ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 1198 by tim, Thu May 27 00:48:12 2004 UTC vs.
Revision 1231 by tim, Thu Jun 3 21:06:51 2004 UTC

# Line 294 | Line 294 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
294        }
295        else
296          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297 +    
298 +      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
299 +        *outFile[k] << writeLine;      
300      }
301  
299 –    
300 –    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
301 –      *outFile[k] << writeLine;
302   }
303  
304   #else // is_mpi
# Line 325 | Line 325 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
325  
326      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327  
328 <    nProc = mpiSim->getNprocessors();
328 >    nProc = mpiSim->getNProcessors();
329      potatoes = new int[nProc];
330  
331      //write out the comment lines
# Line 353 | Line 353 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
353  
354      currentIndex = 0;
355  
356 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
357        
358        // Get the Node number which has this atom;
359        
# Line 404 | Line 404 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
404              isDirectional = 1;
405            else
406              isDirectional = 0;
407 +          
408 +          // If we've survived to here, format the line:
409              
410 <        }
410 >          if (!isDirectional) {
411 >        
412 >            sprintf( writeLine,
413 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
414 >                 atomTypeString,
415 >                 atomData[0],
416 >                 atomData[1],
417 >                 atomData[2],
418 >                 atomData[3],
419 >                 atomData[4],
420 >                 atomData[5]);
421 >        
422 >           strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
423 >        
424 >          }
425 >          else {
426 >        
427 >                sprintf( writeLine,
428 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
429 >                         atomTypeString,
430 >                         atomData[0],
431 >                         atomData[1],
432 >                         atomData[2],
433 >                         atomData[3],
434 >                         atomData[4],
435 >                         atomData[5],
436 >                         atomData[6],
437 >                         atomData[7],
438 >                         atomData[8],
439 >                         atomData[9],
440 >                         atomData[10],
441 >                         atomData[11],
442 >                         atomData[12]);
443 >            
444 >          }
445 >          
446 >          for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
447 >            *outFile[k] << writeLine;            
448 >
449 >        }// end for(int l =0)
450          potatoes[which_node] = myPotato;
451  
452 <      } else {
452 >      }
453 >      else {
454          
455          haveError = 0;
456          
# Line 453 | Line 495 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
495                atomData[12] = ji[2];
496              }
497              
498 <        }
498 >            // If we've survived to here, format the line:
499 >            
500 >            if (!isDirectional) {
501 >        
502 >              sprintf( writeLine,
503 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504 >                 atomTypeString,
505 >                 atomData[0],
506 >                 atomData[1],
507 >                 atomData[2],
508 >                 atomData[3],
509 >                 atomData[4],
510 >                 atomData[5]);
511 >        
512 >             strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
513 >        
514 >            }
515 >            else {
516 >        
517 >                sprintf( writeLine,
518 >                         "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
519 >                         atomTypeString,
520 >                         atomData[0],
521 >                         atomData[1],
522 >                         atomData[2],
523 >                         atomData[3],
524 >                         atomData[4],
525 >                         atomData[5],
526 >                         atomData[6],
527 >                         atomData[7],
528 >                         atomData[8],
529 >                         atomData[9],
530 >                         atomData[10],
531 >                         atomData[11],
532 >                         atomData[12]);
533 >              
534 >            }
535 >            
536 >            for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
537 >              *outFile[k] << writeLine;
538 >            
539 >            
540 >        }//end for(iter = integrableObject.begin())
541          
542        currentIndex++;
543        }
544 <      // If we've survived to here, format the line:
545 <      
462 <      if (!isDirectional) {
463 <        
464 <        sprintf( writeLine,
465 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
466 <                 atomTypeString,
467 <                 atomData[0],
468 <                 atomData[1],
469 <                 atomData[2],
470 <                 atomData[3],
471 <                 atomData[4],
472 <                 atomData[5]);
473 <        
474 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
475 <        
476 <      } else {
477 <        
478 <        sprintf( writeLine,
479 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
480 <                 atomTypeString,
481 <                 atomData[0],
482 <                 atomData[1],
483 <                 atomData[2],
484 <                 atomData[3],
485 <                 atomData[4],
486 <                 atomData[5],
487 <                 atomData[6],
488 <                 atomData[7],
489 <                 atomData[8],
490 <                 atomData[9],
491 <                 atomData[10],
492 <                 atomData[11],
493 <                 atomData[12]);
494 <        
495 <      }
496 <      
497 <      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
498 <        *outFile[k] << writeLine;
499 <    }
544 >
545 >    }//end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
546      
547      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
548        outFile[k]->flush();
# Line 517 | Line 563 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
563      myPotato = 0;
564      currentIndex = 0;
565      
566 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
566 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++ ) {
567        
568        // Am I the node which has this integrableObject?
569        

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines