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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC vs.
Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
# Line 28 | Line 29 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31  
31 –
32      dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33  
34      if( !dumpFile ){
# Line 40 | Line 40 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
40        simError();
41      }
42  
43 –    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 –    if( !finalOut ){
45 –      sprintf( painCave.errMsg,
46 –               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 –               entry_plug->finalName );
48 –      painCave.isFatal = 1;
49 –      simError();
50 –    }
51 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
# Line 68 | Line 59 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
59   #endif // is_mpi
60  
61      dumpFile.close();
71 –    finalOut.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
# Line 98 | Line 88 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
88   */
89  
90   void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 <  
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92    indexArray.clear();
93    
94 <  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 <    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98   }
99 +
100   #endif
101  
102   void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 +  ofstream finalOut;
105    vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107   #ifdef IS_MPI
108    if(worldRank == 0 ){
109 <    finalOut.seekp(0);
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117 >    }
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120   #endif // is_mpi
121  
# Line 123 | Line 123 | void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
123    fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125    writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +
127 + #ifdef IS_MPI
128 +  finalOut.close();
129 + #endif
130          
131   }
132  
133   void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 +  ofstream finalOut;
136    vector<ofstream*> fileStreams;
137  
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140 <    finalOut.seekp(0);
140 > #endif // is_mpi
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144 >    if( !finalOut ){
145 >      sprintf( painCave.errMsg,
146 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 >               entry_plug->finalName );
148 >      painCave.isFatal = 1;
149 >      simError();
150 >    }
151 >
152 > #ifdef IS_MPI
153    }
154   #endif // is_mpi
155    
156    fileStreams.push_back(&finalOut);  
157    writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 +
159 + #ifdef IS_MPI
160 +  finalOut.close();
161 + #endif
162    
163   }
164  
# Line 146 | Line 167 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
167    const int BUFFERSIZE = 2000;
168    const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169  
170 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
170 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171    char writeLine[BUFFERSIZE];
172  
173 <  int i, k;
173 >  int i;
174 >  unsigned int k;
175  
176   #ifdef IS_MPI
177    
178 +  /*********************************************************************
179 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 +   *
181 +   * Why all the potatoes below?  
182 +   *
183 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 +   * (and did it twice!).
189 +   *
190 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 +   * zero's perspective as follows:
192 +   *
193 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 +   *     you (one at a time).
196 +   *  3) Catch the potatoes.
197 +   *
198 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 +   * need to block the processors atom-by-atom.
201 +   *
202 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 +   * way:
204 +   *
205 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 +   *     potatoes at you.
208 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 +   *
211 +   * How's THAT for documentation?
212 +   *
213 +   *********************************************************************/
214 +
215    int *potatoes;
216    int myPotato;
217  
218    int nProc;
219    int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 <  double atomData6[6];
162 <  double atomData13[13];
220 >  double atomData[13];
221    int isDirectional;
222    char* atomTypeString;
223    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 <
225 < #else //is_mpi
168 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
224 >  int nObjects;
225 >  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226   #endif //is_mpi
227  
228 <  double q[4];
228 >  double q[4], ji[3];
229    DirectionalAtom* dAtom;
173 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
230    double pos[3], vel[3];
231 <
231 >  int nTotObjects;
232 >  StuntDouble* sd;
233 >  char* molName;
234 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237   #ifndef IS_MPI
238    
239    for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 <    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
240 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241  
242      *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243                 << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 195 | Line 256 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
256      *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257    }
258    
259 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
259 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260  
261 <    atoms[i]->getPos(pos);
262 <    atoms[i]->getVel(vel);
261 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263 >    
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268  
269 <    sprintf( tempBuffer,
270 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 <             atoms[i]->getType(),
272 <             pos[0],
273 <             pos[1],
274 <             pos[2],
275 <             vel[0],
276 <             vel[1],
277 <             vel[2]);
278 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
269 >      sprintf( tempBuffer,
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279  
280 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281  
282 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
283 <      dAtom->getQ( q );
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284  
285 <      sprintf( tempBuffer,
286 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 <               q[0],
288 <               q[1],
289 <               q[2],
290 <               q[3],
291 <               dAtom->getJx(),
292 <               dAtom->getJy(),
293 <               dAtom->getJz());
294 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
295 <    }
296 <    else
297 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295 >      }
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301 >    }
302  
303 <    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 <      *outFile[k] << writeLine;
235 <  }
303 > }
304  
305   #else // is_mpi
306  
# Line 249 | Line 317 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
317    int haveError;
318  
319    MPI_Status istatus;
320 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322  
323    // write out header and node 0's coordinates
324  
# Line 257 | Line 326 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
326  
327      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328  
329 <    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330      potatoes = new int[nProc];
331  
332      //write out the comment lines
# Line 265 | Line 334 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
334        potatoes[i] = 0;
335      
336        for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 <        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338  
339          *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340                           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 285 | Line 354 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
354  
355      currentIndex = 0;
356  
357 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358        
359        // Get the Node number which has this atom;
360        
361 <      which_node = AtomToProcMap[i];
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362        
363        if (which_node != 0) {
364 <
365 <        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
364 >        
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366            // The potato was going to exceed the maximum value,
367            // so wrap this processor potato back to 0:        
368  
369            potatoes[which_node] = 0;          
370 <          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371            
372          }
373  
374          myPotato = potatoes[which_node];        
306 –        
307 –        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 –                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 –        
310 –        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311 –        
312 –        myPotato++;
375  
376 <        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 –              
379          myPotato++;
318 –
319 –        if (isDirectional) {          
320 –          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 –        } else {
323 –          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325 –        }
380          
381 <        myPotato++;
328 <        potatoes[which_node] = myPotato;
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382  
383 <      } else {
384 <        
385 <        haveError = 0;
333 <              which_atom = i;
334 <        
335 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 <                
337 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 <          
339 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386  
387 <                atoms[local_index]->getPos(pos);
388 <                atoms[local_index]->getVel(vel);          
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391  
392 <          atomData6[0] = pos[0];
393 <          atomData6[1] = pos[1];
346 <          atomData6[2] = pos[2];
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394  
395 <          atomData6[3] = vel[0];
349 <          atomData6[4] = vel[1];
350 <          atomData6[5] = vel[2];
351 <          
352 <          isDirectional = 0;
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396  
397 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
397 >          myPotato++;
398  
399 +          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 +          myPotato++;
401 +
402 +          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403 +
404 +          if(msgLen  == 13)
405              isDirectional = 1;
406 +          else
407 +            isDirectional = 0;
408 +          
409 +          // If we've survived to here, format the line:
410              
411 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
412 <            dAtom->getQ( q );
413 <
414 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
415 <              atomData13[j] = atomData6[j];            
411 >          if (!isDirectional) {
412 >        
413 >            sprintf( writeLine,
414 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 >                 atomTypeString,
416 >                 atomData[0],
417 >                 atomData[1],
418 >                 atomData[2],
419 >                 atomData[3],
420 >                 atomData[4],
421 >                 atomData[5]);
422 >        
423 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 >        
425 >          }
426 >          else {
427 >        
428 >                sprintf( writeLine,
429 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 >                         atomTypeString,
431 >                         atomData[0],
432 >                         atomData[1],
433 >                         atomData[2],
434 >                         atomData[3],
435 >                         atomData[4],
436 >                         atomData[5],
437 >                         atomData[6],
438 >                         atomData[7],
439 >                         atomData[8],
440 >                         atomData[9],
441 >                         atomData[10],
442 >                         atomData[11],
443 >                         atomData[12]);
444              
364 –            atomData13[6] = q[0];
365 –            atomData13[7] = q[1];
366 –            atomData13[8] = q[2];
367 –            atomData13[9] = q[3];
368 –            
369 –            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 –            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 –            atomData13[12] = dAtom->getJz();
445            }
446            
447 <        } else {
448 <          sprintf(painCave.errMsg,
449 <                              "Atom %d not found on processor %d\n",
450 <                              i, worldRank );
451 <                haveError= 1;
452 <                simError();
380 <              }
381 <        
382 <        if(haveError) DieDieDie();
383 <        
384 <        currentIndex ++;
447 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 >            *outFile[k] << writeLine;            
449 >
450 >        }// end for(int l =0)
451 >        potatoes[which_node] = myPotato;
452 >
453        }
454 <      // If we've survived to here, format the line:
455 <      
456 <      if (!isDirectional) {
457 <        
458 <        sprintf( writeLine,
391 <                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 <                             atomTypeString,
393 <                             atomData6[0],
394 <                             atomData6[1],
395 <                             atomData6[2],
396 <                             atomData6[3],
397 <                             atomData6[4],
398 <                             atomData6[5]);
454 >      else {
455 >        
456 >        haveError = 0;
457 >        
458 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459  
460 <              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
461 <        
462 <      } else {
463 <        
464 <              sprintf( writeLine,
465 <                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
466 <                             atomTypeString,
467 <                             atomData13[0],
468 <                             atomData13[1],
469 <                             atomData13[2],
470 <                             atomData13[3],
471 <                             atomData13[4],
472 <                             atomData13[5],
473 <                             atomData13[6],
474 <                             atomData13[7],
475 <                             atomData13[8],
476 <                             atomData13[9],
477 <                             atomData13[10],
478 <                             atomData13[11],
479 <                             atomData13[12]);
460 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461 >
462 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 >                sd = *iter;
464 >            atomTypeString = sd->getType();
465 >            
466 >            sd->getPos(pos);
467 >            sd->getVel(vel);          
468 >          
469 >            atomData[0] = pos[0];
470 >            atomData[1] = pos[1];
471 >            atomData[2] = pos[2];
472 >
473 >            atomData[3] = vel[0];
474 >            atomData[4] = vel[1];
475 >            atomData[5] = vel[2];
476 >              
477 >            isDirectional = 0;
478 >
479 >            if( sd->isDirectional() ){
480 >
481 >              isDirectional = 1;
482 >                
483 >              sd->getQ( q );
484 >              sd->getJ( ji );
485 >
486 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 >                atomData[j] = atomData[j];            
488 >              
489 >              atomData[6] = q[0];
490 >              atomData[7] = q[1];
491 >              atomData[8] = q[2];
492 >              atomData[9] = q[3];
493 >              
494 >              atomData[10] = ji[0];
495 >              atomData[11] = ji[1];
496 >              atomData[12] = ji[2];
497 >            }
498 >            
499 >            // If we've survived to here, format the line:
500 >            
501 >            if (!isDirectional) {
502 >        
503 >              sprintf( writeLine,
504 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 >                 atomTypeString,
506 >                 atomData[0],
507 >                 atomData[1],
508 >                 atomData[2],
509 >                 atomData[3],
510 >                 atomData[4],
511 >                 atomData[5]);
512 >        
513 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 >        
515 >            }
516 >            else {
517 >        
518 >                sprintf( writeLine,
519 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 >                         atomTypeString,
521 >                         atomData[0],
522 >                         atomData[1],
523 >                         atomData[2],
524 >                         atomData[3],
525 >                         atomData[4],
526 >                         atomData[5],
527 >                         atomData[6],
528 >                         atomData[7],
529 >                         atomData[8],
530 >                         atomData[9],
531 >                         atomData[10],
532 >                         atomData[11],
533 >                         atomData[12]);
534 >              
535 >            }
536 >            
537 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 >              *outFile[k] << writeLine;
539 >            
540 >            
541 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542          
543 +      currentIndex++;
544        }
545 <      
546 <      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 <        *outFile[k] << writeLine;
425 <    }
545 >
546 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547      
548      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549        outFile[k]->flush();
550      
551      sprintf( checkPointMsg,
552               "Sucessfully took a dump.\n");
553 <
553 >    
554      MPIcheckPoint();        
555 <
555 >    
556      delete[] potatoes;
557 <
557 >    
558    } else {
559  
560      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
# Line 443 | Line 564 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
564      myPotato = 0;
565      currentIndex = 0;
566      
567 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
567 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568        
569 <      // Am I the node which has this atom?
569 >      // Am I the node which has this integrableObject?
570        
571 <      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
571 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572  
452 –        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
573  
574 +        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575 +          
576            // The potato was going to exceed the maximum value,
577            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578            // node 0 says we can go:
579 <
579 >          
580            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581            
582          }
461 –        which_atom = i;
462 –        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 –                
464 –        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 –        
466 –          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
583  
584 <                atoms[local_index]->getPos(pos);
585 <                atoms[local_index]->getVel(vel);
470 <
471 <          atomData6[0] = pos[0];
472 <          atomData6[1] = pos[1];
473 <          atomData6[2] = pos[2];
474 <
475 <          atomData6[3] = vel[0];
476 <          atomData6[4] = vel[1];
477 <          atomData6[5] = vel[2];
584 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586            
587 <          isDirectional = 0;
587 >          nCurObj = integrableObjects.size();
588 >                      
589 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 >          myPotato++;
592  
593 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
593 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594  
595 <            isDirectional = 1;
595 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 >          
597 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 >              // node 0 says we can go:
600 >          
601 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 >              
603 >            }
604              
605 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486 <            dAtom->getQ( q );
605 >            sd = *iter;
606              
607 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 <              atomData13[j] = atomData6[j];
490 <            
491 <            atomData13[6] = q[0];
492 <            atomData13[7] = q[1];
493 <            atomData13[8] = q[2];
494 <            atomData13[9] = q[3];
495 <  
496 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499 <          }
607 >            atomTypeString = sd->getType();
608  
609 <        } else {
610 <                sprintf(painCave.errMsg,
503 <                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 <                              i, worldRank );
505 <                haveError= 1;
506 <                simError();
507 <              }
609 >            sd->getPos(pos);
610 >            sd->getVel(vel);
611  
612 <        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
612 >            atomData[0] = pos[0];
613 >            atomData[1] = pos[1];
614 >            atomData[2] = pos[2];
615  
616 <        // null terminate the string before sending (just in case):
617 <        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
616 >            atomData[3] = vel[0];
617 >            atomData[4] = vel[1];
618 >            atomData[5] = vel[2];
619 >              
620 >            isDirectional = 0;
621  
622 <        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516 <        
517 <        myPotato++;
622 >            if( sd->isDirectional() ){
623  
624 <        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
625 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
626 <        
627 <        myPotato++;
628 <        
629 <        if (isDirectional) {
624 >                isDirectional = 1;
625 >                
626 >                sd->getQ( q );
627 >                sd->getJ( ji );
628 >                
629 >                
630 >                atomData[6] = q[0];
631 >                atomData[7] = q[1];
632 >                atomData[8] = q[2];
633 >                atomData[9] = q[3];
634 >      
635 >                atomData[10] = ji[0];
636 >                atomData[11] = ji[1];
637 >                atomData[12] = ji[2];
638 >              }
639  
640 <          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
641 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528 <          
529 <        } else {
640 >            
641 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642  
643 <          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
644 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533 <        }
643 >            // null terminate the string before sending (just in case):
644 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645  
646 <        myPotato++;  
647 <        currentIndex++;    
646 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 >            
649 >            myPotato++;
650 >            
651 >            if (isDirectional) {
652 >
653 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 >              
656 >            } else {
657 >
658 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 >            }
661 >
662 >            myPotato++;  
663 >
664 >          }
665 >
666 >          currentIndex++;    
667 >          
668 >        }
669 >      
670        }
538 –    }
671  
672      sprintf( checkPointMsg,
673               "Sucessfully took a dump.\n");
674 <    MPIcheckPoint();        
674 >    MPIcheckPoint();                
675      
676 <  }
676 >    }
677 >
678 >
679    
680   #endif // is_mpi
681   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines