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root/OpenMD/trunk/src/parallel/ForceMatrixDecomposition.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/parallel/ForceMatrixDecomposition.cpp (file contents):
Revision 1616 by gezelter, Tue Aug 30 15:45:35 2011 UTC vs.
Revision 1721 by gezelter, Thu May 24 14:17:42 2012 UTC

# Line 36 | Line 36
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38   * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42   #include "parallel/ForceMatrixDecomposition.hpp"
43   #include "math/SquareMatrix3.hpp"
# Line 522 | Line 523 | namespace OpenMD {
523             atomRowData.skippedCharge.end(), 0.0);
524        fill(atomColData.skippedCharge.begin(),
525             atomColData.skippedCharge.end(), 0.0);
526 +    }
527 +
528 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQForce) {      
529 +      fill(atomRowData.flucQFrc.begin(),
530 +           atomRowData.flucQFrc.end(), 0.0);
531 +      fill(atomColData.flucQFrc.begin(),
532 +           atomColData.flucQFrc.end(), 0.0);
533      }
534  
535 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslElectricField) {    
536 +      fill(atomRowData.electricField.begin(),
537 +           atomRowData.electricField.end(), V3Zero);
538 +      fill(atomColData.electricField.begin(),
539 +           atomColData.electricField.end(), V3Zero);
540 +    }
541 +
542 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQForce) {    
543 +      fill(atomRowData.flucQFrc.begin(), atomRowData.flucQFrc.end(),
544 +           0.0);
545 +      fill(atomColData.flucQFrc.begin(), atomColData.flucQFrc.end(),
546 +           0.0);
547 +    }
548 +
549   #endif
550      // even in parallel, we need to zero out the local arrays:
551  
# Line 536 | Line 558 | namespace OpenMD {
558        fill(snap_->atomData.density.begin(),
559             snap_->atomData.density.end(), 0.0);
560      }
561 +
562      if (storageLayout_ & DataStorage::dslFunctional) {
563        fill(snap_->atomData.functional.begin(),
564             snap_->atomData.functional.end(), 0.0);
565      }
566 +
567      if (storageLayout_ & DataStorage::dslFunctionalDerivative) {      
568        fill(snap_->atomData.functionalDerivative.begin(),
569             snap_->atomData.functionalDerivative.end(), 0.0);
570      }
571 +
572      if (storageLayout_ & DataStorage::dslSkippedCharge) {      
573        fill(snap_->atomData.skippedCharge.begin(),
574             snap_->atomData.skippedCharge.end(), 0.0);
575      }
576 <    
576 >
577 >    if (storageLayout_ & DataStorage::dslElectricField) {      
578 >      fill(snap_->atomData.electricField.begin(),
579 >           snap_->atomData.electricField.end(), V3Zero);
580 >    }
581    }
582  
583  
# Line 588 | Line 617 | namespace OpenMD {
617                                     atomColData.electroFrame);
618      }
619  
620 +    // if needed, gather the atomic fluctuating charge values
621 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQPosition) {
622 +      AtomPlanRealRow->gather(snap_->atomData.flucQPos,
623 +                              atomRowData.flucQPos);
624 +      AtomPlanRealColumn->gather(snap_->atomData.flucQPos,
625 +                                 atomColData.flucQPos);
626 +    }
627 +
628   #endif      
629    }
630    
# Line 610 | Line 647 | namespace OpenMD {
647        for (int i = 0; i < n; i++)
648          snap_->atomData.density[i] += rho_tmp[i];
649      }
650 +
651 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslElectricField) {
652 +      
653 +      AtomPlanVectorRow->scatter(atomRowData.electricField,
654 +                                 snap_->atomData.electricField);
655 +      
656 +      int n = snap_->atomData.electricField.size();
657 +      vector<Vector3d> field_tmp(n, V3Zero);
658 +      AtomPlanVectorColumn->scatter(atomColData.electricField, field_tmp);
659 +      for (int i = 0; i < n; i++)
660 +        snap_->atomData.electricField[i] += field_tmp[i];
661 +    }
662   #endif
663    }
664  
# Line 689 | Line 738 | namespace OpenMD {
738              
739      }
740      
741 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQForce) {
742 +
743 +      int nq = snap_->atomData.flucQFrc.size();
744 +      vector<RealType> fqfrc_tmp(nq, 0.0);
745 +
746 +      AtomPlanRealRow->scatter(atomRowData.flucQFrc, fqfrc_tmp);
747 +      for (int i = 0; i < nq; i++) {
748 +        snap_->atomData.flucQFrc[i] += fqfrc_tmp[i];
749 +        fqfrc_tmp[i] = 0.0;
750 +      }
751 +      
752 +      AtomPlanRealColumn->scatter(atomColData.flucQFrc, fqfrc_tmp);
753 +      for (int i = 0; i < nq; i++)
754 +        snap_->atomData.flucQFrc[i] += fqfrc_tmp[i];
755 +            
756 +    }
757 +
758      nLocal_ = snap_->getNumberOfAtoms();
759  
760      vector<potVec> pot_temp(nLocal_,
# Line 949 | Line 1015 | namespace OpenMD {
1015        idat.skippedCharge2 = &(atomColData.skippedCharge[atom2]);
1016      }
1017  
1018 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQPosition) {              
1019 +      idat.flucQ1 = &(atomRowData.flucQPos[atom1]);
1020 +      idat.flucQ2 = &(atomColData.flucQPos[atom2]);
1021 +    }
1022 +
1023   #else
1024 +    
1025  
1026 +    // cerr << "atoms = " << atom1 << " " << atom2 << "\n";
1027 +    // cerr << "pos1 = " << snap_->atomData.position[atom1] << "\n";
1028 +    // cerr << "pos2 = " << snap_->atomData.position[atom2] << "\n";
1029 +
1030      idat.atypes = make_pair( atypesLocal[atom1], atypesLocal[atom2]);
1031      //idat.atypes = make_pair( ff_->getAtomType(idents[atom1]),
1032      //                         ff_->getAtomType(idents[atom2]) );
# Line 994 | Line 1070 | namespace OpenMD {
1070        idat.skippedCharge1 = &(snap_->atomData.skippedCharge[atom1]);
1071        idat.skippedCharge2 = &(snap_->atomData.skippedCharge[atom2]);
1072      }
1073 +
1074 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQPosition) {              
1075 +      idat.flucQ1 = &(snap_->atomData.flucQPos[atom1]);
1076 +      idat.flucQ2 = &(snap_->atomData.flucQPos[atom2]);
1077 +    }
1078 +
1079   #endif
1080    }
1081  
1082    
1083    void ForceMatrixDecomposition::unpackInteractionData(InteractionData &idat, int atom1, int atom2) {    
1084   #ifdef IS_MPI
1085 <    pot_row[atom1] += 0.5 *  *(idat.pot);
1086 <    pot_col[atom2] += 0.5 *  *(idat.pot);
1085 >    pot_row[atom1] += RealType(0.5) *  *(idat.pot);
1086 >    pot_col[atom2] += RealType(0.5) *  *(idat.pot);
1087  
1088      atomRowData.force[atom1] += *(idat.f1);
1089      atomColData.force[atom2] -= *(idat.f1);
1090 +
1091 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQForce) {              
1092 +      atomRowData.flucQFrc[atom1] += *(idat.dVdFQ1);
1093 +      atomColData.flucQFrc[atom2] += *(idat.dVdFQ2);
1094 +    }
1095 +
1096 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslElectricField) {              
1097 +      atomRowData.electricField[atom1] += *(idat.eField1);
1098 +      atomColData.electricField[atom2] += *(idat.eField2);
1099 +    }
1100 +
1101 +    // should particle pot be done here also?
1102   #else
1103      pairwisePot += *(idat.pot);
1104  
1105      snap_->atomData.force[atom1] += *(idat.f1);
1106      snap_->atomData.force[atom2] -= *(idat.f1);
1107 +
1108 +    if (idat.doParticlePot) {
1109 +      snap_->atomData.particlePot[atom1] += *(idat.vpair) * *(idat.sw);
1110 +      snap_->atomData.particlePot[atom2] -= *(idat.vpair) * *(idat.sw);
1111 +    }
1112 +    
1113 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslFlucQForce) {              
1114 +      snap_->atomData.flucQFrc[atom1] += *(idat.dVdFQ1);
1115 +      snap_->atomData.flucQFrc[atom2] -= *(idat.dVdFQ2);
1116 +    }
1117 +
1118 +    if (storageLayout_ & DataStorage::dslElectricField) {              
1119 +      snap_->atomData.electricField[atom1] += *(idat.eField1);
1120 +      snap_->atomData.electricField[atom2] += *(idat.eField2);
1121 +    }
1122 +
1123   #endif
1124      
1125    }

Diff Legend

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> Changed lines