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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 723 by mmeineke, Tue Aug 26 20:12:51 2003 UTC vs.
Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4 < #include <cstring>
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
13  
14   namespace dWrite{
15 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
15 >  void DieDieDie( void );
16   }
17  
18   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
33 <    
34 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
35 <    
36 <    if( !outFile ){
37 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
46 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70 <  
71 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
72 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
73 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
68 > #ifdef IS_MPI
69  
70 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
71 <  double q[4];
72 <  DirectionalAtom* dAtom;
78 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
79 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73  
74 <  double pos[3], vel[3];
75 <    
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77 >  
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 < #ifndef IS_MPI
87 <    
88 <  outFile << nAtoms << "\n";
89 <    
90 <  outFile << currentTime << ";\t"
91 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
92 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
93 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
94 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
95 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
100 > #endif
101  
102 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
98 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
99 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
100 <    
101 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
102 <      
103 <    atoms[i]->getPos(pos);
104 <    atoms[i]->getVel(vel);
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <    sprintf( tempBuffer,
105 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
108 <             atoms[i]->getType(),
109 <             pos[0],
110 <             pos[1],
111 <             pos[2],
112 <             vel[0],
113 <             vel[1],
114 <             vel[2]);
115 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
108 <        
109 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
110 <      dAtom->getQ( q );
111 <        
112 <      sprintf( tempBuffer,
113 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
114 <               q[0],
115 <               q[1],
116 <               q[2],
127 <               q[3],
128 <               dAtom->getJx(),
129 <               dAtom->getJy(),
130 <               dAtom->getJz());
131 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <    else
134 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
135 <      
136 <    outFile << writeLine;
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120 <  outFile.flush();
120 > #endif // is_mpi
121  
122 < #else // is_mpi
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <  // first thing first, suspend fatalities.
143 <  painCave.isEventLoop = 1;
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
128 <  int haveError;
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131 > }
132  
133 <  MPI_Status istatus;
149 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
150 <  
151 <  // write out header and node 0's coordinates
152 <  
153 <  if( worldRank == 0 ){
154 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
155 <  
156 <    outFile << currentTime << ";\t"
157 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
158 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
159 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
160 <      
161 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
162 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
163 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
164 <      
165 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
166 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
167 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
168 <    
169 <    outFile.flush();
170 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
171 <      // Get the Node number which has this atom;
172 <      
173 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
174 <      
175 <      if (which_node == 0 ) {
176 <        
177 <        haveError = 0;
178 <        which_atom = i;
179 <        local_index=-1;        
180 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
181 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
182 <        }
183 <        if (local_index != -1) {
184 <          //format the line
185 <          
186 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
187 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 <          sprintf( tempBuffer,
136 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
191 <                   atoms[local_index]->getType(),
192 <                   pos[0],
193 <                   pos[1],
194 <                   pos[2],
195 <                   vel[0],
196 <                   vel[1],
197 <                   vel[2]); // check here.
198 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
199 <          
200 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
201 <            
202 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
203 <            dAtom->getQ( q );
204 <            
205 <            sprintf( tempBuffer,
206 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
207 <                     q[0],
208 <                     q[1],
209 <                     q[2],
210 <                     q[3],
211 <                     dAtom->getJx(),
212 <                     dAtom->getJy(),
213 <                     dAtom->getJz());
214 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
215 <            
216 <          }
217 <          else
218 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
219 <        }
220 <        else {
221 <          sprintf(painCave.errMsg,
222 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
223 <                  i, worldRank );
224 <          haveError= 1;
225 <          simError();
226 <        }
227 <        
228 <        if(haveError) nodeZeroError();
229 <
230 <      }
231 <      else {
232 <        myStatus = 1;
233 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
234 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
235 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
236 <                 MPI_COMM_WORLD);
237 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
238 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
240 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
241 <        
242 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
243 <
244 <      }
245 <      
246 <      outFile << writeLine;
247 <      outFile.flush();
248 <    }
249 <    
250 <    // kill everyone off:
251 <    myStatus = -1;
252 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
253 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
254 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
255 <    }
256 <
257 <  } else {
258 <    
259 <    done = 0;
260 <    while (!done) {
261 <      
262 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
263 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
264 <
265 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
266 <      
267 <      if(myStatus < 0) break;
268 <
269 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
270 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
271 <      
272 <      myStatus = 1;
273 <      local_index=-1;        
274 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
275 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
276 <      }
277 <      if (local_index != -1) {
278 <        //format the line
279 <
280 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
281 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
282 <
283 <        sprintf( tempBuffer,
284 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
285 <                 atoms[local_index]->getType(),
286 <                 pos[0],
287 <                 pos[1],
288 <                 pos[2],
289 <                 vel[0],
290 <                 vel[1],
291 <                 vel[2]); // check here.
292 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
293 <        
294 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
295 <          
296 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
297 <          dAtom->getQ( q );
298 <          
299 <          sprintf( tempBuffer,
300 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
301 <                   q[0],
302 <                   q[1],
303 <                   q[2],
304 <                   q[3],
305 <                   dAtom->getJx(),
306 <                   dAtom->getJy(),
307 <                   dAtom->getJz());
308 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
309 <        }
310 <        else{
311 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
312 <        }
313 <      }
314 <      else {
315 <        sprintf(painCave.errMsg,
316 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
317 <                which_atom, worldRank );
318 <        myStatus = 0;
319 <        simError();
135 >  ofstream finalOut;
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137  
321 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
322 –      }
323 –
324 –      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
325 –               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
326 –      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
327 –                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
328 –    }
329 –  }  
330 –  outFile.flush();
331 –  sprintf( checkPointMsg,
332 –           "Sucessfully took a dump.\n");
333 –  MPIcheckPoint();
334 –
335 – // last  thing last, enable  fatalities.
336 –  painCave.isEventLoop = 0;
337 –
338 – #endif // is_mpi
339 – }
340 –
341 – void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
342 –
343 –  char finalName[500];
344 –  ofstream finalOut;
345 –
346 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
347 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
348 –  char writeLine[BUFFERSIZE];  
349 –
350 –  double q[4];
351 –  DirectionalAtom* dAtom;
352 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
353 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
354 –  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
355 –  
356 –  double pos[3], vel[3];
357 –  
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
364 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
373 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
374 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166 +
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i;
174 +  unsigned int k;
175 +
176 + #ifdef IS_MPI
177    
178 +  /*********************************************************************
179 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 +   *
181 +   * Why all the potatoes below?  
182 +   *
183 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 +   * (and did it twice!).
189 +   *
190 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 +   * zero's perspective as follows:
192 +   *
193 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 +   *     you (one at a time).
196 +   *  3) Catch the potatoes.
197 +   *
198 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 +   * need to block the processors atom-by-atom.
201 +   *
202 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 +   * way:
204 +   *
205 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 +   *     potatoes at you.
208 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 +   *
211 +   * How's THAT for documentation?
212 +   *
213 +   *********************************************************************/
214 +
215 +  int *potatoes;
216 +  int myPotato;
217 +
218 +  int nProc;
219 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 +  double atomData[13];
221 +  int isDirectional;
222 +  char* atomTypeString;
223 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 +  int nObjects;
225 +  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226 + #endif //is_mpi
227 +
228 +  double q[4], ji[3];
229 +  DirectionalAtom* dAtom;
230 +  double pos[3], vel[3];
231 +  int nTotObjects;
232 +  StuntDouble* sd;
233 +  char* molName;
234 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237   #ifndef IS_MPI
385 –    
386 –  finalOut << nAtoms << "\n";
387 –    
388 –  finalOut << finalTime << ";\t"
389 –           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
390 –           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
391 –           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
392 –    
393 –           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
394 –           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
395 –           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
396 –    
397 –           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
398 –           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
399 –           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
238    
239 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
240 <      
241 <    atoms[i]->getPos(pos);
242 <    atoms[i]->getVel(vel);
239 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241 >
242 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
245 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
246 >              
247 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
249 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
250 >
251 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
253 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
254 >
255 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
256 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257 >  }
258 >  
259 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260 >
261 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263      
264 <    sprintf( tempBuffer,
265 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
266 <             atoms[i]->getType(),
267 <             pos[0],
410 <             pos[1],
411 <             pos[2],
412 <             vel[0],
413 <             vel[1],
414 <             vel[2]);
415 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268  
417 –    if( atoms[i]->isDirectional() ){
418 –        
419 –      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
420 –      dAtom->getQ( q );
421 –        
269        sprintf( tempBuffer,
270 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
271 <               q[0],
272 <               q[1],
273 <               q[2],
274 <               q[3],
275 <               dAtom->getJx(),
276 <               dAtom->getJy(),
277 <               dAtom->getJz());
278 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279 >
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281 >
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284 >
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295 >      }
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301      }
302 <    else
303 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
435 <      
436 <    finalOut << writeLine;
437 <  }
438 <  finalOut.flush();
439 <  finalOut.close();
302 >
303 > }
304  
305   #else // is_mpi
306 +
307 +  /* code to find maximum tag value */
308    
309 <  // first thing first, suspend fatalities.
310 <  painCave.isEventLoop = 1;
309 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
310 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
311 >  if (flag) {
312 >    MAXTAG = *tagub;
313 >  } else {
314 >    MAXTAG = 32767;
315 >  }  
316  
446 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
317    int haveError;
318  
319    MPI_Status istatus;
320 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322  
323    // write out header and node 0's coordinates
324 <  
454 <  haveError = 0;
324 >
325    if( worldRank == 0 ){
326 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
326 >
327 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328 >
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330 >    potatoes = new int[nProc];
331 >
332 >    //write out the comment lines
333 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
334 >      potatoes[i] = 0;
335      
336 <    finalOut << finalTime << ";\t"
337 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
338 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
339 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
336 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338 >
339 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
343 >
344 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
347 >
348 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
351 >  
352 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
353 >    }
354 >
355 >    currentIndex = 0;
356 >
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358        
359 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
464 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
465 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
359 >      // Get the Node number which has this atom;
360        
361 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
468 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
469 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
470 <    
471 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
472 <      // Get the Node number which has this molecule:
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362        
363 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
364 <      
365 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
363 >      if (which_node != 0) {
364 >        
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
367 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
368  
369 <        which_atom = i;
370 <        local_index=-1;        
371 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
481 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
369 >          potatoes[which_node] = 0;          
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371 >          
372          }
483 –        if (local_index != -1) {    
373  
374 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
486 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
487 <          
488 <          sprintf( tempBuffer,
489 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
490 <                   atoms[local_index]->getType(),
491 <                   pos[0],
492 <                   pos[1],
493 <                   pos[2],
494 <                   vel[0],
495 <                   vel[1],
496 <                   vel[2]);
497 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
498 <          
499 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500 <            
501 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
502 <            dAtom->getQ( q );
503 <            
504 <            sprintf( tempBuffer,
505 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
506 <                     q[0],
507 <                     q[1],
508 <                     q[2],
509 <                     q[3],
510 <                     dAtom->getJx(),
511 <                     dAtom->getJy(),
512 <                     dAtom->getJz());
513 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
514 <          }
515 <          else
516 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
517 <        }
518 <        else {
519 <          sprintf(painCave.errMsg,
520 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
521 <                  i, worldRank );
522 <          haveError= 1;
523 <          simError();
524 <        }
374 >        myPotato = potatoes[which_node];        
375  
376 <        if(haveError) nodeZeroError();
377 <    
378 <      }
379 <      else {
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 >        myPotato++;
380          
381 <        myStatus = 1;
532 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
533 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
534 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
535 <                 MPI_COMM_WORLD);
536 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
537 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
538 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
539 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
540 <        
541 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
542 <      }
543 <      
544 <      finalOut << writeLine;
545 <    }
546 <    
547 <    // kill everyone off:
548 <    myStatus = -1;
549 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
550 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
551 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
552 <    }
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382  
383 <  } else {
384 <    
385 <    done = 0;
557 <    while (!done) {
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386  
387 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
388 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
389 <      
390 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
391 <      
392 <      if(myStatus < 0) break;
393 <      
394 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
395 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
396 <      
397 <      myStatus = 1;
398 <      local_index=-1;        
399 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
400 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391 >
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394 >
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396 >
397 >          myPotato++;
398 >
399 >          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 >          myPotato++;
401 >
402 >          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403 >
404 >          if(msgLen  == 13)
405 >            isDirectional = 1;
406 >          else
407 >            isDirectional = 0;
408 >          
409 >          // If we've survived to here, format the line:
410 >            
411 >          if (!isDirectional) {
412 >        
413 >            sprintf( writeLine,
414 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 >                 atomTypeString,
416 >                 atomData[0],
417 >                 atomData[1],
418 >                 atomData[2],
419 >                 atomData[3],
420 >                 atomData[4],
421 >                 atomData[5]);
422 >        
423 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 >        
425 >          }
426 >          else {
427 >        
428 >                sprintf( writeLine,
429 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 >                         atomTypeString,
431 >                         atomData[0],
432 >                         atomData[1],
433 >                         atomData[2],
434 >                         atomData[3],
435 >                         atomData[4],
436 >                         atomData[5],
437 >                         atomData[6],
438 >                         atomData[7],
439 >                         atomData[8],
440 >                         atomData[9],
441 >                         atomData[10],
442 >                         atomData[11],
443 >                         atomData[12]);
444 >            
445 >          }
446 >          
447 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 >            *outFile[k] << writeLine;            
449 >
450 >        }// end for(int l =0)
451 >        potatoes[which_node] = myPotato;
452 >
453        }
454 <      if (local_index != -1) {
454 >      else {
455 >        
456 >        haveError = 0;
457 >        
458 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459  
460 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
577 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
460 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461  
462 <        //format the line
463 <        sprintf( tempBuffer,
464 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
465 <                 atoms[local_index]->getType(),
466 <                 pos[0],
467 <                 pos[1],
468 <                 pos[2],
469 <                 vel[0],
470 <                 vel[1],
471 <                 vel[2]); // check here.
472 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
473 <        
474 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
475 <          
476 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
477 <          dAtom->getQ( q );
462 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 >                sd = *iter;
464 >            atomTypeString = sd->getType();
465 >            
466 >            sd->getPos(pos);
467 >            sd->getVel(vel);          
468 >          
469 >            atomData[0] = pos[0];
470 >            atomData[1] = pos[1];
471 >            atomData[2] = pos[2];
472 >
473 >            atomData[3] = vel[0];
474 >            atomData[4] = vel[1];
475 >            atomData[5] = vel[2];
476 >              
477 >            isDirectional = 0;
478 >
479 >            if( sd->isDirectional() ){
480 >
481 >              isDirectional = 1;
482 >                
483 >              sd->getQ( q );
484 >              sd->getJ( ji );
485 >
486 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 >                atomData[j] = atomData[j];            
488 >              
489 >              atomData[6] = q[0];
490 >              atomData[7] = q[1];
491 >              atomData[8] = q[2];
492 >              atomData[9] = q[3];
493 >              
494 >              atomData[10] = ji[0];
495 >              atomData[11] = ji[1];
496 >              atomData[12] = ji[2];
497 >            }
498 >            
499 >            // If we've survived to here, format the line:
500 >            
501 >            if (!isDirectional) {
502 >        
503 >              sprintf( writeLine,
504 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 >                 atomTypeString,
506 >                 atomData[0],
507 >                 atomData[1],
508 >                 atomData[2],
509 >                 atomData[3],
510 >                 atomData[4],
511 >                 atomData[5]);
512 >        
513 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 >        
515 >            }
516 >            else {
517 >        
518 >                sprintf( writeLine,
519 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 >                         atomTypeString,
521 >                         atomData[0],
522 >                         atomData[1],
523 >                         atomData[2],
524 >                         atomData[3],
525 >                         atomData[4],
526 >                         atomData[5],
527 >                         atomData[6],
528 >                         atomData[7],
529 >                         atomData[8],
530 >                         atomData[9],
531 >                         atomData[10],
532 >                         atomData[11],
533 >                         atomData[12]);
534 >              
535 >            }
536 >            
537 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 >              *outFile[k] << writeLine;
539 >            
540 >            
541 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542 >        
543 >      currentIndex++;
544 >      }
545 >
546 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547 >    
548 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549 >      outFile[k]->flush();
550 >    
551 >    sprintf( checkPointMsg,
552 >             "Sucessfully took a dump.\n");
553 >    
554 >    MPIcheckPoint();        
555 >    
556 >    delete[] potatoes;
557 >    
558 >  } else {
559 >
560 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
561 >
562 >    // Set my magic potato to 0:
563 >
564 >    myPotato = 0;
565 >    currentIndex = 0;
566 >    
567 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568 >      
569 >      // Am I the node which has this integrableObject?
570 >      
571 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572 >
573 >
574 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575            
576 <          sprintf( tempBuffer,
577 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
578 <                   q[0],
579 <                   q[1],
580 <                   q[2],
581 <                   q[3],
582 <                   dAtom->getJx(),
583 <                   dAtom->getJy(),
584 <                   dAtom->getJz());
585 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
586 <        }
587 <        else{
588 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
589 <        }
590 <      }
591 <      else {
592 <        sprintf(painCave.errMsg,
593 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
594 <                which_atom, worldRank );
595 <        myStatus = 0;
596 <        simError();
597 <        
598 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
576 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
577 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578 >          // node 0 says we can go:
579 >          
580 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 >          
582 >        }
583 >
584 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586 >          
587 >          nCurObj = integrableObjects.size();
588 >                      
589 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 >          myPotato++;
592 >
593 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594 >
595 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 >          
597 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 >              // node 0 says we can go:
600 >          
601 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 >              
603 >            }
604 >            
605 >            sd = *iter;
606 >            
607 >            atomTypeString = sd->getType();
608 >
609 >            sd->getPos(pos);
610 >            sd->getVel(vel);
611 >
612 >            atomData[0] = pos[0];
613 >            atomData[1] = pos[1];
614 >            atomData[2] = pos[2];
615 >
616 >            atomData[3] = vel[0];
617 >            atomData[4] = vel[1];
618 >            atomData[5] = vel[2];
619 >              
620 >            isDirectional = 0;
621 >
622 >            if( sd->isDirectional() ){
623 >
624 >                isDirectional = 1;
625 >                
626 >                sd->getQ( q );
627 >                sd->getJ( ji );
628 >                
629 >                
630 >                atomData[6] = q[0];
631 >                atomData[7] = q[1];
632 >                atomData[8] = q[2];
633 >                atomData[9] = q[3];
634 >      
635 >                atomData[10] = ji[0];
636 >                atomData[11] = ji[1];
637 >                atomData[12] = ji[2];
638 >              }
639 >
640 >            
641 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642 >
643 >            // null terminate the string before sending (just in case):
644 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645 >
646 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 >            
649 >            myPotato++;
650 >            
651 >            if (isDirectional) {
652 >
653 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 >              
656 >            } else {
657 >
658 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 >            }
661 >
662 >            myPotato++;  
663 >
664 >          }
665 >
666 >          currentIndex++;    
667 >          
668 >        }
669 >      
670        }
671  
672 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
673 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
674 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
675 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
672 >    sprintf( checkPointMsg,
673 >             "Sucessfully took a dump.\n");
674 >    MPIcheckPoint();                
675 >    
676      }
677 <  }
678 <  finalOut.flush();
628 <  sprintf( checkPointMsg,
629 <           "Sucessfully took a dump.\n");
630 <  MPIcheckPoint();
677 >
678 >
679    
632 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
680   #endif // is_mpi
681   }
682  
636 –
637 –
683   #ifdef IS_MPI
684  
685   // a couple of functions to let us escape the write loop
686  
687 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
643 <  int j, myStatus;
644 <  
645 <  myStatus = 0;
646 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
647 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
648 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
649 <  }  
650 <  
687 > void dWrite::DieDieDie( void ){
688  
689    MPI_Finalize();
690    exit (0);
654 –  
691   }
692  
657 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
658 –
659 –  MPI_Finalize();
660 –  exit (0);
661 – }
662 –
693   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines