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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 417 by gezelter, Thu Mar 27 01:49:45 2003 UTC vs.
Revision 1231 by tim, Thu Jun 3 21:06:51 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _LARGEFILE_SOURCE64
2 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3 >
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
13 < #define TAKE_THIS_TAG 0
13 >
14 > namespace dWrite{
15 >  void DieDieDie( void );
16 > }
17 >
18 > using namespace dWrite;
19   #endif //is_mpi
20  
21   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <
33 <    
34 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
35 <    
27 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
28 <    
29 <    if( !outFile ){
30 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
37 –  
38 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 52 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
63 <  
64 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
65 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
66 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
68 > #ifdef IS_MPI
69  
70 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
71 <  double q[4];
72 <  DirectionalAtom* dAtom;
71 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
72 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
73 <    
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73  
74 < #ifndef IS_MPI
75 <    
76 <  outFile << nAtoms << "\n";
77 <    
78 <  outFile << currentTime << "\t"
79 <          << entry_plug->box_x << "\t"
80 <          << entry_plug->box_y << "\t"
81 <          << entry_plug->box_z << "\n";
82 <    
83 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
84 <      
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77 >  
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <    sprintf( tempBuffer,
87 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
88 <             atoms[i]->getType(),
89 <             atoms[i]->getX(),
90 <             atoms[i]->getY(),
91 <             atoms[i]->getZ(),
92 <             atoms[i]->get_vx(),
94 <             atoms[i]->get_vy(),
95 <             atoms[i]->get_vz());
96 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
97 <
98 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
99 <        
100 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
101 <      dAtom->getQ( q );
102 <        
103 <      sprintf( tempBuffer,
104 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
105 <               q[0],
106 <               q[1],
107 <               q[2],
108 <               q[3],
109 <               dAtom->getJx(),
110 <               dAtom->getJy(),
111 <               dAtom->getJz());
112 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
113 <    }
114 <    else
115 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
116 <      
117 <    outFile << writeLine;
118 <  }
119 <  outFile.flush();
120 <
121 < #else // is_mpi
122 <
123 <  MPI::Status istatus;
124 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93    
94 <  // write out header and node 0's coordinates
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97 <  if( worldRank == 0 ){
98 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <    
131 <    outFile << currentTime << "\t"
132 <            << entry_plug->box_x << "\t"
133 <            << entry_plug->box_y << "\t"
134 <            << entry_plug->box_z << "\n";
135 <    
136 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this atom;
138 <      
139 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 <      
141 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153 <        
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    game_over = -1;
185 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 <  } else {
190 <    
191 <    done = 0;
192 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
100 > #endif
101  
102 <      if (which_atom == -1) {
197 <        done=1;
198 <        continue;
199 <      } else {
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <        //format the line
105 <        sprintf( tempBuffer,
106 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
107 <                 atoms[which_atom]->getType(),
108 <                 atoms[which_atom]->getX(),
109 <                 atoms[which_atom]->getY(),
110 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
111 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
112 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
113 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
114 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
115 <          
116 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
214 <            
215 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
216 <          dAtom->getQ( q );
217 <            
218 <          sprintf( tempBuffer,
219 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
220 <                   q[0],
221 <                   q[1],
222 <                   q[2],
223 <                   q[3],
224 <                   dAtom->getJx(),
225 <                   dAtom->getJy(),
226 <                   dAtom->getJz());
227 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
228 <        }
229 <        else
230 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
231 <        
232 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
233 <                             TAKE_THIS_TAG);
234 <      }
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106 >
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <  }  
119 <  outFile.flush();
238 <  sprintf( checkPointMsg,
239 <           "Sucessfully took a dump.\n");
240 <  MPIcheckPoint();
118 > #ifdef IS_MPI
119 >  }
120   #endif // is_mpi
121 +
122 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124 +
125 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +
127 + #ifdef IS_MPI
128 +  finalOut.close();
129 + #endif
130 +        
131   }
132  
133 < void DumpWriter::writeFinal(){
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
246 –  char finalName[500];
135    ofstream finalOut;
136 +  vector<ofstream*> fileStreams;
137  
249 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
250 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
251 –  char writeLine[BUFFERSIZE];  
252 –
253 –  double q[4];
254 –  DirectionalAtom* dAtom;
255 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
256 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
257 –  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
258 –  
259 –  
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
266 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
275 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
276 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166 +
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i, k;
174 +
175 + #ifdef IS_MPI
176    
177 +  /*********************************************************************
178 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
179 +   *
180 +   * Why all the potatoes below?  
181 +   *
182 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
183 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
184 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
185 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
186 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
187 +   * (and did it twice!).
188 +   *
189 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
190 +   * zero's perspective as follows:
191 +   *
192 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
193 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
194 +   *     you (one at a time).
195 +   *  3) Catch the potatoes.
196 +   *
197 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
198 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
199 +   * need to block the processors atom-by-atom.
200 +   *
201 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
202 +   * way:
203 +   *
204 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
205 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
206 +   *     potatoes at you.
207 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
208 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
209 +   *
210 +   * How's THAT for documentation?
211 +   *
212 +   *********************************************************************/
213 +
214 +  int *potatoes;
215 +  int myPotato;
216 +
217 +  int nProc;
218 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
219 +  double atomData[13];
220 +  int isDirectional;
221 +  char* atomTypeString;
222 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
223 +  int nObjects;
224 +  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
225 + #endif //is_mpi
226 +
227 +  double q[4], ji[3];
228 +  DirectionalAtom* dAtom;
229 +  double pos[3], vel[3];
230 +  int nTotObjects;
231 +  StuntDouble* sd;
232 +  char* molName;
233 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
287 –    
288 –  finalOut << nAtoms << "\n";
289 –    
290 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
291 –           << entry_plug->box_y << "\t"
292 –           << entry_plug->box_z << "\n";
237    
238 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
239 <      
296 <    sprintf( tempBuffer,
297 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
298 <             atoms[i]->getType(),
299 <             atoms[i]->getX(),
300 <             atoms[i]->getY(),
301 <             atoms[i]->getZ(),
302 <             atoms[i]->get_vx(),
303 <             atoms[i]->get_vy(),
304 <             atoms[i]->get_vz());
305 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
238 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240  
241 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
242 <        
243 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
244 <      dAtom->getQ( q );
245 <        
246 <      sprintf( tempBuffer,
247 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
248 <               q[0],
315 <               q[1],
316 <               q[2],
317 <               q[3],
318 <               dAtom->getJx(),
319 <               dAtom->getJy(),
320 <               dAtom->getJz());
321 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
322 <    }
323 <    else
324 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 <      
326 <    finalOut << writeLine;
327 <  }
328 <  finalOut.flush();
329 <  finalOut.close();
241 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
243 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
245 >              
246 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
247 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
249  
250 < #else // is_mpi
251 <  
252 <  MPI::Status istatus;
334 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
250 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
251 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
253  
254 <  // write out header and node 0's coordinates
254 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
255 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256 >  }
257    
258 <  if( worldRank == 0 ){
259 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259 >
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262      
263 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
264 <            << entry_plug->box_y << "\t"
265 <            << entry_plug->box_z << "\n";
266 <    
267 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
268 <      // Get the Node number which has this molecule:
269 <      
270 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
271 <      
272 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
273 <        
274 <        sprintf( tempBuffer,
275 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
276 <                 atoms[i]->getType(),
277 <                 atoms[i]->getX(),
278 <                 atoms[i]->getY(),
279 <                 atoms[i]->getZ(),
280 <                 atoms[i]->get_vx(),
281 <                 atoms[i]->get_vy(),
282 <                 atoms[i]->get_vz());
283 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
284 <        
285 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
286 <          
287 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
288 <          dAtom->getQ( q );
289 <          
290 <          sprintf( tempBuffer,
291 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
292 <                   q[0],
293 <                   q[1],
372 <                   q[2],
373 <                   q[3],
374 <                   dAtom->getJx(),
375 <                   dAtom->getJy(),
376 <                   dAtom->getJz());
377 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
378 <        }
379 <        else
380 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
381 <        
382 <      } else {
383 <        
384 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
385 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
386 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267 >
268 >      sprintf( tempBuffer,
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278 >
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280 >
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283 >
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294        }
295 <      
296 <      finalOut << writeLine;
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297 >    
298 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
299 >        *outFile[k] << writeLine;      
300      }
301 +
302 + }
303 +
304 + #else // is_mpi
305 +
306 +  /* code to find maximum tag value */
307 +  
308 +  int *tagub, flag, MAXTAG;
309 +  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
310 +  if (flag) {
311 +    MAXTAG = *tagub;
312 +  } else {
313 +    MAXTAG = 32767;
314 +  }  
315 +
316 +  int haveError;
317 +
318 +  MPI_Status istatus;
319 +  int nCurObj;
320 +  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321 +
322 +  // write out header and node 0's coordinates
323 +
324 +  if( worldRank == 0 ){
325 +
326 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327 +
328 +    nProc = mpiSim->getNProcessors();
329 +    potatoes = new int[nProc];
330 +
331 +    //write out the comment lines
332 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
333 +      potatoes[i] = 0;
334      
335 <    // kill everyone off:
336 <    game_over = -1;
337 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
338 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
335 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337 >
338 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
342 >
343 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
344 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
346 >
347 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
348 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
350 >  
351 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
352      }
353  
354 +    currentIndex = 0;
355 +
356 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
357 +      
358 +      // Get the Node number which has this atom;
359 +      
360 +      which_node = MolToProcMap[i];
361 +      
362 +      if (which_node != 0) {
363 +        
364 +        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
366 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
367 +
368 +          potatoes[which_node] = 0;          
369 +          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370 +          
371 +        }
372 +
373 +        myPotato = potatoes[which_node];        
374 +
375 +        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 +        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
378 +        myPotato++;
379 +        
380 +        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
381 +
382 +          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
383 +            // The potato was going to exceed the maximum value,
384 +            // so wrap this processor potato back to 0:        
385 +
386 +            potatoes[which_node] = 0;          
387 +            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
388 +            
389 +          }
390 +
391 +          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
392 +          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
393 +
394 +          atomTypeString = MPIatomTypeString;
395 +
396 +          myPotato++;
397 +
398 +          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399 +          myPotato++;
400 +
401 +          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
402 +
403 +          if(msgLen  == 13)
404 +            isDirectional = 1;
405 +          else
406 +            isDirectional = 0;
407 +          
408 +          // If we've survived to here, format the line:
409 +            
410 +          if (!isDirectional) {
411 +        
412 +            sprintf( writeLine,
413 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
414 +                 atomTypeString,
415 +                 atomData[0],
416 +                 atomData[1],
417 +                 atomData[2],
418 +                 atomData[3],
419 +                 atomData[4],
420 +                 atomData[5]);
421 +        
422 +           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
423 +        
424 +          }
425 +          else {
426 +        
427 +                sprintf( writeLine,
428 +                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
429 +                         atomTypeString,
430 +                         atomData[0],
431 +                         atomData[1],
432 +                         atomData[2],
433 +                         atomData[3],
434 +                         atomData[4],
435 +                         atomData[5],
436 +                         atomData[6],
437 +                         atomData[7],
438 +                         atomData[8],
439 +                         atomData[9],
440 +                         atomData[10],
441 +                         atomData[11],
442 +                         atomData[12]);
443 +            
444 +          }
445 +          
446 +          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
447 +            *outFile[k] << writeLine;            
448 +
449 +        }// end for(int l =0)
450 +        potatoes[which_node] = myPotato;
451 +
452 +      }
453 +      else {
454 +        
455 +        haveError = 0;
456 +        
457 +            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
458 +
459 +        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
460 +
461 +        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
462 +                sd = *iter;
463 +            atomTypeString = sd->getType();
464 +            
465 +            sd->getPos(pos);
466 +            sd->getVel(vel);          
467 +          
468 +            atomData[0] = pos[0];
469 +            atomData[1] = pos[1];
470 +            atomData[2] = pos[2];
471 +
472 +            atomData[3] = vel[0];
473 +            atomData[4] = vel[1];
474 +            atomData[5] = vel[2];
475 +              
476 +            isDirectional = 0;
477 +
478 +            if( sd->isDirectional() ){
479 +
480 +              isDirectional = 1;
481 +                
482 +              sd->getQ( q );
483 +              sd->getJ( ji );
484 +
485 +              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
486 +                atomData[j] = atomData[j];            
487 +              
488 +              atomData[6] = q[0];
489 +              atomData[7] = q[1];
490 +              atomData[8] = q[2];
491 +              atomData[9] = q[3];
492 +              
493 +              atomData[10] = ji[0];
494 +              atomData[11] = ji[1];
495 +              atomData[12] = ji[2];
496 +            }
497 +            
498 +            // If we've survived to here, format the line:
499 +            
500 +            if (!isDirectional) {
501 +        
502 +              sprintf( writeLine,
503 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504 +                 atomTypeString,
505 +                 atomData[0],
506 +                 atomData[1],
507 +                 atomData[2],
508 +                 atomData[3],
509 +                 atomData[4],
510 +                 atomData[5]);
511 +        
512 +             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
513 +        
514 +            }
515 +            else {
516 +        
517 +                sprintf( writeLine,
518 +                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
519 +                         atomTypeString,
520 +                         atomData[0],
521 +                         atomData[1],
522 +                         atomData[2],
523 +                         atomData[3],
524 +                         atomData[4],
525 +                         atomData[5],
526 +                         atomData[6],
527 +                         atomData[7],
528 +                         atomData[8],
529 +                         atomData[9],
530 +                         atomData[10],
531 +                         atomData[11],
532 +                         atomData[12]);
533 +              
534 +            }
535 +            
536 +            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
537 +              *outFile[k] << writeLine;
538 +            
539 +            
540 +        }//end for(iter = integrableObject.begin())
541 +        
542 +      currentIndex++;
543 +      }
544 +
545 +    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
546 +    
547 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
548 +      outFile[k]->flush();
549 +    
550 +    sprintf( checkPointMsg,
551 +             "Sucessfully took a dump.\n");
552 +    
553 +    MPIcheckPoint();        
554 +    
555 +    delete[] potatoes;
556 +    
557    } else {
558 +
559 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
560 +
561 +    // Set my magic potato to 0:
562 +
563 +    myPotato = 0;
564 +    currentIndex = 0;
565      
566 <    done = 0;
567 <    while (!done) {
568 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
569 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
566 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
567 >      
568 >      // Am I the node which has this integrableObject?
569 >      
570 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
571  
405 –      if (which_atom == -1) {
406 –        done=1;
407 –        continue;
408 –      } else {
572  
573 <        //format the line
411 <        sprintf( tempBuffer,
412 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
413 <                 atoms[which_atom]->getType(),
414 <                 atoms[which_atom]->getX(),
415 <                 atoms[which_atom]->getY(),
416 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
417 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
418 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
419 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
420 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
573 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
574            
575 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
576 <            
577 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
578 <          dAtom->getQ( q );
579 <            
580 <          sprintf( tempBuffer,
581 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
582 <                   q[0],
583 <                   q[1],
584 <                   q[2],
585 <                   q[3],
586 <                   dAtom->getJx(),
587 <                   dAtom->getJy(),
588 <                   dAtom->getJz());
589 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
590 <        }
591 <        else
592 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
593 <        
594 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
595 <                             TAKE_THIS_TAG);
575 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
576 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
577 >          // node 0 says we can go:
578 >          
579 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 >          
581 >        }
582 >
583 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
584 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
585 >          
586 >          nCurObj = integrableObjects.size();
587 >                      
588 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
589 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
590 >          myPotato++;
591 >
592 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
593 >
594 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
595 >          
596 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
597 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
598 >              // node 0 says we can go:
599 >          
600 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
601 >              
602 >            }
603 >            
604 >            sd = *iter;
605 >            
606 >            atomTypeString = sd->getType();
607 >
608 >            sd->getPos(pos);
609 >            sd->getVel(vel);
610 >
611 >            atomData[0] = pos[0];
612 >            atomData[1] = pos[1];
613 >            atomData[2] = pos[2];
614 >
615 >            atomData[3] = vel[0];
616 >            atomData[4] = vel[1];
617 >            atomData[5] = vel[2];
618 >              
619 >            isDirectional = 0;
620 >
621 >            if( sd->isDirectional() ){
622 >
623 >                isDirectional = 1;
624 >                
625 >                sd->getQ( q );
626 >                sd->getJ( ji );
627 >                
628 >                
629 >                atomData[6] = q[0];
630 >                atomData[7] = q[1];
631 >                atomData[8] = q[2];
632 >                atomData[9] = q[3];
633 >      
634 >                atomData[10] = ji[0];
635 >                atomData[11] = ji[1];
636 >                atomData[12] = ji[2];
637 >              }
638 >
639 >            
640 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
641 >
642 >            // null terminate the string before sending (just in case):
643 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
644 >
645 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
646 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
647 >            
648 >            myPotato++;
649 >            
650 >            if (isDirectional) {
651 >
652 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
653 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
654 >              
655 >            } else {
656 >
657 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
658 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
659 >            }
660 >
661 >            myPotato++;  
662 >
663 >          }
664 >
665 >          currentIndex++;    
666 >          
667 >        }
668 >      
669        }
670 +
671 +    sprintf( checkPointMsg,
672 +             "Sucessfully took a dump.\n");
673 +    MPIcheckPoint();                
674 +    
675      }
445 –  }  
446 –  finalOut.flush();
447 –  sprintf( checkPointMsg,
448 –           "Sucessfully took a dump.\n");
449 –  MPIcheckPoint();
676  
677 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
677 >
678 >  
679   #endif // is_mpi
680   }
681 +
682 + #ifdef IS_MPI
683 +
684 + // a couple of functions to let us escape the write loop
685 +
686 + void dWrite::DieDieDie( void ){
687 +
688 +  MPI_Finalize();
689 +  exit (0);
690 + }
691 +
692 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines