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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 1000 by tim, Fri Jan 30 21:47:22 2004 UTC vs.
Revision 1129 by tim, Thu Apr 22 03:29:30 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
# Line 87 | Line 88 | void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
88   */
89  
90   void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
91 <  
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92    indexArray.clear();
93    
94 <  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 <    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
94 >  for(int i = 0; i < entry_plug->n_mol;i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96    
97    sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98   }
# Line 221 | Line 221 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
221    int isDirectional;
222    char* atomTypeString;
223    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 <
225 < #else //is_mpi
226 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
224 >  int nObjects;
225   #endif //is_mpi
226  
227 <  double q[4];
227 >  double q[4], ji[3];
228    DirectionalAtom* dAtom;
231 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
229    double pos[3], vel[3];
230 <
230 >  int nTotObjects;
231 >  StuntDouble* sd;
232 >  char* molName;
233 >  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 >  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 >  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236   #ifndef IS_MPI
237    
238    for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 <    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240  
241      *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242                 << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 253 | Line 255 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
255      *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256    }
257    
258 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259  
260 <    atoms[i]->getPos(pos);
261 <    atoms[i]->getVel(vel);
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262 >    
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267  
268 <    sprintf( tempBuffer,
269 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 <             atoms[i]->getType(),
271 <             pos[0],
272 <             pos[1],
273 <             pos[2],
274 <             vel[0],
275 <             vel[1],
276 <             vel[2]);
277 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 >      sprintf( tempBuffer,
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278  
279 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
273 <
274 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
275 <      dAtom->getQ( q );
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280  
281 <      sprintf( tempBuffer,
282 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
283 <               q[0],
284 <               q[1],
285 <               q[2],
286 <               q[3],
287 <               dAtom->getJx(),
288 <               dAtom->getJy(),
289 <               dAtom->getJz());
290 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283 >
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294 >      }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297      }
288 –    else
289 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298  
299 +    
300      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
301        *outFile[k] << writeLine;
302 <  }
302 > }
303  
304   #else // is_mpi
305  
# Line 307 | Line 316 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
316    int haveError;
317  
318    MPI_Status istatus;
319 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
319 >  int nCurObj;
320 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321  
322    // write out header and node 0's coordinates
323  
# Line 323 | Line 333 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
333        potatoes[i] = 0;
334      
335        for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 <        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337  
338          *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339                           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
# Line 343 | Line 353 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
353  
354      currentIndex = 0;
355  
356 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
357        
358        // Get the Node number which has this atom;
359        
360 <      which_node = AtomToProcMap[i];
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361        
362        if (which_node != 0) {
363 <
364 <        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365            // The potato was going to exceed the maximum value,
366            // so wrap this processor potato back to 0:        
367  
368            potatoes[which_node] = 0;          
369 <          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
369 >          MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370            
371          }
372  
373          myPotato = potatoes[which_node];        
364 –        
365 –        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
366 –                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
367 –        
368 –        atomTypeString = MPIatomTypeString;
369 –        
370 –        myPotato++;
374  
375 <        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
374 –              
378          myPotato++;
379 +        
380 +        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
381  
382 <        if (isDirectional) {          
382 >          if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
383 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
384 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
385 >
386 >            potatoes[which_node] = 0;          
387 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
388 >            
389 >          }
390 >
391 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
392 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
393 >
394 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
395 >
396 >          myPotato++;
397 >
398 >          MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
399 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
400 >              
401 >          myPotato++;
402 >
403 >          if (isDirectional) {          
404            MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
405                     myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
406 <        } else {
406 >          } else {
407            MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
408                     myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
409 +          }
410 +
411 +          myPotato++;
412          }
384 –        
385 –        myPotato++;
413          potatoes[which_node] = myPotato;
414  
415        } else {
416          
417          haveError = 0;
391 –        which_atom = i;
418          
419 <          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
394 <          
395 <          if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
396 <            
397 <            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
398 <            
399 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
400 <          atoms[local_index]->getVel(vel);          
401 <          
402 <          atomData6[0] = pos[0];
403 <          atomData6[1] = pos[1];
404 <          atomData6[2] = pos[2];
419 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
420  
421 <          atomData6[3] = vel[0];
407 <          atomData6[4] = vel[1];
408 <          atomData6[5] = vel[2];
409 <          
410 <          isDirectional = 0;
421 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
422  
423 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
423 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
424 >                sd = *iter;
425 >            atomTypeString = sd->getType();
426 >            
427 >            sd->getPos(pos);
428 >            sd->getVel(vel);          
429 >          
430 >            atomData6[0] = pos[0];
431 >            atomData6[1] = pos[1];
432 >            atomData6[2] = pos[2];
433  
434 <            isDirectional = 1;
435 <            
436 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
437 <            dAtom->getQ( q );
434 >            atomData6[3] = vel[0];
435 >            atomData6[4] = vel[1];
436 >            atomData6[5] = vel[2];
437 >              
438 >            isDirectional = 0;
439  
440 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
441 <              atomData13[j] = atomData6[j];            
442 <            
443 <            atomData13[6] = q[0];
444 <            atomData13[7] = q[1];
445 <            atomData13[8] = q[2];
446 <            atomData13[9] = q[3];
447 <            
448 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
449 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
450 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
451 <          }
452 <          
453 <        } else {
454 <          sprintf(painCave.errMsg,
455 <                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
456 <                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
457 <          haveError= 1;
458 <          simError();
459 <        }
460 <        
440 <        if(haveError) DieDieDie();
440 >            if( sd->isDirectional() ){
441 >
442 >              isDirectional = 1;
443 >                
444 >              sd->getQ( q );
445 >              sd->getJ( ji );
446 >
447 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
448 >                atomData13[j] = atomData6[j];            
449 >              
450 >              atomData13[6] = q[0];
451 >              atomData13[7] = q[1];
452 >              atomData13[8] = q[2];
453 >              atomData13[9] = q[3];
454 >              
455 >              atomData13[10] = ji[0];
456 >              atomData13[11] = ji[1];
457 >              atomData13[12] = ji[2];
458 >            }
459 >            
460 >        }
461          
462 <        currentIndex++;
462 >      currentIndex++;
463        }
464        // If we've survived to here, format the line:
465        
# Line 501 | Line 521 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
521      myPotato = 0;
522      currentIndex = 0;
523      
524 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
524 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
525        
526 <      // Am I the node which has this atom?
526 >      // Am I the node which has this integrableObject?
527        
528 <      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
528 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
529  
530 <        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
530 >
531 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
532            
533            // The potato was going to exceed the maximum value,
534            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
# Line 516 | Line 537 | void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFil
537            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
538            
539          }
519 –        which_atom = i;
540  
541 <        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
541 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
542 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
543 >          
544 >          nCurObj = integrableObjects.size();
545 >                      
546 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
547 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
548 >          myPotato++;
549 >
550 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
551 >
552 >            if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
553 >          
554 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
555 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
556 >              // node 0 says we can go:
557 >          
558 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
559 >              
560 >            }
561 >            
562 >            sd = *iter;
563 >            
564 >            atomTypeString = sd->getType();
565 >
566 >            sd->getPos(pos);
567 >            sd->getVel(vel);
568 >
569 >            atomData6[0] = pos[0];
570 >            atomData6[1] = pos[1];
571 >            atomData6[2] = pos[2];
572 >
573 >            atomData6[3] = vel[0];
574 >            atomData6[4] = vel[1];
575 >            atomData6[5] = vel[2];
576 >              
577 >            isDirectional = 0;
578 >
579 >            if( sd->isDirectional() ){
580 >
581 >                isDirectional = 1;
582                  
583 <        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
584 <        
585 <          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
586 <          
587 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
588 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
589 <          
590 <          atomData6[0] = pos[0];
591 <          atomData6[1] = pos[1];
592 <          atomData6[2] = pos[2];
583 >                sd->getQ( q );
584 >                sd->getJ( ji );
585 >                
586 >                for (int j = 0; j < 6 ; j++)
587 >                  atomData13[j] = atomData6[j];
588 >                
589 >                atomData13[6] = q[0];
590 >                atomData13[7] = q[1];
591 >                atomData13[8] = q[2];
592 >                atomData13[9] = q[3];
593 >      
594 >                atomData13[10] = ji[0];
595 >                atomData13[11] = ji[1];
596 >                atomData13[12] = ji[2];
597 >              }
598  
599 <          atomData6[3] = vel[0];
600 <          atomData6[4] = vel[1];
536 <          atomData6[5] = vel[2];
537 <          
538 <          isDirectional = 0;
599 >            
600 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
601  
602 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
602 >            // null terminate the string before sending (just in case):
603 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
604  
605 <            isDirectional = 1;
605 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
606 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
607              
608 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
609 <            dAtom->getQ( q );
608 >            myPotato++;
609 >
610 >            MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
611 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
612              
613 <            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
548 <              atomData13[j] = atomData6[j];
613 >            myPotato++;
614              
615 <            atomData13[6] = q[0];
551 <            atomData13[7] = q[1];
552 <            atomData13[8] = q[2];
553 <            atomData13[9] = q[3];
554 <  
555 <            atomData13[10] = dAtom->getJx();
556 <            atomData13[11] = dAtom->getJy();
557 <            atomData13[12] = dAtom->getJz();
558 <          }
615 >            if (isDirectional) {
616  
617 <        } else {
618 <          sprintf(painCave.errMsg,
619 <                  "Atom %d not found on processor %d, currentIndex = %d, local_index = %d\n",
620 <                  which_atom, worldRank, currentIndex, local_index );
564 <          haveError= 1;
565 <          simError();
566 <        }
567 <        
568 <        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
617 >              MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
618 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
619 >              
620 >            } else {
621  
622 <        // null terminate the string before sending (just in case):
623 <        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
622 >              MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
623 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
624 >            }
625  
626 <        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
574 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
575 <        
576 <        myPotato++;
626 >            myPotato++;  
627  
628 <        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
579 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
580 <        
581 <        myPotato++;
582 <        
583 <        if (isDirectional) {
628 >          }
629  
630 <          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
586 <                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
630 >          currentIndex++;    
631            
588 –        } else {
589 –
590 –          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
591 –                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
632          }
633 <
594 <        myPotato++;  
595 <        currentIndex++;    
633 >      
634        }
597 –    }
635  
636      sprintf( checkPointMsg,
637               "Sucessfully took a dump.\n");
638 <    MPIcheckPoint();        
638 >    MPIcheckPoint();                
639      
640 <  }
640 >    }
641 >
642 >
643    
644   #endif // is_mpi
645   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines