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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC vs.
Revision 1231 by tim, Thu Jun 3 21:06:51 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
# Line 28 | Line 29 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31  
31 –
32      dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33  
34      if( !dumpFile ){
# Line 40 | Line 40 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
40        simError();
41      }
42  
43 –    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 –    if( !finalOut ){
45 –      sprintf( painCave.errMsg,
46 –               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 –               entry_plug->finalName );
48 –      painCave.isFatal = 1;
49 –      simError();
50 –    }
51 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
# Line 68 | Line 59 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
59   #endif // is_mpi
60  
61      dumpFile.close();
71 –    finalOut.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
# Line 98 | Line 88 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
88   */
89  
90   void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 <  
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92    indexArray.clear();
93    
94 <  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 <    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98   }
99 +
100   #endif
101  
102   void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 +  ofstream finalOut;
105    vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107   #ifdef IS_MPI
108    if(worldRank == 0 ){
109 <    finalOut.seekp(0);
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117 >    }
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120   #endif // is_mpi
121  
# Line 123 | Line 123 | void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
123    fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125    writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +
127 + #ifdef IS_MPI
128 +  finalOut.close();
129 + #endif
130          
131   }
132  
133   void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 +  ofstream finalOut;
136    vector<ofstream*> fileStreams;
137  
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140 <    finalOut.seekp(0);
140 > #endif // is_mpi
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144 >    if( !finalOut ){
145 >      sprintf( painCave.errMsg,
146 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 >               entry_plug->finalName );
148 >      painCave.isFatal = 1;
149 >      simError();
150 >    }
151 >
152 > #ifdef IS_MPI
153    }
154   #endif // is_mpi
155    
156    fileStreams.push_back(&finalOut);  
157    writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 +
159 + #ifdef IS_MPI
160 +  finalOut.close();
161 + #endif
162    
163   }
164  
# Line 146 | Line 167 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
167    const int BUFFERSIZE = 2000;
168    const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169  
170 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
170 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171    char writeLine[BUFFERSIZE];
172  
173    int i, k;
174  
175   #ifdef IS_MPI
176    
177 +  /*********************************************************************
178 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
179 +   *
180 +   * Why all the potatoes below?  
181 +   *
182 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
183 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
184 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
185 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
186 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
187 +   * (and did it twice!).
188 +   *
189 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
190 +   * zero's perspective as follows:
191 +   *
192 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
193 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
194 +   *     you (one at a time).
195 +   *  3) Catch the potatoes.
196 +   *
197 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
198 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
199 +   * need to block the processors atom-by-atom.
200 +   *
201 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
202 +   * way:
203 +   *
204 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
205 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
206 +   *     potatoes at you.
207 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
208 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
209 +   *
210 +   * How's THAT for documentation?
211 +   *
212 +   *********************************************************************/
213 +
214    int *potatoes;
215    int myPotato;
216  
217    int nProc;
218    int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
219 <  double atomData6[6];
162 <  double atomData13[13];
219 >  double atomData[13];
220    int isDirectional;
221    char* atomTypeString;
222    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
223 <
224 < #else //is_mpi
168 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
223 >  int nObjects;
224 >  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
225   #endif //is_mpi
226  
227 <  double q[4];
227 >  double q[4], ji[3];
228    DirectionalAtom* dAtom;
173 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
229    double pos[3], vel[3];
230 <
230 >  int nTotObjects;
231 >  StuntDouble* sd;
232 >  char* molName;
233 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
237    
238    for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 <    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240  
241      *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242                 << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 195 | Line 255 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
255      *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256    }
257    
258 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259  
260 <    atoms[i]->getPos(pos);
261 <    atoms[i]->getVel(vel);
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262 >    
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267  
268 <    sprintf( tempBuffer,
269 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 <             atoms[i]->getType(),
271 <             pos[0],
272 <             pos[1],
273 <             pos[2],
274 <             vel[0],
275 <             vel[1],
276 <             vel[2]);
277 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 >      sprintf( tempBuffer,
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278  
279 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280  
281 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
282 <      dAtom->getQ( q );
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283  
284 <      sprintf( tempBuffer,
285 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 <               q[0],
287 <               q[1],
288 <               q[2],
289 <               q[3],
290 <               dAtom->getJx(),
291 <               dAtom->getJy(),
292 <               dAtom->getJz());
293 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
294 <    }
295 <    else
296 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294 >      }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297 >    
298 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
299 >        *outFile[k] << writeLine;      
300 >    }
301  
302 <    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 <      *outFile[k] << writeLine;
235 <  }
302 > }
303  
304   #else // is_mpi
305  
# Line 249 | Line 316 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
316    int haveError;
317  
318    MPI_Status istatus;
319 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
319 >  int nCurObj;
320 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321  
322    // write out header and node 0's coordinates
323  
# Line 257 | Line 325 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
325  
326      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327  
328 <    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
328 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
329      potatoes = new int[nProc];
330  
331      //write out the comment lines
# Line 265 | Line 333 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
333        potatoes[i] = 0;
334      
335        for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 <        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337  
338          *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339                           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 285 | Line 353 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
353  
354      currentIndex = 0;
355  
356 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
357        
358        // Get the Node number which has this atom;
359        
360 <      which_node = AtomToProcMap[i];
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361        
362        if (which_node != 0) {
363 <
364 <        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365            // The potato was going to exceed the maximum value,
366            // so wrap this processor potato back to 0:        
367  
368            potatoes[which_node] = 0;          
369 <          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
369 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370            
371          }
372  
373          myPotato = potatoes[which_node];        
306 –        
307 –        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 –                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 –        
310 –        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311 –        
312 –        myPotato++;
374  
375 <        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 –              
378          myPotato++;
318 –
319 –        if (isDirectional) {          
320 –          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 –        } else {
323 –          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325 –        }
379          
380 <        myPotato++;
328 <        potatoes[which_node] = myPotato;
380 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
381  
382 <      } else {
383 <        
384 <        haveError = 0;
333 <              which_atom = i;
334 <        
335 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 <                
337 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 <          
339 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
382 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
383 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
384 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
385  
386 <                atoms[local_index]->getPos(pos);
387 <                atoms[local_index]->getVel(vel);          
386 >            potatoes[which_node] = 0;          
387 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
388 >            
389 >          }
390  
391 <          atomData6[0] = pos[0];
392 <          atomData6[1] = pos[1];
346 <          atomData6[2] = pos[2];
391 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
392 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
393  
394 <          atomData6[3] = vel[0];
349 <          atomData6[4] = vel[1];
350 <          atomData6[5] = vel[2];
351 <          
352 <          isDirectional = 0;
394 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
395  
396 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
396 >          myPotato++;
397  
398 +          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399 +          myPotato++;
400 +
401 +          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
402 +
403 +          if(msgLen  == 13)
404              isDirectional = 1;
405 +          else
406 +            isDirectional = 0;
407 +          
408 +          // If we've survived to here, format the line:
409              
410 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411 <            dAtom->getQ( q );
412 <
413 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 <              atomData13[j] = atomData6[j];            
410 >          if (!isDirectional) {
411 >        
412 >            sprintf( writeLine,
413 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
414 >                 atomTypeString,
415 >                 atomData[0],
416 >                 atomData[1],
417 >                 atomData[2],
418 >                 atomData[3],
419 >                 atomData[4],
420 >                 atomData[5]);
421 >        
422 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
423 >        
424 >          }
425 >          else {
426 >        
427 >                sprintf( writeLine,
428 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
429 >                         atomTypeString,
430 >                         atomData[0],
431 >                         atomData[1],
432 >                         atomData[2],
433 >                         atomData[3],
434 >                         atomData[4],
435 >                         atomData[5],
436 >                         atomData[6],
437 >                         atomData[7],
438 >                         atomData[8],
439 >                         atomData[9],
440 >                         atomData[10],
441 >                         atomData[11],
442 >                         atomData[12]);
443              
364 –            atomData13[6] = q[0];
365 –            atomData13[7] = q[1];
366 –            atomData13[8] = q[2];
367 –            atomData13[9] = q[3];
368 –            
369 –            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 –            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 –            atomData13[12] = dAtom->getJz();
444            }
445            
446 <        } else {
447 <          sprintf(painCave.errMsg,
448 <                              "Atom %d not found on processor %d\n",
449 <                              i, worldRank );
450 <                haveError= 1;
451 <                simError();
452 <              }
446 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
447 >            *outFile[k] << writeLine;            
448 >
449 >        }// end for(int l =0)
450 >        potatoes[which_node] = myPotato;
451 >
452 >      }
453 >      else {
454          
455 <        if(haveError) DieDieDie();
455 >        haveError = 0;
456          
457 <        currentIndex ++;
385 <      }
386 <      // If we've survived to here, format the line:
387 <      
388 <      if (!isDirectional) {
389 <        
390 <        sprintf( writeLine,
391 <                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 <                             atomTypeString,
393 <                             atomData6[0],
394 <                             atomData6[1],
395 <                             atomData6[2],
396 <                             atomData6[3],
397 <                             atomData6[4],
398 <                             atomData6[5]);
457 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
458  
459 <              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
460 <        
461 <      } else {
462 <        
463 <              sprintf( writeLine,
464 <                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
465 <                             atomTypeString,
466 <                             atomData13[0],
467 <                             atomData13[1],
468 <                             atomData13[2],
469 <                             atomData13[3],
470 <                             atomData13[4],
471 <                             atomData13[5],
472 <                             atomData13[6],
473 <                             atomData13[7],
474 <                             atomData13[8],
475 <                             atomData13[9],
476 <                             atomData13[10],
477 <                             atomData13[11],
478 <                             atomData13[12]);
459 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
460 >
461 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
462 >                sd = *iter;
463 >            atomTypeString = sd->getType();
464 >            
465 >            sd->getPos(pos);
466 >            sd->getVel(vel);          
467 >          
468 >            atomData[0] = pos[0];
469 >            atomData[1] = pos[1];
470 >            atomData[2] = pos[2];
471 >
472 >            atomData[3] = vel[0];
473 >            atomData[4] = vel[1];
474 >            atomData[5] = vel[2];
475 >              
476 >            isDirectional = 0;
477 >
478 >            if( sd->isDirectional() ){
479 >
480 >              isDirectional = 1;
481 >                
482 >              sd->getQ( q );
483 >              sd->getJ( ji );
484 >
485 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
486 >                atomData[j] = atomData[j];            
487 >              
488 >              atomData[6] = q[0];
489 >              atomData[7] = q[1];
490 >              atomData[8] = q[2];
491 >              atomData[9] = q[3];
492 >              
493 >              atomData[10] = ji[0];
494 >              atomData[11] = ji[1];
495 >              atomData[12] = ji[2];
496 >            }
497 >            
498 >            // If we've survived to here, format the line:
499 >            
500 >            if (!isDirectional) {
501 >        
502 >              sprintf( writeLine,
503 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504 >                 atomTypeString,
505 >                 atomData[0],
506 >                 atomData[1],
507 >                 atomData[2],
508 >                 atomData[3],
509 >                 atomData[4],
510 >                 atomData[5]);
511 >        
512 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
513 >        
514 >            }
515 >            else {
516 >        
517 >                sprintf( writeLine,
518 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
519 >                         atomTypeString,
520 >                         atomData[0],
521 >                         atomData[1],
522 >                         atomData[2],
523 >                         atomData[3],
524 >                         atomData[4],
525 >                         atomData[5],
526 >                         atomData[6],
527 >                         atomData[7],
528 >                         atomData[8],
529 >                         atomData[9],
530 >                         atomData[10],
531 >                         atomData[11],
532 >                         atomData[12]);
533 >              
534 >            }
535 >            
536 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
537 >              *outFile[k] << writeLine;
538 >            
539 >            
540 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
541          
542 +      currentIndex++;
543        }
544 <      
545 <      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 <        *outFile[k] << writeLine;
425 <    }
544 >
545 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
546      
547      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
548        outFile[k]->flush();
549      
550      sprintf( checkPointMsg,
551               "Sucessfully took a dump.\n");
552 <
552 >    
553      MPIcheckPoint();        
554 <
554 >    
555      delete[] potatoes;
556 <
556 >    
557    } else {
558  
559      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
# Line 443 | Line 563 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
563      myPotato = 0;
564      currentIndex = 0;
565      
566 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
566 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
567        
568 <      // Am I the node which has this atom?
568 >      // Am I the node which has this integrableObject?
569        
570 <      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
570 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
571  
452 –        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
572  
573 +        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
574 +          
575            // The potato was going to exceed the maximum value,
576            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
577            // node 0 says we can go:
578 <
578 >          
579            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580            
581          }
461 –        which_atom = i;
462 –        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 –                
464 –        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 –        
466 –          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
582  
583 <                atoms[local_index]->getPos(pos);
584 <                atoms[local_index]->getVel(vel);
470 <
471 <          atomData6[0] = pos[0];
472 <          atomData6[1] = pos[1];
473 <          atomData6[2] = pos[2];
474 <
475 <          atomData6[3] = vel[0];
476 <          atomData6[4] = vel[1];
477 <          atomData6[5] = vel[2];
583 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
584 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
585            
586 <          isDirectional = 0;
586 >          nCurObj = integrableObjects.size();
587 >                      
588 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
589 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
590 >          myPotato++;
591  
592 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
592 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
593  
594 <            isDirectional = 1;
594 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
595 >          
596 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
597 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
598 >              // node 0 says we can go:
599 >          
600 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
601 >              
602 >            }
603              
604 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486 <            dAtom->getQ( q );
604 >            sd = *iter;
605              
606 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 <              atomData13[j] = atomData6[j];
490 <            
491 <            atomData13[6] = q[0];
492 <            atomData13[7] = q[1];
493 <            atomData13[8] = q[2];
494 <            atomData13[9] = q[3];
495 <  
496 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499 <          }
606 >            atomTypeString = sd->getType();
607  
608 <        } else {
609 <                sprintf(painCave.errMsg,
503 <                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 <                              i, worldRank );
505 <                haveError= 1;
506 <                simError();
507 <              }
608 >            sd->getPos(pos);
609 >            sd->getVel(vel);
610  
611 <        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
611 >            atomData[0] = pos[0];
612 >            atomData[1] = pos[1];
613 >            atomData[2] = pos[2];
614  
615 <        // null terminate the string before sending (just in case):
616 <        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
615 >            atomData[3] = vel[0];
616 >            atomData[4] = vel[1];
617 >            atomData[5] = vel[2];
618 >              
619 >            isDirectional = 0;
620  
621 <        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516 <        
517 <        myPotato++;
621 >            if( sd->isDirectional() ){
622  
623 <        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
624 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
625 <        
626 <        myPotato++;
627 <        
628 <        if (isDirectional) {
623 >                isDirectional = 1;
624 >                
625 >                sd->getQ( q );
626 >                sd->getJ( ji );
627 >                
628 >                
629 >                atomData[6] = q[0];
630 >                atomData[7] = q[1];
631 >                atomData[8] = q[2];
632 >                atomData[9] = q[3];
633 >      
634 >                atomData[10] = ji[0];
635 >                atomData[11] = ji[1];
636 >                atomData[12] = ji[2];
637 >              }
638  
639 <          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
640 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528 <          
529 <        } else {
639 >            
640 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
641  
642 <          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
643 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533 <        }
642 >            // null terminate the string before sending (just in case):
643 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
644  
645 <        myPotato++;  
646 <        currentIndex++;    
645 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
646 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
647 >            
648 >            myPotato++;
649 >            
650 >            if (isDirectional) {
651 >
652 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
653 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
654 >              
655 >            } else {
656 >
657 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
658 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
659 >            }
660 >
661 >            myPotato++;  
662 >
663 >          }
664 >
665 >          currentIndex++;    
666 >          
667 >        }
668 >      
669        }
538 –    }
670  
671      sprintf( checkPointMsg,
672               "Sucessfully took a dump.\n");
673 <    MPIcheckPoint();        
673 >    MPIcheckPoint();                
674      
675 <  }
675 >    }
676 >
677 >
678    
679   #endif // is_mpi
680   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines