ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 906 by tim, Wed Jan 7 19:26:12 2004 UTC vs.
Revision 907 by gezelter, Thu Jan 8 17:40:56 2004 UTC

# Line 7 | Line 7
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 15
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 20
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 69 | Line 66 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67  
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75   #ifdef IS_MPI
76    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 +  double atomTransData[6];
78 +  double atomOrientData[7];
79 +  int isDirectional;
80 +  char* atomTypeString;
81 +  int me;
82 +  int atomTypeTag;
83 +  int atomIsDirectionalTag;
84 +  int atomTransDataTag;
85 +  int atomOrientDataTag;
86   #else //is_mpi
87    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
88   #endif //is_mpi
# Line 84 | Line 92 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
92    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
93    double pos[3], vel[3];
94  
87 –
95    // write current frame to the eor file
96  
97    this->writeFinal( currentTime );
# Line 185 | Line 192 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
192  
193        which_node = AtomToProcMap[i];
194  
195 <      if (which_node == 0 ) {
195 >      if (which_node != 0) {
196 >        
197 >        atomTypeTag          = 4*i;
198 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
199 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
200 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
201  
202 +        MPI_Recv(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
203 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
204 +        
205 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
206 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
207 +        
208 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
209 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
210 +
211 +        if (isDirectional) {
212 +
213 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
214 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
215 +
216 +        }
217 +
218 +      } else {
219 +        
220          haveError = 0;
221          which_atom = i;
222          local_index=-1;
223 +
224          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
225            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
226          }
227 +
228          if (local_index != -1) {
197 –          //format the line
229  
230 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
231 +
232            atoms[local_index]->getPos(pos);
233            atoms[local_index]->getVel(vel);
234  
235 <          sprintf( tempBuffer,
236 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
237 <                   atoms[local_index]->getType(),
205 <                   pos[0],
206 <                   pos[1],
207 <                   pos[2],
208 <                   vel[0],
209 <                   vel[1],
210 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
235 >          atomTransData[0] = pos[0];
236 >          atomTransData[1] = pos[1];
237 >          atomTransData[2] = pos[2];
238  
239 +          atomTransData[3] = vel[0];
240 +          atomTransData[4] = vel[1];
241 +          atomTransData[5] = vel[2];
242 +          
243 +          isDirectional = 0;
244 +
245            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
246  
247 +            isDirectional = 1;
248 +            
249              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
250              dAtom->getQ( q );
251 +            
252 +            atomOrientData[0] = q[0];
253 +            atomOrientData[1] = q[1];
254 +            atomOrientData[2] = q[2];
255 +            atomOrientData[3] = q[3];
256  
257 <            sprintf( tempBuffer,
258 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
259 <                     q[0],
260 <                     q[1],
222 <                     q[2],
223 <                     q[3],
224 <                     dAtom->getJx(),
225 <                     dAtom->getJy(),
226 <                     dAtom->getJz());
227 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
257 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
258 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
259 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
260 >          }
261  
262 <          }
230 <          else
231 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
262 >        } else {
263            sprintf(painCave.errMsg,
264                    "Atom %d not found on processor %d\n",
265                    i, worldRank );
# Line 238 | Line 267 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
267            simError();
268          }
269  
270 <        if(haveError) nodeZeroError();
270 >        if(haveError) DieDieDie();
271 >                              
272 >        // If we've survived to here, format the line:
273 >        
274 >        sprintf( tempBuffer,
275 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
276 >                 atomTypeString,
277 >                 atomTransData[0],
278 >                 atomTransData[1],
279 >                 atomTransData[2],
280 >                 atomTransData[3],
281 >                 atomTransData[4],
282 >                 atomTransData[5]);
283  
284 <      }
244 <      else {
245 <        myStatus = 1;
246 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
247 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
248 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
249 <                 MPI_COMM_WORLD);
250 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
251 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
252 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
253 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
284 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
285  
286 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
286 >        if (isDirectional) {
287  
288 <      }
288 >          sprintf( tempBuffer,
289 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
290 >                   atomOrientData[0],
291 >                   atomOrientData[1],
292 >                   atomOrientData[2],
293 >                   atomOrientData[3],
294 >                   atomOrientData[4],
295 >                   atomOrientData[5],
296 >                   atomOrientData[6]);
297 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
298  
299 <      outFile << writeLine;
300 <      outFile.flush();
301 <    }
299 >        } else {
300 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
301 >        }
302  
303 <    // kill everyone off:
304 <    myStatus = -1;
305 <    for (j = 1; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
266 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
303 >        outFile << writeLine;
304 >        outFile.flush();
305 >      }
306      }
307  
308 +    outFile.flush();
309 +    sprintf( checkPointMsg,
310 +             "Sucessfully took a dump.\n");
311 +    MPIcheckPoint();        
312 +    
313    } else {
314  
315 <    done = 0;
316 <    while (!done) {
315 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
316 >    
317 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
318 >      
319 >      // Am I the node which has this atom?
320 >      
321 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
322  
323 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
324 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
323 >        local_index=-1;
324 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
325 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
326 >        }
327 >        if (local_index != -1) {
328 >        
329 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
330  
331 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
332 <
280 <      if(myStatus < 0) break;
331 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
332 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
333  
334 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
335 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
334 >          atomTransData[0] = pos[0];
335 >          atomTransData[1] = pos[1];
336 >          atomTransData[2] = pos[2];
337  
338 <      myStatus = 1;
339 <      local_index=-1;
340 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
341 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
342 <      }
290 <      if (local_index != -1) {
291 <        //format the line
338 >          atomTransData[3] = vel[0];
339 >          atomTransData[4] = vel[1];
340 >          atomTransData[5] = vel[2];
341 >          
342 >          isDirectional = 0;
343  
344 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
294 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
344 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
345  
346 <        sprintf( tempBuffer,
347 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
348 <                 atoms[local_index]->getType(),
349 <                 pos[0],
350 <                 pos[1],
351 <                 pos[2],
352 <                 vel[0],
353 <                 vel[1],
354 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
346 >            isDirectional = 1;
347 >            
348 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
349 >            dAtom->getQ( q );
350 >            
351 >            atomOrientData[0] = q[0];
352 >            atomOrientData[1] = q[1];
353 >            atomOrientData[2] = q[2];
354 >            atomOrientData[3] = q[3];
355  
356 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
356 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
357 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
358 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
359 >          }
360  
361 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
362 <          dAtom->getQ( q );
363 <
364 <          sprintf( tempBuffer,
365 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
366 <                   q[0],
315 <                   q[1],
316 <                   q[2],
317 <                   q[3],
318 <                   dAtom->getJx(),
319 <                   dAtom->getJy(),
320 <                   dAtom->getJz());
321 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
361 >        } else {
362 >          sprintf(painCave.errMsg,
363 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
364 >                  i, worldRank );
365 >          haveError= 1;
366 >          simError();
367          }
323 –        else{
324 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 –        }
326 –      }
327 –      else {
328 –        sprintf(painCave.errMsg,
329 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 –                which_atom, worldRank );
331 –        myStatus = 0;
332 –        simError();
368  
369 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
335 <      }
369 >        // I've survived this far, so send off the data!
370  
371 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
372 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
373 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
374 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
371 >        atomTypeTag          = 4*i;
372 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
373 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
374 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
375 >
376 >        MPI_Send(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
377 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
378 >        
379 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
380 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
381 >        
382 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
383 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
384 >
385 >        if (isDirectional) {
386 >
387 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
388 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
389 >          
390 >        }
391 >      
392 >      }
393      }
342 –  }
343 –  outFile.flush();
344 –  sprintf( checkPointMsg,
345 –           "Sucessfully took a dump.\n");
346 –  MPIcheckPoint();
394  
395 < // last  thing last, enable  fatalities.
395 >    sprintf( checkPointMsg,
396 >             "Sucessfully took a dump.\n");
397 >    MPIcheckPoint();        
398 >    
399 >  }
400 >  
401    painCave.isEventLoop = 0;
402  
403   #endif // is_mpi
# Line 357 | Line 409 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
409    ofstream finalOut;
410  
411    const int BUFFERSIZE = 2000;
412 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
413    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
414    char writeLine[BUFFERSIZE];
415  
# Line 366 | Line 419 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
419    int i;
420   #ifdef IS_MPI
421    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
422 +  double atomTransData[6];
423 +  double atomOrientData[7];
424 +  int isDirectional;
425 +  char* atomTypeString;
426 +  int atomTypeTag;
427 +  int atomIsDirectionalTag;
428 +  int atomTransDataTag;
429 +  int atomOrientDataTag;
430   #else //is_mpi
431    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
432   #endif //is_mpi
# Line 472 | Line 533 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
533  
534    // write out header and node 0's coordinates
535  
475 –  haveError = 0;
536    if( worldRank == 0 ){
537      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
538  
539      finalOut << finalTime << ";\t"
540 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
540 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
543  
544 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
544 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
547  
548 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
548 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
551  
492 –    //write out additional parameters, such as chi and eta
552      finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553      finalOut << endl;
554 <
554 >    finalOut.flush();
555      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
556 <      // Get the Node number which has this molecule:
556 >      // Get the Node number which has this atom;
557  
558        which_node = AtomToProcMap[i];
559  
560 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
560 >      if (which_node != 0) {
561 >        
562 >        atomTypeTag          = 4*i;
563 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
564 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
565 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
566  
567 +        MPI_Recv(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
568 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
569 +        
570 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
571 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
572 +        
573 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
574 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
575 +
576 +        if (isDirectional) {
577 +
578 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
579 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 +
581 +        }
582 +
583 +      } else {
584 +        
585 +        haveError = 0;
586          which_atom = i;
587          local_index=-1;
588 +
589          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
590            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
591          }
592 +
593          if (local_index != -1) {
594  
595 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
596 +
597            atoms[local_index]->getPos(pos);
598            atoms[local_index]->getVel(vel);
599  
600 <          sprintf( tempBuffer,
601 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
602 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
600 >          atomTransData[0] = pos[0];
601 >          atomTransData[1] = pos[1];
602 >          atomTransData[2] = pos[2];
603  
604 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
604 >          atomTransData[3] = vel[0];
605 >          atomTransData[4] = vel[1];
606 >          atomTransData[5] = vel[2];
607 >          
608 >          isDirectional = 0;
609  
610 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
610 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
611  
612 <            sprintf( tempBuffer,
613 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
614 <                     q[0],
615 <                     q[1],
616 <                     q[2],
617 <                     q[3],
618 <                     dAtom->getJx(),
619 <                     dAtom->getJy(),
620 <                     dAtom->getJz());
621 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
622 <          }
623 <          else
624 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
625 <        }
626 <        else {
612 >            isDirectional = 1;
613 >            
614 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
615 >            dAtom->getQ( q );
616 >            
617 >            atomOrientData[0] = q[0];
618 >            atomOrientData[1] = q[1];
619 >            atomOrientData[2] = q[2];
620 >            atomOrientData[3] = q[3];
621 >
622 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
623 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
624 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
625 >          }
626 >
627 >        } else {
628            sprintf(painCave.errMsg,
629                    "Atom %d not found on processor %d\n",
630                    i, worldRank );
# Line 548 | Line 632 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
632            simError();
633          }
634  
635 <        if(haveError) nodeZeroError();
635 >        if(haveError) DieDieDie();
636 >                              
637 >        // If we've survived to here, format the line:
638 >        
639 >        sprintf( tempBuffer,
640 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
641 >                 atomTypeString,
642 >                 atomTransData[0],
643 >                 atomTransData[1],
644 >                 atomTransData[2],
645 >                 atomTransData[3],
646 >                 atomTransData[4],
647 >                 atomTransData[5]);
648  
649 <      }
554 <      else {
649 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
650  
651 <        myStatus = 1;
557 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
558 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
559 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
560 <                 MPI_COMM_WORLD);
561 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
562 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
563 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
651 >        if (isDirectional) {
652  
653 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
654 <      }
653 >          sprintf( tempBuffer,
654 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
655 >                   atomOrientData[0],
656 >                   atomOrientData[1],
657 >                   atomOrientData[2],
658 >                   atomOrientData[3],
659 >                   atomOrientData[4],
660 >                   atomOrientData[5],
661 >                   atomOrientData[6]);
662 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
663  
664 <      finalOut << writeLine;
665 <    }
664 >        } else {
665 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
666 >        }
667  
668 <    // kill everyone off:
669 <    myStatus = -1;
670 <    for (j = 1; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
575 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
576 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
668 >        finalOut << writeLine;
669 >        finalOut.flush();
670 >      }
671      }
672  
673 +    finalOut.flush();
674 +    sprintf( checkPointMsg,
675 +             "Sucessfully took a dump.\n");
676 +    MPIcheckPoint();        
677 +    
678    } else {
679  
680 <    done = 0;
681 <    while (!done) {
680 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
681 >    
682 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
683 >      
684 >      // Am I the node which has this atom?
685 >      
686 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
687  
688 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
689 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
688 >        local_index=-1;
689 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
690 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
691 >        }
692 >        if (local_index != -1) {
693 >        
694 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
695  
696 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
696 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
697 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
698  
699 <      if(myStatus < 0) break;
699 >          atomTransData[0] = pos[0];
700 >          atomTransData[1] = pos[1];
701 >          atomTransData[2] = pos[2];
702  
703 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
704 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
703 >          atomTransData[3] = vel[0];
704 >          atomTransData[4] = vel[1];
705 >          atomTransData[5] = vel[2];
706 >          
707 >          isDirectional = 0;
708  
709 <      myStatus = 1;
595 <      local_index=-1;
596 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
597 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
598 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
709 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
710  
711 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
712 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
711 >            isDirectional = 1;
712 >            
713 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
714 >            dAtom->getQ( q );
715 >            
716 >            atomOrientData[0] = q[0];
717 >            atomOrientData[1] = q[1];
718 >            atomOrientData[2] = q[2];
719 >            atomOrientData[3] = q[3];
720  
721 <        //format the line
722 <        sprintf( tempBuffer,
723 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
724 <                 atoms[local_index]->getType(),
608 <                 pos[0],
609 <                 pos[1],
610 <                 pos[2],
611 <                 vel[0],
612 <                 vel[1],
613 <                 vel[2]); // check here.
614 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
721 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
722 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
723 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
724 >          }
725  
726 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
726 >        } else {
727 >          sprintf(painCave.errMsg,
728 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
729 >                  i, worldRank );
730 >          haveError= 1;
731 >          simError();
732 >        }
733  
734 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
619 <          dAtom->getQ( q );
734 >        // I've survived this far, so send off the data!
735  
736 <          sprintf( tempBuffer,
737 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
738 <                   q[0],
739 <                   q[1],
625 <                   q[2],
626 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
631 <        }
632 <        else{
633 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 <        }
635 <      }
636 <      else {
637 <        sprintf(painCave.errMsg,
638 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 <                which_atom, worldRank );
640 <        myStatus = 0;
641 <        simError();
736 >        atomTypeTag          = 4*i;
737 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
738 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
739 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
740  
741 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
742 <      }
741 >        MPI_Send(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
742 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
743 >        
744 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
745 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
746 >        
747 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
748 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
749  
750 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
751 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
752 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
753 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
750 >        if (isDirectional) {
751 >
752 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
753 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
754 >          
755 >        }
756 >      
757 >      }
758      }
759 +
760 +    sprintf( checkPointMsg,
761 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
762 +    MPIcheckPoint();        
763 +    
764    }
765 <  finalOut.flush();
766 <  sprintf( checkPointMsg,
654 <           "Sucessfully took a dump.\n");
655 <  MPIcheckPoint();
765 >  
766 >  painCave.isEventLoop = 0;
767  
768    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
769   #endif // is_mpi
# Line 664 | Line 775 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
775  
776   // a couple of functions to let us escape the write loop
777  
778 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
778 > void dWrite::DieDieDie( void ){
779  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
780    MPI_Finalize();
781    exit (0);
679 –
782   }
783  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
784   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines