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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 377 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 1252 by gezelter, Mon Jun 7 14:26:33 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _LARGEFILE_SOURCE64
2 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3 >
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
13 < #define TAKE_THIS_TAG 0
13 >
14 > namespace dWrite{
15 >  void DieDieDie( void );
16 > }
17 >
18 > using namespace dWrite;
19   #endif //is_mpi
20  
21   #include "ReadWrite.hpp"
22   #include "simError.h"
23  
14 –
15 –
16 –
17 –
24   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25  
26    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <
33 <    
34 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
35 <    
30 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
31 <    
32 <    if( !outFile ){
33 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
40 –  
41 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 55 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66 <  
67 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
68 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
69 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
68 > #ifdef IS_MPI
69  
70 <  int i;
71 <  double q[4];
72 <  DirectionalAtom* dAtom;
74 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
75 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
76 <    
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73  
74 < #ifndef IS_MPI
75 <    
76 <  outFile << nAtoms << "\n";
77 <    
78 <  outFile << currentTime << "\t"
79 <          << entry_plug->box_x << "\t"
80 <          << entry_plug->box_y << "\t"
81 <          << entry_plug->box_z << "\n";
82 <    
83 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
84 <      
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77 >  
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <    sprintf( tempBuffer,
87 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
88 <             atoms[i]->getType(),
89 <             atoms[i]->getX(),
90 <             atoms[i]->getY(),
91 <             atoms[i]->getZ(),
92 <             atoms[i]->get_vx(),
93 <             atoms[i]->get_vy(),
94 <             atoms[i]->get_vz());
95 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
102 <        
103 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
104 <      dAtom->getQ( q );
105 <        
106 <      sprintf( tempBuffer,
107 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
108 <               q[0],
109 <               q[1],
110 <               q[2],
111 <               q[3],
112 <               dAtom->getJx(),
113 <               dAtom->getJy(),
114 <               dAtom->getJz());
115 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
116 <    }
117 <    else
118 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
119 <      
120 <    outFile << writeLine;
121 <  }
122 <  outFile.flush();
100 > #endif
101  
102 < #else // is_mpi
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <  int masterIndex;
105 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    
108 <  // write out header and node 0's coordinates
109 <
110 <  if( worldRank == 0 ){
111 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
112 <      
113 <    outFile << currentTime << "\t"
114 <            << entry_plug->box_x << "\t"
115 <            << entry_plug->box_y << "\t"
116 <            << entry_plug->box_z << "\n";
145 <
146 <    masterIndex = 0;
147 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
148 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <    outFile.flush();
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120 + #endif // is_mpi
121  
122 <  sprintf( checkPointMsg,
123 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 <  MPIcheckPoint();
188 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <    else if( worldRank == procIndex ){
128 <
129 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
130 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
235 <
236 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
246 <
247 <      // send current node's configuration line by line.
248 <
249 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
250 <
251 <        sprintf( tempBuffer,
252 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
253 <                 atoms[i]->getType(),
254 <                 atoms[i]->getX(),
255 <                 atoms[i]->getY(),
256 <                 atoms[i]->getZ(),
257 <                 atoms[i]->get_vx(),
258 <                 atoms[i]->get_vy(),
259 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
261 <          
262 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
263 <            
264 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
265 <          dAtom->getQ( q );
266 <            
267 <          sprintf( tempBuffer,
268 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
269 <                   q[0],
270 <                   q[1],
271 <                   q[2],
272 <                   q[3],
273 <                   dAtom->getJx(),
274 <                   dAtom->getJy(),
275 <                   dAtom->getJz());
276 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 <        }
278 <        else
279 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
280 <          
281 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
282 <                          MPI_COMM_WORLD);
283 <      }
284 <    }
285 <      
286 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
287 <            procIndex);
288 <    MPIcheckPoint();
289 <  }
290 <    
291 < #endif // is_mpi
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131   }
132  
133 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
295 –
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
299 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
300 –  char tempBuffer[500];
301 –  char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
304 –
305 –  int i;
306 –  double q[4];
307 –  DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
309 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
310 –  
135    ofstream finalOut;
136 <  
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137 >
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
319 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
328 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
329 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 <    
165 > void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166  
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i;
174 +  unsigned int k;
175 +
176 + #ifdef IS_MPI
177 +  
178 +  /*********************************************************************
179 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
180 +   *
181 +   * Why all the potatoes below?  
182 +   *
183 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
184 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
185 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
186 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
187 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
188 +   * (and did it twice!).
189 +   *
190 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
191 +   * zero's perspective as follows:
192 +   *
193 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
194 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
195 +   *     you (one at a time).
196 +   *  3) Catch the potatoes.
197 +   *
198 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
199 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
200 +   * need to block the processors atom-by-atom.
201 +   *
202 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
203 +   * way:
204 +   *
205 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
206 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
207 +   *     potatoes at you.
208 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
209 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
210 +   *
211 +   * How's THAT for documentation?
212 +   *
213 +   *********************************************************************/
214 +
215 +  int *potatoes;
216 +  int myPotato;
217 +
218 +  int nProc;
219 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
220 +  double atomData[13];
221 +  int isDirectional;
222 +  char* atomTypeString;
223 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 +  int nObjects;
225 +  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
226 + #endif //is_mpi
227 +
228 +  double q[4], ji[3];
229 +  DirectionalAtom* dAtom;
230 +  double pos[3], vel[3];
231 +  int nTotObjects;
232 +  StuntDouble* sd;
233 +  char* molName;
234 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
235 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
236 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
237   #ifndef IS_MPI
238 +  
239 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
240 +    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
241 +
242 +    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
243 +               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
244 +                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
245 +                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
246 +              
247 +               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
248 +                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
249 +                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
250 +
251 +                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
252 +                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
253 +                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
254 +
255 +    //write out additional parameters, such as chi and eta
256 +    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
257 +  }
258 +  
259 +  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
260 +
261 +    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
262 +    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
263      
264 <  finalOut << nAtoms << "\n";
265 <    
266 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
267 <           << entry_plug->box_y << "\t"
346 <           << entry_plug->box_z << "\n";
347 <    
348 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
349 <      
350 <    sprintf( tempBuffer,
351 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
352 <             atoms[i]->getType(),
353 <             atoms[i]->getX(),
354 <             atoms[i]->getY(),
355 <             atoms[i]->getZ(),
356 <             atoms[i]->get_vx(),
357 <             atoms[i]->get_vy(),
358 <             atoms[i]->get_vz());
359 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
265 >      sd = *iter;
266 >      sd->getPos(pos);
267 >      sd->getVel(vel);
268  
361 –    if( atoms[i]->isDirectional() ){
362 –        
363 –      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
364 –      dAtom->getQ( q );
365 –        
269        sprintf( tempBuffer,
270 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
271 <               q[0],
272 <               q[1],
273 <               q[2],
274 <               q[3],
275 <               dAtom->getJx(),
276 <               dAtom->getJy(),
277 <               dAtom->getJz());
278 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
270 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 >             sd->getType(),
272 >             pos[0],
273 >             pos[1],
274 >             pos[2],
275 >             vel[0],
276 >             vel[1],
277 >             vel[2]);
278 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
279 >
280 >      if( sd->isDirectional() ){
281 >
282 >        sd->getQ( q );
283 >        sd->getJ( ji );
284 >
285 >        sprintf( tempBuffer,
286 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 >               q[0],
288 >               q[1],
289 >               q[2],
290 >               q[3],
291 >                 ji[0],
292 >                 ji[1],
293 >                 ji[2]);
294 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
295 >      }
296 >      else
297 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 >    
299 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
300 >        *outFile[k] << writeLine;      
301      }
377 –    else
378 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
379 –      
380 –    finalOut << writeLine;
381 –  }
382 –  finalOut.flush();
302  
303 + }
304 +
305   #else // is_mpi
306  
307 <  int masterIndex;
308 <  int nodeAtomsStart;
309 <  int nodeAtomsEnd;
310 <  int mpiErr;
311 <  int sendError;
312 <  int procIndex;
313 <    
314 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
307 >  /* code to find maximum tag value */
308 >  
309 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
310 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
311 >  if (flag) {
312 >    MAXTAG = *tagub;
313 >  } else {
314 >    MAXTAG = 32767;
315 >  }  
316  
317 <    
317 >  int haveError;
318 >
319 >  MPI_Status istatus;
320 >  int nCurObj;
321 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
322 >
323    // write out header and node 0's coordinates
324  
325    if( worldRank == 0 ){
326 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
327 <      
328 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
329 <             << entry_plug->box_y << "\t"
330 <             << entry_plug->box_z << "\n";
326 >
327 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
328 >
329 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
330 >    potatoes = new int[nProc];
331 >
332 >    //write out the comment lines
333 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
334 >      potatoes[i] = 0;
335      
336 <    masterIndex = 0;
337 <    
338 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
339 <      
340 <      sprintf( tempBuffer,
341 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
342 <               atoms[i]->getType(),
343 <               atoms[i]->getX(),
344 <               atoms[i]->getY(),
345 <               atoms[i]->getZ(),
346 <               atoms[i]->get_vx(),
347 <               atoms[i]->get_vy(),
348 <               atoms[i]->get_vz());
349 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
350 <        
351 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
352 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
336 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
337 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
338 >
339 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
342 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
343 >
344 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
346 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
347 >
348 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
350 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
351 >  
352 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
353      }
442 –    finalOut.flush();
443 –  }
444 –    
445 –  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 –       procIndex++){
354  
355 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
355 >    currentIndex = 0;
356  
357 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
358 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
359 <        
360 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
361 <      // receiving node expects it to be.
362 <        
363 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
364 <        sendError = 1;
365 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
366 <                          MPI_COMM_WORLD);
367 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
357 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
358 >      
359 >      // Get the Node number which has this atom;
360 >      
361 >      which_node = MolToProcMap[i];
362 >      
363 >      if (which_node != 0) {
364 >        
365 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
366 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
367 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
368  
369 <      // recieve the nodes writeLines
369 >          potatoes[which_node] = 0;          
370 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
371 >          
372 >        }
373  
374 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
374 >        myPotato = potatoes[which_node];        
375  
376 <        finalOut << writeLine;
377 <        masterIndex++;
378 <      }
376 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
377 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
378 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 >        myPotato++;
380 >        
381 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
382  
383 <      finalOut.flush();
384 <    }
383 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
384 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
385 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
386  
387 <    else if( worldRank == procIndex ){
387 >            potatoes[which_node] = 0;          
388 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
389 >            
390 >          }
391  
392 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
393 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
493 <        
494 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
495 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
392 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
393 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
394  
395 <      // send current node's configuration line by line.
395 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
396  
397 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
506 <          
507 <        sprintf( tempBuffer,
508 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
509 <                 atoms[i]->getType(),
510 <                 atoms[i]->getX(),
511 <                 atoms[i]->getY(),
512 <                 atoms[i]->getZ(),
513 <                 atoms[i]->get_vx(),
514 <                 atoms[i]->get_vy(),
515 <                 atoms[i]->get_vz());
516 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
517 <          
518 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
519 <            
520 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
521 <          dAtom->getQ( q );
522 <            
523 <          sprintf( tempBuffer,
524 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
525 <                   q[0],
526 <                   q[1],
527 <                   q[2],
528 <                   q[3],
529 <                   dAtom->getJx(),
530 <                   dAtom->getJy(),
531 <                   dAtom->getJz());
532 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
533 <        }
534 <        else
535 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
536 <          
537 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
538 <                          MPI_COMM_WORLD);
539 <      }
540 <    }
541 <      
542 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
543 <            procIndex);
544 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
397 >          myPotato++;
398  
399 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
399 >          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 >          myPotato++;
401  
402 +          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
403 +
404 +          if(msgLen  == 13)
405 +            isDirectional = 1;
406 +          else
407 +            isDirectional = 0;
408 +          
409 +          // If we've survived to here, format the line:
410 +            
411 +          if (!isDirectional) {
412 +        
413 +            sprintf( writeLine,
414 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
415 +                 atomTypeString,
416 +                 atomData[0],
417 +                 atomData[1],
418 +                 atomData[2],
419 +                 atomData[3],
420 +                 atomData[4],
421 +                 atomData[5]);
422 +        
423 +           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
424 +        
425 +          }
426 +          else {
427 +        
428 +                sprintf( writeLine,
429 +                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
430 +                         atomTypeString,
431 +                         atomData[0],
432 +                         atomData[1],
433 +                         atomData[2],
434 +                         atomData[3],
435 +                         atomData[4],
436 +                         atomData[5],
437 +                         atomData[6],
438 +                         atomData[7],
439 +                         atomData[8],
440 +                         atomData[9],
441 +                         atomData[10],
442 +                         atomData[11],
443 +                         atomData[12]);
444 +            
445 +          }
446 +          
447 +          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
448 +            *outFile[k] << writeLine;            
449 +
450 +        }// end for(int l =0)
451 +        potatoes[which_node] = myPotato;
452 +
453 +      }
454 +      else {
455 +        
456 +        haveError = 0;
457 +        
458 +            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
459 +
460 +        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
461 +
462 +        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
463 +                sd = *iter;
464 +            atomTypeString = sd->getType();
465 +            
466 +            sd->getPos(pos);
467 +            sd->getVel(vel);          
468 +          
469 +            atomData[0] = pos[0];
470 +            atomData[1] = pos[1];
471 +            atomData[2] = pos[2];
472 +
473 +            atomData[3] = vel[0];
474 +            atomData[4] = vel[1];
475 +            atomData[5] = vel[2];
476 +              
477 +            isDirectional = 0;
478 +
479 +            if( sd->isDirectional() ){
480 +
481 +              isDirectional = 1;
482 +                
483 +              sd->getQ( q );
484 +              sd->getJ( ji );
485 +
486 +              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
487 +                atomData[j] = atomData[j];            
488 +              
489 +              atomData[6] = q[0];
490 +              atomData[7] = q[1];
491 +              atomData[8] = q[2];
492 +              atomData[9] = q[3];
493 +              
494 +              atomData[10] = ji[0];
495 +              atomData[11] = ji[1];
496 +              atomData[12] = ji[2];
497 +            }
498 +            
499 +            // If we've survived to here, format the line:
500 +            
501 +            if (!isDirectional) {
502 +        
503 +              sprintf( writeLine,
504 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
505 +                 atomTypeString,
506 +                 atomData[0],
507 +                 atomData[1],
508 +                 atomData[2],
509 +                 atomData[3],
510 +                 atomData[4],
511 +                 atomData[5]);
512 +        
513 +             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
514 +        
515 +            }
516 +            else {
517 +        
518 +                sprintf( writeLine,
519 +                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520 +                         atomTypeString,
521 +                         atomData[0],
522 +                         atomData[1],
523 +                         atomData[2],
524 +                         atomData[3],
525 +                         atomData[4],
526 +                         atomData[5],
527 +                         atomData[6],
528 +                         atomData[7],
529 +                         atomData[8],
530 +                         atomData[9],
531 +                         atomData[10],
532 +                         atomData[11],
533 +                         atomData[12]);
534 +              
535 +            }
536 +            
537 +            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
538 +              *outFile[k] << writeLine;
539 +            
540 +            
541 +        }//end for(iter = integrableObject.begin())
542 +        
543 +      currentIndex++;
544 +      }
545 +
546 +    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
547      
548 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
549 +      outFile[k]->flush();
550 +    
551 +    sprintf( checkPointMsg,
552 +             "Sucessfully took a dump.\n");
553 +    
554 +    MPIcheckPoint();        
555 +    
556 +    delete[] potatoes;
557 +    
558 +  } else {
559 +
560 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
561 +
562 +    // Set my magic potato to 0:
563 +
564 +    myPotato = 0;
565 +    currentIndex = 0;
566 +    
567 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
568 +      
569 +      // Am I the node which has this integrableObject?
570 +      
571 +      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
572 +
573 +
574 +        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
575 +          
576 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
577 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
578 +          // node 0 says we can go:
579 +          
580 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 +          
582 +        }
583 +
584 +          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
585 +          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
586 +          
587 +          nCurObj = integrableObjects.size();
588 +                      
589 +          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
590 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
591 +          myPotato++;
592 +
593 +          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
594 +
595 +            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
596 +          
597 +              // The potato was going to exceed the maximum value,
598 +              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
599 +              // node 0 says we can go:
600 +          
601 +              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 +              
603 +            }
604 +            
605 +            sd = *iter;
606 +            
607 +            atomTypeString = sd->getType();
608 +
609 +            sd->getPos(pos);
610 +            sd->getVel(vel);
611 +
612 +            atomData[0] = pos[0];
613 +            atomData[1] = pos[1];
614 +            atomData[2] = pos[2];
615 +
616 +            atomData[3] = vel[0];
617 +            atomData[4] = vel[1];
618 +            atomData[5] = vel[2];
619 +              
620 +            isDirectional = 0;
621 +
622 +            if( sd->isDirectional() ){
623 +
624 +                isDirectional = 1;
625 +                
626 +                sd->getQ( q );
627 +                sd->getJ( ji );
628 +                
629 +                
630 +                atomData[6] = q[0];
631 +                atomData[7] = q[1];
632 +                atomData[8] = q[2];
633 +                atomData[9] = q[3];
634 +      
635 +                atomData[10] = ji[0];
636 +                atomData[11] = ji[1];
637 +                atomData[12] = ji[2];
638 +              }
639 +
640 +            
641 +            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
642 +
643 +            // null terminate the string before sending (just in case):
644 +            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
645 +
646 +            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
648 +            
649 +            myPotato++;
650 +            
651 +            if (isDirectional) {
652 +
653 +              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
654 +                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
655 +              
656 +            } else {
657 +
658 +              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
659 +                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
660 +            }
661 +
662 +            myPotato++;  
663 +
664 +          }
665 +
666 +          currentIndex++;    
667 +          
668 +        }
669 +      
670 +      }
671 +
672 +    sprintf( checkPointMsg,
673 +             "Sucessfully took a dump.\n");
674 +    MPIcheckPoint();                
675 +    
676 +    }
677 +
678 +
679 +  
680   #endif // is_mpi
681   }
682 +
683 + #ifdef IS_MPI
684 +
685 + // a couple of functions to let us escape the write loop
686 +
687 + void dWrite::DieDieDie( void ){
688 +
689 +  MPI_Finalize();
690 +  exit (0);
691 + }
692 +
693 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines