ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/branches/no-template-branch/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 434 by chuckv, Fri Mar 28 19:30:59 2003 UTC vs.
Revision 590 by mmeineke, Thu Jul 10 22:15:53 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 1
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27    if(worldRank == 0 ){
28   #endif // is_mpi
29      
23 –
24 –    
30      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
31      
32      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
# Line 34 | Line 39 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
# Line 65 | Line 70 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
71    char writeLine[BUFFERSIZE];
72  
73 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
73 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74    double q[4];
75    DirectionalAtom* dAtom;
76    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 76 | Line 81 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
81      
82    outFile << nAtoms << "\n";
83      
84 <  outFile << currentTime << "\t"
85 <          << entry_plug->box_x << "\t"
86 <          << entry_plug->box_y << "\t"
87 <          << entry_plug->box_z << "\n";
84 >  outFile << currentTime << ";\t"
85 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
86 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
87 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
88 >
89 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
90 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
91 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
92 >
93 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
94 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
95 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
96      
97    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
98        
# Line 120 | Line 133 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
133  
134   #else // is_mpi
135  
136 <  MPI::Status istatus;
136 >  // first thing first, suspend fatalities.
137 >  painCave.isEventLoop = 1;
138 >
139 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
140 >  int haveError;
141 >
142 >  MPI_Status istatus;
143    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
144    
145    // write out header and node 0's coordinates
146    
147    if( worldRank == 0 ){
148      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
149 <    
149 >  
150      outFile << currentTime << "\t"
151 <            << entry_plug->box_x << "\t"
152 <            << entry_plug->box_y << "\t"
153 <            << entry_plug->box_z << "\n";
151 >            << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
152 >            << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
153 >            << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
154 >      
155 >            << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
156 >            << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
157 >            << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
158 >      
159 >            << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
160 >            << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
161 >            << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
162 >    ;
163      outFile.flush();
164      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
165        // Get the Node number which has this atom;
166        
167        which_node = AtomToProcMap[i];    
168        
169 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <                sprintf( tempBuffer,
143 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
144 <                 atoms[i]->getType(),
145 <                 atoms[i]->getX(),
146 <                 atoms[i]->getY(),
147 <                 atoms[i]->getZ(),
148 <                 atoms[i]->get_vx(),
149 <                 atoms[i]->get_vy(),
150 <                 atoms[i]->get_vz());
151 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
169 >      if (which_node == 0 ) {
170          
171 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
172 <          
173 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
174 <          dAtom->getQ( q );
157 <          
158 <          sprintf( tempBuffer,
159 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
160 <                   q[0],
161 <                   q[1],
162 <                   q[2],
163 <                   q[3],
164 <                   dAtom->getJx(),
165 <                   dAtom->getJy(),
166 <                   dAtom->getJz());
167 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
168 <        }
169 <        else
170 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
171 <        
172 <      } else {
173 <        
174 <        std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        std::cerr << "node 0: sent!\n";
177 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
178 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
179 <        std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
180 <      }
181 <      
182 <      outFile << writeLine;
183 <      outFile.flush();
184 <    }
185 <    
186 <    // kill everyone off:
187 <    game_over = -1;
188 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
189 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
190 <    }
191 <
192 <  } else {
193 <    
194 <    done = 0;
195 <    while (!done) {
196 <      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
197 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
198 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
199 <      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
200 <      if (which_atom == -1) {
201 <        done=1;
202 <        continue;
203 <      } else {
204 <        local_index=-1;        
205 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
171 >        haveError = 0;
172 >        which_atom = i;
173 >        local_index=-1;        
174 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
175            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
176          }
177          if (local_index != -1) {
# Line 233 | Line 202 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
202                       dAtom->getJy(),
203                       dAtom->getJz());
204              strcat( writeLine, tempBuffer );
205 <          }
206 <          else
207 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
208 <          std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
209 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
210 <                               TAKE_THIS_TAG);
211 <        } else {
212 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
213 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
214 <                               TAKE_THIS_TAG);
215 <        }
205 >            
206 >          }
207 >          else
208 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
209 >        }
210 >        else {
211 >          sprintf(painCave.errMsg,
212 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
213 >                  i, worldRank );
214 >          haveError= 1;
215 >          simError();
216 >        }
217 >        
218 >        if(haveError) nodeZeroError();
219 >
220        }
221 +      else {
222 +        myStatus = 1;
223 +        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
224 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
225 +        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
226 +                 MPI_COMM_WORLD);
227 +        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 +                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 +        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
230 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
231 +        
232 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
233 +
234 +      }
235 +      
236 +      outFile << writeLine;
237 +      outFile.flush();
238      }
239 +    
240 +    // kill everyone off:
241 +    myStatus = -1;
242 +    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
243 +      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
244 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
245 +    }
246 +
247 +  } else {
248 +    
249 +    done = 0;
250 +    while (!done) {
251 +      
252 +      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
253 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
254 +
255 +      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
256 +      
257 +      if(myStatus < 0) break;
258 +
259 +      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
260 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
261 +      
262 +      myStatus = 1;
263 +      local_index=-1;        
264 +      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
265 +        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
266 +      }
267 +      if (local_index != -1) {
268 +        //format the line
269 +        sprintf( tempBuffer,
270 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
271 +                 atoms[local_index]->getType(),
272 +                 atoms[local_index]->getX(),
273 +                 atoms[local_index]->getY(),
274 +                 atoms[local_index]->getZ(),
275 +                 atoms[local_index]->get_vx(),
276 +                 atoms[local_index]->get_vy(),
277 +                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
278 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
279 +        
280 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
281 +          
282 +          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
283 +          dAtom->getQ( q );
284 +          
285 +          sprintf( tempBuffer,
286 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
287 +                   q[0],
288 +                   q[1],
289 +                   q[2],
290 +                   q[3],
291 +                   dAtom->getJx(),
292 +                   dAtom->getJy(),
293 +                   dAtom->getJz());
294 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
295 +        }
296 +        else{
297 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 +        }
299 +      }
300 +      else {
301 +        sprintf(painCave.errMsg,
302 +                "Atom %d not found on processor %d\n",
303 +                which_atom, worldRank );
304 +        myStatus = 0;
305 +        simError();
306 +
307 +        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
308 +      }
309 +
310 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
311 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
312 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
313 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
314 +    }
315    }  
316    outFile.flush();
317    sprintf( checkPointMsg,
318             "Sucessfully took a dump.\n");
319    MPIcheckPoint();
320 +
321 + // last  thing last, enable  fatalities.
322 +  painCave.isEventLoop = 0;
323 +
324   #endif // is_mpi
325   }
326  
327 < void DumpWriter::writeFinal(){
327 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
328  
329    char finalName[500];
330    ofstream finalOut;
# Line 300 | Line 370 | void DumpWriter::writeFinal(){
370      
371    finalOut << nAtoms << "\n";
372      
373 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
374 <           << entry_plug->box_y << "\t"
375 <           << entry_plug->box_z << "\n";
373 >  finalOut << finalTime << "\t"
374 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
375 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
376 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << "\t"
377 >    
378 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
379 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
380 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << "\t"
381 >    
382 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
383 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
384 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << "\n";
385    
386    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
387        
# Line 343 | Line 422 | void DumpWriter::writeFinal(){
422  
423   #else // is_mpi
424    
425 <  MPI::Status istatus;
425 >  // first thing first, suspend fatalities.
426 >  painCave.isEventLoop = 1;
427 >
428 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
429 >  int haveError;
430 >
431 >  MPI_Status istatus;
432    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
433  
434    // write out header and node 0's coordinates
435    
436 +  haveError = 0;
437    if( worldRank == 0 ){
438      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
439      
440 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
441 <            << entry_plug->box_y << "\t"
442 <            << entry_plug->box_z << "\n";
440 >    finalOut << finalTime << "\t"
441 >             << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
442 >             << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
443 >             << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
444 >      
445 >             << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
446 >             << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
447 >             << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
448 >      
449 >             << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
450 >             << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
451 >             << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
452      
453      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
454        // Get the Node number which has this molecule:
# Line 361 | Line 456 | void DumpWriter::writeFinal(){
456        which_node = AtomToProcMap[i];    
457        
458        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
459 <        
460 <        sprintf( tempBuffer,
461 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
462 <                 atoms[i]->getType(),
463 <                 atoms[i]->getX(),
369 <                 atoms[i]->getY(),
370 <                 atoms[i]->getZ(),
371 <                 atoms[i]->get_vx(),
372 <                 atoms[i]->get_vy(),
373 <                 atoms[i]->get_vz());
374 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
375 <        
376 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
377 <          
378 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
379 <          dAtom->getQ( q );
380 <          
381 <          sprintf( tempBuffer,
382 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
383 <                   q[0],
384 <                   q[1],
385 <                   q[2],
386 <                   q[3],
387 <                   dAtom->getJx(),
388 <                   dAtom->getJy(),
389 <                   dAtom->getJz());
390 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
459 >
460 >        which_atom = i;
461 >        local_index=-1;        
462 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
463 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
464          }
465 <        else
466 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
465 >        if (local_index != -1) {        
466 >          sprintf( tempBuffer,
467 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
468 >                   atoms[local_index]->getType(),
469 >                   atoms[local_index]->getX(),
470 >                   atoms[local_index]->getY(),
471 >                   atoms[local_index]->getZ(),
472 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
473 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
474 >                   atoms[local_index]->get_vz());
475 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
476 >          
477 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
478 >            
479 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
480 >            dAtom->getQ( q );
481 >            
482 >            sprintf( tempBuffer,
483 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
484 >                     q[0],
485 >                     q[1],
486 >                     q[2],
487 >                     q[3],
488 >                     dAtom->getJx(),
489 >                     dAtom->getJy(),
490 >                     dAtom->getJz());
491 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
492 >          }
493 >          else
494 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
495 >        }
496 >        else {
497 >          sprintf(painCave.errMsg,
498 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
499 >                  i, worldRank );
500 >          haveError= 1;
501 >          simError();
502 >        }
503 >
504 >        if(haveError) nodeZeroError();
505 >    
506 >      }
507 >      else {
508          
509 <      } else {
510 <        
511 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
512 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
513 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
509 >        myStatus = 1;
510 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
511 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
512 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
513 >                 MPI_COMM_WORLD);
514 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
515 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
516 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
517 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
518 >        
519 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
520        }
521        
522        finalOut << writeLine;
523      }
524      
525      // kill everyone off:
526 <    game_over = -1;
527 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
528 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
526 >    myStatus = -1;
527 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
528 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
529 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
530      }
531  
532    } else {
533      
534      done = 0;
535      while (!done) {
415 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
416 –                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
536  
537 <      if (which_atom == -1) {
538 <        done=1;
539 <        continue;
540 <      } else {
537 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
538 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
539 >      
540 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
541 >      
542 >      if(myStatus < 0) break;
543 >      
544 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
545 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 >      
547 >      myStatus = 1;
548 >      local_index=-1;        
549 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
550 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
551 >      }
552 >      if (local_index != -1) {
553  
554 <        local_index=-1;        
555 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
556 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
557 <        }
558 <        if (local_index != -1) {
559 <
560 <          //format the line
561 <          sprintf( tempBuffer,
562 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
563 <                   atoms[local_index]->getType(),
564 <                   atoms[local_index]->getX(),
565 <                   atoms[local_index]->getY(),
566 <                   atoms[local_index]->getZ(),
436 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
437 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
438 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
439 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
554 >        //format the line
555 >        sprintf( tempBuffer,
556 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
557 >                 atoms[local_index]->getType(),
558 >                 atoms[local_index]->getX(),
559 >                 atoms[local_index]->getY(),
560 >                 atoms[local_index]->getZ(),
561 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
562 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
563 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
564 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
565 >        
566 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
567            
568 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
569 <            
570 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
571 <            dAtom->getQ( q );
572 <            
573 <            sprintf( tempBuffer,
574 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
575 <                     q[0],
576 <                     q[1],
577 <                     q[2],
578 <                     q[3],
579 <                     dAtom->getJx(),
580 <                     dAtom->getJy(),
581 <                     dAtom->getJz());
582 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
583 <          }
584 <          else
585 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
586 <          
587 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
588 <                               TAKE_THIS_TAG);
589 <        } else {
590 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
591 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
592 <                               TAKE_THIS_TAG);
593 <        }
568 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
569 >          dAtom->getQ( q );
570 >          
571 >          sprintf( tempBuffer,
572 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
573 >                   q[0],
574 >                   q[1],
575 >                   q[2],
576 >                   q[3],
577 >                   dAtom->getJx(),
578 >                   dAtom->getJy(),
579 >                   dAtom->getJz());
580 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
581 >        }
582 >        else{
583 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
584 >        }
585 >      }
586 >      else {
587 >        sprintf(painCave.errMsg,
588 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
589 >                which_atom, worldRank );
590 >        myStatus = 0;
591 >        simError();
592 >        
593 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
594        }
595 +
596 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
597 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
598 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
599 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
600      }
601    }
602    finalOut.flush();
603    sprintf( checkPointMsg,
604             "Sucessfully took a dump.\n");
605    MPIcheckPoint();
606 <
606 >  
607    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
608   #endif // is_mpi
609   }
610 +
611 +
612 +
613 + #ifdef IS_MPI
614 +
615 + // a couple of functions to let us escape the write loop
616 +
617 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
618 +  int j, myStatus;
619 +  
620 +  myStatus = 0;
621 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
622 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
623 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
624 +  }  
625 +  
626 +
627 +  MPI_Finalize();
628 +  exit (0);
629 +  
630 + }
631 +
632 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
633 +
634 +  MPI_Finalize();
635 +  exit (0);
636 + }
637 +
638 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines