ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/io/ZConsWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/ZConsWriter.cpp (file contents):
Revision 1390 by gezelter, Wed Nov 25 20:02:06 2009 UTC vs.
Revision 2071 by gezelter, Sat Mar 7 21:41:51 2015 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43 + #ifdef IS_MPI
44 + #include <mpi.h>
45 + #endif
46 +
47   #include <algorithm>
48   #include <iostream>
49   #include <vector>
50  
46
51   #include "io/ZConsWriter.hpp"
52   #include "utils/simError.h"
49 #ifdef IS_MPI
50 #include <mpi.h>
51 #endif
53  
54   namespace OpenMD {
55 <  ZConsWriter::ZConsWriter(SimInfo* info, const std::string& filename) : info_(info) {
56 <    //use master - slave mode, only master node writes to disk
55 >  ZConsWriter::ZConsWriter(SimInfo* info, const std::string& filename) :
56 >    info_(info) {
57 >    // use master - slave mode, only master node writes to disk
58   #ifdef IS_MPI
59      if(worldRank == 0){
60   #endif
59
61        output_.open(filename.c_str());
62  
63        if(!output_){
64          sprintf( painCave.errMsg,
65 <                 "Could not open %s for z constrain output_ \n", filename.c_str());
65 >                 "Could not open %s for z constrain output_ \n",
66 >                 filename.c_str());
67          painCave.isFatal = 1;
68          simError();
69        }
70  
71        output_ << "//time(fs)" << std::endl;
72        output_ << "//number of fixed z-constrain molecules" << std::endl;
73 <      output_ << "//global Index of molecule\tzconstrain force\tcurrentZPos" << std::endl;
74 <
73 >      output_ << "//global Index of molecule\tzconstrain force\tcurrentZPos"
74 >              << std::endl;
75   #ifdef IS_MPI
76      }
77 < #endif  
76 <
77 > #endif      
78    }
79 <
79 >  
80    ZConsWriter::~ZConsWriter()
81    {
82 <
82 >    
83   #ifdef IS_MPI
84      if(worldRank == 0 ){
85   #endif  
# Line 90 | Line 91 | namespace OpenMD {
91  
92    void ZConsWriter::writeFZ(const std::list<ZconstraintMol>& fixedZmols){
93   #ifndef IS_MPI
94 <    output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime() << std::endl;
94 >    output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime()
95 >            << std::endl;
96      output_ << fixedZmols.size() << std::endl;
97  
98      std::list<ZconstraintMol>::const_iterator i;
99      for ( i = fixedZmols.begin(); i != fixedZmols.end(); ++i) {
100 <      output_ << i->mol->getGlobalIndex() <<"\t" << i->fz << "\t" << i->zpos << "\t" << i->param.zTargetPos <<std::endl;
100 >      output_ << i->mol->getGlobalIndex() <<"\t" << i->fz << "\t" << i->zpos
101 >              << "\t" << i->param.zTargetPos <<std::endl;
102      }
103   #else
104 <    int nproc;
102 <    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nproc);
104 >    
105      const int masterNode = 0;
106 <    int myNode = worldRank;
106 >    int nproc;
107 >    int myNode;      
108 >    MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &nproc);
109 >    MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &myNode);
110 >    
111      std::vector<int> tmpNFixedZmols(nproc, 0);
112      std::vector<int> nFixedZmolsInProc(nproc, 0);
113      tmpNFixedZmols[myNode] = fixedZmols.size();
114      
115 <    //do MPI_ALLREDUCE to exchange the total number of atoms, rigidbodies and cutoff groups
116 <    MPI_Allreduce(&tmpNFixedZmols[0], &nFixedZmolsInProc[0], nproc, MPI_INT,
117 <                  MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
118 <
119 <    MPI_Status ierr;
115 >    //do MPI_ALLREDUCE to exchange the total number of atoms,
116 >    //rigidbodies and cutoff groups
117 >    MPI_Allreduce(&tmpNFixedZmols[0], &nFixedZmolsInProc[0],
118 >                  nproc, MPI_INT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
119 >    
120 >    MPI_Status* ierr = NULL;
121      int zmolIndex;
122      RealType data[3];
123      
124 <    if (masterNode == 0) {
125 <
124 >    if (myNode == masterNode) {
125 >      
126        std::vector<ZconsData> zconsData;
127        ZconsData tmpData;      
128        for(int i =0 ; i < nproc; ++i) {
# Line 128 | Line 135 | namespace OpenMD {
135              tmpData.zconsPos = j->param.zTargetPos;
136              zconsData.push_back(tmpData);
137            }                
138 <
138 >          
139          } else {
140            for(int k =0 ; k < nFixedZmolsInProc[i]; ++k) {
141 <            MPI_Recv(&zmolIndex, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD,&ierr);
142 <            MPI_Recv(data, 3, MPI_REALTYPE, i, 0, MPI_COMM_WORLD,&ierr);
141 >            MPI_Recv(&zmolIndex, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr);
142 >            MPI_Recv(data, 3, MPI_REALTYPE, i, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr);
143              tmpData.zmolIndex = zmolIndex;
144              tmpData.zforce= data[0];
145              tmpData.zpos = data[1];
146              tmpData.zconsPos = data[2];
147 <            zconsData.push_back(tmpData);                                        
147 >            zconsData.push_back(tmpData);
148            }
149 <        }
143 <            
149 >        }      
150        }
151  
152 <
153 <      output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime() << std::endl;
152 >      output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime()
153 >              << std::endl;
154        output_ << zconsData.size() << std::endl;
155  
156        std::vector<ZconsData>::iterator l;
157        for (l = zconsData.begin(); l != zconsData.end(); ++l) {
158 <        output_ << l->zmolIndex << "\t" << l->zforce << "\t" << l->zpos << "\t" <<  l->zconsPos << std::endl;
158 >        output_ << l->zmolIndex << "\t" << l->zforce << "\t" << l->zpos
159 >                << "\t" <<  l->zconsPos << std::endl;
160        }
161 <        
161 >      
162      } else {
163 <
163 >      
164        std::list<ZconstraintMol>::const_iterator j;
165        for (j = fixedZmols.begin(); j != fixedZmols.end(); ++j) {
166          zmolIndex = j->mol->getGlobalIndex();            
167          data[0] = j->fz;
168          data[1] = j->zpos;
169          data[2] = j->param.zTargetPos;
170 <        MPI_Send(&zmolIndex, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
171 <        MPI_Send(data, 3, MPI_REALTYPE, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
165 <            
170 >        MPI_Send(&zmolIndex, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
171 >        MPI_Send(data, 3, MPI_REALTYPE, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
172        }
173      }
174   #endif
175    }
170
176   }

Comparing trunk/src/io/ZConsWriter.cpp (property svn:keywords):
Revision 1390 by gezelter, Wed Nov 25 20:02:06 2009 UTC vs.
Revision 2071 by gezelter, Sat Mar 7 21:41:51 2015 UTC

# Line 0 | Line 1
1 + Author Id Revision Date

Diff Legend

Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines