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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 670 by mmeineke, Thu Aug 7 21:47:18 2003 UTC vs.
Revision 926 by tim, Mon Jan 12 20:37:59 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 26 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
# Line 65 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 >
76 > #ifdef IS_MPI
77 >  
78 >  int *potatoes;
79 >  int myPotato;
80 >
81 >  int nProc;
82 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85 >  int isDirectional;
86 >  char* atomTypeString;
87 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 >
89 > #else //is_mpi
90 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 > #endif //is_mpi
92 >
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
76 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
78 –
96    double pos[3], vel[3];
80 –    
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << ";\t"
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
# Line 94 | Line 114 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
114  
115            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
118 <    
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
123 <      
123 >
124      atoms[i]->getPos(pos);
125      atoms[i]->getVel(vel);
126  
# Line 113 | Line 136 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 130 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  
165 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
166 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
167 >  if (flag) {
168 >    MAXTAG = *tagub;
169 >  } else {
170 >    MAXTAG = 32767;
171 >  }  
172  
143 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
173    int haveError;
174  
175    MPI_Status istatus;
176    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
177 <  
177 >
178    // write out header and node 0's coordinates
179 <  
179 >
180    if( worldRank == 0 ){
181 +
182 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
183 +
184 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
185 +    potatoes = new int[nProc];
186 +
187 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
188 +      potatoes[i] = 0;
189 +    
190      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
191 <  
192 <    outFile << currentTime << ";\t"
191 >
192 >    outFile << currentTime << ";\t"
193              << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
194              << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
195              << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
196 <      
196 >
197              << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
198              << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
199              << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
200 <      
200 >
201              << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
202              << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
203 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
204 <    
203 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
204 >
205 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
206 >    outFile << endl;
207      outFile.flush();
208 +
209      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
210 +      
211        // Get the Node number which has this atom;
212        
213 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
213 >      which_node = AtomToProcMap[i];
214        
215 <      if (which_node == 0 ) {
215 >      if (which_node != 0) {
216 >
217 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
218 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
219 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
220 >
221 >          potatoes[which_node] = 0;          
222 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
223 >          
224 >        }
225 >
226 >        myPotato = potatoes[which_node];        
227 >        
228 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
229 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
230 >        
231 >        //strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
232 >        
233 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
234 >
235 >        //atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
236 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
237          
238 +        myPotato++;
239 +
240 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 +              
243 +        myPotato++;
244 +
245 +        if (isDirectional) {          
246 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 +        } else {
249 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 +        }
252 +        
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256 +      } else {
257 +        
258          haveError = 0;
259          which_atom = i;
260 <        local_index=-1;        
260 >        local_index=-1;
261 >        
262          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264          }
265 +        
266          if (local_index != -1) {
267 <          //format the line
268 <          
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269 >
270            atoms[local_index]->getPos(pos);
271 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272  
273 <          sprintf( tempBuffer,
274 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
275 <                   atoms[local_index]->getType(),
276 <                   pos[0],
277 <                   pos[1],
278 <                   pos[2],
279 <                   vel[0],
280 <                   vel[1],
281 <                   vel[2]); // check here.
282 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
197 <          
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276 >
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282 >
283            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 +
285 +            isDirectional = 1;
286              
287              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288              dAtom->getQ( q );
289 +
290 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
292              
293 <            sprintf( tempBuffer,
294 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
295 <                     q[0],
296 <                     q[1],
297 <                     q[2],
298 <                     q[3],
299 <                     dAtom->getJx(),
300 <                     dAtom->getJy(),
301 <                     dAtom->getJz());
302 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
303 <            
214 <          }
215 <          else
216 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
217 <        }
218 <        else {
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304            sprintf(painCave.errMsg,
305                    "Atom %d not found on processor %d\n",
306                    i, worldRank );
307            haveError= 1;
308            simError();
309 <        }
310 <        
311 <        if(haveError) nodeZeroError();
312 <
309 >        }
310 >        
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313        }
314 <      else {
315 <        myStatus = 1;
316 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
232 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
233 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
234 <                 MPI_COMM_WORLD);
235 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
236 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
237 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
238 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
314 >      // If we've survived to here, format the line:
315 >      
316 >      if (!isDirectional) {
317          
318 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
319 <
318 >        sprintf( tempBuffer,
319 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
320 >                 atomTypeString,
321 >                 atomData6[0],
322 >                 atomData6[1],
323 >                 atomData6[2],
324 >                 atomData6[3],
325 >                 atomData6[4],
326 >                 atomData6[5]);
327 >        
328 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
329 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
330 >        
331 >      } else {
332 >        
333 >        sprintf( tempBuffer,
334 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
335 >                 atomTypeString,
336 >                 atomData13[0],
337 >                 atomData13[1],
338 >                 atomData13[2],
339 >                 atomData13[3],
340 >                 atomData13[4],
341 >                 atomData13[5],
342 >                 atomData13[6],
343 >                 atomData13[7],
344 >                 atomData13[8],
345 >                 atomData13[9],
346 >                 atomData13[10],
347 >                 atomData13[11],
348 >                 atomData13[12]);
349 >        
350 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
351 >        
352        }
353        
354        outFile << writeLine;
355        outFile.flush();
356      }
357      
248 –    // kill everyone off:
249 –    myStatus = -1;
250 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
251 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
252 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
253 –    }
358  
359 +    outFile.flush();
360 +    sprintf( checkPointMsg,
361 +             "Sucessfully took a dump.\n");
362 +    MPIcheckPoint();        
363 +    delete[] potatoes;
364    } else {
365 +
366 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
367 +
368 +    // Set my magic potato to 0:
369 +
370 +    myPotato = 0;
371      
372 <    done = 0;
258 <    while (!done) {
372 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373        
374 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
261 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
262 <
263 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
374 >      // Am I the node which has this atom?
375        
376 <      if(myStatus < 0) break;
376 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
377  
378 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
268 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
269 <      
270 <      myStatus = 1;
271 <      local_index=-1;        
272 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
273 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
274 <      }
275 <      if (local_index != -1) {
276 <        //format the line
378 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
379  
380 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
381 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
380 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
381 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
382 >          // node 0 says we can go:
383  
384 <        sprintf( tempBuffer,
385 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
386 <                 atoms[local_index]->getType(),
387 <                 pos[0],
388 <                 pos[1],
389 <                 pos[2],
390 <                 vel[0],
391 <                 vel[1],
392 <                 vel[2]); // check here.
393 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
394 <        
395 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
396 <          
397 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
398 <          dAtom->getQ( q );
399 <          
400 <          sprintf( tempBuffer,
401 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
402 <                   q[0],
403 <                   q[1],
404 <                   q[2],
405 <                   q[3],
406 <                   dAtom->getJx(),
407 <                   dAtom->getJy(),
408 <                   dAtom->getJz());
409 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
384 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
385 >          
386 >        }
387 >        which_atom = i;
388 >        local_index=-1;
389 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
390 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
391 >        }
392 >        if (local_index != -1) {
393 >        
394 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
395 >
396 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
397 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
398 >
399 >          atomData6[0] = pos[0];
400 >          atomData6[1] = pos[1];
401 >          atomData6[2] = pos[2];
402 >
403 >          atomData6[3] = vel[0];
404 >          atomData6[4] = vel[1];
405 >          atomData6[5] = vel[2];
406 >          
407 >          isDirectional = 0;
408 >
409 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
410 >
411 >            isDirectional = 1;
412 >            
413 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
414 >            dAtom->getQ( q );
415 >            
416 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
417 >              atomData13[j] = atomData6[j];
418 >            
419 >            atomData13[6] = q[0];
420 >            atomData13[7] = q[1];
421 >            atomData13[8] = q[2];
422 >            atomData13[9] = q[3];
423 >
424 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
425 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
426 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
427 >          }
428 >
429 >        } else {
430 >          sprintf(painCave.errMsg,
431 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
432 >                  i, worldRank );
433 >          haveError= 1;
434 >          simError();
435          }
308 –        else{
309 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
310 –        }
311 –      }
312 –      else {
313 –        sprintf(painCave.errMsg,
314 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
315 –                which_atom, worldRank );
316 –        myStatus = 0;
317 –        simError();
436  
437 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
320 <      }
437 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
438  
439 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
324 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
325 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
326 <    }
327 <  }  
328 <  outFile.flush();
329 <  sprintf( checkPointMsg,
330 <           "Sucessfully took a dump.\n");
331 <  MPIcheckPoint();
439 >        // null terminate the string before sending (just in case):
440 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
441  
442 < // last  thing last, enable  fatalities.
443 <  painCave.isEventLoop = 0;
442 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
443 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
444 >        
445 >        myPotato++;
446  
447 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
448 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
449 +        
450 +        myPotato++;
451 +        
452 +        if (isDirectional) {
453 +
454 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
455 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
456 +          
457 +        } else {
458 +
459 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
460 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
461 +        }
462 +
463 +        myPotato++;      
464 +      }
465 +    }
466 +
467 +    sprintf( checkPointMsg,
468 +             "Sucessfully took a dump.\n");
469 +    MPIcheckPoint();        
470 +    
471 +  }
472 +  
473   #endif // is_mpi
474   }
475  
# Line 342 | Line 479 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
479    ofstream finalOut;
480  
481    const int BUFFERSIZE = 2000;
482 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
483    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
484 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
484 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
485  
486    double q[4];
487    DirectionalAtom* dAtom;
350 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
488    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
489 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
489 >  int i;
490 > #ifdef IS_MPI
491    
492 +  int *potatoes;
493 +  int myPotato;
494 +
495 +  int nProc;
496 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
497 +  double atomData6[6];
498 +  double atomData13[13];
499 +  int isDirectional;
500 +  char* atomTypeString;
501 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
502 +
503 + #else //is_mpi
504 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
505 + #endif //is_mpi
506 +
507    double pos[3], vel[3];
508 <  
508 >
509   #ifdef IS_MPI
510    if(worldRank == 0 ){
511   #endif // is_mpi
512 <    
512 >
513      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
514 <    
514 >
515      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
516      if( !finalOut ){
517        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 367 | Line 520 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
520        painCave.isFatal = 1;
521        simError();
522      }
523 <    
523 >
524      // finalOut.setf( ios::scientific );
525 <    
525 >
526   #ifdef IS_MPI
527    }
528 <  
528 >
529    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
530 <  MPIcheckPoint();  
531 <  
530 >  MPIcheckPoint();
531 >
532   #endif //is_mpi
533  
534 <  
534 >
535   #ifndef IS_MPI
536 <    
536 >
537    finalOut << nAtoms << "\n";
538 <    
538 >
539    finalOut << finalTime << ";\t"
540             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
543 <    
543 >
544             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
547 <    
547 >
548             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
551 <  
550 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
551 >
552 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
553 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
554 >  finalOut << endl;
555 >
556    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
557 <      
557 >
558      atoms[i]->getPos(pos);
559      atoms[i]->getVel(vel);
560 <    
560 >
561      sprintf( tempBuffer,
562               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
563               atoms[i]->getType(),
# Line 413 | Line 570 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
570      strcpy( writeLine, tempBuffer );
571  
572      if( atoms[i]->isDirectional() ){
573 <        
573 >
574        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
575        dAtom->getQ( q );
576 <        
576 >
577        sprintf( tempBuffer,
578                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
579                 q[0],
# Line 430 | Line 587 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
587      }
588      else
589        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
590 <      
590 >
591      finalOut << writeLine;
592    }
593    finalOut.flush();
594    finalOut.close();
595  
596   #else // is_mpi
440 –  
441 –  // first thing first, suspend fatalities.
442 –  painCave.isEventLoop = 1;
597  
598 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
598 >  /* code to find maximum tag value */
599 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
600 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
601 >  if (flag) {
602 >    MAXTAG = *tagub;
603 >  } else {
604 >    MAXTAG = 32767;
605 >  }  
606 >
607    int haveError;
608  
609    MPI_Status istatus;
610    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
611  
612    // write out header and node 0's coordinates
613 <  
452 <  haveError = 0;
613 >
614    if( worldRank == 0 ){
615 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
615 >
616 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
617 >
618 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
619 >    potatoes = new int[nProc];
620 >
621 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
622 >      potatoes[i] = 0;
623      
624 +    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
625 +
626      finalOut << finalTime << ";\t"
627 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
628 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
629 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
630 <      
631 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
632 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
633 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
634 <      
635 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
636 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
637 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
638 <    
627 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
630 >
631 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
634 >
635 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
637 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
638 >
639 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
640 >    finalOut << endl;
641 >    finalOut.flush();
642 >
643      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
470 –      // Get the Node number which has this molecule:
644        
645 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
645 >      // Get the Node number which has this atom;
646        
647 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
647 >      which_node = AtomToProcMap[i];
648 >      
649 >      if (which_node != 0) {
650  
651 +        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
652 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
653 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
654 +
655 +          potatoes[which_node] = 0;          
656 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
657 +          
658 +        }
659 +
660 +        myPotato = potatoes[which_node];        
661 +        
662 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
663 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
664 +        
665 +        atomTypeString = MPIatomTypeString;
666 +                
667 +        myPotato++;
668 +
669 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
670 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
671 +              
672 +        myPotato++;
673 +
674 +        if (isDirectional) {          
675 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
676 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
677 +        } else {
678 +          printf("inside \n");  
679 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681 +        }
682 +        
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685 +
686 +      } else {
687 +        
688 +        haveError = 0;
689          which_atom = i;
690 <        local_index=-1;        
690 >        local_index=-1;
691 >        
692          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694          }
695 <        if (local_index != -1) {    
695 >        
696 >        if (local_index != -1) {
697 >          
698 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700            atoms[local_index]->getPos(pos);
701 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
702 <          
703 <          sprintf( tempBuffer,
704 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
705 <                   atoms[local_index]->getType(),
706 <                   pos[0],
707 <                   pos[1],
708 <                   pos[2],
709 <                   vel[0],
710 <                   vel[1],
711 <                   vel[2]);
712 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
713 <          
714 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
715 <            
716 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
717 <            dAtom->getQ( q );
718 <            
719 <            sprintf( tempBuffer,
720 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
721 <                     q[0],
722 <                     q[1],
723 <                     q[2],
724 <                     q[3],
725 <                     dAtom->getJx(),
726 <                     dAtom->getJy(),
727 <                     dAtom->getJz());
728 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
729 <          }
730 <          else
731 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
732 <        }
733 <        else {
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702 >
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706 >
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712 >
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714 >
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734            sprintf(painCave.errMsg,
735                    "Atom %d not found on processor %d\n",
736                    i, worldRank );
737            haveError= 1;
738            simError();
739 <        }
523 <
524 <        if(haveError) nodeZeroError();
525 <    
526 <      }
527 <      else {
739 >        }
740          
741 <        myStatus = 1;
742 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
531 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
532 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
533 <                 MPI_COMM_WORLD);
534 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
535 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
536 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
537 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
538 <        
539 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
741 >        if(haveError) DieDieDie();
742 >        
743        }
541 –      
542 –      finalOut << writeLine;
543 –    }
544 –    
545 –    // kill everyone off:
546 –    myStatus = -1;
547 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
548 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
549 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
550 –    }
744  
552 –  } else {
553 –    
554 –    done = 0;
555 –    while (!done) {
745  
746 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
558 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
559 <      
560 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
746 >      // If we've survived to here, format the line:
747        
748 <      if(myStatus < 0) break;
749 <      
564 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
565 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
566 <      
567 <      myStatus = 1;
568 <      local_index=-1;        
569 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
570 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
571 <      }
572 <      if (local_index != -1) {
573 <
574 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
575 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
576 <
577 <        //format the line
748 >      if (!isDirectional) {
749 >        
750          sprintf( tempBuffer,
751                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
752 <                 atoms[local_index]->getType(),
753 <                 pos[0],
754 <                 pos[1],
755 <                 pos[2],
756 <                 vel[0],
757 <                 vel[1],
758 <                 vel[2]); // check here.
752 >                 atomTypeString,
753 >                 atomData6[0],
754 >                 atomData6[1],
755 >                 atomData6[2],
756 >                 atomData6[3],
757 >                 atomData6[4],
758 >                 atomData6[5]);
759 >        
760          strcpy( writeLine, tempBuffer );
761 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
762          
763 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
590 <          
591 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
592 <          dAtom->getQ( q );
593 <          
594 <          sprintf( tempBuffer,
595 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
596 <                   q[0],
597 <                   q[1],
598 <                   q[2],
599 <                   q[3],
600 <                   dAtom->getJx(),
601 <                   dAtom->getJy(),
602 <                   dAtom->getJz());
603 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
604 <        }
605 <        else{
606 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
607 <        }
608 <      }
609 <      else {
610 <        sprintf(painCave.errMsg,
611 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
612 <                which_atom, worldRank );
613 <        myStatus = 0;
614 <        simError();
763 >      } else {
764          
765 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
765 >        sprintf( tempBuffer,
766 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
767 >                 atomTypeString,
768 >                 atomData13[0],
769 >                 atomData13[1],
770 >                 atomData13[2],
771 >                 atomData13[3],
772 >                 atomData13[4],
773 >                 atomData13[5],
774 >                 atomData13[6],
775 >                 atomData13[7],
776 >                 atomData13[8],
777 >                 atomData13[9],
778 >                 atomData13[10],
779 >                 atomData13[11],
780 >                 atomData13[12]);
781 >        
782 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
783 >        
784        }
785 +        
786 +      finalOut << writeLine;
787 +      finalOut.flush();
788 +    }
789 +  
790 +    finalOut.flush();
791 +    sprintf( checkPointMsg,
792 +             "Sucessfully took a dump.\n");
793 +    delete[] potatoes;
794 +    
795 +    MPIcheckPoint();        
796 +    
797 +  } else {
798  
799 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
800 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
801 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
802 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
799 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
800 >
801 >    // Set my magic potato to 0:
802 >
803 >    myPotato = 0;
804 >    
805 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
806 >      
807 >      // Am I the node which has this atom?
808 >      
809 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
810 >
811 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
812 >
813 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
814 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
815 >          // node 0 says we can go:
816 >
817 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
818 >          
819 >        }
820 >        which_atom = i;  
821 >        local_index=-1;
822 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
823 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
824 >        }
825 >        if (local_index != -1) {
826 >        
827 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
828 >
829 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
830 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
831 >
832 >          atomData6[0] = pos[0];
833 >          atomData6[1] = pos[1];
834 >          atomData6[2] = pos[2];
835 >
836 >          atomData6[3] = vel[0];
837 >          atomData6[4] = vel[1];
838 >          atomData6[5] = vel[2];
839 >          
840 >          isDirectional = 0;
841 >
842 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
843 >
844 >            isDirectional = 1;
845 >            
846 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
847 >            dAtom->getQ( q );
848 >            
849 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
850 >              atomData13[j] = atomData6[j];
851 >            
852 >            atomData13[6] = q[0];
853 >            atomData13[7] = q[1];
854 >            atomData13[8] = q[2];
855 >            atomData13[9] = q[3];
856 >
857 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
858 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
859 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
860 >          }
861 >
862 >        } else {
863 >          sprintf(painCave.errMsg,
864 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
865 >                  i, worldRank );
866 >          haveError= 1;
867 >          simError();
868 >        }
869 >
870 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
871 >
872 >        // null terminate the string before sending (just in case):
873 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
874 >
875 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
876 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
877 >        
878 >        myPotato++;
879 >
880 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
881 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
882 >        
883 >        myPotato++;
884 >        
885 >        if (isDirectional) {
886 >
887 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
888 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
889 >          
890 >        } else {
891 >
892 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
893 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
894 >        }
895 >
896 >        myPotato++;      
897 >      }
898      }
899 <  }
900 <  finalOut.flush();
901 <  sprintf( checkPointMsg,
902 <           "Sucessfully took a dump.\n");
903 <  MPIcheckPoint();
899 >
900 >    sprintf( checkPointMsg,
901 >             "Sucessfully took a dump.\n");
902 >    MPIcheckPoint();        
903 >    
904 >  }
905    
906 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
906 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
907   #endif // is_mpi
908   }
909  
# Line 637 | Line 913 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
913  
914   // a couple of functions to let us escape the write loop
915  
916 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
641 <  int j, myStatus;
642 <  
643 <  myStatus = 0;
644 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
645 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
646 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
647 <  }  
648 <  
916 > void dWrite::DieDieDie( void ){
917  
918    MPI_Finalize();
919    exit (0);
652 –  
920   }
921  
655 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
656 –
657 –  MPI_Finalize();
658 –  exit (0);
659 – }
660 –
922   #endif //is_mpi

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