ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/branches/no-template-branch/OOPSE/libmdtools/Atom.cpp
Revision: 707
Committed: Wed Aug 20 19:42:31 2003 UTC (22 years, 2 months ago) by mmeineke
Original Path: trunk/OOPSE/libmdtools/Atom.cpp
File size: 6344 byte(s)
Log Message: 
updated the Changelog.

added some bug fixes for setting the random number generator seed value.

fixed a bug where ghostbend atom b was not being set. ( recent bug from SimState conversion)

File Contents

# User Rev Content
1 mmeineke 561 #include <iostream>
2    
3     using namespace std;
4    
5 mmeineke 670 #include "simError.h"
6 gezelter 409 #include "Atom.hpp"
7    
8 mmeineke 670 Atom::Atom(int theIndex, SimState* theConfig) {
9    
10     myConfig = theConfig;
11     hasCoords = false;
12 mmeineke 707
13 gezelter 409 c_n_hyd = 0;
14     has_dipole = 0;
15     is_VDW = 0;
16     is_LJ = 0;
17    
18     index = theIndex;
19 mmeineke 670 offset = 0;
20 gezelter 409 offsetX = offset;
21     offsetY = offset+1;
22     offsetZ = offset+2;
23    
24 mmeineke 670 Axx = 0;
25 gezelter 409 Axy = Axx+1;
26     Axz = Axx+2;
27    
28     Ayx = Axx+3;
29     Ayy = Axx+4;
30     Ayz = Axx+5;
31    
32     Azx = Axx+6;
33     Azy = Axx+7;
34     Azz = Axx+8;
35     }
36    
37 mmeineke 670 void Atom::setIndex(int theIndex) {
38     index = theIndex;
39     }
40 mmeineke 413
41 mmeineke 670 void Atom::setCoords(void){
42    
43     if( myConfig->isAllocated() ){
44    
45 mmeineke 690
46 mmeineke 670 myConfig->getAtomPointers( index,
47     &pos,
48     &vel,
49     &frc,
50     &trq,
51     &Amat,
52     &mu,
53     &ul );
54 gezelter 409 }
55 mmeineke 670 else{
56     sprintf( painCave.errMsg,
57     "Attempted to set Atom %d coordinates with an unallocated "
58     "SimState object.\n" );
59     painCave.isFatal = 1;
60     simError();
61     }
62 gezelter 409
63 mmeineke 670 hasCoords = true;
64 gezelter 409
65     }
66    
67 mmeineke 670 // void Atom::addAtoms(int nAdded, double* Apos, double* Avel, double* Afrc,
68     // double* Atrq, double* AAmat, double* Amu,
69     // double* Aul) {
70 gezelter 409
71 mmeineke 670 // int nNew = nElements+nAdded;
72 gezelter 409
73 mmeineke 670 // double* new_pos = new double[nNew*3];
74     // double* new_vel = new double[nNew*3];
75     // double* new_frc = new double[nNew*3];
76     // double* new_trq = new double[nNew*3];
77     // double* new_Amat = new double[nNew*9];
78     // double* new_mu = new double[nNew];
79     // double* new_ul = new double[nNew*3];
80     // int i, j;
81 gezelter 409
82 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 3*nElements; i++) {
83     // new_pos[i] = pos[i];
84     // new_vel[i] = vel[i];
85     // new_frc[i] = frc[i];
86     // new_trq[i] = trq[i];
87     // new_ul[i] = ul[i];
88     // }
89 gezelter 409
90 mmeineke 670 // for(i = 0; i < 3*nAdded; i++) {
91     // j = i + 3*nElements;
92     // new_pos[j] = Apos[i];
93     // new_vel[j] = Avel[i];
94     // new_frc[j] = Afrc[i];
95     // new_trq[j] = Atrq[i];
96     // new_ul[j] = Aul[i];
97     // }
98 gezelter 409
99 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 9*nElements; i++) {
100     // new_Amat[i] = Amat[i];
101     // }
102 gezelter 409
103 mmeineke 670 // for(i = 0; i < 9*nAdded; i++) {
104     // j = i + 9*nElements;
105     // new_Amat[j] = AAmat[i];
106     // }
107 gezelter 409
108 mmeineke 670 // for (i = 0; i < nElements; i++) {
109     // new_mu[i] = mu[i];
110     // }
111 gezelter 409
112 mmeineke 670 // for(i = 0; i < nAdded; i++) {
113     // j = i + nElements;
114     // new_mu[j] = Amu[i];
115     // }
116 gezelter 409
117 mmeineke 670 // delete[] pos;
118     // delete[] vel;
119     // delete[] frc;
120     // delete[] trq;
121     // delete[] Amat;
122     // delete[] mu;
123 gezelter 409
124 mmeineke 670 // pos = new_pos;
125     // vel = new_vel;
126     // frc = new_frc;
127     // trq = new_trq;
128     // ul = new_ul;
129     // Amat = new_Amat;
130     // mu = new_mu;
131 gezelter 409
132 mmeineke 670 // nElements = nNew;
133     // }
134 gezelter 409
135 mmeineke 670 // void Atom::deleteAtom(int theIndex) {
136     // deleteRange(theIndex, theIndex);
137     // }
138 gezelter 409
139 mmeineke 670 // void Atom::deleteRange(int startIndex, int stopIndex) {
140 gezelter 409
141 mmeineke 670 // int nNew = nElements-(stopIndex-startIndex+1);
142 gezelter 409
143 mmeineke 670 // double* new_pos = new double[nNew*3];
144     // double* new_vel = new double[nNew*3];
145     // double* new_frc = new double[nNew*3];
146     // double* new_trq = new double[nNew*3];
147     // double* new_Amat = new double[nNew*9];
148     // double* new_mu = new double[nNew];
149     // double* new_ul = new double[nNew*3];
150     // int i, j;
151 gezelter 409
152 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 3*startIndex; i++) {
153     // new_pos[i] = pos[i];
154     // new_vel[i] = vel[i];
155     // new_frc[i] = frc[i];
156     // new_trq[i] = trq[i];
157     // new_ul[i] = ul[i];
158     // }
159 gezelter 409
160 mmeineke 670 // for(i = 3*(stopIndex + 1); i < 3*nElements; i++) {
161     // j = i - 3*startIndex + 1;
162     // new_pos[j] = pos[i];
163     // new_vel[j] = vel[i];
164     // new_frc[j] = frc[i];
165     // new_trq[j] = trq[i];
166     // new_ul[j] = ul[i];
167     // }
168 gezelter 409
169 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 9*startIndex; i++) {
170     // new_Amat[i] = Amat[i];
171     // }
172 gezelter 409
173 mmeineke 670 // for(i = 9*(stopIndex + 1); i < 9*nElements; i++) {
174     // j = i - 9*startIndex + 1;
175     // new_Amat[j] = Amat[i];
176     // }
177 gezelter 409
178 mmeineke 670 // for (i = 0; i < startIndex; i++) {
179     // new_mu[i] = mu[i];
180     // }
181 gezelter 409
182 mmeineke 670 // for(i = (stopIndex+1); i < nElements; i++) {
183     // j = i - startIndex + 1;
184     // new_mu[j] = mu[i];
185     // }
186 gezelter 409
187 mmeineke 670 // delete[] pos;
188     // delete[] vel;
189     // delete[] frc;
190     // delete[] trq;
191     // delete[] Amat;
192     // delete[] mu;
193 gezelter 409
194 mmeineke 670 // pos = new_pos;
195     // vel = new_vel;
196     // frc = new_frc;
197     // trq = new_trq;
198     // ul = new_ul;
199     // Amat = new_Amat;
200     // mu = new_mu;
201 gezelter 409
202 mmeineke 670 // nElements = nNew;
203     // }
204 mmeineke 599
205    
206     void Atom::getPos( double theP[3] ){
207    
208 mmeineke 670 if( hasCoords ){
209     theP[0] = pos[offsetX];
210     theP[1] = pos[offsetY];
211     theP[2] = pos[offsetZ];
212     }
213     else{
214    
215     sprintf( painCave.errMsg,
216     "Attempt to get Pos for atom %d before coords set.\n",
217     index );
218     painCave.isFatal = 1;
219     simError();
220     }
221 mmeineke 599 }
222    
223     void Atom::setPos( double theP[3] ){
224    
225 mmeineke 670 if( hasCoords ){
226     pos[offsetX] = theP[0];
227     pos[offsetY] = theP[1];
228     pos[offsetZ] = theP[2];
229     }
230     else{
231    
232     sprintf( painCave.errMsg,
233     "Attempt to set Pos for atom %d before coords set.\n",
234     index );
235     painCave.isFatal = 1;
236     simError();
237     }
238 mmeineke 599 }
239    
240     void Atom::getVel( double theV[3] ){
241    
242 mmeineke 670 if( hasCoords ){
243     theV[0] = vel[offsetX];
244     theV[1] = vel[offsetY];
245     theV[2] = vel[offsetZ];
246     }
247     else{
248    
249     sprintf( painCave.errMsg,
250     "Attempt to get vel for atom %d before coords set.\n",
251     index );
252     painCave.isFatal = 1;
253     simError();
254     }
255    
256 mmeineke 599 }
257    
258     void Atom::setVel( double theV[3] ){
259    
260 mmeineke 670 if( hasCoords ){
261     vel[offsetX] = theV[0];
262     vel[offsetY] = theV[1];
263     vel[offsetZ] = theV[2];
264     }
265     else{
266    
267     sprintf( painCave.errMsg,
268     "Attempt to set vel for atom %d before coords set.\n",
269     index );
270     painCave.isFatal = 1;
271     simError();
272     }
273 mmeineke 599 }
274    
275     void Atom::getFrc( double theF[3] ){
276    
277 mmeineke 670 if( hasCoords ){
278     theF[0] = frc[offsetX];
279     theF[1] = frc[offsetY];
280     theF[2] = frc[offsetZ];
281     }
282     else{
283    
284     sprintf( painCave.errMsg,
285     "Attempt to get frc for atom %d before coords set.\n",
286     index );
287     painCave.isFatal = 1;
288     simError();
289     }
290 mmeineke 599 }
291    
292     void Atom::addFrc( double theF[3] ){
293    
294 mmeineke 670 if( hasCoords ){
295     frc[offsetX] += theF[0];
296     frc[offsetY] += theF[1];
297     frc[offsetZ] += theF[2];
298     }
299     else{
300    
301     sprintf( painCave.errMsg,
302     "Attempt to add frc for atom %d before coords set.\n",
303     index );
304     painCave.isFatal = 1;
305     simError();
306     }
307 mmeineke 599 }
308 mmeineke 670
309    
310     void GeneralAtom::zeroForces( void ){
311    
312    
313     if( hasCoords ){
314     frc[offsetX] = 0.0;
315     frc[offsetY] = 0.0;
316     frc[offsetZ] = 0.0;
317     }
318     else{
319    
320     sprintf( painCave.errMsg,
321     "Attempt to zero frc for atom %d before coords set.\n",
322     index );
323     painCave.isFatal = 1;
324     simError();
325     }
326     }