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root/OpenMD/trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 413 by tim, Wed Mar 9 17:30:29 2005 UTC vs.
Revision 1360 by cli2, Mon Sep 7 16:31:51 2009 UTC

# Line 49 | Line 49 | namespace oopse {
49   namespace oopse {
50  
51  
52 < SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si)
52 >  SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si)
53      : info(si), nameFinder(info), distanceFinder(info), indexFinder(info), isLoaded_(false){
54      
55 <    nStuntDouble = info->getNGlobalAtoms() + info->getNRigidBodies();
56 < }            
55 >      nStuntDouble = info->getNGlobalAtoms() + info->getNRigidBodies();
56 >    }            
57  
58 < bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
58 >  bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
59      clearDefinitionsAndLoadPredefined();
60      this->filename = filename;
61      this->script = script;
62      if (! compiler.compile(filename, script)) {
63 <        error = true;
64 <        errorMessage = compiler.getErrorMessage();
65 <        std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
66 <        return false;
63 >      error = true;
64 >      errorMessage = compiler.getErrorMessage();
65 >      std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
66 >      return false;
67      }
68  
69      pc = 0;
# Line 75 | Line 75 | bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string&
75  
76      isDynamic_ = false;
77      for (i = aatoken.begin(); i != aatoken.end(); ++i) {
78 <        if (containDynamicToken(*i)) {
79 <            isDynamic_ = true;
80 <            break;
81 <        }
78 >      if (containDynamicToken(*i)) {
79 >        isDynamic_ = true;
80 >        break;
81 >      }
82      }
83  
84      isLoaded_ = true;
85      return true;
86 < }
86 >  }
87  
88 < void SelectionEvaluator::clearState() {
89 <    //for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
90 <    //    stack[i].clear();
91 <    //scriptLevel = 0;
88 >  void SelectionEvaluator::clearState() {
89      error = false;
90      errorMessage = "";
91 < }
91 >  }
92  
93 < bool SelectionEvaluator::loadScriptString(const std::string& script) {
93 >  bool SelectionEvaluator::loadScriptString(const std::string& script) {
94      clearState();
95      return loadScript("", script);
96 < }
96 >  }
97  
98 < bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::string& filename) {
98 >  bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::string& filename) {
99      clearState();
100      return loadScriptFileInternal(filename);
101 < }
101 >  }
102  
103 < bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
104 <  std::ifstream ifs(filename.c_str());
103 >  bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
104 >    std::ifstream ifs(filename.c_str());
105      if (!ifs.is_open()) {
106 <        return false;
106 >      return false;
107      }
108  
109      const int bufferSize = 65535;
110      char buffer[bufferSize];
111      std::string script;
112      while(ifs.getline(buffer, bufferSize)) {
113 <        script += buffer;
113 >      script += buffer;
114      }
115      return loadScript(filename, script);
116 < }
116 >  }
117  
118 < void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSet& bs){
118 >  void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(OOPSEBitSet& bs){
119      
120      while ( pc < aatoken.size()) {
121 <        statement = aatoken[pc++];
122 <        statementLength = statement.size();
123 <        Token token = statement[0];
124 <        switch (token.tok) {
125 <            case Token::define:
126 <                define();
127 <            break;
128 <            case Token::select:
129 <                select(bs);
130 <            break;
131 <            default:
132 <                unrecognizedCommand(token);
133 <            return;
134 <        }
121 >      statement = aatoken[pc++];
122 >      statementLength = statement.size();
123 >      Token token = statement[0];
124 >      switch (token.tok) {
125 >      case Token::define:
126 >        define();
127 >        break;
128 >      case Token::select:
129 >        select(bs);
130 >        break;
131 >      default:
132 >        unrecognizedCommand(token);
133 >        return;
134 >      }
135      }
136  
137 < }
137 >  }
138  
139 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
140 <    BitSet bs;
141 <    std::stack<BitSet> stack;
139 >  OOPSEBitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
140 >    OOPSEBitSet bs;
141 >    std::stack<OOPSEBitSet> stack;
142      
143      for (int pc = pcStart; pc < code.size(); ++pc) {
144        Token instruction = code[pc];
# Line 152 | Line 149 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSe
149        case Token::expressionEnd:
150          break;
151        case Token::all:
152 <        bs = BitSet(nStuntDouble);
152 >        bs = OOPSEBitSet(nStuntDouble);
153          bs.setAll();
154          stack.push(bs);            
155          break;
156        case Token::none:
157 <        bs = BitSet(nStuntDouble);
157 >        bs = OOPSEBitSet(nStuntDouble);
158          stack.push(bs);            
159          break;
160        case Token::opOr:
# Line 177 | Line 174 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSe
174  
175          withinInstruction(instruction, stack.top());
176          break;
177 <      //case Token::selected:
178 <      //  stack.push(getSelectionSet());
179 <      //  break;
177 >        //case Token::selected:
178 >        //  stack.push(getSelectionSet());
179 >        //  break;
180        case Token::name:
181          stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
182          break;
# Line 209 | Line 206 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSe
206  
207  
208  
209 < BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
209 >  OOPSEBitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
210      int comparator = instruction.tok;
211      int property = instruction.intValue;
212      float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
213      float propertyValue;
214 <    BitSet bs(nStuntDouble);
214 >    OOPSEBitSet bs(nStuntDouble);
215      bs.clearAll();
216      
217      SimInfo::MoleculeIterator mi;
# Line 226 | Line 223 | BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const
223      
224      for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
225  
226 <        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
227 <            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
228 <        }
229 <        
230 <        //change the positions of atoms which belong to the rigidbodies
231 <        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
232 <            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
236 <        }        
226 >      for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
227 >        compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
228 >      }
229 >        
230 >      for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
231 >        compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
232 >      }        
233      }
234  
235      return bs;
236 < }
236 >  }
237  
238 < void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
239 <        double propertyValue;
240 <        switch (property) {
241 <        case Token::mass:
242 <            propertyValue = sd->getMass();
243 <            break;
244 <        case Token::charge:
245 <            return;
246 <            //break;
247 <        case Token::dipole:
248 <            return;
249 <            //break;
250 <        default:
251 <            unrecognizedAtomProperty(property);
252 <        }
238 >  void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, OOPSEBitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
239 >    RealType propertyValue = 0.0;
240 >    switch (property) {
241 >    case Token::mass:
242 >      propertyValue = sd->getMass();
243 >      break;
244 >    case Token::charge:
245 >      if (sd->isAtom()){
246 >        Atom* atom = static_cast<Atom*>(sd);
247 >        propertyValue = getCharge(atom);
248 >      } else if (sd->isRigidBody()) {
249 >        RigidBody* rb = static_cast<RigidBody*>(sd);
250 >        RigidBody::AtomIterator ai;
251 >        Atom* atom;
252 >        for (atom = rb->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = rb->nextAtom(ai)) {
253 >          propertyValue+=  getCharge(atom);
254 >        }
255 >      }
256 >      break;
257 >    case Token::x:
258 >      propertyValue = sd->getPos().x();
259 >      break;
260 >    case Token::y:
261 >      propertyValue = sd->getPos().y();
262 >      break;
263 >    case Token::z:
264 >      propertyValue = sd->getPos().z();
265 >      break;
266 >    default:
267 >      unrecognizedAtomProperty(property);
268 >    }
269          
270 <        bool match = false;
271 <        switch (comparator) {
272 <            case Token::opLT:
273 <                match = propertyValue < comparisonValue;
274 <                break;
275 <            case Token::opLE:
276 <                match = propertyValue <= comparisonValue;
277 <                break;
278 <            case Token::opGE:
279 <                match = propertyValue >= comparisonValue;
280 <                break;
281 <            case Token::opGT:
282 <                match = propertyValue > comparisonValue;
283 <                break;
284 <            case Token::opEQ:
285 <                match = propertyValue == comparisonValue;
286 <                break;
287 <            case Token::opNE:
288 <                match = propertyValue != comparisonValue;
289 <                break;
290 <        }
291 <        if (match)
292 <            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
270 >    bool match = false;
271 >    switch (comparator) {
272 >    case Token::opLT:
273 >      match = propertyValue < comparisonValue;
274 >      break;
275 >    case Token::opLE:
276 >      match = propertyValue <= comparisonValue;
277 >      break;
278 >    case Token::opGE:
279 >      match = propertyValue >= comparisonValue;
280 >      break;
281 >    case Token::opGT:
282 >      match = propertyValue > comparisonValue;
283 >      break;
284 >    case Token::opEQ:
285 >      match = propertyValue == comparisonValue;
286 >      break;
287 >    case Token::opNE:
288 >      match = propertyValue != comparisonValue;
289 >      break;
290 >    }
291 >    if (match)
292 >      bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
293  
294 < }
294 >  }
295  
296 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
296 >  void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, OOPSEBitSet& bs){
297      
298      boost::any withinSpec = instruction.value;
299      float distance;
300      if (withinSpec.type() == typeid(float)){
301 <        distance = boost::any_cast<float>(withinSpec);
301 >      distance = boost::any_cast<float>(withinSpec);
302      } else if (withinSpec.type() == typeid(int)) {
303 <        distance = boost::any_cast<int>(withinSpec);    
303 >      distance = boost::any_cast<int>(withinSpec);    
304      } else {
305 <        evalError("casting error in withinInstruction");
306 <        bs.clearAll();
305 >      evalError("casting error in withinInstruction");
306 >      bs.clearAll();
307      }
308      
309      bs = distanceFinder.find(bs, distance);            
310 < }
310 >  }
311  
312 < void SelectionEvaluator::define() {
312 >  void SelectionEvaluator::define() {
313      assert(statement.size() >= 3);
314  
315      std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
316  
317      variables.insert(VariablesType::value_type(variable, expression(statement, 2)));
318 < }
318 >  }
319  
320  
321 < /** @todo */
322 < void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
321 >  /** @todo */
322 >  void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
323  
324      if (compiler.compile("#predefine", script)) {
325 <        std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
326 <        if (aatoken.size() != 1) {
327 <            evalError("predefinition does not have exactly 1 command:"
328 <                + script);
329 <            return;
330 <        }
331 <        std::vector<Token> statement = aatoken[0];
332 <        if (statement.size() > 2) {
333 <            int tok = statement[1].tok;
334 <            if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
335 <                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
336 <                variables.insert(VariablesType::value_type(variable, statement));
325 >      std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
326 >      if (aatoken.size() != 1) {
327 >        evalError("predefinition does not have exactly 1 command:"
328 >                  + script);
329 >        return;
330 >      }
331 >      std::vector<Token> statement = aatoken[0];
332 >      if (statement.size() > 2) {
333 >        int tok = statement[1].tok;
334 >        if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
335 >          std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
336 >          variables.insert(VariablesType::value_type(variable, statement));
337  
338 <            } else {
339 <                evalError("invalid variable name:" + script);
340 <            }
341 <        }else {
342 <            evalError("bad predefinition length:" + script);
343 <        }
338 >        } else {
339 >          evalError("invalid variable name:" + script);
340 >        }
341 >      }else {
342 >        evalError("bad predefinition length:" + script);
343 >      }
344  
345          
346      } else {
347 <        evalError("predefined set compile error:" + script +
348 <          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
347 >      evalError("predefined set compile error:" + script +
348 >                "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
349      }
350  
351 < }
351 >  }
352  
353 < void SelectionEvaluator::select(BitSet& bs){
353 >  void SelectionEvaluator::select(OOPSEBitSet& bs){
354      bs = expression(statement, 1);
355 < }
355 >  }
356  
357 < BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
357 >  OOPSEBitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
358  
359 <    BitSet bs(nStuntDouble);
359 >    OOPSEBitSet bs(nStuntDouble);
360      std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
361      
362      if (i != variables.end()) {
363 <        if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
364 <            return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
365 <        } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
366 <            bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
367 <            i->second =  bs; /**@todo fixme */
368 <            return bs;
369 <        }
363 >      if (i->second.type() == typeid(OOPSEBitSet)) {
364 >        return boost::any_cast<OOPSEBitSet>(i->second);
365 >      } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
366 >        bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
367 >        i->second =  bs; /**@todo fixme */
368 >        return bs;
369 >      }
370      } else {
371 <        unrecognizedIdentifier(variable);
371 >      unrecognizedIdentifier(variable);
372      }
373  
374      return bs;
375 < }
375 >  }
376  
377 < BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
377 >  OOPSEBitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
378      
379      return nameFinder.match(name);
380  
381 < }    
381 >  }    
382  
383 < bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
383 >  bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
384      std::vector<Token>::const_iterator i;
385      for (i = tokens.begin(); i != tokens.end(); ++i) {
386 <        if (i->tok & Token::dynamic) {
387 <            return true;
388 <        }
386 >      if (i->tok & Token::dynamic) {
387 >        return true;
388 >      }
389      }
390  
391      return false;
392 < }    
392 >  }    
393  
394 < void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
394 >  void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
395      variables.clear();
396      //load predefine
397      //predefine();
398 < }
398 >  }
399  
400 < BitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
401 <    BitSet bs(nStuntDouble);
400 >  OOPSEBitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
401 >    OOPSEBitSet bs(nStuntDouble);
402      if (isLoaded_) {
403 <        pc = 0;
404 <        instructionDispatchLoop(bs);
403 >      pc = 0;
404 >      instructionDispatchLoop(bs);
405      }
406  
407      return bs;
408 < }
408 >  }
409  
410 < BitSet SelectionEvaluator::indexInstruction(const boost::any& value) {
411 <    BitSet bs(nStuntDouble);
410 >  OOPSEBitSet SelectionEvaluator::indexInstruction(const boost::any& value) {
411 >    OOPSEBitSet bs(nStuntDouble);
412  
413      if (value.type() == typeid(int)) {
414 <        int index = boost::any_cast<int>(value);
415 <        if (index < 0 || index >= bs.size()) {
416 <            invalidIndex(index);
417 <        } else {
418 <            indexFinder.find(index);
419 <        }
414 >      int index = boost::any_cast<int>(value);
415 >      if (index < 0 || index >= bs.size()) {
416 >        invalidIndex(index);
417 >      } else {
418 >        bs = indexFinder.find(index);
419 >      }
420      } else if (value.type() == typeid(std::pair<int, int>)) {
421 <        std::pair<int, int> indexRange= boost::any_cast<std::pair<int, int> >(value);
422 <        assert(indexRange.first <= indexRange.second);
423 <        if (indexRange.first < 0 || indexRange.second >= bs.size()) {
424 <            invalidIndexRange(indexRange);
425 <        }else {
426 <            indexFinder.find(indexRange.first, indexRange.second);
427 <        }
421 >      std::pair<int, int> indexRange= boost::any_cast<std::pair<int, int> >(value);
422 >      assert(indexRange.first <= indexRange.second);
423 >      if (indexRange.first < 0 || indexRange.second >= bs.size()) {
424 >        invalidIndexRange(indexRange);
425 >      }else {
426 >        bs = indexFinder.find(indexRange.first, indexRange.second);
427 >      }
428      }
429  
430      return bs;
431 < }
431 >  }
432  
433 +
434 +  RealType SelectionEvaluator::getCharge(Atom* atom) {
435 +    RealType charge =0.0;
436 +    AtomType* atomType = atom->getAtomType();
437 +    if (atomType->isCharge()) {
438 +      GenericData* data = atomType->getPropertyByName("Charge");
439 +      if (data != NULL) {
440 +        DoubleGenericData* doubleData= dynamic_cast<DoubleGenericData*>(data);
441 +
442 +        if (doubleData != NULL) {
443 +          charge = doubleData->getData();
444 +
445 +        } else {
446 +          sprintf( painCave.errMsg,
447 +                   "Can not cast GenericData to DoubleGenericData\n");
448 +          painCave.severity = OOPSE_ERROR;
449 +          painCave.isFatal = 1;
450 +          simError();          
451 +        }
452 +      }
453 +    }
454 +
455 +    return charge;
456 +  }
457 +
458   }

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