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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 419 by gezelter, Thu Mar 27 15:07:29 2003 UTC vs.
Revision 1231 by tim, Thu Jun 3 21:06:51 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _LARGEFILE_SOURCE64
2 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3 >
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
13 < #define TAKE_THIS_TAG 0
13 >
14 > namespace dWrite{
15 >  void DieDieDie( void );
16 > }
17 >
18 > using namespace dWrite;
19   #endif //is_mpi
20  
21   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <
33 <    
34 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
35 <    
27 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
28 <    
29 <    if( !outFile ){
30 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
37 –  
38 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 52 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
79 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
80 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
87 <  double q[4];
88 <  DirectionalAtom* dAtom;
89 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
90 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
91 <    
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 < #ifndef IS_MPI
76 <    
77 <  outFile << nAtoms << "\n";
78 <    
79 <  outFile << currentTime << "\t"
80 <          << entry_plug->box_x << "\t"
81 <          << entry_plug->box_y << "\t"
82 <          << entry_plug->box_z << "\n";
83 <    
84 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
85 <      
100 > #endif
101  
102 <    sprintf( tempBuffer,
88 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
89 <             atoms[i]->getType(),
90 <             atoms[i]->getX(),
91 <             atoms[i]->getY(),
92 <             atoms[i]->getZ(),
93 <             atoms[i]->get_vx(),
94 <             atoms[i]->get_vy(),
95 <             atoms[i]->get_vz());
96 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
105 <        
106 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
107 <      dAtom->getQ( q );
108 <        
109 <      sprintf( tempBuffer,
110 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
111 <               q[0],
112 <               q[1],
113 <               q[2],
114 <               q[3],
115 <               dAtom->getJx(),
116 <               dAtom->getJy(),
111 <               dAtom->getJz());
112 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106 >
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <    else
115 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
116 <      
117 <    outFile << writeLine;
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120 <  outFile.flush();
120 > #endif // is_mpi
121  
122 < #else // is_mpi
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <  MPI::Status istatus;
124 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
125 <  
126 <  // write out header and node 0's coordinates
127 <  
128 <  if( worldRank == 0 ){
129 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <    
131 <    outFile << currentTime << "\t"
132 <            << entry_plug->box_x << "\t"
133 <            << entry_plug->box_y << "\t"
134 <            << entry_plug->box_z << "\n";
135 <    
136 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this atom;
138 <      
139 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 <      
141 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153 <        
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    game_over = -1;
185 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <  } else {
128 <    
129 <    done = 0;
130 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 <      
196 <      if (which_atom == -1) {
197 <        done=1;
198 <        continue;
199 <      } else {
200 <        local_index=-1;        
201 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
202 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
203 <        }
204 <        if (local_index != -1) {
205 <          //format the line
206 <          sprintf( tempBuffer,
207 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
208 <                   atoms[local_index]->getType(),
209 <                   atoms[local_index]->getX(),
210 <                   atoms[local_index]->getY(),
211 <                   atoms[local_index]->getZ(),
212 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
213 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
214 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
215 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
216 <          
217 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
218 <            
219 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
220 <            dAtom->getQ( q );
221 <            
222 <            sprintf( tempBuffer,
223 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
224 <                     q[0],
225 <                     q[1],
226 <                     q[2],
227 <                     q[3],
228 <                     dAtom->getJx(),
229 <                     dAtom->getJy(),
230 <                     dAtom->getJz());
231 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
232 <          }
233 <          else
234 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
235 <          
236 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
237 <                               TAKE_THIS_TAG);
238 <        } else {
239 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
240 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
241 <                               TAKE_THIS_TAG);
242 <        }
243 <      }
244 <    }
245 <  }  
246 <  outFile.flush();
247 <  sprintf( checkPointMsg,
248 <           "Sucessfully took a dump.\n");
249 <  MPIcheckPoint();
250 < #endif // is_mpi
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131   }
132  
133 < void DumpWriter::writeFinal(){
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
255 –  char finalName[500];
135    ofstream finalOut;
136 +  vector<ofstream*> fileStreams;
137  
258 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
259 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
260 –  char writeLine[BUFFERSIZE];  
261 –
262 –  double q[4];
263 –  DirectionalAtom* dAtom;
264 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
265 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
266 –  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
267 –  
268 –  
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
275 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
284 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
285 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166 +
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i, k;
174 +
175 + #ifdef IS_MPI
176    
177 +  /*********************************************************************
178 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
179 +   *
180 +   * Why all the potatoes below?  
181 +   *
182 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
183 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
184 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
185 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
186 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
187 +   * (and did it twice!).
188 +   *
189 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
190 +   * zero's perspective as follows:
191 +   *
192 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
193 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
194 +   *     you (one at a time).
195 +   *  3) Catch the potatoes.
196 +   *
197 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
198 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
199 +   * need to block the processors atom-by-atom.
200 +   *
201 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
202 +   * way:
203 +   *
204 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
205 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
206 +   *     potatoes at you.
207 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
208 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
209 +   *
210 +   * How's THAT for documentation?
211 +   *
212 +   *********************************************************************/
213 +
214 +  int *potatoes;
215 +  int myPotato;
216 +
217 +  int nProc;
218 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
219 +  double atomData[13];
220 +  int isDirectional;
221 +  char* atomTypeString;
222 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
223 +  int nObjects;
224 +  int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
225 + #endif //is_mpi
226 +
227 +  double q[4], ji[3];
228 +  DirectionalAtom* dAtom;
229 +  double pos[3], vel[3];
230 +  int nTotObjects;
231 +  StuntDouble* sd;
232 +  char* molName;
233 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
296 –    
297 –  finalOut << nAtoms << "\n";
298 –    
299 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
300 –           << entry_plug->box_y << "\t"
301 –           << entry_plug->box_z << "\n";
237    
238 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
239 <      
305 <    sprintf( tempBuffer,
306 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
307 <             atoms[i]->getType(),
308 <             atoms[i]->getX(),
309 <             atoms[i]->getY(),
310 <             atoms[i]->getZ(),
311 <             atoms[i]->get_vx(),
312 <             atoms[i]->get_vy(),
313 <             atoms[i]->get_vz());
314 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
238 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240  
241 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
242 <        
243 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
244 <      dAtom->getQ( q );
245 <        
246 <      sprintf( tempBuffer,
247 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
248 <               q[0],
324 <               q[1],
325 <               q[2],
326 <               q[3],
327 <               dAtom->getJx(),
328 <               dAtom->getJy(),
329 <               dAtom->getJz());
330 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
331 <    }
332 <    else
333 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
334 <      
335 <    finalOut << writeLine;
336 <  }
337 <  finalOut.flush();
338 <  finalOut.close();
241 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
243 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
245 >              
246 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
247 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
249  
250 < #else // is_mpi
251 <  
252 <  MPI::Status istatus;
343 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
250 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
251 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
253  
254 <  // write out header and node 0's coordinates
254 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
255 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256 >  }
257    
258 <  if( worldRank == 0 ){
259 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259 >
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262      
263 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
264 <            << entry_plug->box_y << "\t"
265 <            << entry_plug->box_z << "\n";
266 <    
267 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
268 <      // Get the Node number which has this molecule:
269 <      
270 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
271 <      
272 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
273 <        
274 <        sprintf( tempBuffer,
275 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
276 <                 atoms[i]->getType(),
277 <                 atoms[i]->getX(),
278 <                 atoms[i]->getY(),
279 <                 atoms[i]->getZ(),
280 <                 atoms[i]->get_vx(),
281 <                 atoms[i]->get_vy(),
282 <                 atoms[i]->get_vz());
283 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
284 <        
285 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
286 <          
287 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
288 <          dAtom->getQ( q );
289 <          
290 <          sprintf( tempBuffer,
291 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
292 <                   q[0],
293 <                   q[1],
381 <                   q[2],
382 <                   q[3],
383 <                   dAtom->getJx(),
384 <                   dAtom->getJy(),
385 <                   dAtom->getJz());
386 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
387 <        }
388 <        else
389 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
390 <        
391 <      } else {
392 <        
393 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
394 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
395 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267 >
268 >      sprintf( tempBuffer,
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278 >
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280 >
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283 >
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294        }
295 <      
296 <      finalOut << writeLine;
399 <    }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297      
298 <    // kill everyone off:
299 <    game_over = -1;
403 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
404 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
298 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
299 >        *outFile[k] << writeLine;      
300      }
301  
302 + }
303 +
304 + #else // is_mpi
305 +
306 +  /* code to find maximum tag value */
307 +  
308 +  int *tagub, flag, MAXTAG;
309 +  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
310 +  if (flag) {
311 +    MAXTAG = *tagub;
312    } else {
313 +    MAXTAG = 32767;
314 +  }  
315 +
316 +  int haveError;
317 +
318 +  MPI_Status istatus;
319 +  int nCurObj;
320 +  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321 +
322 +  // write out header and node 0's coordinates
323 +
324 +  if( worldRank == 0 ){
325 +
326 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327 +
328 +    nProc = mpiSim->getNProcessors();
329 +    potatoes = new int[nProc];
330 +
331 +    //write out the comment lines
332 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
333 +      potatoes[i] = 0;
334      
335 <    done = 0;
336 <    while (!done) {
411 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
412 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
335 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337  
338 <      if (which_atom == -1) {
339 <        done=1;
340 <        continue;
341 <      } else {
338 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
342  
343 <        local_index=-1;        
344 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
345 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
343 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
344 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
346 >
347 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
348 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
350 >  
351 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
352 >    }
353 >
354 >    currentIndex = 0;
355 >
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
357 >      
358 >      // Get the Node number which has this atom;
359 >      
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361 >      
362 >      if (which_node != 0) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
366 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
367 >
368 >          potatoes[which_node] = 0;          
369 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370 >          
371          }
423 –        if (local_index != -1) {
372  
373 <          //format the line
374 <          sprintf( tempBuffer,
375 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
376 <                   atoms[local_index]->getType(),
377 <                   atoms[local_index]->getX(),
378 <                   atoms[local_index]->getY(),
379 <                   atoms[local_index]->getZ(),
380 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
381 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
382 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
383 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
384 <          
385 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
373 >        myPotato = potatoes[which_node];        
374 >
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
378 >        myPotato++;
379 >        
380 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
381 >
382 >          if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
383 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
384 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
385 >
386 >            potatoes[which_node] = 0;          
387 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
388              
439 –            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
440 –            dAtom->getQ( q );
441 –            
442 –            sprintf( tempBuffer,
443 –                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
444 –                     q[0],
445 –                     q[1],
446 –                     q[2],
447 –                     q[3],
448 –                     dAtom->getJx(),
449 –                     dAtom->getJy(),
450 –                     dAtom->getJz());
451 –            strcat( writeLine, tempBuffer );
389            }
390 +
391 +          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
392 +          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
393 +
394 +          atomTypeString = MPIatomTypeString;
395 +
396 +          myPotato++;
397 +
398 +          MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399 +          myPotato++;
400 +
401 +          MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
402 +
403 +          if(msgLen  == 13)
404 +            isDirectional = 1;
405            else
406 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
406 >            isDirectional = 0;
407            
408 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
409 <                               TAKE_THIS_TAG);
410 <        } else {
411 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
412 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
413 <                               TAKE_THIS_TAG);
408 >          // If we've survived to here, format the line:
409 >            
410 >          if (!isDirectional) {
411 >        
412 >            sprintf( writeLine,
413 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
414 >                 atomTypeString,
415 >                 atomData[0],
416 >                 atomData[1],
417 >                 atomData[2],
418 >                 atomData[3],
419 >                 atomData[4],
420 >                 atomData[5]);
421 >        
422 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
423 >        
424 >          }
425 >          else {
426 >        
427 >                sprintf( writeLine,
428 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
429 >                         atomTypeString,
430 >                         atomData[0],
431 >                         atomData[1],
432 >                         atomData[2],
433 >                         atomData[3],
434 >                         atomData[4],
435 >                         atomData[5],
436 >                         atomData[6],
437 >                         atomData[7],
438 >                         atomData[8],
439 >                         atomData[9],
440 >                         atomData[10],
441 >                         atomData[11],
442 >                         atomData[12]);
443 >            
444 >          }
445 >          
446 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
447 >            *outFile[k] << writeLine;            
448 >
449 >        }// end for(int l =0)
450 >        potatoes[which_node] = myPotato;
451 >
452 >      }
453 >      else {
454 >        
455 >        haveError = 0;
456 >        
457 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
458 >
459 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
460 >
461 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
462 >                sd = *iter;
463 >            atomTypeString = sd->getType();
464 >            
465 >            sd->getPos(pos);
466 >            sd->getVel(vel);          
467 >          
468 >            atomData[0] = pos[0];
469 >            atomData[1] = pos[1];
470 >            atomData[2] = pos[2];
471 >
472 >            atomData[3] = vel[0];
473 >            atomData[4] = vel[1];
474 >            atomData[5] = vel[2];
475 >              
476 >            isDirectional = 0;
477 >
478 >            if( sd->isDirectional() ){
479 >
480 >              isDirectional = 1;
481 >                
482 >              sd->getQ( q );
483 >              sd->getJ( ji );
484 >
485 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
486 >                atomData[j] = atomData[j];            
487 >              
488 >              atomData[6] = q[0];
489 >              atomData[7] = q[1];
490 >              atomData[8] = q[2];
491 >              atomData[9] = q[3];
492 >              
493 >              atomData[10] = ji[0];
494 >              atomData[11] = ji[1];
495 >              atomData[12] = ji[2];
496 >            }
497 >            
498 >            // If we've survived to here, format the line:
499 >            
500 >            if (!isDirectional) {
501 >        
502 >              sprintf( writeLine,
503 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504 >                 atomTypeString,
505 >                 atomData[0],
506 >                 atomData[1],
507 >                 atomData[2],
508 >                 atomData[3],
509 >                 atomData[4],
510 >                 atomData[5]);
511 >        
512 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
513 >        
514 >            }
515 >            else {
516 >        
517 >                sprintf( writeLine,
518 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
519 >                         atomTypeString,
520 >                         atomData[0],
521 >                         atomData[1],
522 >                         atomData[2],
523 >                         atomData[3],
524 >                         atomData[4],
525 >                         atomData[5],
526 >                         atomData[6],
527 >                         atomData[7],
528 >                         atomData[8],
529 >                         atomData[9],
530 >                         atomData[10],
531 >                         atomData[11],
532 >                         atomData[12]);
533 >              
534 >            }
535 >            
536 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
537 >              *outFile[k] << writeLine;
538 >            
539 >            
540 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
541 >        
542 >      currentIndex++;
543 >      }
544 >
545 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
546 >    
547 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
548 >      outFile[k]->flush();
549 >    
550 >    sprintf( checkPointMsg,
551 >             "Sucessfully took a dump.\n");
552 >    
553 >    MPIcheckPoint();        
554 >    
555 >    delete[] potatoes;
556 >    
557 >  } else {
558 >
559 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
560 >
561 >    // Set my magic potato to 0:
562 >
563 >    myPotato = 0;
564 >    currentIndex = 0;
565 >    
566 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
567 >      
568 >      // Am I the node which has this integrableObject?
569 >      
570 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
571 >
572 >
573 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
574 >          
575 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
576 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
577 >          // node 0 says we can go:
578 >          
579 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 >          
581          }
582 +
583 +          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
584 +          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
585 +          
586 +          nCurObj = integrableObjects.size();
587 +                      
588 +          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
589 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
590 +          myPotato++;
591 +
592 +          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
593 +
594 +            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
595 +          
596 +              // The potato was going to exceed the maximum value,
597 +              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
598 +              // node 0 says we can go:
599 +          
600 +              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
601 +              
602 +            }
603 +            
604 +            sd = *iter;
605 +            
606 +            atomTypeString = sd->getType();
607 +
608 +            sd->getPos(pos);
609 +            sd->getVel(vel);
610 +
611 +            atomData[0] = pos[0];
612 +            atomData[1] = pos[1];
613 +            atomData[2] = pos[2];
614 +
615 +            atomData[3] = vel[0];
616 +            atomData[4] = vel[1];
617 +            atomData[5] = vel[2];
618 +              
619 +            isDirectional = 0;
620 +
621 +            if( sd->isDirectional() ){
622 +
623 +                isDirectional = 1;
624 +                
625 +                sd->getQ( q );
626 +                sd->getJ( ji );
627 +                
628 +                
629 +                atomData[6] = q[0];
630 +                atomData[7] = q[1];
631 +                atomData[8] = q[2];
632 +                atomData[9] = q[3];
633 +      
634 +                atomData[10] = ji[0];
635 +                atomData[11] = ji[1];
636 +                atomData[12] = ji[2];
637 +              }
638 +
639 +            
640 +            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
641 +
642 +            // null terminate the string before sending (just in case):
643 +            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
644 +
645 +            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
646 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
647 +            
648 +            myPotato++;
649 +            
650 +            if (isDirectional) {
651 +
652 +              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0,
653 +                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
654 +              
655 +            } else {
656 +
657 +              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
658 +                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
659 +            }
660 +
661 +            myPotato++;  
662 +
663 +          }
664 +
665 +          currentIndex++;    
666 +          
667 +        }
668 +      
669        }
670 +
671 +    sprintf( checkPointMsg,
672 +             "Sucessfully took a dump.\n");
673 +    MPIcheckPoint();                
674 +    
675      }
465 –  }
466 –  finalOut.flush();
467 –  sprintf( checkPointMsg,
468 –           "Sucessfully took a dump.\n");
469 –  MPIcheckPoint();
676  
677 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
677 >
678 >  
679   #endif // is_mpi
680   }
681 +
682 + #ifdef IS_MPI
683 +
684 + // a couple of functions to let us escape the write loop
685 +
686 + void dWrite::DieDieDie( void ){
687 +
688 +  MPI_Finalize();
689 +  exit (0);
690 + }
691 +
692 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines