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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 947 by gezelter, Thu Jan 15 14:22:16 2004 UTC vs.
Revision 949 by chuckv, Thu Jan 15 21:57:10 2004 UTC

# Line 28 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30  
31 –
31      dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
32  
33      if( !dumpFile ){
# Line 92 | Line 91 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91    
92    indexArray.clear();
93    
94 <  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
94 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95      indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 +
99 +  //for (int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal(); i++) {
100 +  //  printf("node %d has global %d at local %d\n", worldRank, indexArray[i].second, indexArray[i].first);
101 +  //}
102 +    
103   }
104 +
105   #endif
106  
107   void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
# Line 105 | Line 110 | void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
110    vector<ofstream*> fileStreams;
111  
112   #ifdef IS_MPI
113 +  printf("Hello from node %d\n", worldRank);
114 +  sortByGlobalIndex();
115    if(worldRank == 0 ){
116      
117      finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
# Line 385 | Line 392 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
392        } else {
393          
394          haveError = 0;
395 <              which_atom = i;
395 >        which_atom = i;
396          
397 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
391 <                
392 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
393 <          
394 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
397 >        //local_index = -1;
398  
399 <                atoms[local_index]->getPos(pos);
400 <                atoms[local_index]->getVel(vel);          
401 <
399 >        //for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
400 >        //  if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
401 >        //}
402 >        
403 >        //if (local_index != -1) {
404 >          
405 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
406 >          
407 >          if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
408 >            
409 >            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
410 >            
411 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
412 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
413 >          
414            atomData6[0] = pos[0];
415            atomData6[1] = pos[1];
416            atomData6[2] = pos[2];
# Line 427 | Line 442 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
442            }
443            
444          } else {
445 <          sprintf(painCave.errMsg,
446 <                              "Atom %d not found on processor %d\n",
447 <                              i, worldRank );
448 <                haveError= 1;
449 <                simError();
450 <              }
445 >          sprintf(painCave.errMsg,
446 >                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
447 >                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
448 >          haveError= 1;
449 >          simError();
450 >        }
451          
452          if(haveError) DieDieDie();
453          
454 <        currentIndex ++;
454 >        currentIndex++;
455        }
456        // If we've survived to here, format the line:
457        
458        if (!isDirectional) {
459          
460          sprintf( writeLine,
461 <                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
462 <                             atomTypeString,
463 <                             atomData6[0],
464 <                             atomData6[1],
465 <                             atomData6[2],
466 <                             atomData6[3],
467 <                             atomData6[4],
468 <                             atomData6[5]);
454 <
455 <              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
461 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
462 >                 atomTypeString,
463 >                 atomData6[0],
464 >                 atomData6[1],
465 >                 atomData6[2],
466 >                 atomData6[3],
467 >                 atomData6[4],
468 >                 atomData6[5]);
469          
470 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
471 +        
472        } else {
473          
474 <              sprintf( writeLine,
475 <                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
476 <                             atomTypeString,
477 <                             atomData13[0],
478 <                             atomData13[1],
479 <                             atomData13[2],
480 <                             atomData13[3],
481 <                             atomData13[4],
482 <                             atomData13[5],
483 <                             atomData13[6],
484 <                             atomData13[7],
485 <                             atomData13[8],
486 <                             atomData13[9],
487 <                             atomData13[10],
488 <                             atomData13[11],
489 <                             atomData13[12]);
474 >        sprintf( writeLine,
475 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
476 >                 atomTypeString,
477 >                 atomData13[0],
478 >                 atomData13[1],
479 >                 atomData13[2],
480 >                 atomData13[3],
481 >                 atomData13[4],
482 >                 atomData13[5],
483 >                 atomData13[6],
484 >                 atomData13[7],
485 >                 atomData13[8],
486 >                 atomData13[9],
487 >                 atomData13[10],
488 >                 atomData13[11],
489 >                 atomData13[12]);
490          
491        }
492        
# Line 484 | Line 499 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
499      
500      sprintf( checkPointMsg,
501               "Sucessfully took a dump.\n");
502 <
502 >    
503      MPIcheckPoint();        
504 <
504 >    
505      delete[] potatoes;
506 <
506 >    
507    } else {
508  
509      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
# Line 505 | Line 520 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
520        if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
521  
522          if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
523 <
523 >          
524            // The potato was going to exceed the maximum value,
525            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
526            // node 0 says we can go:
527 <
527 >          
528            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
529            
530          }
531          which_atom = i;
532 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
532 >
533 >        //local_index = -1;
534 >
535 >        //for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
536 >        // if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
537 >        //}
538 >        
539 >        //if (local_index != -1) {
540 >
541 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
542                  
543 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
543 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
544          
545            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
546 <
547 <                atoms[local_index]->getPos(pos);
548 <                atoms[local_index]->getVel(vel);
549 <
546 >          
547 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
548 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
549 >          
550            atomData6[0] = pos[0];
551            atomData6[1] = pos[1];
552            atomData6[2] = pos[2];
# Line 554 | Line 578 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
578            }
579  
580          } else {
581 <                sprintf(painCave.errMsg,
582 <                              "Atom %d not found on processor %d\n",
583 <                              i, worldRank );
584 <                haveError= 1;
585 <                simError();
586 <              }
587 <
581 >          sprintf(painCave.errMsg,
582 >                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
583 >                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
584 >          haveError= 1;
585 >          simError();
586 >        }
587 >        
588          strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
589  
590          // null terminate the string before sending (just in case):

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