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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 929 by tim, Tue Jan 13 15:46:49 2004 UTC vs.
Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
# Line 28 | Line 29 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31  
31 –
32      dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33  
34      if( !dumpFile ){
# Line 40 | Line 40 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
40        simError();
41      }
42  
43 –    //outFile.setf( ios::scientific );
44 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
# Line 90 | Line 88 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
88   */
89  
90   void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <  
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92    indexArray.clear();
93    
94 <  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 <    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98   }
99 +
100   #endif
101  
102   void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
105 –  
106 – // write to eor file
107 –  writeFinal(currentTime);
103  
104 < //write to dump file
105 <  writeFrame(dumpFile, currentTime);
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106 >
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117 >    }
118 > #ifdef IS_MPI
119 >  }
120 > #endif // is_mpi
121 >
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124 >
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 >
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130          
131   }
132  
133   void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 <  ofstream finalOut;    
136 <  
137 <  //Open eor file
135 >  ofstream finalOut;
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137 >
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141  
142      finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 +
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
# Line 128 | Line 148 | void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
134 – #endif
135 –  
136 –  //write to eor file  
137 –  writeFrame(finalOut, currentTime);
138 –  
139 –  //close eor file      
140 – #ifdef IS_MPI
141 –  if(worldRank == 0 ){
142 –    finalOut.close();
143 –  }
154   #endif // is_mpi
155 +  
156 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158  
159 + #ifdef IS_MPI
160 +  finalOut.close();
161 + #endif
162 +  
163   }
164  
165 < void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double currentTime ){
165 > void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166  
167    const int BUFFERSIZE = 2000;
168    const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169  
170 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
170 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171    char writeLine[BUFFERSIZE];
172  
173    int i;
174 +  unsigned int k;
175  
176   #ifdef IS_MPI
177    
178 +  /*********************************************************************
179 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 +   *
181 +   * Why all the potatoes below?  
182 +   *
183 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 +   * (and did it twice!).
189 +   *
190 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 +   * zero's perspective as follows:
192 +   *
193 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 +   *     you (one at a time).
196 +   *  3) Catch the potatoes.
197 +   *
198 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 +   * need to block the processors atom-by-atom.
201 +   *
202 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 +   * way:
204 +   *
205 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 +   *     potatoes at you.
208 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 +   *
211 +   * How's THAT for documentation?
212 +   *
213 +   *********************************************************************/
214 +
215    int *potatoes;
216    int myPotato;
217  
218    int nProc;
219    int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 <  double atomData6[6];
166 <  double atomData13[13];
220 >  double atomData[13];
221    int isDirectional;
222    char* atomTypeString;
223    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 <
225 < #else //is_mpi
172 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
224 >  int nObjects;
225 >  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226   #endif //is_mpi
227  
228 <  double q[4];
228 >  double q[4], ji[3];
229    DirectionalAtom* dAtom;
177 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
230    double pos[3], vel[3];
231 <
231 >  int nTotObjects;
232 >  StuntDouble* sd;
233 >  char* molName;
234 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237   #ifndef IS_MPI
238 +  
239 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 +    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241  
242 <  outFile << nAtoms << "\n";
242 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
245 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
246 >              
247 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
249 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
250  
251 <  outFile << currentTime << ";\t"
252 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
253 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
187 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
251 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
253 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
254  
255 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
256 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
257 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
255 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
256 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257 >  }
258 >  
259 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260  
261 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
262 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
263 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
264 <  //write out additional parameters, such as chi and eta
265 <  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
266 <  outFile << endl;
261 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263 >    
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268  
269 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
269 >      sprintf( tempBuffer,
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279  
280 <    atoms[i]->getPos(pos);
203 <    atoms[i]->getVel(vel);
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281  
282 <    sprintf( tempBuffer,
283 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
207 <             atoms[i]->getType(),
208 <             pos[0],
209 <             pos[1],
210 <             pos[2],
211 <             vel[0],
212 <             vel[1],
213 <             vel[2]);
214 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284  
285 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
286 <
287 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
288 <      dAtom->getQ( q );
289 <
290 <      sprintf( tempBuffer,
291 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
292 <               q[0],
293 <               q[1],
294 <               q[2],
295 <               q[3],
296 <               dAtom->getJx(),
297 <               dAtom->getJy(),
298 <               dAtom->getJz());
299 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295 >      }
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301      }
232 –    else
233 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
302  
303 <    outFile << writeLine;
236 <  }
303 > }
304  
305   #else // is_mpi
306  
# Line 250 | Line 317 | void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double
317    int haveError;
318  
319    MPI_Status istatus;
320 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322  
323    // write out header and node 0's coordinates
324  
# Line 258 | Line 326 | void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double
326  
327      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328  
329 <    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330      potatoes = new int[nProc];
331  
332 +    //write out the comment lines
333      for (i = 0; i < nProc; i++)
334        potatoes[i] = 0;
335      
336 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
336 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338  
339 <    outFile << currentTime << ";\t"
340 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
339 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
343  
344 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
344 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
347  
348 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
348 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
351 >  
352 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
353 >    }
354  
282 –    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
283 –    outFile << endl;
284 –    outFile.flush();
285 –    
355      currentIndex = 0;
356 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
356 >
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358        
359        // Get the Node number which has this atom;
360        
361 <      which_node = AtomToProcMap[i];
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362        
363        if (which_node != 0) {
364 <
365 <        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
364 >        
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366            // The potato was going to exceed the maximum value,
367            // so wrap this processor potato back to 0:        
368  
369            potatoes[which_node] = 0;          
370 <          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371            
372          }
373  
374          myPotato = potatoes[which_node];        
305 –        
306 –        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
307 –                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
308 –        
309 –        atomTypeString = MPIatomTypeString;
310 –        
311 –        myPotato++;
375  
376 <        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
315 –              
379          myPotato++;
317 –
318 –        if (isDirectional) {          
319 –          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
320 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
321 –        } else {
322 –          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
323 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
324 –        }
380          
381 <        myPotato++;
327 <        potatoes[which_node] = myPotato;
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382  
383 <      } else {
384 <        
385 <        haveError = 0;
332 <        which_atom = i;
333 <        
334 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
335 <                
336 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
337 <          
338 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386  
387 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
388 <          atoms[local_index]->getVel(vel);          
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391  
392 <          atomData6[0] = pos[0];
393 <          atomData6[1] = pos[1];
345 <          atomData6[2] = pos[2];
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394  
395 <          atomData6[3] = vel[0];
348 <          atomData6[4] = vel[1];
349 <          atomData6[5] = vel[2];
350 <          
351 <          isDirectional = 0;
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396  
397 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
397 >          myPotato++;
398  
399 +          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 +          myPotato++;
401 +
402 +          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403 +
404 +          if(msgLen  == 13)
405              isDirectional = 1;
406 +          else
407 +            isDirectional = 0;
408 +          
409 +          // If we've survived to here, format the line:
410              
411 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
412 <            dAtom->getQ( q );
413 <
414 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
415 <              atomData13[j] = atomData6[j];            
416 <            
417 <            atomData13[6] = q[0];
418 <            atomData13[7] = q[1];
419 <            atomData13[8] = q[2];
420 <            atomData13[9] = q[3];
411 >          if (!isDirectional) {
412 >        
413 >            sprintf( writeLine,
414 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 >                 atomTypeString,
416 >                 atomData[0],
417 >                 atomData[1],
418 >                 atomData[2],
419 >                 atomData[3],
420 >                 atomData[4],
421 >                 atomData[5]);
422 >        
423 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 >        
425 >          }
426 >          else {
427 >        
428 >                sprintf( writeLine,
429 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 >                         atomTypeString,
431 >                         atomData[0],
432 >                         atomData[1],
433 >                         atomData[2],
434 >                         atomData[3],
435 >                         atomData[4],
436 >                         atomData[5],
437 >                         atomData[6],
438 >                         atomData[7],
439 >                         atomData[8],
440 >                         atomData[9],
441 >                         atomData[10],
442 >                         atomData[11],
443 >                         atomData[12]);
444              
368 –            atomData13[10] = dAtom->getJx();
369 –            atomData13[11] = dAtom->getJy();
370 –            atomData13[12] = dAtom->getJz();
445            }
446            
447 <        } else {
448 <          sprintf(painCave.errMsg,
449 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
450 <                  i, worldRank );
451 <          haveError= 1;
452 <          simError();
453 <        }
447 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 >            *outFile[k] << writeLine;            
449 >
450 >        }// end for(int l =0)
451 >        potatoes[which_node] = myPotato;
452 >
453 >      }
454 >      else {
455          
456 <        if(haveError) DieDieDie();
456 >        haveError = 0;
457          
458 <        currentIndex ++;
384 <      }
385 <      // If we've survived to here, format the line:
386 <      
387 <      if (!isDirectional) {
388 <        
389 <        sprintf( writeLine,
390 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
391 <                 atomTypeString,
392 <                 atomData6[0],
393 <                 atomData6[1],
394 <                 atomData6[2],
395 <                 atomData6[3],
396 <                 atomData6[4],
397 <                 atomData6[5]);
458 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459  
460 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
461 <        
462 <      } else {
463 <        
464 <        sprintf( writeLine,
465 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
466 <                 atomTypeString,
467 <                 atomData13[0],
468 <                 atomData13[1],
469 <                 atomData13[2],
470 <                 atomData13[3],
471 <                 atomData13[4],
472 <                 atomData13[5],
473 <                 atomData13[6],
474 <                 atomData13[7],
475 <                 atomData13[8],
476 <                 atomData13[9],
477 <                 atomData13[10],
478 <                 atomData13[11],
479 <                 atomData13[12]);
460 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461 >
462 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 >                sd = *iter;
464 >            atomTypeString = sd->getType();
465 >            
466 >            sd->getPos(pos);
467 >            sd->getVel(vel);          
468 >          
469 >            atomData[0] = pos[0];
470 >            atomData[1] = pos[1];
471 >            atomData[2] = pos[2];
472 >
473 >            atomData[3] = vel[0];
474 >            atomData[4] = vel[1];
475 >            atomData[5] = vel[2];
476 >              
477 >            isDirectional = 0;
478 >
479 >            if( sd->isDirectional() ){
480 >
481 >              isDirectional = 1;
482 >                
483 >              sd->getQ( q );
484 >              sd->getJ( ji );
485 >
486 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 >                atomData[j] = atomData[j];            
488 >              
489 >              atomData[6] = q[0];
490 >              atomData[7] = q[1];
491 >              atomData[8] = q[2];
492 >              atomData[9] = q[3];
493 >              
494 >              atomData[10] = ji[0];
495 >              atomData[11] = ji[1];
496 >              atomData[12] = ji[2];
497 >            }
498 >            
499 >            // If we've survived to here, format the line:
500 >            
501 >            if (!isDirectional) {
502 >        
503 >              sprintf( writeLine,
504 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 >                 atomTypeString,
506 >                 atomData[0],
507 >                 atomData[1],
508 >                 atomData[2],
509 >                 atomData[3],
510 >                 atomData[4],
511 >                 atomData[5]);
512 >        
513 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 >        
515 >            }
516 >            else {
517 >        
518 >                sprintf( writeLine,
519 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 >                         atomTypeString,
521 >                         atomData[0],
522 >                         atomData[1],
523 >                         atomData[2],
524 >                         atomData[3],
525 >                         atomData[4],
526 >                         atomData[5],
527 >                         atomData[6],
528 >                         atomData[7],
529 >                         atomData[8],
530 >                         atomData[9],
531 >                         atomData[10],
532 >                         atomData[11],
533 >                         atomData[12]);
534 >              
535 >            }
536 >            
537 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 >              *outFile[k] << writeLine;
539 >            
540 >            
541 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542          
543 +      currentIndex++;
544        }
421 –      
422 –      outFile << writeLine;
423 –    }
424 –    
545  
546 <    outFile.flush();
546 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547 >    
548 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549 >      outFile[k]->flush();
550 >    
551      sprintf( checkPointMsg,
552               "Sucessfully took a dump.\n");
553 +    
554      MPIcheckPoint();        
555 +    
556      delete[] potatoes;
557 +    
558    } else {
559  
560      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
# Line 437 | Line 564 | void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double
564      myPotato = 0;
565      currentIndex = 0;
566      
567 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
567 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568        
569 <      // Am I the node which has this atom?
569 >      // Am I the node which has this integrableObject?
570        
571 <      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
571 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572  
446 –        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
573  
574 +        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575 +          
576            // The potato was going to exceed the maximum value,
577            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578            // node 0 says we can go:
579 <
579 >          
580            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581            
582          }
455 –        which_atom = i;
456 –        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
457 –                
458 –        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
459 –        
460 –          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
583  
584 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
585 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
464 <
465 <          atomData6[0] = pos[0];
466 <          atomData6[1] = pos[1];
467 <          atomData6[2] = pos[2];
468 <
469 <          atomData6[3] = vel[0];
470 <          atomData6[4] = vel[1];
471 <          atomData6[5] = vel[2];
584 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586            
587 <          isDirectional = 0;
587 >          nCurObj = integrableObjects.size();
588 >                      
589 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 >          myPotato++;
592  
593 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
593 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594  
595 <            isDirectional = 1;
595 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 >          
597 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 >              // node 0 says we can go:
600 >          
601 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 >              
603 >            }
604              
605 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
480 <            dAtom->getQ( q );
605 >            sd = *iter;
606              
607 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
483 <              atomData13[j] = atomData6[j];
484 <            
485 <            atomData13[6] = q[0];
486 <            atomData13[7] = q[1];
487 <            atomData13[8] = q[2];
488 <            atomData13[9] = q[3];
607 >            atomTypeString = sd->getType();
608  
609 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
610 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
492 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
493 <          }
609 >            sd->getPos(pos);
610 >            sd->getVel(vel);
611  
612 <        } else {
613 <          sprintf(painCave.errMsg,
614 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
498 <                  i, worldRank );
499 <          haveError= 1;
500 <          simError();
501 <        }
612 >            atomData[0] = pos[0];
613 >            atomData[1] = pos[1];
614 >            atomData[2] = pos[2];
615  
616 <        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
616 >            atomData[3] = vel[0];
617 >            atomData[4] = vel[1];
618 >            atomData[5] = vel[2];
619 >              
620 >            isDirectional = 0;
621  
622 <        // null terminate the string before sending (just in case):
506 <        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
622 >            if( sd->isDirectional() ){
623  
624 <        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
625 <                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
626 <        
627 <        myPotato++;
624 >                isDirectional = 1;
625 >                
626 >                sd->getQ( q );
627 >                sd->getJ( ji );
628 >                
629 >                
630 >                atomData[6] = q[0];
631 >                atomData[7] = q[1];
632 >                atomData[8] = q[2];
633 >                atomData[9] = q[3];
634 >      
635 >                atomData[10] = ji[0];
636 >                atomData[11] = ji[1];
637 >                atomData[12] = ji[2];
638 >              }
639  
640 <        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
641 <                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
515 <        
516 <        myPotato++;
517 <        
518 <        if (isDirectional) {
640 >            
641 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642  
643 <          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
644 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
522 <          
523 <        } else {
643 >            // null terminate the string before sending (just in case):
644 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645  
646 <          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
647 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 <        }
646 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 >            
649 >            myPotato++;
650 >            
651 >            if (isDirectional) {
652  
653 <        myPotato++;  
654 <        currentIndex++;    
653 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 >              
656 >            } else {
657 >
658 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 >            }
661 >
662 >            myPotato++;  
663 >
664 >          }
665 >
666 >          currentIndex++;    
667 >          
668 >        }
669 >      
670        }
532 –    }
671  
672      sprintf( checkPointMsg,
673               "Sucessfully took a dump.\n");
674 <    MPIcheckPoint();        
674 >    MPIcheckPoint();                
675      
676 <  }
676 >    }
677 >
678 >
679    
680   #endif // is_mpi
681   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines