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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 447 by mmeineke, Thu Apr 3 20:21:54 2003 UTC vs.
Revision 936 by tim, Tue Jan 13 20:35:25 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 26 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
35 <    
36 <    if( !outFile ){
37 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
44 –  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
79 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
80 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
87 <  double q[4];
88 <  DirectionalAtom* dAtom;
89 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 <    
92 >  
93 >  indexArray.clear();
94 >  
95 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
96 >    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
97 >  
98 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
99 > }
100 > #endif
101  
102 < #ifndef IS_MPI
83 <    
84 <  outFile << nAtoms << "\n";
85 <    
86 <  outFile << currentTime << "\t"
87 <          << entry_plug->box_x << "\t"
88 <          << entry_plug->box_y << "\t"
89 <          << entry_plug->box_z << "\n";
90 <    
91 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
92 <      
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <    sprintf( tempBuffer,
105 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
96 <             atoms[i]->getType(),
97 <             atoms[i]->getX(),
98 <             atoms[i]->getY(),
99 <             atoms[i]->getZ(),
100 <             atoms[i]->get_vx(),
101 <             atoms[i]->get_vy(),
102 <             atoms[i]->get_vz());
103 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
108 <        
109 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
110 <      dAtom->getQ( q );
111 <        
112 <      sprintf( tempBuffer,
113 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
114 <               q[0],
115 <               q[1],
116 <               q[2],
115 <               q[3],
116 <               dAtom->getJx(),
117 <               dAtom->getJy(),
118 <               dAtom->getJz());
119 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 >    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
121 –    else
122 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
123 –      
124 –    outFile << writeLine;
118    }
119 <  outFile.flush();
119 > #endif // is_mpi
120  
121 < #else // is_mpi
121 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
122 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
123  
124 <  // first thing first, suspend fatalities.
131 <  painCave.isEventLoop = 1;
124 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
125  
126 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
127 <  int haveError;
128 <
129 <  MPI_Status istatus;
137 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
138 <  
139 <  // write out header and node 0's coordinates
140 <  
141 <  if( worldRank == 0 ){
142 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
143 <    
144 <    outFile << currentTime << "\t"
145 <            << entry_plug->box_x << "\t"
146 <            << entry_plug->box_y << "\t"
147 <            << entry_plug->box_z << "\n";
148 <    outFile.flush();
149 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
150 <      // Get the Node number which has this atom;
151 <      
152 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
153 <      
154 <      if (which_node == 0 ) {
155 <        
156 <        haveError = 0;
157 <        which_atom = i;
158 <        local_index=-1;        
159 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
160 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
161 <        }
162 <        if (local_index != -1) {
163 <          //format the line
164 <          sprintf( tempBuffer,
165 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
166 <                   atoms[local_index]->getType(),
167 <                   atoms[local_index]->getX(),
168 <                   atoms[local_index]->getY(),
169 <                   atoms[local_index]->getZ(),
170 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
171 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
172 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
173 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
174 <          
175 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
176 <            
177 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
178 <            dAtom->getQ( q );
179 <            
180 <            sprintf( tempBuffer,
181 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
182 <                     q[0],
183 <                     q[1],
184 <                     q[2],
185 <                     q[3],
186 <                     dAtom->getJx(),
187 <                     dAtom->getJy(),
188 <                     dAtom->getJz());
189 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
190 <            
191 <          }
192 <          else
193 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
194 <        }
195 <        else {
196 <          sprintf(painCave.errMsg,
197 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
198 <                  i, worldRank );
199 <          haveError= 1;
200 <          simError();
201 <        }
202 <        
203 <        if(haveError) nodeZeroError();
204 <
205 <      }
206 <      else {
207 <        myStatus = 1;
208 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
209 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
210 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
211 <                 MPI_COMM_WORLD);
212 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
216 <        
217 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
218 <
219 <      }
220 <      
221 <      outFile << writeLine;
222 <      outFile.flush();
223 <    }
224 <    
225 <    // kill everyone off:
226 <    myStatus = -1;
227 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
230 <    }
231 <
232 <  } else {
233 <    
234 <    done = 0;
235 <    while (!done) {
236 <      
237 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239 <
240 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
241 <      
242 <      if(myStatus < 0) break;
243 <
244 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
245 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 <      
247 <      myStatus = 1;
248 <      local_index=-1;        
249 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
250 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
251 <      }
252 <      if (local_index != -1) {
253 <        //format the line
254 <        sprintf( tempBuffer,
255 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
256 <                 atoms[local_index]->getType(),
257 <                 atoms[local_index]->getX(),
258 <                 atoms[local_index]->getY(),
259 <                 atoms[local_index]->getZ(),
260 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
261 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
262 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
263 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 <        
265 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266 <          
267 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268 <          dAtom->getQ( q );
269 <          
270 <          sprintf( tempBuffer,
271 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272 <                   q[0],
273 <                   q[1],
274 <                   q[2],
275 <                   q[3],
276 <                   dAtom->getJx(),
277 <                   dAtom->getJy(),
278 <                   dAtom->getJz());
279 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
280 <        }
281 <        else{
282 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 <        }
284 <      }
285 <      else {
286 <        sprintf(painCave.errMsg,
287 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 <                which_atom, worldRank );
289 <        myStatus = 0;
290 <        simError();
291 <
292 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293 <      }
294 <
295 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
296 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
297 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
298 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
299 <    }
300 <  }  
301 <  outFile.flush();
302 <  sprintf( checkPointMsg,
303 <           "Sucessfully took a dump.\n");
304 <  MPIcheckPoint();
305 <
306 < // last  thing last, enable  fatalities.
307 <  painCave.isEventLoop = 0;
308 <
309 < #endif // is_mpi
126 > #ifdef IS_MPI
127 >  finalOut.close();
128 > #endif
129 >        
130   }
131  
132 < void DumpWriter::writeFinal(){
132 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
133  
314 –  char finalName[500];
134    ofstream finalOut;
135 +  vector<ofstream*> fileStreams;
136  
317 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
318 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
319 –  char writeLine[BUFFERSIZE];  
320 –
321 –  double q[4];
322 –  DirectionalAtom* dAtom;
323 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
324 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
325 –  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
326 –  
327 –  
137   #ifdef IS_MPI
138    if(worldRank == 0 ){
139 < #endif // is_mpi
140 <    
141 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
333 <    
334 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
139 >
140 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142      if( !finalOut ){
143        sprintf( painCave.errMsg,
144                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
145 <               finalName );
145 >               entry_plug->finalName );
146        painCave.isFatal = 1;
147        simError();
148      }
149 <    
343 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
344 <    
345 < #ifdef IS_MPI
149 >
150    }
151 + #endif // is_mpi
152    
153 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
154 <  MPIcheckPoint();  
153 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
154 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
155 >
156 > #ifdef IS_MPI
157 >  finalOut.close();
158 > #endif
159    
160 < #endif //is_mpi
160 > }
161  
162 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
163 +
164 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
165 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
166 +
167 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
168 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
169 +
170 +  int i, k;
171 +
172 + #ifdef IS_MPI
173    
174 +  int *potatoes;
175 +  int myPotato;
176 +
177 +  int nProc;
178 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
179 +  double atomData6[6];
180 +  double atomData13[13];
181 +  int isDirectional;
182 +  char* atomTypeString;
183 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
184 +
185 + #else //is_mpi
186 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
187 + #endif //is_mpi
188 +
189 +  double q[4];
190 +  DirectionalAtom* dAtom;
191 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
192 +  double pos[3], vel[3];
193 +
194   #ifndef IS_MPI
355 –    
356 –  finalOut << nAtoms << "\n";
357 –    
358 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
359 –           << entry_plug->box_y << "\t"
360 –           << entry_plug->box_z << "\n";
195    
196 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
197 +    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
198 +
199 +    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
200 +               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
201 +                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
202 +                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
203 +              
204 +               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
205 +                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
206 +                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
207 +
208 +                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 +                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 +                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
211 +
212 +    //write out additional parameters, such as chi and eta
213 +    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
214 +  }
215 +  
216    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
217 <      
217 >
218 >    atoms[i]->getPos(pos);
219 >    atoms[i]->getVel(vel);
220 >
221      sprintf( tempBuffer,
222               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
223               atoms[i]->getType(),
224 <             atoms[i]->getX(),
225 <             atoms[i]->getY(),
226 <             atoms[i]->getZ(),
227 <             atoms[i]->get_vx(),
228 <             atoms[i]->get_vy(),
229 <             atoms[i]->get_vz());
224 >             pos[0],
225 >             pos[1],
226 >             pos[2],
227 >             vel[0],
228 >             vel[1],
229 >             vel[2]);
230      strcpy( writeLine, tempBuffer );
231  
232      if( atoms[i]->isDirectional() ){
233 <        
233 >
234        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
235        dAtom->getQ( q );
236 <        
236 >
237        sprintf( tempBuffer,
238                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
239                 q[0],
# Line 390 | Line 247 | void DumpWriter::writeFinal(){
247      }
248      else
249        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
250 <      
251 <    finalOut << writeLine;
250 >
251 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
252 >      *outFile[k] << writeLine;
253    }
396 –  finalOut.flush();
397 –  finalOut.close();
254  
255   #else // is_mpi
256 +
257 +  /* code to find maximum tag value */
258    
259 <  // first thing first, suspend fatalities.
260 <  painCave.isEventLoop = 1;
259 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
260 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
261 >  if (flag) {
262 >    MAXTAG = *tagub;
263 >  } else {
264 >    MAXTAG = 32767;
265 >  }  
266  
404 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
267    int haveError;
268  
269    MPI_Status istatus;
270    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
271  
272    // write out header and node 0's coordinates
273 <  
412 <  haveError = 0;
273 >
274    if( worldRank == 0 ){
275 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
275 >
276 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
277 >
278 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
279 >    potatoes = new int[nProc];
280 >
281 >    //write out the comment lines
282 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
283 >      potatoes[i] = 0;
284      
285 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
286 <            << entry_plug->box_y << "\t"
287 <            << entry_plug->box_z << "\n";
288 <    
285 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
286 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
287 >
288 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
289 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
290 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
291 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
292 >
293 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
294 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
295 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
296 >
297 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
298 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
299 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
300 >  
301 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
302 >    }
303 >
304 >    currentIndex = 0;
305 >
306      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
421 –      // Get the Node number which has this molecule:
307        
308 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
308 >      // Get the Node number which has this atom;
309        
310 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
310 >      which_node = AtomToProcMap[i];
311 >      
312 >      if (which_node != 0) {
313  
314 <        which_atom = i;
315 <        local_index=-1;        
316 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
317 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
314 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
315 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
316 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
317 >
318 >          potatoes[which_node] = 0;          
319 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
320 >          
321          }
432 –        if (local_index != -1) {        
433 –          sprintf( tempBuffer,
434 –                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
435 –                   atoms[local_index]->getType(),
436 –                   atoms[local_index]->getX(),
437 –                   atoms[local_index]->getY(),
438 –                   atoms[local_index]->getZ(),
439 –                   atoms[local_index]->get_vx(),
440 –                   atoms[local_index]->get_vy(),
441 –                   atoms[local_index]->get_vz());
442 –          strcpy( writeLine, tempBuffer );
443 –          
444 –          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
445 –            
446 –            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
447 –            dAtom->getQ( q );
448 –            
449 –            sprintf( tempBuffer,
450 –                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
451 –                     q[0],
452 –                     q[1],
453 –                     q[2],
454 –                     q[3],
455 –                     dAtom->getJx(),
456 –                     dAtom->getJy(),
457 –                     dAtom->getJz());
458 –            strcat( writeLine, tempBuffer );
459 –          }
460 –          else
461 –            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
462 –        }
463 –        else {
464 –          sprintf(painCave.errMsg,
465 –                  "Atom %d not found on processor %d\n",
466 –                  i, worldRank );
467 –          haveError= 1;
468 –          simError();
469 –        }
322  
323 <        if(haveError) nodeZeroError();
472 <    
473 <      }
474 <      else {
323 >        myPotato = potatoes[which_node];        
324          
325 <        myStatus = 1;
326 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
327 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
328 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
480 <                 MPI_COMM_WORLD);
481 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
482 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
484 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
325 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
326 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
327 >        
328 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
329          
330 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
330 >        myPotato++;
331 >
332 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
333 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
334 >              
335 >        myPotato++;
336 >
337 >        if (isDirectional) {          
338 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
339 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
340 >        } else {
341 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
342 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
343 >        }
344 >        
345 >        myPotato++;
346 >        potatoes[which_node] = myPotato;
347 >
348 >      } else {
349 >        
350 >        haveError = 0;
351 >              which_atom = i;
352 >        
353 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
354 >                
355 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
356 >          
357 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
358 >
359 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
360 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
361 >
362 >          atomData6[0] = pos[0];
363 >          atomData6[1] = pos[1];
364 >          atomData6[2] = pos[2];
365 >
366 >          atomData6[3] = vel[0];
367 >          atomData6[4] = vel[1];
368 >          atomData6[5] = vel[2];
369 >          
370 >          isDirectional = 0;
371 >
372 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
373 >
374 >            isDirectional = 1;
375 >            
376 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
377 >            dAtom->getQ( q );
378 >
379 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
380 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
381 >            
382 >            atomData13[6] = q[0];
383 >            atomData13[7] = q[1];
384 >            atomData13[8] = q[2];
385 >            atomData13[9] = q[3];
386 >            
387 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
388 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
389 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
390 >          }
391 >          
392 >        } else {
393 >          sprintf(painCave.errMsg,
394 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
395 >                              i, worldRank );
396 >                haveError= 1;
397 >                simError();
398 >              }
399 >        
400 >        if(haveError) DieDieDie();
401 >        
402 >        currentIndex ++;
403        }
404 +      // If we've survived to here, format the line:
405        
406 <      finalOut << writeLine;
406 >      if (!isDirectional) {
407 >        
408 >        sprintf( writeLine,
409 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
410 >                             atomTypeString,
411 >                             atomData6[0],
412 >                             atomData6[1],
413 >                             atomData6[2],
414 >                             atomData6[3],
415 >                             atomData6[4],
416 >                             atomData6[5]);
417 >
418 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
419 >        
420 >      } else {
421 >        
422 >              sprintf( writeLine,
423 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
424 >                             atomTypeString,
425 >                             atomData13[0],
426 >                             atomData13[1],
427 >                             atomData13[2],
428 >                             atomData13[3],
429 >                             atomData13[4],
430 >                             atomData13[5],
431 >                             atomData13[6],
432 >                             atomData13[7],
433 >                             atomData13[8],
434 >                             atomData13[9],
435 >                             atomData13[10],
436 >                             atomData13[11],
437 >                             atomData13[12]);
438 >        
439 >      }
440 >      
441 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
442 >        *outFile[k] << writeLine;
443      }
444      
445 <    // kill everyone off:
446 <    myStatus = -1;
447 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
448 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
449 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
497 <    }
445 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
446 >      outFile[k]->flush();
447 >    
448 >    sprintf( checkPointMsg,
449 >             "Sucessfully took a dump.\n");
450  
451 +    MPIcheckPoint();        
452 +
453 +    delete[] potatoes;
454 +
455    } else {
500 –    
501 –    done = 0;
502 –    while (!done) {
456  
457 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
458 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
457 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
458 >
459 >    // Set my magic potato to 0:
460 >
461 >    myPotato = 0;
462 >    currentIndex = 0;
463 >    
464 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
465        
466 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
466 >      // Am I the node which has this atom?
467        
468 <      if(myStatus < 0) break;
510 <      
511 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
512 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
513 <      
514 <      myStatus = 1;
515 <      local_index=-1;        
516 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
517 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
518 <      }
519 <      if (local_index != -1) {
468 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
469  
470 <        //format the line
522 <        sprintf( tempBuffer,
523 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
524 <                 atoms[local_index]->getType(),
525 <                 atoms[local_index]->getX(),
526 <                 atoms[local_index]->getY(),
527 <                 atoms[local_index]->getZ(),
528 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
529 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
530 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
531 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
532 <        
533 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
534 <          
535 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
536 <          dAtom->getQ( q );
537 <          
538 <          sprintf( tempBuffer,
539 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
540 <                   q[0],
541 <                   q[1],
542 <                   q[2],
543 <                   q[3],
544 <                   dAtom->getJx(),
545 <                   dAtom->getJy(),
546 <                   dAtom->getJz());
547 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
548 <        }
549 <        else{
550 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
551 <        }
552 <      }
553 <      else {
554 <        sprintf(painCave.errMsg,
555 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
556 <                which_atom, worldRank );
557 <        myStatus = 0;
558 <        simError();
559 <        
560 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
561 <      }
470 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
471  
472 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
473 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
474 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
566 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
567 <    }
568 <  }
569 <  finalOut.flush();
570 <  sprintf( checkPointMsg,
571 <           "Sucessfully took a dump.\n");
572 <  MPIcheckPoint();
573 <  
574 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
575 < #endif // is_mpi
576 < }
472 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
473 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
474 >          // node 0 says we can go:
475  
476 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
477 +          
478 +        }
479 +        which_atom = i;
480 +        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
481 +                
482 +        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
483 +        
484 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
485  
486 +                atoms[local_index]->getPos(pos);
487 +                atoms[local_index]->getVel(vel);
488  
489 < #ifdef IS_MPI
489 >          atomData6[0] = pos[0];
490 >          atomData6[1] = pos[1];
491 >          atomData6[2] = pos[2];
492  
493 < // a couple of functions to let us escape the write loop
493 >          atomData6[3] = vel[0];
494 >          atomData6[4] = vel[1];
495 >          atomData6[5] = vel[2];
496 >          
497 >          isDirectional = 0;
498  
499 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
500 <  int j, myStatus;
499 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500 >
501 >            isDirectional = 1;
502 >            
503 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
504 >            dAtom->getQ( q );
505 >            
506 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
507 >              atomData13[j] = atomData6[j];
508 >            
509 >            atomData13[6] = q[0];
510 >            atomData13[7] = q[1];
511 >            atomData13[8] = q[2];
512 >            atomData13[9] = q[3];
513    
514 <  myStatus = 0;
515 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
516 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
517 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
591 <  }  
592 <  
514 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
515 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
516 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
517 >          }
518  
519 <  MPI_Finalize();
520 <  exit (0);
519 >        } else {
520 >                sprintf(painCave.errMsg,
521 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
522 >                              i, worldRank );
523 >                haveError= 1;
524 >                simError();
525 >              }
526 >
527 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
528 >
529 >        // null terminate the string before sending (just in case):
530 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
531 >
532 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
533 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
534 >        
535 >        myPotato++;
536 >
537 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
538 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
539 >        
540 >        myPotato++;
541 >        
542 >        if (isDirectional) {
543 >
544 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
545 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
546 >          
547 >        } else {
548 >
549 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
550 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
551 >        }
552 >
553 >        myPotato++;  
554 >        currentIndex++;    
555 >      }
556 >    }
557 >
558 >    sprintf( checkPointMsg,
559 >             "Sucessfully took a dump.\n");
560 >    MPIcheckPoint();        
561 >    
562 >  }
563    
564 + #endif // is_mpi
565   }
566  
567 < void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
567 > #ifdef IS_MPI
568  
569 + // a couple of functions to let us escape the write loop
570 +
571 + void dWrite::DieDieDie( void ){
572 +
573    MPI_Finalize();
574    exit (0);
575   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines