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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _LARGEFILE_SOURCE64
2 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3 >
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
13 < #define TAKE_THIS_TAG 0
13 >
14 > namespace dWrite{
15 >  void DieDieDie( void );
16 > }
17 >
18 > using namespace dWrite;
19   #endif //is_mpi
20  
21   #include "ReadWrite.hpp"
22   #include "simError.h"
23  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
24   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25  
26    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 20 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <
33 <    
34 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
35 <    
28 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
29 <    
30 <    if( !outFile ){
31 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
38 –  
39 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 53 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64 <  
65 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
66 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
67 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
68 > #ifdef IS_MPI
69  
70 <  int i;
71 <  double q[4];
72 <  DirectionalAtom* dAtom;
72 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
73 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
74 <    
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73  
74 < #ifndef IS_MPI
75 <    
76 <  outFile << nAtoms << "\n";
77 <    
78 <  outFile << currentTime << "\t"
79 <          << entry_plug->box_x << "\t"
80 <          << entry_plug->box_y << "\t"
81 <          << entry_plug->box_z << "\n";
82 <    
83 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
84 <      
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77 >  
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <    sprintf( tempBuffer,
87 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
88 <             atoms[i]->getType(),
89 <             atoms[i]->getX(),
90 <             atoms[i]->getY(),
91 <             atoms[i]->getZ(),
92 <             atoms[i]->get_vx(),
95 <             atoms[i]->get_vy(),
96 <             atoms[i]->get_vz());
97 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
98 <
99 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
100 <        
101 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
102 <      dAtom->getQ( q );
103 <        
104 <      sprintf( tempBuffer,
105 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
106 <               q[0],
107 <               q[1],
108 <               q[2],
109 <               q[3],
110 <               dAtom->getJx(),
111 <               dAtom->getJy(),
112 <               dAtom->getJz());
113 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
114 <    }
115 <    else
116 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
117 <      
118 <    outFile << writeLine;
119 <  }
120 <  outFile.flush();
121 <
122 < #else // is_mpi
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93    
94 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97 <  // write out header and node 0's coordinates
98 <  
128 <  if( worldRank == 0 ){
129 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <    
131 <    outFile << currentTime << "\t"
132 <            << entry_plug->box_x << "\t"
133 <            << entry_plug->box_y << "\t"
134 <            << entry_plug->box_z << "\n";
135 <    
136 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this molecule:
138 <      
139 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 <      
141 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153 <        
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
185 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
186 <    }
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 <  } else {
189 <    
190 <    done = 0;
191 <    while (!done) {
192 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
193 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
100 > #endif
101  
102 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
196 <        done=1;
197 <        continue;
198 <      } else {
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <        //format the line
105 <        sprintf( tempBuffer,
106 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
107 <                 atoms[which_atom]->getType(),
108 <                 atoms[which_atom]->getX(),
109 <                 atoms[which_atom]->getY(),
110 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
111 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
112 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
113 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
114 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
115 <          
116 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
213 <            
214 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
215 <          dAtom->getQ( q );
216 <            
217 <          sprintf( tempBuffer,
218 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
219 <                   q[0],
220 <                   q[1],
221 <                   q[2],
222 <                   q[3],
223 <                   dAtom->getJx(),
224 <                   dAtom->getJy(),
225 <                   dAtom->getJz());
226 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
227 <        }
228 <        else
229 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
230 <        
231 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
232 <                             TAKE_THIS_TAG);
233 <      }
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106 >
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <  }  
119 <  outFile.flush();
237 <  sprintf( checkPointMsg,
238 <           "Sucessfully took a dump.\n");
239 <  MPIcheckPoint();
118 > #ifdef IS_MPI
119 >  }
120   #endif // is_mpi
121 +
122 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124 +
125 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +
127 + #ifdef IS_MPI
128 +  finalOut.close();
129 + #endif
130 +        
131   }
132  
133 < void DumpWriter::writeFinal(){
134 <  
245 <  char finalName[500];
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134 >
135    ofstream finalOut;
136 <  
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137 >
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
254 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
263 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
264 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166 +
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i;
174 +  unsigned int k;
175 +
176 + #ifdef IS_MPI
177    
178 +  /*********************************************************************
179 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 +   *
181 +   * Why all the potatoes below?  
182 +   *
183 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 +   * (and did it twice!).
189 +   *
190 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 +   * zero's perspective as follows:
192 +   *
193 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 +   *     you (one at a time).
196 +   *  3) Catch the potatoes.
197 +   *
198 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 +   * need to block the processors atom-by-atom.
201 +   *
202 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 +   * way:
204 +   *
205 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 +   *     potatoes at you.
208 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 +   *
211 +   * How's THAT for documentation?
212 +   *
213 +   *********************************************************************/
214 +
215 +  int *potatoes;
216 +  int myPotato;
217 +
218 +  int nProc;
219 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 +  double atomData[13];
221 +  int isDirectional;
222 +  char* atomTypeString;
223 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 +  int nObjects;
225 +  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226 + #endif //is_mpi
227 +
228 +  double q[4], ji[3];
229 +  DirectionalAtom* dAtom;
230 +  double pos[3], vel[3];
231 +  int nTotObjects;
232 +  StuntDouble* sd;
233 +  char* molName;
234 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237   #ifndef IS_MPI
238 +  
239 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 +    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241 +
242 +    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243 +               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
244 +                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
245 +                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
246 +              
247 +               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
248 +                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
249 +                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
250 +
251 +                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
252 +                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
253 +                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
254 +
255 +    //write out additional parameters, such as chi and eta
256 +    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257 +  }
258 +  
259 +  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260 +
261 +    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 +    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263      
264 <  finalOut << nAtoms << "\n";
265 <    
266 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
267 <           << entry_plug->box_y << "\t"
280 <           << entry_plug->box_z << "\n";
281 <    
282 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
283 <      
284 <    sprintf( tempBuffer,
285 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
286 <             atoms[i]->getType(),
287 <             atoms[i]->getX(),
288 <             atoms[i]->getY(),
289 <             atoms[i]->getZ(),
290 <             atoms[i]->get_vx(),
291 <             atoms[i]->get_vy(),
292 <             atoms[i]->get_vz());
293 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268  
295 –    if( atoms[i]->isDirectional() ){
296 –        
297 –      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
298 –      dAtom->getQ( q );
299 –        
269        sprintf( tempBuffer,
270 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
271 <               q[0],
272 <               q[1],
273 <               q[2],
274 <               q[3],
275 <               dAtom->getJx(),
276 <               dAtom->getJy(),
277 <               dAtom->getJz());
278 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279 >
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281 >
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284 >
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295 >      }
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301      }
311 –    else
312 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
313 –      
314 –    finalOut << writeLine;
315 –  }
316 –  finalOut.flush();
317 –  finalOut.close();
302  
303 + }
304 +
305   #else // is_mpi
306 +
307 +  /* code to find maximum tag value */
308    
309 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
310 <  
309 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
310 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
311 >  if (flag) {
312 >    MAXTAG = *tagub;
313 >  } else {
314 >    MAXTAG = 32767;
315 >  }  
316 >
317 >  int haveError;
318 >
319 >  MPI_Status istatus;
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322 >
323    // write out header and node 0's coordinates
324 <  
324 >
325    if( worldRank == 0 ){
326 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
326 >
327 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328 >
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330 >    potatoes = new int[nProc];
331 >
332 >    //write out the comment lines
333 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
334 >      potatoes[i] = 0;
335      
336 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
337 <            << entry_plug->box_y << "\t"
338 <            << entry_plug->box_z << "\n";
339 <    
340 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
341 <      // Get the Node number which has this molecule:
336 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338 >
339 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
343 >
344 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
347 >
348 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
351 >  
352 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
353 >    }
354 >
355 >    currentIndex = 0;
356 >
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358        
359 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
359 >      // Get the Node number which has this atom;
360        
361 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362 >      
363 >      if (which_node != 0) {
364          
365 <        sprintf( tempBuffer,
366 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
367 <                 atoms[i]->getType(),
368 <                 atoms[i]->getX(),
369 <                 atoms[i]->getY(),
370 <                 atoms[i]->getZ(),
371 <                 atoms[i]->get_vx(),
346 <                 atoms[i]->get_vy(),
347 <                 atoms[i]->get_vz());
348 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
349 <        
350 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
351 <          
352 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
353 <          dAtom->getQ( q );
354 <          
355 <          sprintf( tempBuffer,
356 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
357 <                   q[0],
358 <                   q[1],
359 <                   q[2],
360 <                   q[3],
361 <                   dAtom->getJx(),
362 <                   dAtom->getJy(),
363 <                   dAtom->getJz());
364 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
367 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
368 >
369 >          potatoes[which_node] = 0;          
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371 >          
372          }
373 <        else
374 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
373 >
374 >        myPotato = potatoes[which_node];        
375 >
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 >        myPotato++;
380          
381 <      } else {
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382 >
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386 >
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391 >
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394 >
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396 >
397 >          myPotato++;
398 >
399 >          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 >          myPotato++;
401 >
402 >          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403 >
404 >          if(msgLen  == 13)
405 >            isDirectional = 1;
406 >          else
407 >            isDirectional = 0;
408 >          
409 >          // If we've survived to here, format the line:
410 >            
411 >          if (!isDirectional) {
412 >        
413 >            sprintf( writeLine,
414 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 >                 atomTypeString,
416 >                 atomData[0],
417 >                 atomData[1],
418 >                 atomData[2],
419 >                 atomData[3],
420 >                 atomData[4],
421 >                 atomData[5]);
422 >        
423 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 >        
425 >          }
426 >          else {
427 >        
428 >                sprintf( writeLine,
429 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 >                         atomTypeString,
431 >                         atomData[0],
432 >                         atomData[1],
433 >                         atomData[2],
434 >                         atomData[3],
435 >                         atomData[4],
436 >                         atomData[5],
437 >                         atomData[6],
438 >                         atomData[7],
439 >                         atomData[8],
440 >                         atomData[9],
441 >                         atomData[10],
442 >                         atomData[11],
443 >                         atomData[12]);
444 >            
445 >          }
446 >          
447 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 >            *outFile[k] << writeLine;            
449 >
450 >        }// end for(int l =0)
451 >        potatoes[which_node] = myPotato;
452 >
453 >      }
454 >      else {
455          
456 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
457 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
458 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
456 >        haveError = 0;
457 >        
458 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459 >
460 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461 >
462 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 >                sd = *iter;
464 >            atomTypeString = sd->getType();
465 >            
466 >            sd->getPos(pos);
467 >            sd->getVel(vel);          
468 >          
469 >            atomData[0] = pos[0];
470 >            atomData[1] = pos[1];
471 >            atomData[2] = pos[2];
472 >
473 >            atomData[3] = vel[0];
474 >            atomData[4] = vel[1];
475 >            atomData[5] = vel[2];
476 >              
477 >            isDirectional = 0;
478 >
479 >            if( sd->isDirectional() ){
480 >
481 >              isDirectional = 1;
482 >                
483 >              sd->getQ( q );
484 >              sd->getJ( ji );
485 >
486 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 >                atomData[j] = atomData[j];            
488 >              
489 >              atomData[6] = q[0];
490 >              atomData[7] = q[1];
491 >              atomData[8] = q[2];
492 >              atomData[9] = q[3];
493 >              
494 >              atomData[10] = ji[0];
495 >              atomData[11] = ji[1];
496 >              atomData[12] = ji[2];
497 >            }
498 >            
499 >            // If we've survived to here, format the line:
500 >            
501 >            if (!isDirectional) {
502 >        
503 >              sprintf( writeLine,
504 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 >                 atomTypeString,
506 >                 atomData[0],
507 >                 atomData[1],
508 >                 atomData[2],
509 >                 atomData[3],
510 >                 atomData[4],
511 >                 atomData[5]);
512 >        
513 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 >        
515 >            }
516 >            else {
517 >        
518 >                sprintf( writeLine,
519 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 >                         atomTypeString,
521 >                         atomData[0],
522 >                         atomData[1],
523 >                         atomData[2],
524 >                         atomData[3],
525 >                         atomData[4],
526 >                         atomData[5],
527 >                         atomData[6],
528 >                         atomData[7],
529 >                         atomData[8],
530 >                         atomData[9],
531 >                         atomData[10],
532 >                         atomData[11],
533 >                         atomData[12]);
534 >              
535 >            }
536 >            
537 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 >              *outFile[k] << writeLine;
539 >            
540 >            
541 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542 >        
543 >      currentIndex++;
544        }
375 –      
376 –      finalOut << writeLine;
377 –    }
378 –    
379 –    // kill everyone off:
380 –    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
381 –      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
382 –    }
545  
546 +    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547 +    
548 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549 +      outFile[k]->flush();
550 +    
551 +    sprintf( checkPointMsg,
552 +             "Sucessfully took a dump.\n");
553 +    
554 +    MPIcheckPoint();        
555 +    
556 +    delete[] potatoes;
557 +    
558    } else {
559 +
560 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
561 +
562 +    // Set my magic potato to 0:
563 +
564 +    myPotato = 0;
565 +    currentIndex = 0;
566      
567 <    done = 0;
568 <    while (!done) {
569 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
570 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
567 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568 >      
569 >      // Am I the node which has this integrableObject?
570 >      
571 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572  
391 –      if (which_atom == GAME_OVER) {
392 –        done=1;
393 –        continue;
394 –      } else {
573  
574 <        //format the line
397 <        sprintf( tempBuffer,
398 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
399 <                 atoms[which_atom]->getType(),
400 <                 atoms[which_atom]->getX(),
401 <                 atoms[which_atom]->getY(),
402 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
403 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
404 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
405 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
406 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
574 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575            
576 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
577 <            
578 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
579 <          dAtom->getQ( q );
580 <            
581 <          sprintf( tempBuffer,
582 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
583 <                   q[0],
584 <                   q[1],
585 <                   q[2],
586 <                   q[3],
587 <                   dAtom->getJx(),
588 <                   dAtom->getJy(),
589 <                   dAtom->getJz());
590 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
591 <        }
592 <        else
593 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
594 <        
595 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
596 <                             TAKE_THIS_TAG);
576 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
577 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578 >          // node 0 says we can go:
579 >          
580 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 >          
582 >        }
583 >
584 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586 >          
587 >          nCurObj = integrableObjects.size();
588 >                      
589 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 >          myPotato++;
592 >
593 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594 >
595 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 >          
597 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 >              // node 0 says we can go:
600 >          
601 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 >              
603 >            }
604 >            
605 >            sd = *iter;
606 >            
607 >            atomTypeString = sd->getType();
608 >
609 >            sd->getPos(pos);
610 >            sd->getVel(vel);
611 >
612 >            atomData[0] = pos[0];
613 >            atomData[1] = pos[1];
614 >            atomData[2] = pos[2];
615 >
616 >            atomData[3] = vel[0];
617 >            atomData[4] = vel[1];
618 >            atomData[5] = vel[2];
619 >              
620 >            isDirectional = 0;
621 >
622 >            if( sd->isDirectional() ){
623 >
624 >                isDirectional = 1;
625 >                
626 >                sd->getQ( q );
627 >                sd->getJ( ji );
628 >                
629 >                
630 >                atomData[6] = q[0];
631 >                atomData[7] = q[1];
632 >                atomData[8] = q[2];
633 >                atomData[9] = q[3];
634 >      
635 >                atomData[10] = ji[0];
636 >                atomData[11] = ji[1];
637 >                atomData[12] = ji[2];
638 >              }
639 >
640 >            
641 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642 >
643 >            // null terminate the string before sending (just in case):
644 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645 >
646 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 >            
649 >            myPotato++;
650 >            
651 >            if (isDirectional) {
652 >
653 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 >              
656 >            } else {
657 >
658 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 >            }
661 >
662 >            myPotato++;  
663 >
664 >          }
665 >
666 >          currentIndex++;    
667 >          
668 >        }
669 >      
670        }
671 +
672 +    sprintf( checkPointMsg,
673 +             "Sucessfully took a dump.\n");
674 +    MPIcheckPoint();                
675 +    
676      }
431 –  }  
432 –  finalOut.flush();
433 –  sprintf( checkPointMsg,
434 –           "Sucessfully took a dump.\n");
435 –  MPIcheckPoint();
677  
678 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
678 >
679 >  
680   #endif // is_mpi
681   }
682 +
683 + #ifdef IS_MPI
684 +
685 + // a couple of functions to let us escape the write loop
686 +
687 + void dWrite::DieDieDie( void ){
688 +
689 +  MPI_Finalize();
690 +  exit (0);
691 + }
692 +
693 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines