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root/OpenMD/trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 282 by tim, Thu Feb 3 14:04:59 2005 UTC vs.
Revision 432 by tim, Fri Mar 11 15:00:20 2005 UTC

# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 + #include <stack>
43   #include "selection/SelectionEvaluator.hpp"
44 + #include "primitives/Atom.hpp"
45 + #include "primitives/DirectionalAtom.hpp"
46 + #include "primitives/RigidBody.hpp"
47 + #include "primitives/Molecule.hpp"
48 +
49   namespace oopse {
50  
51  
52 + SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si)
53 +    : info(si), nameFinder(info), distanceFinder(info), indexFinder(info), isLoaded_(false){
54 +    
55 +    nStuntDouble = info->getNGlobalAtoms() + info->getNRigidBodies();
56 + }            
57 +
58   bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
59 +    clearDefinitionsAndLoadPredefined();
60      this->filename = filename;
61      this->script = script;
62      if (! compiler.compile(filename, script)) {
63          error = true;
64          errorMessage = compiler.getErrorMessage();
65 +        std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
66          return false;
67      }
68  
# Line 56 | Line 70 | bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string&
70      aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
71      linenumbers = compiler.getLineNumbers();
72      lineIndices = compiler.getLineIndices();
73 +
74 +    std::vector<std::vector<Token> >::const_iterator i;  
75 +
76 +    isDynamic_ = false;
77 +    for (i = aatoken.begin(); i != aatoken.end(); ++i) {
78 +        if (containDynamicToken(*i)) {
79 +            isDynamic_ = true;
80 +            break;
81 +        }
82 +    }
83 +
84 +    isLoaded_ = true;
85      return true;
86   }
87  
88   void SelectionEvaluator::clearState() {
63 –    for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
64 –        stack[i].clear();
65 –    scriptLevel = 0;
89      error = false;
90      errorMessage = "";
91   }
# Line 77 | Line 100 | bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::str
100      return loadScriptFileInternal(filename);
101   }
102  
103 < bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  string & filename) {
103 > bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
104 >  std::ifstream ifs(filename.c_str());
105 >    if (!ifs.is_open()) {
106 >        return false;
107 >    }
108  
109 +    const int bufferSize = 65535;
110 +    char buffer[bufferSize];
111 +    std::string script;
112 +    while(ifs.getline(buffer, bufferSize)) {
113 +        script += buffer;
114 +    }
115 +    return loadScript(filename, script);
116   }
117  
118 < void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
119 <
118 > void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSet& bs){
119 >    
120      while ( pc < aatoken.size()) {
121          statement = aatoken[pc++];
122          statementLength = statement.size();
# Line 92 | Line 126 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
126                  define();
127              break;
128              case Token::select:
129 <                select();
129 >                select(bs);
130              break;
131              default:
132                  unrecognizedCommand(token);
133              return;
134          }
135      }
136 +
137   }
138  
139 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(std::vector<Token>& code, int pcStart) {
105 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
139 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
140      BitSet bs;
141 <    BitSet[] stack = new BitSet[10];
142 <    int sp = 0;
143 <
110 <    for (int pc = pcStart; ; ++pc) {
141 >    std::stack<BitSet> stack;
142 >    
143 >    for (int pc = pcStart; pc < code.size(); ++pc) {
144        Token instruction = code[pc];
145  
146        switch (instruction.tok) {
# Line 116 | Line 149 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
149        case Token::expressionEnd:
150          break;
151        case Token::all:
152 <        bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
153 <        for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
154 <          bs.set(i);
152 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
153 >        bs.setAll();
154 >        stack.push(bs);            
155          break;
156        case Token::none:
157 <        stack[sp++] = new BitSet();
157 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
158 >        stack.push(bs);            
159          break;
160        case Token::opOr:
161 <        bs = stack[--sp];
162 <        stack[sp-1].or(bs);
161 >        bs = stack.top();
162 >        stack.pop();
163 >        stack.top() |= bs;
164          break;
165        case Token::opAnd:
166 <        bs = stack[--sp];
167 <        stack[sp-1].and(bs);
166 >        bs = stack.top();
167 >        stack.pop();
168 >        stack.top() &= bs;
169          break;
170        case Token::opNot:
171 <        bs = stack[sp - 1];
136 <        notSet(bs);
171 >        stack.top().flip();
172          break;
173        case Token::within:
174 <        bs = stack[sp - 1];
175 <        stack[sp - 1] = new BitSet();
141 <        withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
174 >
175 >        withinInstruction(instruction, stack.top());
176          break;
177 <      case Token::selected:
178 <        stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
179 <        break;
177 >      //case Token::selected:
178 >      //  stack.push(getSelectionSet());
179 >      //  break;
180        case Token::name:
181 <
181 >        stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
182          break;
183 <      case  Token::index:
184 <        
183 >      case Token::index:
184 >        stack.push(indexInstruction(instruction.value));
185          break;
152 –      case Token::molname:  
153 –
154 –        break;
155 –      case Token::molindex:
156 –        break;
186        case Token::identifier:
187 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((std::string)instruction.value);
187 >        stack.push(lookupValue(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
188          break;
189        case Token::opLT:
190        case Token::opLE:
# Line 163 | Line 192 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
192        case Token::opGT:
193        case Token::opEQ:
194        case Token::opNE:
195 <        bs = stack[sp++] = new BitSet();
167 <        comparatorInstruction(instruction, bs);
195 >        stack.push(comparatorInstruction(instruction));
196          break;
197        default:
198          unrecognizedExpression();
199        }
200      }
201 <    if (sp != 1)
201 >    if (stack.size() != 1)
202        evalError("atom expression compiler error - stack over/underflow");
203 <    return stack[0];
203 >          
204 >    return stack.top();
205    }
206  
207  
208  
209 <  void SelectionEvaluator::comparatorInstruction(Token instruction, BitSet bs) {
209 > BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
210      int comparator = instruction.tok;
211      int property = instruction.intValue;
212 <    float propertyValue = 0; // just for temperature
213 <    int comparisonValue = ((Integer)instruction.value).intValue();
214 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
215 <    Frame frame = viewer.getFrame();
216 <    for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
217 <      Atom atom = frame.getAtomAt(i);
218 <      switch (property) {
219 <      case Token::mass:
220 <        //propertyValue = atom.getAtomNumber();
221 <        break;
222 <      case Token::charge:
212 >    float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
213 >    float propertyValue;
214 >    BitSet bs(nStuntDouble);
215 >    bs.clearAll();
216 >    
217 >    SimInfo::MoleculeIterator mi;
218 >    Molecule* mol;
219 >    Molecule::AtomIterator ai;
220 >    Atom* atom;
221 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
222 >    RigidBody* rb;
223 >    
224 >    for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
225  
226 <        break;
227 <      case Token::dipole:
228 <
229 <        break;
230 <      default:
231 <        unrecognizedAtomProperty(property);
232 <      }
202 <      bool match = false;
203 <      switch (comparator) {
204 <      case Token::opLT:
205 <        match = propertyValue < comparisonValue;
206 <        break;
207 <      case Token::opLE:
208 <        match = propertyValue <= comparisonValue;
209 <        break;
210 <      case Token::opGE:
211 <        match = propertyValue >= comparisonValue;
212 <        break;
213 <      case Token::opGT:
214 <        match = propertyValue > comparisonValue;
215 <        break;
216 <      case Token::opEQ:
217 <        match = propertyValue == comparisonValue;
218 <        break;
219 <      case Token::opNE:
220 <        match = propertyValue != comparisonValue;
221 <        break;
222 <      }
223 <      if (match)
224 <        bs.set(i);
226 >        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
227 >            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
228 >        }
229 >        
230 >        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
231 >            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
232 >        }        
233      }
226 –  }
234  
235 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs, BitSet& bsResult)
235 >    return bs;
236 > }
237 >
238 > void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
239 >        double propertyValue = 0.0;
240 >        switch (property) {
241 >        case Token::mass:
242 >            propertyValue = sd->getMass();
243 >            break;
244 >        case Token::charge:
245 >            if (sd->isAtom()){
246 >                Atom* atom = static_cast<Atom*>(sd);
247 >                propertyValue = getCharge(atom);
248 >            } else if (sd->isRigidBody()) {
249 >                RigidBody* rb = static_cast<RigidBody*>(sd);
250 >                RigidBody::AtomIterator ai;
251 >                Atom* atom;
252 >                for (atom = rb->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = rb->nextAtom(ai)) {
253 >                    propertyValue+=  getCharge(atom);
254 >                }
255 >            }
256 >            break;
257 >        default:
258 >            unrecognizedAtomProperty(property);
259 >        }
260 >        
261 >        bool match = false;
262 >        switch (comparator) {
263 >            case Token::opLT:
264 >                match = propertyValue < comparisonValue;
265 >                break;
266 >            case Token::opLE:
267 >                match = propertyValue <= comparisonValue;
268 >                break;
269 >            case Token::opGE:
270 >                match = propertyValue >= comparisonValue;
271 >                break;
272 >            case Token::opGT:
273 >                match = propertyValue > comparisonValue;
274 >                break;
275 >            case Token::opEQ:
276 >                match = propertyValue == comparisonValue;
277 >                break;
278 >            case Token::opNE:
279 >                match = propertyValue != comparisonValue;
280 >                break;
281 >        }
282 >        if (match)
283 >            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
284  
285 + }
286 +
287 + void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
288 +    
289      boost::any withinSpec = instruction.value;
290 +    float distance;
291      if (withinSpec.type() == typeid(float)){
292 <        withinDistance(boost::any_cast<float>(withinSpec), bs, bsResult);
293 <        return;
292 >        distance = boost::any_cast<float>(withinSpec);
293 >    } else if (withinSpec.type() == typeid(int)) {
294 >        distance = boost::any_cast<int>(withinSpec);    
295 >    } else {
296 >        evalError("casting error in withinInstruction");
297 >        bs.clearAll();
298      }
299      
300 <    evalError("Unrecognized within parameter:" + withinSpec);
300 >    bs = distanceFinder.find(bs, distance);            
301   }
302  
303 <  void SelectionEvaluator::withinDistance(float distance, const BitSet& bs, const BitSet& bsResult) {
240 <    Frame frame = viewer.getFrame();
241 <    for (int i = frame.getAtomCount(); --i >= 0; ) {
242 <      if (bs.get(i)) {
243 <        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
244 <        AtomIterator iterWithin =
245 <          frame.getWithinIterator(atom, distance);
246 <        while (iterWithin.hasNext())
247 <          bsResult.set(iterWithin.next().getAtomIndex());
248 <      }
249 <    }
250 <  }
251 <
252 <  void SelectionEvaluator::define() {
303 > void SelectionEvaluator::define() {
304      assert(statement.size() >= 3);
305  
306      std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
307 <    
308 <    variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
258 <  }
307 >
308 >    variables.insert(VariablesType::value_type(variable, expression(statement, 2)));
309   }
310  
311 +
312   /** @todo */
313   void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
314  
# Line 272 | Line 323 | void SelectionEvaluator::predefine(const std::string&
323          if (statement.size() > 2) {
324              int tok = statement[1].tok;
325              if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
326 <                std::string variable = (std::string)statement[1].value;
327 <                variables.insert(std::make_pair(variable, statement));
326 >                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
327 >                variables.insert(VariablesType::value_type(variable, statement));
328  
329              } else {
330                  evalError("invalid variable name:" + script);
# Line 290 | Line 341 | void SelectionEvaluator::predefine(const std::string&
341  
342   }
343  
344 < void SelectionEvaluator::select(){
345 <    viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
344 > void SelectionEvaluator::select(BitSet& bs){
345 >    bs = expression(statement, 1);
346   }
347  
348   BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
349  
350 +    BitSet bs(nStuntDouble);
351      std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
352 <
352 >    
353      if (i != variables.end()) {
354          if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
355              return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
356          } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
357 <            BitSet bs = expression(boost::any_cast(i->second), 2);
357 >            bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
358              i->second =  bs; /**@todo fixme */
359              return bs;
360          }
361 +    } else {
362 +        unrecognizedIdentifier(variable);
363      }
364  
365 +    return bs;
366   }
367  
368 + BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
369 +    
370 +    return nameFinder.match(name);
371 +
372 + }    
373 +
374 + bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
375 +    std::vector<Token>::const_iterator i;
376 +    for (i = tokens.begin(); i != tokens.end(); ++i) {
377 +        if (i->tok & Token::dynamic) {
378 +            return true;
379 +        }
380 +    }
381 +
382 +    return false;
383 + }    
384 +
385 + void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
386 +    variables.clear();
387 +    //load predefine
388 +    //predefine();
389   }
390 +
391 + BitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
392 +    BitSet bs(nStuntDouble);
393 +    if (isLoaded_) {
394 +        pc = 0;
395 +        instructionDispatchLoop(bs);
396 +    }
397 +
398 +    return bs;
399 + }
400 +
401 + BitSet SelectionEvaluator::indexInstruction(const boost::any& value) {
402 +    BitSet bs(nStuntDouble);
403 +
404 +    if (value.type() == typeid(int)) {
405 +        int index = boost::any_cast<int>(value);
406 +        if (index < 0 || index >= bs.size()) {
407 +            invalidIndex(index);
408 +        } else {
409 +            bs = indexFinder.find(index);
410 +        }
411 +    } else if (value.type() == typeid(std::pair<int, int>)) {
412 +        std::pair<int, int> indexRange= boost::any_cast<std::pair<int, int> >(value);
413 +        assert(indexRange.first <= indexRange.second);
414 +        if (indexRange.first < 0 || indexRange.second >= bs.size()) {
415 +            invalidIndexRange(indexRange);
416 +        }else {
417 +            bs = indexFinder.find(indexRange.first, indexRange.second);
418 +        }
419 +    }
420 +
421 +    return bs;
422 + }
423 +
424 +
425 + double SelectionEvaluator::getCharge(Atom* atom) {
426 +    double charge =0.0;
427 +    AtomType* atomType = atom->getAtomType();
428 +    if (atomType->isCharge()) {
429 +        GenericData* data = atomType->getPropertyByName("Charge");
430 +        if (data != NULL) {
431 +            DoubleGenericData* doubleData= dynamic_cast<DoubleGenericData*>(data);
432 +
433 +            if (doubleData != NULL) {
434 +                charge = doubleData->getData();
435 +
436 +            } else {
437 +                    sprintf( painCave.errMsg,
438 +                           "Can not cast GenericData to DoubleGenericData\n");
439 +                    painCave.severity = OOPSE_ERROR;
440 +                    painCave.isFatal = 1;
441 +                    simError();          
442 +            }
443 +        }
444 +    }
445 +
446 +    return charge;
447 + }
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