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root/OpenMD/trunk/src/brains/ForceField.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/UseTheForce/ForceField.cpp (file contents):
Revision 1274 by gezelter, Tue Jul 1 13:28:23 2008 UTC vs.
Revision 1275 by cli2, Fri Jul 4 20:54:29 2008 UTC

# Line 345 | Line 345 | namespace oopse {
345        }
346      }
347    }
348 +
349 +  InversionType* ForceField::getInversionType(const std::string &at1,
350 +                                              const std::string &at2,
351 +                                              const std::string &at3,
352 +                                              const std::string &at4) {
353 +    std::vector<std::string> keys;
354 +    keys.push_back(at1);
355 +    keys.push_back(at2);    
356 +    keys.push_back(at3);    
357 +    keys.push_back(at4);    
358  
359 +    //try exact match first
360 +    InversionType* inversionType = inversionTypeCont_.find(keys);
361 +    if (inversionType) {
362 +      return inversionType;
363 +    } else {
364 +      
365 +      AtomType* atype1;
366 +      AtomType* atype2;
367 +      AtomType* atype3;
368 +      AtomType* atype4;
369 +      std::vector<std::string> at1key;
370 +      at1key.push_back(at1);
371 +      atype1 = atomTypeCont_.find(at1key);
372 +      
373 +      std::vector<std::string> at2key;
374 +      at2key.push_back(at2);
375 +      atype2 = atomTypeCont_.find(at2key);
376 +      
377 +      std::vector<std::string> at3key;
378 +      at3key.push_back(at3);
379 +      atype3 = atomTypeCont_.find(at3key);
380 +      
381 +      std::vector<std::string> at4key;
382 +      at4key.push_back(at4);
383 +      atype4 = atomTypeCont_.find(at4key);
384 +
385 +      // query atom types for their chains of responsibility
386 +      std::vector<AtomType*> at1Chain = atype1->allYourBase();
387 +      std::vector<AtomType*> at2Chain = atype2->allYourBase();
388 +      std::vector<AtomType*> at3Chain = atype3->allYourBase();
389 +      std::vector<AtomType*> at4Chain = atype4->allYourBase();
390 +
391 +      std::vector<AtomType*>::iterator i;
392 +      std::vector<AtomType*>::iterator j;
393 +      std::vector<AtomType*>::iterator k;
394 +      std::vector<AtomType*>::iterator l;
395 +
396 +      int ii = 0;
397 +      int jj = 0;
398 +      int kk = 0;
399 +      int ll = 0;
400 +      int Iscore;
401 +      int JKLscore;
402 +      
403 +      std::vector<tuple3<int, int, std::vector<std::string> > > foundInversions;
404 +      
405 +      for (j = at2Chain.begin(); j != at2Chain.end(); j++) {
406 +        kk = 0;
407 +        for (k = at3Chain.begin(); k != at3Chain.end(); k++) {
408 +          ii = 0;      
409 +          for (i = at1Chain.begin(); i != at1Chain.end(); i++) {
410 +            ll = 0;
411 +            for (l = at4Chain.begin(); l != at4Chain.end(); l++) {
412 +              
413 +              Iscore = ii;
414 +              JKLscore = jj + kk + ll;
415 +              
416 +              std::vector<std::string> myKeys;
417 +              myKeys.push_back((*i)->getName());
418 +              myKeys.push_back((*j)->getName());
419 +              myKeys.push_back((*k)->getName());
420 +              myKeys.push_back((*l)->getName());
421 +              
422 +              InversionType* inversionType = inversionTypeCont_.find(myKeys);
423 +              if (inversionType) {
424 +                foundInversions.push_back( make_tuple3(Iscore, JKLscore, myKeys) );
425 +              }
426 +              ll++;
427 +            }
428 +            ii++;
429 +          }
430 +          kk++;
431 +        }
432 +        jj++;
433 +      }
434 +      
435 +      std::sort(foundInversions.begin(), foundInversions.end());
436 +      
437 +      int iscore = foundInversions[0].first;
438 +      int jklscore = foundInversions[0].second;
439 +      std::vector<std::string> theKeys = foundInversions[0].third;
440 +      
441 +      std::cout << "best matching inversion = " << theKeys[0] << "\t" <<theKeys[1]  << "\t" << theKeys[2] << "\t" << theKeys[3] << "\t(scores = "<< iscore << "\t" << jklscore << ")\n";
442 +      
443 +      
444 +      InversionType* bestType = inversionTypeCont_.find(theKeys);
445 +      if (bestType) {
446 +        return bestType;
447 +      } else {
448 +        //if no exact match found, try wild card match
449 +        return inversionTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
450 +      }
451 +    }
452 +  }
453 +  
454    NonBondedInteractionType* ForceField::getNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2) {
455      std::vector<std::string> keys;
456      keys.push_back(at1);
# Line 390 | Line 495 | namespace oopse {
495      keys.push_back(at4);  
496      return torsionTypeCont_.find(keys);
497    }
498 <
498 >  
499 >  InversionType* ForceField::getExactInversionType(const std::string &at1,
500 >                                                   const std::string &at2,
501 >                                                   const std::string &at3,
502 >                                                   const std::string &at4){
503 >    std::vector<std::string> keys;
504 >    keys.push_back(at1);
505 >    keys.push_back(at2);    
506 >    keys.push_back(at3);    
507 >    keys.push_back(at4);  
508 >    return inversionTypeCont_.find(keys);
509 >  }
510 >  
511    NonBondedInteractionType* ForceField::getExactNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2){
512      std::vector<std::string> keys;
513      keys.push_back(at1);
514      keys.push_back(at2);    
515      return nonBondedInteractionTypeCont_.find(keys);
516    }
517 +  
518  
401 –
519    bool ForceField::addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType) {
520      std::vector<std::string> keys;
521      keys.push_back(at);
# Line 435 | Line 552 | namespace oopse {
552      return torsionTypeCont_.add(keys, torsionType);
553    }
554  
555 +  bool ForceField::addInversionType(const std::string &at1,
556 +                                    const std::string &at2,
557 +                                    const std::string &at3,
558 +                                    const std::string &at4,
559 +                                    InversionType* inversionType) {
560 +    std::vector<std::string> keys;
561 +    keys.push_back(at1);
562 +    keys.push_back(at2);    
563 +    keys.push_back(at3);    
564 +    keys.push_back(at4);    
565 +    return inversionTypeCont_.add(keys, inversionType);
566 +  }
567 +  
568    bool ForceField::addNonBondedInteractionType(const std::string &at1,
569                                                 const std::string &at2,
570                                                 NonBondedInteractionType* nbiType) {

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