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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 469 by mmeineke, Mon Apr 7 20:06:31 2003 UTC vs.
Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _LARGEFILE_SOURCE64
2 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3 >
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
13  
14   namespace dWrite{
15 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
15 >  void DieDieDie( void );
16   }
17  
18   using namespace dWrite;
# Line 23 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25  
26    entry_plug = the_entry_plug;
27  
26 –  std::cerr << "Look at me I'm a freebird!\n";
27 –
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <
33 <    
34 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
35 <    
36 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
37 <    
38 <    if( !outFile ){
39 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
47 –    std::cerr << "me TOO!\n";
48 –
49 –    //outFile.setf( ios::scientific );
50 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 63 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
79 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
80 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
87 <  double q[4];
88 <  DirectionalAtom* dAtom;
89 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
90 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
91 <    
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 < #ifndef IS_MPI
87 <    
88 <  outFile << nAtoms << "\n";
89 <    
90 <  outFile << currentTime << "\t"
91 <          << entry_plug->box_x << "\t"
92 <          << entry_plug->box_y << "\t"
93 <          << entry_plug->box_z << "\n";
94 <    
95 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
96 <      
100 > #endif
101  
102 <    sprintf( tempBuffer,
99 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
100 <             atoms[i]->getType(),
101 <             atoms[i]->getX(),
102 <             atoms[i]->getY(),
103 <             atoms[i]->getZ(),
104 <             atoms[i]->get_vx(),
105 <             atoms[i]->get_vy(),
106 <             atoms[i]->get_vz());
107 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
105 <        
106 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
107 <      dAtom->getQ( q );
108 <        
109 <      sprintf( tempBuffer,
110 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
111 <               q[0],
112 <               q[1],
113 <               q[2],
114 <               q[3],
115 <               dAtom->getJx(),
116 <               dAtom->getJy(),
122 <               dAtom->getJz());
123 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106 >
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <    else
126 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
127 <      
128 <    outFile << writeLine;
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120 <  outFile.flush();
120 > #endif // is_mpi
121  
122 < #else // is_mpi
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <  // first thing first, suspend fatalities.
135 <  painCave.isEventLoop = 1;
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
128 <  int haveError;
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131 > }
132  
133 <  MPI_Status istatus;
141 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
142 <  
143 <  // write out header and node 0's coordinates
144 <  
145 <  if( worldRank == 0 ){
146 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
147 <    
148 <    outFile << currentTime << "\t"
149 <            << entry_plug->box_x << "\t"
150 <            << entry_plug->box_y << "\t"
151 <            << entry_plug->box_z << "\n";
152 <    outFile.flush();
153 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
154 <      // Get the Node number which has this atom;
155 <      
156 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
157 <      
158 <      if (which_node == 0 ) {
159 <        
160 <        haveError = 0;
161 <        which_atom = i;
162 <        local_index=-1;        
163 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
164 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
165 <        }
166 <        if (local_index != -1) {
167 <          //format the line
168 <          sprintf( tempBuffer,
169 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
170 <                   atoms[local_index]->getType(),
171 <                   atoms[local_index]->getX(),
172 <                   atoms[local_index]->getY(),
173 <                   atoms[local_index]->getZ(),
174 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
175 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
176 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
177 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
178 <          
179 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
180 <            
181 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
182 <            dAtom->getQ( q );
183 <            
184 <            sprintf( tempBuffer,
185 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
186 <                     q[0],
187 <                     q[1],
188 <                     q[2],
189 <                     q[3],
190 <                     dAtom->getJx(),
191 <                     dAtom->getJy(),
192 <                     dAtom->getJz());
193 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
194 <            
195 <          }
196 <          else
197 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
198 <        }
199 <        else {
200 <          sprintf(painCave.errMsg,
201 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
202 <                  i, worldRank );
203 <          haveError= 1;
204 <          simError();
205 <        }
206 <        
207 <        if(haveError) nodeZeroError();
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 <      }
136 <      else {
211 <        myStatus = 1;
212 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
214 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
215 <                 MPI_COMM_WORLD);
216 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
217 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
219 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
220 <        
221 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
222 <
223 <      }
224 <      
225 <      outFile << writeLine;
226 <      outFile.flush();
227 <    }
228 <    
229 <    // kill everyone off:
230 <    myStatus = -1;
231 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
232 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
233 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
234 <    }
235 <
236 <  } else {
237 <    
238 <    done = 0;
239 <    while (!done) {
240 <      
241 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
242 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243 <
244 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
245 <      
246 <      if(myStatus < 0) break;
247 <
248 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
249 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
250 <      
251 <      myStatus = 1;
252 <      local_index=-1;        
253 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
254 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
255 <      }
256 <      if (local_index != -1) {
257 <        //format the line
258 <        sprintf( tempBuffer,
259 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
260 <                 atoms[local_index]->getType(),
261 <                 atoms[local_index]->getX(),
262 <                 atoms[local_index]->getY(),
263 <                 atoms[local_index]->getZ(),
264 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
265 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
266 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
267 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 <        
269 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
270 <          
271 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
272 <          dAtom->getQ( q );
273 <          
274 <          sprintf( tempBuffer,
275 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
276 <                   q[0],
277 <                   q[1],
278 <                   q[2],
279 <                   q[3],
280 <                   dAtom->getJx(),
281 <                   dAtom->getJy(),
282 <                   dAtom->getJz());
283 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
284 <        }
285 <        else{
286 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
287 <        }
288 <      }
289 <      else {
290 <        sprintf(painCave.errMsg,
291 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
292 <                which_atom, worldRank );
293 <        myStatus = 0;
294 <        simError();
135 >  ofstream finalOut;
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137  
296 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
297 –      }
298 –
299 –      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
300 –               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
301 –      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
302 –                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
303 –    }
304 –  }  
305 –  outFile.flush();
306 –  sprintf( checkPointMsg,
307 –           "Sucessfully took a dump.\n");
308 –  MPIcheckPoint();
309 –
310 – // last  thing last, enable  fatalities.
311 –  painCave.isEventLoop = 0;
312 –
313 – #endif // is_mpi
314 – }
315 –
316 – void DumpWriter::writeFinal(){
317 –
318 –  char finalName[500];
319 –  ofstream finalOut;
320 –
321 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
322 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
323 –  char writeLine[BUFFERSIZE];  
324 –
325 –  double q[4];
326 –  DirectionalAtom* dAtom;
327 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
328 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
329 –  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
330 –  
331 –  
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
338 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
347 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
348 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166 +
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i;
174 +  unsigned int k;
175 +
176 + #ifdef IS_MPI
177    
178 +  /*********************************************************************
179 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 +   *
181 +   * Why all the potatoes below?  
182 +   *
183 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 +   * (and did it twice!).
189 +   *
190 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 +   * zero's perspective as follows:
192 +   *
193 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 +   *     you (one at a time).
196 +   *  3) Catch the potatoes.
197 +   *
198 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 +   * need to block the processors atom-by-atom.
201 +   *
202 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 +   * way:
204 +   *
205 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 +   *     potatoes at you.
208 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 +   *
211 +   * How's THAT for documentation?
212 +   *
213 +   *********************************************************************/
214 +
215 +  int *potatoes;
216 +  int myPotato;
217 +
218 +  int nProc;
219 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 +  double atomData[13];
221 +  int isDirectional;
222 +  char* atomTypeString;
223 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 +  int nObjects;
225 +  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226 + #endif //is_mpi
227 +
228 +  double q[4], ji[3];
229 +  DirectionalAtom* dAtom;
230 +  double pos[3], vel[3];
231 +  int nTotObjects;
232 +  StuntDouble* sd;
233 +  char* molName;
234 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237   #ifndef IS_MPI
359 –    
360 –  finalOut << nAtoms << "\n";
361 –    
362 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
363 –           << entry_plug->box_y << "\t"
364 –           << entry_plug->box_z << "\n";
238    
239 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
240 <      
368 <    sprintf( tempBuffer,
369 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
370 <             atoms[i]->getType(),
371 <             atoms[i]->getX(),
372 <             atoms[i]->getY(),
373 <             atoms[i]->getZ(),
374 <             atoms[i]->get_vx(),
375 <             atoms[i]->get_vy(),
376 <             atoms[i]->get_vz());
377 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
239 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241  
242 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
243 <        
244 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
245 <      dAtom->getQ( q );
246 <        
242 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
245 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
246 >              
247 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
249 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
250 >
251 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
253 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
254 >
255 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
256 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257 >  }
258 >  
259 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260 >
261 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263 >    
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268 >
269        sprintf( tempBuffer,
270 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
271 <               q[0],
272 <               q[1],
273 <               q[2],
274 <               q[3],
275 <               dAtom->getJx(),
276 <               dAtom->getJy(),
277 <               dAtom->getJz());
278 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279 >
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281 >
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284 >
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295 >      }
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301      }
395 –    else
396 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
397 –      
398 –    finalOut << writeLine;
399 –  }
400 –  finalOut.flush();
401 –  finalOut.close();
302  
303 + }
304 +
305   #else // is_mpi
306 +
307 +  /* code to find maximum tag value */
308    
309 <  // first thing first, suspend fatalities.
310 <  painCave.isEventLoop = 1;
309 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
310 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
311 >  if (flag) {
312 >    MAXTAG = *tagub;
313 >  } else {
314 >    MAXTAG = 32767;
315 >  }  
316  
408 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
317    int haveError;
318  
319    MPI_Status istatus;
320 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322  
323    // write out header and node 0's coordinates
324 <  
416 <  haveError = 0;
324 >
325    if( worldRank == 0 ){
326 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
326 >
327 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328 >
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330 >    potatoes = new int[nProc];
331 >
332 >    //write out the comment lines
333 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
334 >      potatoes[i] = 0;
335      
336 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
337 <            << entry_plug->box_y << "\t"
338 <            << entry_plug->box_z << "\n";
339 <    
340 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
341 <      // Get the Node number which has this molecule:
336 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338 >
339 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
343 >
344 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
347 >
348 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
351 >  
352 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
353 >    }
354 >
355 >    currentIndex = 0;
356 >
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358        
359 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
359 >      // Get the Node number which has this atom;
360        
361 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362 >      
363 >      if (which_node != 0) {
364 >        
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
367 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
368  
369 <        which_atom = i;
370 <        local_index=-1;        
371 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
434 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
369 >          potatoes[which_node] = 0;          
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371 >          
372          }
436 –        if (local_index != -1) {        
437 –          sprintf( tempBuffer,
438 –                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
439 –                   atoms[local_index]->getType(),
440 –                   atoms[local_index]->getX(),
441 –                   atoms[local_index]->getY(),
442 –                   atoms[local_index]->getZ(),
443 –                   atoms[local_index]->get_vx(),
444 –                   atoms[local_index]->get_vy(),
445 –                   atoms[local_index]->get_vz());
446 –          strcpy( writeLine, tempBuffer );
447 –          
448 –          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
449 –            
450 –            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
451 –            dAtom->getQ( q );
452 –            
453 –            sprintf( tempBuffer,
454 –                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
455 –                     q[0],
456 –                     q[1],
457 –                     q[2],
458 –                     q[3],
459 –                     dAtom->getJx(),
460 –                     dAtom->getJy(),
461 –                     dAtom->getJz());
462 –            strcat( writeLine, tempBuffer );
463 –          }
464 –          else
465 –            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
466 –        }
467 –        else {
468 –          sprintf(painCave.errMsg,
469 –                  "Atom %d not found on processor %d\n",
470 –                  i, worldRank );
471 –          haveError= 1;
472 –          simError();
473 –        }
373  
374 <        if(haveError) nodeZeroError();
375 <    
376 <      }
374 >        myPotato = potatoes[which_node];        
375 >
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 >        myPotato++;
380 >        
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382 >
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386 >
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391 >
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394 >
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396 >
397 >          myPotato++;
398 >
399 >          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 >          myPotato++;
401 >
402 >          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403 >
404 >          if(msgLen  == 13)
405 >            isDirectional = 1;
406 >          else
407 >            isDirectional = 0;
408 >          
409 >          // If we've survived to here, format the line:
410 >            
411 >          if (!isDirectional) {
412 >        
413 >            sprintf( writeLine,
414 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 >                 atomTypeString,
416 >                 atomData[0],
417 >                 atomData[1],
418 >                 atomData[2],
419 >                 atomData[3],
420 >                 atomData[4],
421 >                 atomData[5]);
422 >        
423 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 >        
425 >          }
426 >          else {
427 >        
428 >                sprintf( writeLine,
429 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 >                         atomTypeString,
431 >                         atomData[0],
432 >                         atomData[1],
433 >                         atomData[2],
434 >                         atomData[3],
435 >                         atomData[4],
436 >                         atomData[5],
437 >                         atomData[6],
438 >                         atomData[7],
439 >                         atomData[8],
440 >                         atomData[9],
441 >                         atomData[10],
442 >                         atomData[11],
443 >                         atomData[12]);
444 >            
445 >          }
446 >          
447 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 >            *outFile[k] << writeLine;            
449 >
450 >        }// end for(int l =0)
451 >        potatoes[which_node] = myPotato;
452 >
453 >      }
454        else {
455          
456 <        myStatus = 1;
457 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
458 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
459 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
460 <                 MPI_COMM_WORLD);
461 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
462 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
463 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
464 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
465 <        
466 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
456 >        haveError = 0;
457 >        
458 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459 >
460 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461 >
462 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 >                sd = *iter;
464 >            atomTypeString = sd->getType();
465 >            
466 >            sd->getPos(pos);
467 >            sd->getVel(vel);          
468 >          
469 >            atomData[0] = pos[0];
470 >            atomData[1] = pos[1];
471 >            atomData[2] = pos[2];
472 >
473 >            atomData[3] = vel[0];
474 >            atomData[4] = vel[1];
475 >            atomData[5] = vel[2];
476 >              
477 >            isDirectional = 0;
478 >
479 >            if( sd->isDirectional() ){
480 >
481 >              isDirectional = 1;
482 >                
483 >              sd->getQ( q );
484 >              sd->getJ( ji );
485 >
486 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 >                atomData[j] = atomData[j];            
488 >              
489 >              atomData[6] = q[0];
490 >              atomData[7] = q[1];
491 >              atomData[8] = q[2];
492 >              atomData[9] = q[3];
493 >              
494 >              atomData[10] = ji[0];
495 >              atomData[11] = ji[1];
496 >              atomData[12] = ji[2];
497 >            }
498 >            
499 >            // If we've survived to here, format the line:
500 >            
501 >            if (!isDirectional) {
502 >        
503 >              sprintf( writeLine,
504 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 >                 atomTypeString,
506 >                 atomData[0],
507 >                 atomData[1],
508 >                 atomData[2],
509 >                 atomData[3],
510 >                 atomData[4],
511 >                 atomData[5]);
512 >        
513 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 >        
515 >            }
516 >            else {
517 >        
518 >                sprintf( writeLine,
519 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 >                         atomTypeString,
521 >                         atomData[0],
522 >                         atomData[1],
523 >                         atomData[2],
524 >                         atomData[3],
525 >                         atomData[4],
526 >                         atomData[5],
527 >                         atomData[6],
528 >                         atomData[7],
529 >                         atomData[8],
530 >                         atomData[9],
531 >                         atomData[10],
532 >                         atomData[11],
533 >                         atomData[12]);
534 >              
535 >            }
536 >            
537 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 >              *outFile[k] << writeLine;
539 >            
540 >            
541 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542 >        
543 >      currentIndex++;
544        }
492 –      
493 –      finalOut << writeLine;
494 –    }
495 –    
496 –    // kill everyone off:
497 –    myStatus = -1;
498 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
499 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
500 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
501 –    }
545  
546 <  } else {
546 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547      
548 <    done = 0;
549 <    while (!done) {
548 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549 >      outFile[k]->flush();
550 >    
551 >    sprintf( checkPointMsg,
552 >             "Sucessfully took a dump.\n");
553 >    
554 >    MPIcheckPoint();        
555 >    
556 >    delete[] potatoes;
557 >    
558 >  } else {
559  
560 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
561 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
560 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
561 >
562 >    // Set my magic potato to 0:
563 >
564 >    myPotato = 0;
565 >    currentIndex = 0;
566 >    
567 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568        
569 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
569 >      // Am I the node which has this integrableObject?
570        
571 <      if(myStatus < 0) break;
514 <      
515 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
516 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
517 <      
518 <      myStatus = 1;
519 <      local_index=-1;        
520 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522 <      }
523 <      if (local_index != -1) {
571 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572  
573 <        //format the line
574 <        sprintf( tempBuffer,
527 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
528 <                 atoms[local_index]->getType(),
529 <                 atoms[local_index]->getX(),
530 <                 atoms[local_index]->getY(),
531 <                 atoms[local_index]->getZ(),
532 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
533 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
534 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
535 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
536 <        
537 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
573 >
574 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575            
576 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
577 <          dAtom->getQ( q );
576 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
577 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578 >          // node 0 says we can go:
579            
580 <          sprintf( tempBuffer,
581 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
582 <                   q[0],
583 <                   q[1],
584 <                   q[2],
585 <                   q[3],
586 <                   dAtom->getJx(),
587 <                   dAtom->getJy(),
588 <                   dAtom->getJz());
589 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
590 <        }
591 <        else{
592 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
593 <        }
594 <      }
595 <      else {
596 <        sprintf(painCave.errMsg,
597 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
598 <                which_atom, worldRank );
599 <        myStatus = 0;
600 <        simError();
601 <        
602 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
580 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 >          
582 >        }
583 >
584 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586 >          
587 >          nCurObj = integrableObjects.size();
588 >                      
589 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 >          myPotato++;
592 >
593 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594 >
595 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 >          
597 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 >              // node 0 says we can go:
600 >          
601 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 >              
603 >            }
604 >            
605 >            sd = *iter;
606 >            
607 >            atomTypeString = sd->getType();
608 >
609 >            sd->getPos(pos);
610 >            sd->getVel(vel);
611 >
612 >            atomData[0] = pos[0];
613 >            atomData[1] = pos[1];
614 >            atomData[2] = pos[2];
615 >
616 >            atomData[3] = vel[0];
617 >            atomData[4] = vel[1];
618 >            atomData[5] = vel[2];
619 >              
620 >            isDirectional = 0;
621 >
622 >            if( sd->isDirectional() ){
623 >
624 >                isDirectional = 1;
625 >                
626 >                sd->getQ( q );
627 >                sd->getJ( ji );
628 >                
629 >                
630 >                atomData[6] = q[0];
631 >                atomData[7] = q[1];
632 >                atomData[8] = q[2];
633 >                atomData[9] = q[3];
634 >      
635 >                atomData[10] = ji[0];
636 >                atomData[11] = ji[1];
637 >                atomData[12] = ji[2];
638 >              }
639 >
640 >            
641 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642 >
643 >            // null terminate the string before sending (just in case):
644 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645 >
646 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 >            
649 >            myPotato++;
650 >            
651 >            if (isDirectional) {
652 >
653 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 >              
656 >            } else {
657 >
658 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 >            }
661 >
662 >            myPotato++;  
663 >
664 >          }
665 >
666 >          currentIndex++;    
667 >          
668 >        }
669 >      
670        }
671  
672 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
673 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
674 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
675 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
672 >    sprintf( checkPointMsg,
673 >             "Sucessfully took a dump.\n");
674 >    MPIcheckPoint();                
675 >    
676      }
677 <  }
678 <  finalOut.flush();
574 <  sprintf( checkPointMsg,
575 <           "Sucessfully took a dump.\n");
576 <  MPIcheckPoint();
677 >
678 >
679    
578 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
680   #endif // is_mpi
681   }
682  
582 –
583 –
683   #ifdef IS_MPI
684  
685   // a couple of functions to let us escape the write loop
686  
687 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
589 <  int j, myStatus;
590 <  
591 <  myStatus = 0;
592 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
593 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
594 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
595 <  }  
596 <  
687 > void dWrite::DieDieDie( void ){
688  
689    MPI_Finalize();
690    exit (0);
600 –  
691   }
692  
603 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
604 –
605 –  MPI_Finalize();
606 –  exit (0);
607 – }
608 –
693   #endif //is_mpi

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