      outFile[k]->flush(); | 
| 563 | 
  | 
    myPotato = 0; | 
| 564 | 
  | 
    currentIndex = 0; | 
| 565 | 
  | 
     | 
| 566 | 
< | 
    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) { | 
| 566 | 
> | 
    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) { | 
| 567 | 
  | 
       | 
| 568 | 
< | 
      // Am I the node which has this atom? | 
| 568 | 
> | 
      // Am I the node which has this integrableObject? | 
| 569 | 
  | 
       | 
| 570 | 
< | 
      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) { | 
| 570 | 
> | 
      if (MolToProcMap[i] == worldRank) { | 
| 571 | 
  | 
 | 
| 572 | 
< | 
        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) { | 
| 572 | 
> | 
 | 
| 573 | 
> | 
        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) { | 
| 574 | 
  | 
           | 
| 575 | 
  | 
          // The potato was going to exceed the maximum value,  | 
| 576 | 
  | 
          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until | 
| 579 | 
  | 
          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 580 | 
  | 
           | 
| 581 | 
  | 
        } | 
| 522 | 
– | 
        which_atom = i;  | 
| 582 | 
  | 
 | 
| 583 | 
< | 
        local_index = indexArray[currentIndex].first;         | 
| 584 | 
< | 
                 | 
| 526 | 
< | 
        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) { | 
| 527 | 
< | 
          | 
| 528 | 
< | 
          atomTypeString = atoms[local_index]->getType(); | 
| 529 | 
< | 
           | 
| 530 | 
< | 
          atoms[local_index]->getPos(pos); | 
| 531 | 
< | 
          atoms[local_index]->getVel(vel); | 
| 532 | 
< | 
           | 
| 533 | 
< | 
          atomData6[0] = pos[0]; | 
| 534 | 
< | 
          atomData6[1] = pos[1]; | 
| 535 | 
< | 
          atomData6[2] = pos[2]; | 
| 536 | 
< | 
 | 
| 537 | 
< | 
          atomData6[3] = vel[0]; | 
| 538 | 
< | 
          atomData6[4] = vel[1]; | 
| 539 | 
< | 
          atomData6[5] = vel[2]; | 
| 583 | 
> | 
          local_index = indexArray[currentIndex].first;         | 
| 584 | 
> | 
          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects(); | 
| 585 | 
  | 
           | 
| 586 | 
< | 
          isDirectional = 0; | 
| 586 | 
> | 
          nCurObj = integrableObjects.size(); | 
| 587 | 
> | 
                       | 
| 588 | 
> | 
          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, | 
| 589 | 
> | 
                             myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 590 | 
> | 
          myPotato++; | 
| 591 | 
  | 
 | 
| 592 | 
< | 
          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){ | 
| 592 | 
> | 
          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){ | 
| 593 | 
  | 
 | 
| 594 | 
< | 
            isDirectional = 1; | 
| 594 | 
> | 
            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) { | 
| 595 | 
> | 
           | 
| 596 | 
> | 
              // The potato was going to exceed the maximum value,  | 
| 597 | 
> | 
              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until | 
| 598 | 
> | 
              // node 0 says we can go: | 
| 599 | 
> | 
           | 
| 600 | 
> | 
              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus); | 
| 601 | 
> | 
               | 
| 602 | 
> | 
            } | 
| 603 | 
  | 
             | 
| 604 | 
< | 
            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index]; | 
| 548 | 
< | 
            dAtom->getQ( q ); | 
| 549 | 
< | 
            dAtom->getJ( ji ); | 
| 604 | 
> | 
            sd = *iter; | 
| 605 | 
  | 
             | 
| 606 | 
< | 
            for (int j = 0; j < 6 ; j++) | 
| 607 | 
< | 
              atomData13[j] = atomData6[j]; | 
| 606 | 
> | 
            atomTypeString = sd->getType(); | 
| 607 | 
> | 
 | 
| 608 | 
> | 
            sd->getPos(pos); | 
| 609 | 
> | 
            sd->getVel(vel); | 
| 610 | 
> | 
 | 
| 611 | 
> | 
            atomData[0] = pos[0]; | 
| 612 | 
> | 
            atomData[1] = pos[1]; | 
| 613 | 
> | 
            atomData[2] = pos[2]; | 
| 614 | 
> | 
 | 
| 615 | 
> | 
            atomData[3] = vel[0]; | 
| 616 | 
> | 
            atomData[4] = vel[1]; | 
| 617 | 
> | 
            atomData[5] = vel[2]; | 
| 618 | 
> | 
               | 
| 619 | 
> | 
            isDirectional = 0; | 
| 620 | 
> | 
 | 
| 621 | 
> | 
            if( sd->isDirectional() ){ | 
| 622 | 
> | 
 | 
| 623 | 
> | 
                isDirectional = 1; | 
| 624 | 
> | 
                 | 
| 625 | 
> | 
                sd->getQ( q ); | 
| 626 | 
> | 
                sd->getJ( ji ); | 
| 627 | 
> | 
                 | 
| 628 | 
> | 
                 | 
| 629 | 
> | 
                atomData[6] = q[0]; | 
| 630 | 
> | 
                atomData[7] = q[1]; | 
| 631 | 
> | 
                atomData[8] = q[2]; | 
| 632 | 
> | 
                atomData[9] = q[3]; | 
| 633 | 
> | 
       | 
| 634 | 
> | 
                atomData[10] = ji[0]; | 
| 635 | 
> | 
                atomData[11] = ji[1]; | 
| 636 | 
> | 
                atomData[12] = ji[2]; | 
| 637 | 
> | 
              } | 
| 638 | 
> | 
 | 
| 639 | 
> | 
              | 
| 640 | 
> | 
            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE); | 
| 641 | 
> | 
 | 
| 642 | 
> | 
            // null terminate the string before sending (just in case): | 
| 643 | 
> | 
            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0'; | 
| 644 | 
> | 
 | 
| 645 | 
> | 
            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0, | 
| 646 | 
> | 
                             myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 647 | 
  | 
             | 
| 648 | 
< | 
            atomData13[6] = q[0]; | 
| 649 | 
< | 
            atomData13[7] = q[1]; | 
| 650 | 
< | 
            atomData13[8] = q[2]; | 
| 557 | 
< | 
            atomData13[9] = q[3]; | 
| 558 | 
< | 
   | 
| 559 | 
< | 
            atomData13[10] = ji[0]; | 
| 560 | 
< | 
            atomData13[11] = ji[1]; | 
| 561 | 
< | 
            atomData13[12] = ji[2]; | 
| 562 | 
< | 
          } | 
| 648 | 
> | 
            myPotato++; | 
| 649 | 
> | 
             | 
| 650 | 
> | 
            if (isDirectional) { | 
| 651 | 
  | 
 | 
| 652 | 
< | 
        } else { | 
| 653 | 
< | 
          sprintf(painCave.errMsg, | 
| 654 | 
< | 
                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n", | 
| 655 | 
< | 
                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index ); | 
| 568 | 
< | 
          haveError= 1; | 
| 569 | 
< | 
          simError(); | 
| 570 | 
< | 
        } | 
| 571 | 
< | 
         | 
| 572 | 
< | 
        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE); | 
| 652 | 
> | 
              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, | 
| 653 | 
> | 
                       myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 654 | 
> | 
               | 
| 655 | 
> | 
            } else { | 
| 656 | 
  | 
 | 
| 657 | 
< | 
        // null terminate the string before sending (just in case): | 
| 658 | 
< | 
        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0'; | 
| 657 | 
> | 
              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, | 
| 658 | 
> | 
                       myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 659 | 
> | 
            } | 
| 660 | 
  | 
 | 
| 661 | 
< | 
        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0, | 
| 578 | 
< | 
                             myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 579 | 
< | 
         | 
| 580 | 
< | 
        myPotato++; | 
| 661 | 
> | 
            myPotato++;   | 
| 662 | 
  | 
 | 
| 663 | 
< | 
        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0, | 
| 583 | 
< | 
                             myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 584 | 
< | 
         | 
| 585 | 
< | 
        myPotato++; | 
| 586 | 
< | 
         | 
| 587 | 
< | 
        if (isDirectional) { | 
| 663 | 
> | 
          } | 
| 664 | 
  | 
 | 
| 665 | 
< | 
          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0, | 
| 590 | 
< | 
                   myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 665 | 
> | 
          currentIndex++;     | 
| 666 | 
  | 
           | 
| 592 | 
– | 
        } else { | 
| 593 | 
– | 
 | 
| 594 | 
– | 
          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0, | 
| 595 | 
– | 
                   myPotato, MPI_COMM_WORLD); | 
| 667 | 
  | 
        } | 
| 668 | 
< | 
 | 
| 598 | 
< | 
        myPotato++;   | 
| 599 | 
< | 
        currentIndex++;     | 
| 668 | 
> | 
       | 
| 669 | 
  | 
      } | 
| 601 | 
– | 
    } | 
| 670 | 
  | 
 | 
| 671 | 
  | 
    sprintf( checkPointMsg, | 
| 672 | 
  | 
             "Sucessfully took a dump.\n"); | 
| 673 | 
< | 
    MPIcheckPoint();         | 
| 673 | 
> | 
    MPIcheckPoint();                 | 
| 674 | 
  | 
     | 
| 675 | 
< | 
  }  | 
| 675 | 
> | 
    } | 
| 676 | 
> | 
 | 
| 677 | 
> | 
 | 
| 678 | 
  | 
   | 
| 679 | 
  | 
#endif // is_mpi | 
| 680 | 
  | 
} |