ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/io/RestWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/RestWriter.cpp (file contents):
Revision 1442 by gezelter, Mon May 10 17:28:26 2010 UTC vs.
Revision 2020 by gezelter, Mon Sep 22 19:18:35 2014 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43 + #ifdef IS_MPI
44 + #include <mpi.h>
45 + #endif
46  
47   #include <string>
48   #include <sstream>
# Line 47 | Line 51
51   #include "io/RestWriter.hpp"
52   #include "utils/simError.h"
53   #include "brains/SnapshotManager.hpp"
50 – #ifdef IS_MPI
51 – #include <mpi.h>
52 – #endif
54  
55   namespace OpenMD {
56    RestWriter::RestWriter(SimInfo* info, const std::string& filename,
57                           std::vector<Restraint*> restraints ) :
58      info_(info){
59 <    createRestFile_ = true;
59 >
60 >    std::vector<Restraint*>::const_iterator resti;
61 >
62 >    createRestFile_ = false;  
63 >
64 > #ifdef IS_MPI    
65 >    MPI_Status* istatus;
66 > #endif
67      
68 +    int printAny = 0;
69 +    for(resti=restraints.begin(); resti != restraints.end(); ++resti){
70 +      if ((*resti)->getPrintRestraint()) {
71 +        printAny = 1;
72 +      }
73 +    }
74 +    
75   #ifdef IS_MPI
76 +    MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &printAny, 1, MPI_INT, MPI_SUM,
77 +                  MPI_COMM_WORLD);
78 + #endif
79 +
80 +    if (printAny) createRestFile_ = true;
81 +
82 + #ifdef IS_MPI
83      if(worldRank == 0){
84   #endif
85    
86 <      output_ = new std::ofstream(filename.c_str());
87 <
88 <      if(!output_){
89 <        sprintf( painCave.errMsg,
90 <                 "Could not open %s for restraint output.\n",
91 <                 filename.c_str());
92 <        painCave.isFatal = 1;
93 <        simError();
86 >      if (createRestFile_) {
87 >        output_ = new std::ofstream(filename.c_str());
88 >        
89 >        if(!output_){
90 >          sprintf( painCave.errMsg,
91 >                   "Could not open %s for restraint output.\n",
92 >                   filename.c_str());
93 >          painCave.isFatal = 1;
94 >          simError();
95 >        }
96        }
97 <
97 >        
98   #ifdef IS_MPI
99      }
100   #endif // is_mpi
101  
102  
79 – #ifdef IS_MPI
80 –    MPI_Status istatus;
81 – #endif
82 –    
103   #ifndef IS_MPI
104          
105 <    (*output_) << "#time\t";
105 >    if (createRestFile_) (*output_) << "#time\t";
106  
87 –    std::vector<Restraint*>::const_iterator resti;
88 –
107      for(resti=restraints.begin(); resti != restraints.end(); ++resti){
108        if ((*resti)->getPrintRestraint()) {
91 –        
109          std::string myName = (*resti)->getRestraintName();
110          int myType = (*resti)->getRestraintType();
111          
# Line 108 | Line 125 | namespace OpenMD {
125        }
126      }
127  
128 <    (*output_) << "\n";
129 <    (*output_).flush();
128 >    if (createRestFile_) (*output_) << "\n";
129 >    if (createRestFile_) (*output_).flush();
130      
131   #else
132      
133      std::string buffer;
134  
118 –    std::vector<Restraint*>::const_iterator resti;
119 –
135      for(resti=restraints.begin(); resti != restraints.end(); ++resti){
136        if ((*resti)->getPrintRestraint()) {
122 –        
137          std::string myName = (*resti)->getRestraintName();
138          int myType = (*resti)->getRestraintType();
139  
# Line 144 | Line 158 | namespace OpenMD {
158      const int masterNode = 0;
159      
160      if (worldRank == masterNode) {
161 <      (*output_) << "#time\t";
162 <      (*output_) << buffer;
161 >      if (createRestFile_) (*output_) << "#time\t";
162 >      if (createRestFile_) (*output_) << buffer;
163        
164        int nProc;
165 <      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
165 >      MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &nProc);
166 >
167        for (int i = 1; i < nProc; ++i) {
168          
169          // receive the length of the string buffer that was
170          // prepared by processor i
171          
172          int recvLength;
173 <        MPI_Recv(&recvLength, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
173 >        MPI_Recv(&recvLength, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD, istatus);
174          char* recvBuffer = new char[recvLength];
175          if (recvBuffer == NULL) {
176          } else {
177 <          MPI_Recv(recvBuffer, recvLength, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD,
178 <                   &istatus);
179 <          (*output_) << recvBuffer;
177 >          MPI_Recv(recvBuffer, recvLength, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD,
178 >                   istatus);
179 >          if (createRestFile_) (*output_) << recvBuffer;
180            delete [] recvBuffer;
181          }
182        }
183 <      (*output_).flush();
183 >       if (createRestFile_) (*output_).flush();
184      } else {
185        int sendBufferLength = buffer.size() + 1;
186        MPI_Send(&sendBufferLength, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
187 <      MPI_Send((void *)buffer.c_str(), sendBufferLength, MPI_CHAR, masterNode,
188 <               0, MPI_COMM_WORLD);
187 >      MPI_Send((void *)buffer.c_str(), sendBufferLength, MPI_CHAR,
188 >               masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
189      }
190      
191   #endif // is_mpi    
# Line 180 | Line 195 | namespace OpenMD {
195    void RestWriter::writeRest(std::vector<std::map<int, Restraint::RealPair> > restInfo) {
196      
197   #ifdef IS_MPI
198 <    MPI_Status istatus;
198 >    MPI_Status* istatus;
199   #endif
200      
201   #ifndef IS_MPI
202 <    (*output_) << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime();
202 >     if (createRestFile_)  (*output_) << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime();
203      
204      // output some information about the molecules
205      std::vector<std::map<int, Restraint::RealPair> >::const_iterator i;
206      std::map<int, Restraint::RealPair>::const_iterator j;
207      
208 <    for( i = restInfo.begin(); i != restInfo.end(); ++i){
209 <      for(j = (*i).begin(); j != (*i).end(); ++j){                
210 <        (*output_) << "\t" << (j->second).first << "\t" << (j->second).second;
211 <      }
212 <      (*output_) << std::endl;
208 >    cerr << "risize = " << restInfo.size() << "\n";
209 >
210 >    if ( createRestFile_ ) {
211 >      
212 >      for( i = restInfo.begin(); i != restInfo.end(); ++i){        
213 >        for(j = (*i).begin(); j != (*i).end(); ++j){                
214 >          (*output_) << "\t" << (j->second).first << "\t" << (j->second).second;
215 >        }
216 >        (*output_) << std::endl;
217 >      }      
218 >      (*output_).flush();
219      }
199 –    (*output_).flush();
220   #else
221      std::string buffer, first, second;
222      std::stringstream ss;
# Line 204 | Line 224 | namespace OpenMD {
224      std::vector<std::map<int, Restraint::RealPair> >::const_iterator i;
225      std::map<int, Restraint::RealPair>::const_iterator j;
226      
227 <    for( i = restInfo.begin(); i != restInfo.end(); ++i){
228 <      for(j = (*i).begin(); j != (*i).end(); ++j){
229 <        ss.clear();
230 <        ss << (j->second).first;
231 <        ss >> first;
232 <        ss.clear();
233 <        ss << (j->second).second;
234 <        ss >> second;
235 <        buffer += ("\t" + first + "\t" + second);      
227 >    if ( createRestFile_ ) {
228 >      for( i = restInfo.begin(); i != restInfo.end(); ++i){
229 >        
230 >        for(j = (*i).begin(); j != (*i).end(); ++j){
231 >          ss.clear();
232 >          ss << (j->second).first;
233 >          ss >> first;
234 >          ss.clear();
235 >          ss << (j->second).second;
236 >          ss >> second;
237 >          buffer += ("\t" + first + "\t" + second);      
238 >        }
239 >        buffer += "\n";    
240        }
217 –      buffer += "\n";    
241      }
242      
243      const int masterNode = 0;
244      
245 <    if (worldRank == masterNode) {
246 <      (*output_) << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime();
224 <      (*output_) << buffer;
225 <      
226 <      int nProc;
227 <      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
228 <      for (int i = 1; i < nProc; ++i) {
245 >    if (createRestFile_) {
246 >      if (worldRank == masterNode) {
247          
248 <        // receive the length of the string buffer that was
249 <        // prepared by processor i
250 <        
251 <        int recvLength;
252 <        MPI_Recv(&recvLength, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
253 <        char* recvBuffer = new char[recvLength];
236 <        if (recvBuffer == NULL) {
237 <        } else {
238 <          MPI_Recv(recvBuffer, recvLength, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD,
239 <                   &istatus);
240 <          (*output_) << recvBuffer;
248 >        (*output_) << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime();
249 >        (*output_) << buffer;
250 >      
251 >        int nProc;
252 >        MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &nProc);
253 >        for (int i = 1; i < nProc; ++i) {
254            
255 <          delete [] recvBuffer;
256 <        }
257 <      }
258 <      (*output_).flush();
259 <    } else {
260 <      int sendBufferLength = buffer.size() + 1;
261 <      MPI_Send(&sendBufferLength, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
262 <      MPI_Send((void *)buffer.c_str(), sendBufferLength, MPI_CHAR, masterNode,
263 <               0, MPI_COMM_WORLD);
255 >          // receive the length of the string buffer that was
256 >          // prepared by processor i
257 >          
258 >          int recvLength;
259 >          MPI_Recv(&recvLength, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD, istatus);
260 >          char* recvBuffer = new char[recvLength];
261 >          if (recvBuffer == NULL) {
262 >          } else {
263 >            MPI_Recv(recvBuffer, recvLength, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD,
264 >                     istatus);
265 >            if (createRestFile_) (*output_) << recvBuffer;
266 >            
267 >            delete [] recvBuffer;
268 >          }
269 >        }      
270 >        (*output_).flush();
271 >      } else {
272 >        int sendBufferLength = buffer.size() + 1;
273 >        MPI_Send(&sendBufferLength, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
274 >        MPI_Send((void *)buffer.c_str(), sendBufferLength,
275 >                 MPI_CHAR, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
276 >      }
277      }
278   #endif // is_mpi
279    }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines