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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 377 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 1108 by tim, Wed Apr 14 15:37:41 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _LARGEFILE_SOURCE64
2 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3 >
4 > #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
13 < #define TAKE_THIS_TAG 0
13 >
14 > namespace dWrite{
15 >  void DieDieDie( void );
16 > }
17 >
18 > using namespace dWrite;
19   #endif //is_mpi
20  
21   #include "ReadWrite.hpp"
22   #include "simError.h"
23  
14 –
15 –
16 –
17 –
24   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25  
26    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <
33 <    
34 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
35 <    
30 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
31 <    
32 <    if( !outFile ){
33 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
40 –  
41 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 55 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66 <  
67 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
68 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
69 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
68 > #ifdef IS_MPI
69  
70 <  int i;
71 <  double q[4];
72 <  DirectionalAtom* dAtom;
74 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
75 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
76 <    
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73  
74 < #ifndef IS_MPI
75 <    
76 <  outFile << nAtoms << "\n";
77 <    
78 <  outFile << currentTime << "\t"
79 <          << entry_plug->box_x << "\t"
80 <          << entry_plug->box_y << "\t"
81 <          << entry_plug->box_z << "\n";
82 <    
83 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
84 <      
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77 >  
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <    sprintf( tempBuffer,
87 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
88 <             atoms[i]->getType(),
89 <             atoms[i]->getX(),
90 <             atoms[i]->getY(),
91 <             atoms[i]->getZ(),
92 <             atoms[i]->get_vx(),
93 <             atoms[i]->get_vy(),
94 <             atoms[i]->get_vz());
95 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
102 <        
103 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
104 <      dAtom->getQ( q );
105 <        
106 <      sprintf( tempBuffer,
107 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
108 <               q[0],
109 <               q[1],
110 <               q[2],
111 <               q[3],
112 <               dAtom->getJx(),
113 <               dAtom->getJy(),
114 <               dAtom->getJz());
115 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
116 <    }
117 <    else
118 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
119 <      
120 <    outFile << writeLine;
121 <  }
122 <  outFile.flush();
100 > #endif
101  
102 < #else // is_mpi
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <  int masterIndex;
105 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    
108 <  // write out header and node 0's coordinates
109 <
110 <  if( worldRank == 0 ){
111 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
112 <      
113 <    outFile << currentTime << "\t"
114 <            << entry_plug->box_x << "\t"
115 <            << entry_plug->box_y << "\t"
116 <            << entry_plug->box_z << "\n";
145 <
146 <    masterIndex = 0;
147 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
148 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <    outFile.flush();
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120 + #endif // is_mpi
121  
122 <  sprintf( checkPointMsg,
123 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 <  MPIcheckPoint();
188 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
230 <
231 <    else if( worldRank == procIndex ){
232 <
233 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
234 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
235 <
236 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <      // send current node's configuration line by line.
128 <
129 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
130 <
251 <        sprintf( tempBuffer,
252 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
253 <                 atoms[i]->getType(),
254 <                 atoms[i]->getX(),
255 <                 atoms[i]->getY(),
256 <                 atoms[i]->getZ(),
257 <                 atoms[i]->get_vx(),
258 <                 atoms[i]->get_vy(),
259 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
261 <          
262 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
263 <            
264 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
265 <          dAtom->getQ( q );
266 <            
267 <          sprintf( tempBuffer,
268 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
269 <                   q[0],
270 <                   q[1],
271 <                   q[2],
272 <                   q[3],
273 <                   dAtom->getJx(),
274 <                   dAtom->getJy(),
275 <                   dAtom->getJz());
276 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 <        }
278 <        else
279 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
280 <          
281 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
282 <                          MPI_COMM_WORLD);
283 <      }
284 <    }
285 <      
286 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
287 <            procIndex);
288 <    MPIcheckPoint();
289 <  }
290 <    
291 < #endif // is_mpi
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131   }
132  
133 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
295 –
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
299 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
300 –  char tempBuffer[500];
301 –  char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
304 –
305 –  int i;
306 –  double q[4];
307 –  DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
309 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
310 –  
135    ofstream finalOut;
136 <  
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137 >
138   #ifdef IS_MPI
139    if(worldRank == 0 ){
140   #endif // is_mpi
141 <    
142 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
143 <    
319 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143 >
144      if( !finalOut ){
145        sprintf( painCave.errMsg,
146                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 <               finalName );
147 >               entry_plug->finalName );
148        painCave.isFatal = 1;
149        simError();
150      }
151 <    
328 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
329 <    
151 >
152   #ifdef IS_MPI
153    }
154 + #endif // is_mpi
155    
156 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
157 <  MPIcheckPoint();  
156 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 >
159 > #ifdef IS_MPI
160 >  finalOut.close();
161 > #endif
162    
163 < #endif //is_mpi
163 > }
164  
165 <    
165 > void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166  
167 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
168 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169 +
170 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 +
173 +  int i, k;
174 +
175 + #ifdef IS_MPI
176 +  
177 +  /*********************************************************************
178 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
179 +   *
180 +   * Why all the potatoes below?  
181 +   *
182 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
183 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
184 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
185 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
186 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
187 +   * (and did it twice!).
188 +   *
189 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
190 +   * zero's perspective as follows:
191 +   *
192 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
193 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
194 +   *     you (one at a time).
195 +   *  3) Catch the potatoes.
196 +   *
197 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
198 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
199 +   * need to block the processors atom-by-atom.
200 +   *
201 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
202 +   * way:
203 +   *
204 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
205 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
206 +   *     potatoes at you.
207 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
208 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
209 +   *
210 +   * How's THAT for documentation?
211 +   *
212 +   *********************************************************************/
213 +
214 +  int *potatoes;
215 +  int myPotato;
216 +
217 +  int nProc;
218 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
219 +  double atomData6[6];
220 +  double atomData13[13];
221 +  int isDirectional;
222 +  char* atomTypeString;
223 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 +  int nObjects;
225 + #endif //is_mpi
226 +
227 +  double q[4], ji[3];
228 +  DirectionalAtom* dAtom;
229 +  double pos[3], vel[3];
230 +  int nTotObjects;
231 +  StuntDouble* sd;
232 +  char* molName;
233 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
237 +  
238 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 +    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240 +
241 +    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242 +               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
243 +                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
244 +                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
245 +              
246 +               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
247 +                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
248 +                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
249 +
250 +                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
251 +                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
252 +                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
253 +
254 +    //write out additional parameters, such as chi and eta
255 +    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256 +  }
257 +  
258 +  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259 +
260 +    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 +    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262      
263 <  finalOut << nAtoms << "\n";
264 <    
265 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
266 <           << entry_plug->box_y << "\t"
346 <           << entry_plug->box_z << "\n";
347 <    
348 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
349 <      
350 <    sprintf( tempBuffer,
351 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
352 <             atoms[i]->getType(),
353 <             atoms[i]->getX(),
354 <             atoms[i]->getY(),
355 <             atoms[i]->getZ(),
356 <             atoms[i]->get_vx(),
357 <             atoms[i]->get_vy(),
358 <             atoms[i]->get_vz());
359 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267  
361 –    if( atoms[i]->isDirectional() ){
362 –        
363 –      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
364 –      dAtom->getQ( q );
365 –        
268        sprintf( tempBuffer,
269 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
270 <               q[0],
271 <               q[1],
272 <               q[2],
273 <               q[3],
274 <               dAtom->getJx(),
275 <               dAtom->getJy(),
276 <               dAtom->getJz());
277 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278 >
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280 >
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283 >
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294 >      }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297      }
377 –    else
378 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
379 –      
380 –    finalOut << writeLine;
381 –  }
382 –  finalOut.flush();
298  
299 +    
300 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
301 +      *outFile[k] << writeLine;
302 + }
303 +
304   #else // is_mpi
305  
306 <  int masterIndex;
307 <  int nodeAtomsStart;
308 <  int nodeAtomsEnd;
309 <  int mpiErr;
310 <  int sendError;
311 <  int procIndex;
312 <    
313 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
306 >  /* code to find maximum tag value */
307 >  
308 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
309 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
310 >  if (flag) {
311 >    MAXTAG = *tagub;
312 >  } else {
313 >    MAXTAG = 32767;
314 >  }  
315  
316 <    
316 >  int haveError;
317 >
318 >  MPI_Status istatus;
319 >  int nCurObj;
320 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321 >
322    // write out header and node 0's coordinates
323  
324    if( worldRank == 0 ){
325 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
326 <      
327 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
328 <             << entry_plug->box_y << "\t"
329 <             << entry_plug->box_z << "\n";
325 >
326 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327 >
328 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
329 >    potatoes = new int[nProc];
330 >
331 >    //write out the comment lines
332 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
333 >      potatoes[i] = 0;
334      
335 <    masterIndex = 0;
336 <    
337 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
338 <      
339 <      sprintf( tempBuffer,
340 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
341 <               atoms[i]->getType(),
342 <               atoms[i]->getX(),
343 <               atoms[i]->getY(),
344 <               atoms[i]->getZ(),
345 <               atoms[i]->get_vx(),
346 <               atoms[i]->get_vy(),
347 <               atoms[i]->get_vz());
348 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
349 <        
350 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
351 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
335 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337 >
338 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
342 >
343 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
344 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
346 >
347 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
348 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
350 >  
351 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
352      }
442 –    finalOut.flush();
443 –  }
444 –    
445 –  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 –       procIndex++){
353  
354 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
354 >    currentIndex = 0;
355  
356 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
357 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
358 <        
359 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
360 <      // receiving node expects it to be.
361 <        
362 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
363 <        sendError = 1;
364 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
365 <                          MPI_COMM_WORLD);
366 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
357 >      
358 >      // Get the Node number which has this atom;
359 >      
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361 >      
362 >      if (which_node != 0) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
366 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
367  
368 <      // recieve the nodes writeLines
368 >          potatoes[which_node] = 0;          
369 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370 >          
371 >        }
372  
373 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
373 >        myPotato = potatoes[which_node];        
374  
375 <        finalOut << writeLine;
376 <        masterIndex++;
377 <      }
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
378 >        
379 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
380  
381 <      finalOut.flush();
382 <    }
381 >          if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
382 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
383 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
384  
385 <    else if( worldRank == procIndex ){
385 >            potatoes[which_node] = 0;          
386 >            MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
387 >            
388 >          }
389  
390 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
391 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
493 <        
494 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
495 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
390 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
391 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
392  
393 <      // send current node's configuration line by line.
393 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
394  
395 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
396 <          
397 <        sprintf( tempBuffer,
398 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
399 <                 atoms[i]->getType(),
400 <                 atoms[i]->getX(),
401 <                 atoms[i]->getY(),
402 <                 atoms[i]->getZ(),
403 <                 atoms[i]->get_vx(),
404 <                 atoms[i]->get_vy(),
405 <                 atoms[i]->get_vz());
406 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
407 <          
408 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
409 <            
410 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
411 <          dAtom->getQ( q );
412 <            
413 <          sprintf( tempBuffer,
414 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
415 <                   q[0],
416 <                   q[1],
417 <                   q[2],
418 <                   q[3],
419 <                   dAtom->getJx(),
420 <                   dAtom->getJy(),
421 <                   dAtom->getJz());
422 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
423 <        }
424 <        else
425 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
426 <          
427 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
428 <                          MPI_COMM_WORLD);
395 >          myPotato++;
396 >
397 >          MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
398 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399 >              
400 >          myPotato++;
401 >
402 >          if (isDirectional) {          
403 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
404 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
405 >          } else {
406 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
407 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
408 >          }
409 >
410 >          myPotato++;
411 >        }
412 >        potatoes[which_node] = myPotato;
413 >
414 >      } else {
415 >        
416 >        haveError = 0;
417 >        
418 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
419 >
420 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
421 >
422 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
423 >                sd = *iter;
424 >            atomTypeString = sd->getType();
425 >            
426 >            sd->getPos(pos);
427 >            sd->getVel(vel);          
428 >          
429 >            atomData6[0] = pos[0];
430 >            atomData6[1] = pos[1];
431 >            atomData6[2] = pos[2];
432 >
433 >            atomData6[3] = vel[0];
434 >            atomData6[4] = vel[1];
435 >            atomData6[5] = vel[2];
436 >              
437 >            isDirectional = 0;
438 >
439 >            if( sd->isDirectional() ){
440 >
441 >              isDirectional = 1;
442 >                
443 >              sd->getQ( q );
444 >              sd->getJ( ji );
445 >
446 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
447 >                atomData13[j] = atomData6[j];            
448 >              
449 >              atomData13[6] = q[0];
450 >              atomData13[7] = q[1];
451 >              atomData13[8] = q[2];
452 >              atomData13[9] = q[3];
453 >              
454 >              atomData13[10] = ji[0];
455 >              atomData13[11] = ji[1];
456 >              atomData13[12] = ji[2];
457 >            }
458 >            
459 >        }
460 >        
461 >      currentIndex++;
462        }
463 +      // If we've survived to here, format the line:
464 +      
465 +      if (!isDirectional) {
466 +        
467 +        sprintf( writeLine,
468 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
469 +                 atomTypeString,
470 +                 atomData6[0],
471 +                 atomData6[1],
472 +                 atomData6[2],
473 +                 atomData6[3],
474 +                 atomData6[4],
475 +                 atomData6[5]);
476 +        
477 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
478 +        
479 +      } else {
480 +        
481 +        sprintf( writeLine,
482 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
483 +                 atomTypeString,
484 +                 atomData13[0],
485 +                 atomData13[1],
486 +                 atomData13[2],
487 +                 atomData13[3],
488 +                 atomData13[4],
489 +                 atomData13[5],
490 +                 atomData13[6],
491 +                 atomData13[7],
492 +                 atomData13[8],
493 +                 atomData13[9],
494 +                 atomData13[10],
495 +                 atomData13[11],
496 +                 atomData13[12]);
497 +        
498 +      }
499 +      
500 +      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
501 +        *outFile[k] << writeLine;
502      }
503 +    
504 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
505 +      outFile[k]->flush();
506 +    
507 +    sprintf( checkPointMsg,
508 +             "Sucessfully took a dump.\n");
509 +    
510 +    MPIcheckPoint();        
511 +    
512 +    delete[] potatoes;
513 +    
514 +  } else {
515 +
516 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
517 +
518 +    // Set my magic potato to 0:
519 +
520 +    myPotato = 0;
521 +    currentIndex = 0;
522 +    
523 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
524        
525 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
526 <            procIndex);
527 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
525 >      // Am I the node which has this integrableObject?
526 >      
527 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
528  
547 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
529  
530 +        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
531 +          
532 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
533 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
534 +          // node 0 says we can go:
535 +          
536 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
537 +          
538 +        }
539 +
540 +          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
541 +          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
542 +          
543 +          nCurObj = integrableObjects.size();
544 +                      
545 +          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
546 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
547 +
548 +          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
549 +
550 +            if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
551 +          
552 +              // The potato was going to exceed the maximum value,
553 +              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
554 +              // node 0 says we can go:
555 +          
556 +              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
557 +              
558 +            }
559 +            
560 +            sd = *iter;
561 +            
562 +            atomTypeString = sd->getType();
563 +
564 +            sd->getPos(pos);
565 +            sd->getVel(vel);
566 +
567 +            atomData6[0] = pos[0];
568 +            atomData6[1] = pos[1];
569 +            atomData6[2] = pos[2];
570 +
571 +            atomData6[3] = vel[0];
572 +            atomData6[4] = vel[1];
573 +            atomData6[5] = vel[2];
574 +              
575 +            isDirectional = 0;
576 +
577 +            if( sd->isDirectional() ){
578 +
579 +                isDirectional = 1;
580 +                
581 +                sd->getQ( q );
582 +                sd->getJ( ji );
583 +                
584 +                for (int j = 0; j < 6 ; j++)
585 +                  atomData13[j] = atomData6[j];
586 +                
587 +                atomData13[6] = q[0];
588 +                atomData13[7] = q[1];
589 +                atomData13[8] = q[2];
590 +                atomData13[9] = q[3];
591 +      
592 +                atomData13[10] = ji[0];
593 +                atomData13[11] = ji[1];
594 +                atomData13[12] = ji[2];
595 +              }
596 +
597 +            
598 +            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
599 +
600 +            // null terminate the string before sending (just in case):
601 +            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
602 +
603 +            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
604 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
605 +            
606 +            myPotato++;
607 +
608 +            MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
609 +                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
610 +            
611 +            myPotato++;
612 +            
613 +            if (isDirectional) {
614 +
615 +              MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
616 +                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
617 +              
618 +            } else {
619 +
620 +              MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
621 +                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
622 +            }
623 +
624 +            myPotato++;  
625 +
626 +          }
627 +
628 +          currentIndex++;    
629 +          
630 +        }
631 +      
632 +      }
633      
634 +    }
635 +
636 +    sprintf( checkPointMsg,
637 +             "Sucessfully took a dump.\n");
638 +    MPIcheckPoint();        
639 +    
640 +  
641   #endif // is_mpi
642   }
643 +
644 + #ifdef IS_MPI
645 +
646 + // a couple of functions to let us escape the write loop
647 +
648 + void dWrite::DieDieDie( void ){
649 +
650 +  MPI_Finalize();
651 +  exit (0);
652 + }
653 +
654 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines