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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 837 by tim, Wed Oct 29 00:19:10 2003 UTC vs.
Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
13  
14   namespace dWrite{
15 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
15 >  void DieDieDie( void );
16   }
17  
18   using namespace dWrite;
# Line 29 | Line 29 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31  
32 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33  
34 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
34 >    if( !dumpFile ){
35  
36 –    if( !outFile ){
37 –
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
46 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
69 – void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70 –
71 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
72 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
73 –  char writeLine[BUFFERSIZE];
74 –
75 –  int i;
68   #ifdef IS_MPI
77 –  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
78 – #else //is_mpi
79 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
80 – #endif //is_mpi
69  
70 <  double q[4];
71 <  DirectionalAtom* dAtom;
72 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
85 <  double pos[3], vel[3];
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73  
74 + void DumpWriter::update(){
75 +  sortByGlobalIndex();          
76 + }
77 +  
78 + /**
79 + * Auxiliary sorting function
80 + */
81 +
82 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 +  return p1.second < p2.second;
84 + }
85  
86 <  // write current frame to the eor file
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 <  this->writeFinal( currentTime );
100 > #endif
101  
102 < #ifndef IS_MPI
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <  outFile << nAtoms << "\n";
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <  outFile << currentTime << ";\t"
108 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
109 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
110 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117 >    }
118 > #ifdef IS_MPI
119 >  }
120 > #endif // is_mpi
121  
122 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
123 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
103 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
106 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
107 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
108 <  //write out additional parameters, such as chi and eta
109 <  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
110 <  outFile << endl;
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131 > }
132  
133 <    atoms[i]->getPos(pos);
115 <    atoms[i]->getVel(vel);
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 <    sprintf( tempBuffer,
136 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
119 <             atoms[i]->getType(),
120 <             pos[0],
121 <             pos[1],
122 <             pos[2],
123 <             vel[0],
124 <             vel[1],
125 <             vel[2]);
126 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
135 >  ofstream finalOut;
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137  
138 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
138 > #ifdef IS_MPI
139 >  if(worldRank == 0 ){
140 > #endif // is_mpi
141  
142 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
131 <      dAtom->getQ( q );
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143  
144 <      sprintf( tempBuffer,
145 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
146 <               q[0],
147 <               q[1],
148 <               q[2],
149 <               q[3],
139 <               dAtom->getJx(),
140 <               dAtom->getJy(),
141 <               dAtom->getJz());
142 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
144 >    if( !finalOut ){
145 >      sprintf( painCave.errMsg,
146 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 >               entry_plug->finalName );
148 >      painCave.isFatal = 1;
149 >      simError();
150      }
144 –    else
145 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
151  
152 <    outFile << writeLine;
152 > #ifdef IS_MPI
153    }
154 <  outFile.flush();
154 > #endif // is_mpi
155 >  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158  
159 < #else // is_mpi
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162 >  
163 > }
164  
165 <  // first thing first, suspend fatalities.
154 <  painCave.isEventLoop = 1;
165 > void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166  
167 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
168 <  int haveError;
167 >  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169  
170 <  MPI_Status istatus;
171 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
170 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
172  
173 <  // write out header and node 0's coordinates
173 >  int i;
174 >  unsigned int k;
175  
176 <  if( worldRank == 0 ){
177 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
176 > #ifdef IS_MPI
177 >  
178 >  /*********************************************************************
179 >   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 >   *
181 >   * Why all the potatoes below?  
182 >   *
183 >   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 >   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 >   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 >   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 >   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 >   * (and did it twice!).
189 >   *
190 >   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 >   * zero's perspective as follows:
192 >   *
193 >   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 >   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 >   *     you (one at a time).
196 >   *  3) Catch the potatoes.
197 >   *
198 >   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 >   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 >   * need to block the processors atom-by-atom.
201 >   *
202 >   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 >   * way:
204 >   *
205 >   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 >   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 >   *     potatoes at you.
208 >   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 >   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 >   *
211 >   * How's THAT for documentation?
212 >   *
213 >   *********************************************************************/
214  
215 <    outFile << currentTime << ";\t"
216 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
169 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
170 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
215 >  int *potatoes;
216 >  int myPotato;
217  
218 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
219 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
220 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
218 >  int nProc;
219 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 >  double atomData[13];
221 >  int isDirectional;
222 >  char* atomTypeString;
223 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 >  int nObjects;
225 >  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226 > #endif //is_mpi
227  
228 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
229 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
230 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
228 >  double q[4], ji[3];
229 >  DirectionalAtom* dAtom;
230 >  double pos[3], vel[3];
231 >  int nTotObjects;
232 >  StuntDouble* sd;
233 >  char* molName;
234 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237 > #ifndef IS_MPI
238 >  
239 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241  
242 <    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
243 <    outFile << endl;
244 <    outFile.flush();
245 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
246 <      // Get the Node number which has this atom;
242 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
245 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
246 >              
247 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
249 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
250  
251 <      which_node = AtomToProcMap[i];
251 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
253 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
254  
255 <      if (which_node == 0 ) {
255 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
256 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257 >  }
258 >  
259 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260  
261 <        haveError = 0;
262 <        which_atom = i;
263 <        local_index=-1;
264 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
265 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
266 <        }
267 <        if (local_index != -1) {
197 <          //format the line
261 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263 >    
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268  
269 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
270 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
269 >      sprintf( tempBuffer,
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279  
280 <          sprintf( tempBuffer,
203 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
204 <                   atoms[local_index]->getType(),
205 <                   pos[0],
206 <                   pos[1],
207 <                   pos[2],
208 <                   vel[0],
209 <                   vel[1],
210 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281  
282 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284  
285 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286 <            dAtom->getQ( q );
287 <
288 <            sprintf( tempBuffer,
289 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
290 <                     q[0],
291 <                     q[1],
292 <                     q[2],
293 <                     q[3],
294 <                     dAtom->getJx(),
225 <                     dAtom->getJy(),
226 <                     dAtom->getJz());
227 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
228 <
229 <          }
230 <          else
231 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
234 <          sprintf(painCave.errMsg,
235 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
236 <                  i, worldRank );
237 <          haveError= 1;
238 <          simError();
239 <        }
240 <
241 <        if(haveError) nodeZeroError();
242 <
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295        }
296 <      else {
297 <        myStatus = 1;
298 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
299 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
300 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
249 <                 MPI_COMM_WORLD);
250 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
251 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
252 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
253 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
254 <
255 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
256 <
257 <      }
258 <
259 <      outFile << writeLine;
260 <      outFile.flush();
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301      }
302  
303 <    // kill everyone off:
264 <    myStatus = -1;
265 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
266 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
268 <    }
303 > }
304  
305 + #else // is_mpi
306 +
307 +  /* code to find maximum tag value */
308 +  
309 +  int *tagub, flag, MAXTAG;
310 +  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
311 +  if (flag) {
312 +    MAXTAG = *tagub;
313    } else {
314 +    MAXTAG = 32767;
315 +  }  
316  
317 <    done = 0;
273 <    while (!done) {
317 >  int haveError;
318  
319 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
320 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
319 >  MPI_Status istatus;
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322  
323 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
323 >  // write out header and node 0's coordinates
324  
325 <      if(myStatus < 0) break;
325 >  if( worldRank == 0 ){
326  
327 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
283 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
327 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328  
329 <      myStatus = 1;
330 <      local_index=-1;
287 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
288 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
289 <      }
290 <      if (local_index != -1) {
291 <        //format the line
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330 >    potatoes = new int[nProc];
331  
332 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
333 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
332 >    //write out the comment lines
333 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
334 >      potatoes[i] = 0;
335 >    
336 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338  
339 <        sprintf( tempBuffer,
340 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
341 <                 atoms[local_index]->getType(),
342 <                 pos[0],
300 <                 pos[1],
301 <                 pos[2],
302 <                 vel[0],
303 <                 vel[1],
304 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
339 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
343  
344 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
344 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
347  
348 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
349 <          dAtom->getQ( q );
350 <
351 <          sprintf( tempBuffer,
352 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
314 <                   q[0],
315 <                   q[1],
316 <                   q[2],
317 <                   q[3],
318 <                   dAtom->getJx(),
319 <                   dAtom->getJy(),
320 <                   dAtom->getJz());
321 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
322 <        }
323 <        else{
324 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 <        }
326 <      }
327 <      else {
328 <        sprintf(painCave.errMsg,
329 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 <                which_atom, worldRank );
331 <        myStatus = 0;
332 <        simError();
333 <
334 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
335 <      }
336 <
337 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
338 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
339 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
340 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
348 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
351 >  
352 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
353      }
342 –  }
343 –  outFile.flush();
344 –  sprintf( checkPointMsg,
345 –           "Sucessfully took a dump.\n");
346 –  MPIcheckPoint();
354  
355 < // last  thing last, enable  fatalities.
349 <  painCave.isEventLoop = 0;
355 >    currentIndex = 0;
356  
357 < #endif // is_mpi
358 < }
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358 >      
359 >      // Get the Node number which has this atom;
360 >      
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362 >      
363 >      if (which_node != 0) {
364 >        
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
367 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
368  
369 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
369 >          potatoes[which_node] = 0;          
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371 >          
372 >        }
373  
374 <  char finalName[500];
357 <  ofstream finalOut;
374 >        myPotato = potatoes[which_node];        
375  
376 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
377 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
378 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 >        myPotato++;
380 >        
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382  
383 <  double q[4];
384 <  DirectionalAtom* dAtom;
385 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
366 <  int i;
367 < #ifdef IS_MPI
368 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
369 < #else //is_mpi
370 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
371 < #endif //is_mpi
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386  
387 <  double pos[3], vel[3];
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391  
392 < #ifdef IS_MPI
393 <  if(worldRank == 0 ){
377 < #endif // is_mpi
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394  
395 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396  
397 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
382 <    if( !finalOut ){
383 <      sprintf( painCave.errMsg,
384 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
385 <               finalName );
386 <      painCave.isFatal = 1;
387 <      simError();
388 <    }
397 >          myPotato++;
398  
399 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
399 >          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 >          myPotato++;
401  
402 < #ifdef IS_MPI
393 <  }
402 >          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403  
404 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
405 <  MPIcheckPoint();
404 >          if(msgLen  == 13)
405 >            isDirectional = 1;
406 >          else
407 >            isDirectional = 0;
408 >          
409 >          // If we've survived to here, format the line:
410 >            
411 >          if (!isDirectional) {
412 >        
413 >            sprintf( writeLine,
414 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 >                 atomTypeString,
416 >                 atomData[0],
417 >                 atomData[1],
418 >                 atomData[2],
419 >                 atomData[3],
420 >                 atomData[4],
421 >                 atomData[5]);
422 >        
423 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 >        
425 >          }
426 >          else {
427 >        
428 >                sprintf( writeLine,
429 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 >                         atomTypeString,
431 >                         atomData[0],
432 >                         atomData[1],
433 >                         atomData[2],
434 >                         atomData[3],
435 >                         atomData[4],
436 >                         atomData[5],
437 >                         atomData[6],
438 >                         atomData[7],
439 >                         atomData[8],
440 >                         atomData[9],
441 >                         atomData[10],
442 >                         atomData[11],
443 >                         atomData[12]);
444 >            
445 >          }
446 >          
447 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 >            *outFile[k] << writeLine;            
449  
450 < #endif //is_mpi
450 >        }// end for(int l =0)
451 >        potatoes[which_node] = myPotato;
452  
453 +      }
454 +      else {
455 +        
456 +        haveError = 0;
457 +        
458 +            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459  
460 < #ifndef IS_MPI
460 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461  
462 <  finalOut << nAtoms << "\n";
462 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 >                sd = *iter;
464 >            atomTypeString = sd->getType();
465 >            
466 >            sd->getPos(pos);
467 >            sd->getVel(vel);          
468 >          
469 >            atomData[0] = pos[0];
470 >            atomData[1] = pos[1];
471 >            atomData[2] = pos[2];
472  
473 <  finalOut << finalTime << ";\t"
474 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
475 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
476 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
473 >            atomData[3] = vel[0];
474 >            atomData[4] = vel[1];
475 >            atomData[5] = vel[2];
476 >              
477 >            isDirectional = 0;
478  
479 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
411 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
412 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
479 >            if( sd->isDirectional() ){
480  
481 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
482 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
483 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
481 >              isDirectional = 1;
482 >                
483 >              sd->getQ( q );
484 >              sd->getJ( ji );
485  
486 <  //write out additional parameters, such as chi and eta
487 <  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
488 <  finalOut << endl;
486 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 >                atomData[j] = atomData[j];            
488 >              
489 >              atomData[6] = q[0];
490 >              atomData[7] = q[1];
491 >              atomData[8] = q[2];
492 >              atomData[9] = q[3];
493 >              
494 >              atomData[10] = ji[0];
495 >              atomData[11] = ji[1];
496 >              atomData[12] = ji[2];
497 >            }
498 >            
499 >            // If we've survived to here, format the line:
500 >            
501 >            if (!isDirectional) {
502 >        
503 >              sprintf( writeLine,
504 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 >                 atomTypeString,
506 >                 atomData[0],
507 >                 atomData[1],
508 >                 atomData[2],
509 >                 atomData[3],
510 >                 atomData[4],
511 >                 atomData[5]);
512 >        
513 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 >        
515 >            }
516 >            else {
517 >        
518 >                sprintf( writeLine,
519 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 >                         atomTypeString,
521 >                         atomData[0],
522 >                         atomData[1],
523 >                         atomData[2],
524 >                         atomData[3],
525 >                         atomData[4],
526 >                         atomData[5],
527 >                         atomData[6],
528 >                         atomData[7],
529 >                         atomData[8],
530 >                         atomData[9],
531 >                         atomData[10],
532 >                         atomData[11],
533 >                         atomData[12]);
534 >              
535 >            }
536 >            
537 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 >              *outFile[k] << writeLine;
539 >            
540 >            
541 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542 >        
543 >      currentIndex++;
544 >      }
545  
546 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
546 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547 >    
548 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549 >      outFile[k]->flush();
550 >    
551 >    sprintf( checkPointMsg,
552 >             "Sucessfully took a dump.\n");
553 >    
554 >    MPIcheckPoint();        
555 >    
556 >    delete[] potatoes;
557 >    
558 >  } else {
559  
560 <    atoms[i]->getPos(pos);
425 <    atoms[i]->getVel(vel);
560 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
561  
562 <    sprintf( tempBuffer,
428 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
429 <             atoms[i]->getType(),
430 <             pos[0],
431 <             pos[1],
432 <             pos[2],
433 <             vel[0],
434 <             vel[1],
435 <             vel[2]);
436 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
562 >    // Set my magic potato to 0:
563  
564 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
564 >    myPotato = 0;
565 >    currentIndex = 0;
566 >    
567 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568 >      
569 >      // Am I the node which has this integrableObject?
570 >      
571 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572  
440 –      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
441 –      dAtom->getQ( q );
573  
574 <      sprintf( tempBuffer,
575 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
576 <               q[0],
577 <               q[1],
578 <               q[2],
579 <               q[3],
580 <               dAtom->getJx(),
581 <               dAtom->getJy(),
582 <               dAtom->getJz());
452 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
453 <    }
454 <    else
455 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
574 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575 >          
576 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
577 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578 >          // node 0 says we can go:
579 >          
580 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 >          
582 >        }
583  
584 <    finalOut << writeLine;
585 <  }
586 <  finalOut.flush();
587 <  finalOut.close();
584 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586 >          
587 >          nCurObj = integrableObjects.size();
588 >                      
589 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 >          myPotato++;
592  
593 < #else // is_mpi
593 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594  
595 <  // first thing first, suspend fatalities.
596 <  painCave.isEventLoop = 1;
595 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 >          
597 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 >              // node 0 says we can go:
600 >          
601 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 >              
603 >            }
604 >            
605 >            sd = *iter;
606 >            
607 >            atomTypeString = sd->getType();
608  
609 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
610 <  int haveError;
609 >            sd->getPos(pos);
610 >            sd->getVel(vel);
611  
612 <  MPI_Status istatus;
613 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
612 >            atomData[0] = pos[0];
613 >            atomData[1] = pos[1];
614 >            atomData[2] = pos[2];
615  
616 <  // write out header and node 0's coordinates
616 >            atomData[3] = vel[0];
617 >            atomData[4] = vel[1];
618 >            atomData[5] = vel[2];
619 >              
620 >            isDirectional = 0;
621  
622 <  haveError = 0;
476 <  if( worldRank == 0 ){
477 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622 >            if( sd->isDirectional() ){
623  
624 <    finalOut << finalTime << ";\t"
625 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
626 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
627 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
624 >                isDirectional = 1;
625 >                
626 >                sd->getQ( q );
627 >                sd->getJ( ji );
628 >                
629 >                
630 >                atomData[6] = q[0];
631 >                atomData[7] = q[1];
632 >                atomData[8] = q[2];
633 >                atomData[9] = q[3];
634 >      
635 >                atomData[10] = ji[0];
636 >                atomData[11] = ji[1];
637 >                atomData[12] = ji[2];
638 >              }
639  
640 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
641 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
486 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
640 >            
641 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642  
643 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
644 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
490 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
643 >            // null terminate the string before sending (just in case):
644 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645  
646 <    //write out additional parameters, such as chi and eta
647 <    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
648 <    finalOut << endl;
646 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 >            
649 >            myPotato++;
650 >            
651 >            if (isDirectional) {
652  
653 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
654 <      // Get the Node number which has this molecule:
653 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 >              
656 >            } else {
657  
658 <      which_node = AtomToProcMap[i];
658 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 >            }
661  
662 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
662 >            myPotato++;  
663  
664 <        which_atom = i;
504 <        local_index=-1;
505 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
506 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
507 <        }
508 <        if (local_index != -1) {
664 >          }
665  
666 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
667 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
668 <
669 <          sprintf( tempBuffer,
514 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
515 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
523 <
524 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
525 <
526 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
528 <
529 <            sprintf( tempBuffer,
530 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
531 <                     q[0],
532 <                     q[1],
533 <                     q[2],
534 <                     q[3],
535 <                     dAtom->getJx(),
536 <                     dAtom->getJy(),
537 <                     dAtom->getJz());
538 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
539 <          }
540 <          else
541 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
542 <        }
543 <        else {
544 <          sprintf(painCave.errMsg,
545 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
546 <                  i, worldRank );
547 <          haveError= 1;
548 <          simError();
549 <        }
550 <
551 <        if(haveError) nodeZeroError();
552 <
666 >          currentIndex++;    
667 >          
668 >        }
669 >      
670        }
554 –      else {
671  
672 <        myStatus = 1;
673 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
674 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
675 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
560 <                 MPI_COMM_WORLD);
561 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
562 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
563 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
565 <
566 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
567 <      }
568 <
569 <      finalOut << writeLine;
672 >    sprintf( checkPointMsg,
673 >             "Sucessfully took a dump.\n");
674 >    MPIcheckPoint();                
675 >    
676      }
677  
572 –    // kill everyone off:
573 –    myStatus = -1;
574 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
575 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
576 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
577 –    }
678  
679 <  } else {
580 <
581 <    done = 0;
582 <    while (!done) {
583 <
584 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
585 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
586 <
587 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
588 <
589 <      if(myStatus < 0) break;
590 <
591 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
592 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
593 <
594 <      myStatus = 1;
595 <      local_index=-1;
596 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
597 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
598 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
600 <
601 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
602 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
603 <
604 <        //format the line
605 <        sprintf( tempBuffer,
606 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
607 <                 atoms[local_index]->getType(),
608 <                 pos[0],
609 <                 pos[1],
610 <                 pos[2],
611 <                 vel[0],
612 <                 vel[1],
613 <                 vel[2]); // check here.
614 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
615 <
616 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
617 <
618 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
619 <          dAtom->getQ( q );
620 <
621 <          sprintf( tempBuffer,
622 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
623 <                   q[0],
624 <                   q[1],
625 <                   q[2],
626 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
631 <        }
632 <        else{
633 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 <        }
635 <      }
636 <      else {
637 <        sprintf(painCave.errMsg,
638 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 <                which_atom, worldRank );
640 <        myStatus = 0;
641 <        simError();
642 <
643 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
644 <      }
645 <
646 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
648 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
649 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
650 <    }
651 <  }
652 <  finalOut.flush();
653 <  sprintf( checkPointMsg,
654 <           "Sucessfully took a dump.\n");
655 <  MPIcheckPoint();
656 <
657 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
679 >  
680   #endif // is_mpi
681   }
682  
661 –
662 –
683   #ifdef IS_MPI
684  
685   // a couple of functions to let us escape the write loop
686  
687 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
687 > void dWrite::DieDieDie( void ){
688  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
689    MPI_Finalize();
690    exit (0);
679 –
691   }
692  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
693   #endif //is_mpi

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